基因检测知识问答

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基因检测知识问答

1、基因是什么?

答:基因是DNA 分子上携带有遗传信息的功能片断。简而言之,基因是生命的基本因子;基因是人类生老病死之因;是健康、亮丽、长寿之因;基因是生命的操纵者和调控者,基因是生命之源,生命之本,基因主宰生命。一切生命的存在或衰亡形式都是由基因决定的。比如您的长相、身高、体重、肤色、性格等均与基因有关。

2、什么是基因检测?

答:这里所说的基因检测,全称为“疾病易感基因检测”。是通过提取受检测者细胞里的基因,通过基因分析的技术手段寻找其中与某些疾病相关的基因,并根据这些基因的情况,借助基因组学知识,对受检测者患某种疾病的风险进行预测,从而指导人们有针对性地预防疾病的发生。

3、什么是易感基因?

答:现代医学表明,一切疾病皆与基因相关。如果受检测者的某个基因上某个碱基排列顺序发生错误,这条基因就可能不能正确编码某种功能蛋白,从而就可能形成某种疾病。这种与疾病密切关联的基因,被称之为疾病易感基因。

4、用什么方法检测出疾病易感基因?

答:基因是两条精密配对的多核苷酸链组成。我们把一段含有已知错误碱基(或称易感基因位点)的多核苷酸链放在基因芯片上,然后把受检测者的众多基因的两条链在化学试剂中裂解开,染上颜色,也放到基因芯片上。如果受检测者的某个基因中也含有这种错误碱基,它就会与我们预先放置在基因芯片上的片段结合起来,并把颜色留在基因芯片上。我们通过精密仪器扫描到这种颜色,我们就能判断受检测者体内是否含有与我们预先放置在基因芯片上的有错误碱基序列一致的位点,从而确定其是否有某种易感基因。

5、基因检测与医院的化验、检查有什么关系?

答:这属于两个范畴。医院的临床检验是查找病患,而基因检测是查找隐患。所以,基因检测的价值在于预测疾病、预防疾病。有易感基因,只代表具备了患某种疾病的内因,但不代表已经患有某种疾病。

6、什么人需要做基因检测?

答:每个人都应当做一次基因检测。对那些常年受到环境污染影响的人群,应当隔一段时间再做基因检测,以便跟踪基因突变。

7、久出检测结果?检测结果有法律依据吗?

答:7个工作日(两周时间)会出检测结果。我们每一个检测过程都有专人负责,并盖章确认对整个检测的报告正确性负责,并承担相应的法律责任。

8、青基因有没有做基因检测的资质?

答:首先必须明确的是,基因检测属健康咨询的范畴,不是临床诊断,国家对这一项工作没有特别的资质要求。但我们认为,检测机构必须具备高水平的技术队伍、良好的产品设计和适合的仪器设备才可以开展检测工作。

青基因与华测艾普检测所合作,拥有国内领先的检测体系。

9、青基因做基因检测的准确性如何?

答:以青基因的技术能力来看,我们做个体基因识别,可以把误差率控制在150万分之一以内。大规模易感基因检测不可能达到那样的准确率(从成本考虑也不应该追求这么高的准确率),我们以国际最先进的美国贝克曼SNP分析系统,一次检测的检出率超过96.5%,检测准确率超过99%,处于国际先进水平。为了确保检测质量,青基因最近启动了基因检测复验体系。在SNP检测中如果发现有疑问的数据,则运用ABI3700等先进的基因测序设备通过基因测序的方法加以复验。通过复验纠正后,青基因的易感基因检测准确率平均达到99.99%,在国内外同行中处于领先地位。

10、青基因目前能提供多少种疾病的基因检测?

我们已经推出的产品包含有108项基因检测,同时还有一批基因检测产品正在开发中。

11、基因检测有什么意义呢?

答:从长远看,青基因做的是健康产业,而不仅是基因检测。我们计划开展“个人终身健康管理”工程,对受检者而言,我们为其做了基因检测以后,会根据其检测情况给他专业的健康指导,告诉他不同的阶段应当如何保健。

12、有人说基因检测根本没有标准,所以是不成熟的。怎么看待这个问题?

答:我们已经建立了企业标准,这是国内第一套基因检测企业标准,所以说,基因检测“根本没有标准”的说法是不正确的。按产业发展的惯例,目前我们正在联络国内几家有能力从事基因检测服务的机构,邀请他们共同制定行业标准,通过若干年的运行,最终制定出基因检测的国家标准。

13、有人说青基因的口腔粘膜采样技术不可靠,如何看待这个问题?

答:口腔粘膜采样简便易用、无创伤,但它的难点是如何避免污染,这一问题困扰生物学界很多年。

青基因下属的联众基因研究院经过技术攻关,成功克服了污染问题,构建了独有的口腔粘膜采样技术。该项技术已经申请了国家专利。

14、有人说青基因用亲子鉴定设备做基因检测,是这样的吗?

答:从技术上讲,亲子鉴定并没有特别的设备,其使用的设备是基因技术领域常用设备,很多小型设备与基因检测的设备是相同的。

但从管理上来说,司法行政管理部门要求我们的司法鉴定所的设备专人保管专门使用。为符合国家规定,我们不会在司法鉴定所的设备上做基因检测。

15、青基因的基因检测是否经过权威机构的认证?

答:我们基因芯片平台的管理体系通过了ISO9000认证,我们的检测实验室已通过了国家实验室CNAS认可。什么是国家实验室认可?

国家实验室认可是指由政府授权或法律规定的一个权威机构(中国国家合格评定委员会CNAS),对检测/校准实验室和检查机构有能力完成特定任务作出正式承认的程序,是对检测/校准实验室进行类似于应用在生产和服务的ISO9001认证的一种评审,但要求更为严格,属于自愿性认证体系,它由中国实验室国家认可委员会组织进行。通过认可的实验室出具的检测报告可以加盖国家实验室认可委员会(CNAS)和ILAC 的印章,所出具的数据国际互认。

16、青基因的基因检测服务价格是否获得国家批准?

答:按国家《价格法》规定,商品或服务的定价包括三种:政府定价、政府指导价、企业定价。按法律规定,基因检测服务属于企业定价的范围。为了定价更科学合理,我们曾委托物价部门对我们的基因检测服务进行了价格认证。所以可以说,我们的定价完全符合国家法律规定。

17、你们为什么不在医院做这个检测?

答:医院是我们推广基因检测的一个组成部分。但到医院的人大多数是治疗为主(属于临床医学),而基因检测是以预防为主,检测你的患病趋势,而不是已有的疾病。有一定的主次之分。我们不会考虑放弃医院,事实上,已经有许多的医院准备与我们合作,不过我们主要的市场,还是放在自己的服务中心。

18、基因检测中如何保护受检者的隐私?

答:我们把检测数据作为公司核心机密加以保护,严防相关信息外泄。每份报告形成后,我们都进行严格封包并直接寄给受检测者,避免泄露个人隐私。

19、基因检测的作用?

答:(1)有病早预防----健康生活就来到

通过我们的产品基因芯片健康检测对被检者身体细胞中的DNA进行基因芯片检测,数亿元的专业设备及生物学专家专为被检者检测身体所含的与肿瘤,糖尿病等多种疾病相关的易感基因,从而使被检者能及时了解自己的基因信息,改善自己的生活环境及生活习惯,及早预防肿瘤及相关疾病的发生,改善生活质量,提高生活品质,享受健康人生。

(2)保健----“量身定制”,有针对性地调补

通过基因芯片检测的结果,我们推出了一系列专门针对弥补易感基因缺陷的产品,从而使会员身体能

够获得一个最佳体质,能够对环境有一个更好的适应。

(3)健康----从定期咨询服务开始

通过为广大会员建立基因健康信息卡,定期组织权威专家对广大会员进行咨询服务,专家会引导到知名权威医院进行治疗,享受公优质的针对性治疗待遇。

20、基因与人类疾病的关系?

答:现代医学认为疾病是由于先天的基因体质和后天的外来因素共同作用的结果,几乎所有疾病的发生都与基因有关。

正常情况下基因通过编码合成蛋白质参与人的生长发育过程,在某些情况下基因发生了突变,该起作用的没有工作,不该起作用的反而开始工作了,就导致了人体机能的紊乱。如果和外界因素叠加,就会发生疾病。比如我们熟悉的多种肿瘤,就是因为体内多种基因(包括癌基因、抑癌基因等)发生突变的累加,加上外界不良因素的刺激导致的。再比如我们熟悉的高血压、高血脂、糖尿病等疾病都与某些基因的突变有着密切的关系

21、什么叫基因芯片?什么叫基因测序?他们有什么不同点?

答:基因芯片是将基因片段有序地固定在玻璃载体上,用荧光标记的被检测者的DNA片段与之杂交,将结果扫描、软件提取并分析数据的一种快速、高效的分子生物学分析手段。基因测序是确定一条染色体片断上的碱基排列的顺序。基因芯片具有高通量(一次动作可以完成实验室多个步骤的工作)、高信息量(一张芯片可以完成多种基因的检测)、快速灵敏、样品用量少、成本相对低廉等优点。基因测序检测,样本用量大、时间长、操作复杂、项目单一,两者比较基因芯片更有利于产业化的发展。

22、基因芯片的作用?

答:基因芯片主要是用作基因功能的研究,通过基因芯片人们可以大规模,高通量地对成千上万个基因进行同时研究,从而解决了传统核酸印迹杂交技术操作繁杂,自动化程度低,操作程序数量少,检测效率低等不足,而且通过设计不同的探针阵列,使用特点的分析方法可使该技术具有不同的应用价值。

基因芯片技术是基因功能研究领域的一次革命,随着人类基因组计划(HGP)的实施,编码人类全部染色体的约3万种基因将不断地被发现,然而,仅仅破译了编码人类基因的核苷酸序列并不代表什么,人类基因组计划的最终目的就是要了解编码人类染色体的这3万多种基因的功能是什么?即基因的调控机制,从而进一步阐明人类的整个生命活动的机理,伴随着人类基因计划的实施,应运而生了一些用于基因功能研究的新技术和新方法,其中基因芯片技术被誉为是基因功能研究中最伟大的一项发明。

23、基因芯片检测和测序检测的优势在哪里?

答:基因芯片具有高通量(一次动作可以完成实验室多个步骤的工作)、高信息量(一张芯片可以完成多种基因的检测)、快速灵敏、样品用量少、成本相对低廉等优点。测序检测在对已发生疾病(临床)检出率方面略优于基因芯片,但却非常的费时、费力。而且对于已发生的疾病,我们在医院门诊只要做常规检查便可查出来。

24、基因多态性芯片检测原理?

答:基因芯片技术是将基因片段有序地固定在玻璃载体上,通过被检测者口腔黏膜脱落细胞DNA抽提,通过合成引物后扩增,用荧光标记的DNA片段上与之杂交、洗脱、结果扫描、软件提取并分析数据的一种快速、高效的分子生物学分析手段。

通过合理的探针设计和杂交条件的严格控制,基因芯片可应用于多种类型的已知基因序列的检测,包括单碱基多态性(SNP)的分析和特定靶基因片段的定性检测等等,以此来分析基因的多态性。

25、基因可以改变吗?

答:基因从目前的科技水平来认识还不可以改变。基因的改变是肯定的,但时间太漫长,基因的改变决定了生物的进化,但对每个人来讲,基因基本上在短短的几十年中一般是不会改变的。

26、基因检测能告诉您什么?

答:如果您带有某种疾病的易感性,说明与一般人群相比,您在基因水平上比较容易患这种疾病。您可以采取针对性的预防措施,比如调节生活习惯、避免有害因素、定期检查等等。

现代研究发现,即使携带疾病的易感基因,只要早发现、早预防,还是能够延缓或者避免疾病的发生的。因此,当您发现自己具有此种疾病的易感性时,请适当重视,但不要紧张,更无需造成压力。

27、有疾病的人是否能检测出疾病?原因是什么?

答:大多数疾病是多种环境因素和遗传体质共同作用的结果;对健康不利的遗传体质所对应的就是一些与疾病发生相关的基因型,这就叫做易感基因。基因检测就是对易感基因的检测,对于纯粹因外部环境因素造成的疾病,以目前的科学水平还不能做到100%查出。

28、病人检测基因有价值吗?

答:有。正如我们所知,一种疾病的发生有可能会带来多种疾病的发生。如果您有某种并发疾病的易感基因,那就要格外注意。

29、有家族遗传史的是否一定能查出来?准确率是多少?

答:是的。疾病家族遗传史就是疾病易感基因的遗传所造成的,所以基因检测能够检测出这些遗传的易感基因型。检测准确率高达99%。

30、遗传基因检测和医院的常规检测有什么区别?

答:基因检测和医院的常规检测属2个不同阶段的检测。一种疾病从开始到发病要经历很长的时间。基因检测是人在没发病时,预测会发生什么疾病,属于检测的第一阶段;而常规检测是发生疾病后,疾病到达什么程度。如:早期、中期等等。这属于检测的第二个阶段,是临床医学的范畴。

31、基因检测是否卖产品?

答:基因检测不是销售产品,它实际是一种高科技的咨询服务。基因检测是一门科学,是优化人类健康状况的手段,也是21世纪预防医学的最伟大的发明。人的遗传基因决定了芸芸众生与生俱来的不同特点。因为人与人存在很大不同,就需针对每个人的基因特点进行个性化医疗保健。通过“基因芯片”技术检测个体遗传基因信息,帮助人们揭示疾病机理,制定个体话治疗方案,了解疾病趋势及隐患就是医学发展的新趋势。

32、健康的人做检测有意义吗?所有的人都可以做检测吗?

答:“健康”的概念是什么?是不是没有疾病的发生就是健康呢?一种疾病从开始到发病要经历很长的时间。没有疾病的发生只是临床没有发病而已,也许疾病正在您的体内酝酿,所以基因检测可以帮您更好的预检疾病,及早预防,让真正的健康回到您的身边。基因检测适用于所有的人,甚至包括未出生及死去的人。检测死去的人亦可为后代遗传基因做参考。

33、检测结果多久有效,以后需不需要重新检测?

答:因为人的基因是与生俱来的终身不变的,已检测的基因项目是终生有效的,不需要重做。但随着公司科研和世界基因研究的发展和对基因认识的提高,又会有其它疾病易感基因被发现,目前检测的种类还将不断扩充,以后可能会检测数百种疾病,因此将来进行新的疾病易感基因的检测是必要的。

34、外国检测价格和现在我所做的检测价格差别多少?基因检测的项目是否相同?

答:技术水平相同,青基因的基因检测项目更符合中国种族的需要。价格只有国外的3%左右。以乳腺癌的检测为例:国外仅此一项收费(约合)RMB 1280元,而青基因合家欢产品检测项目共包含26种疾病,目前收费仅为RMB 6990 元。

35、在有的医院也有基因检测项目和你们的基因检测有什么不同?

答:医院基因检测项目一般为单项,价格也不低,一般用测序方法。而我们的项目为复合项,一般包括十几种疾病,如果分解成单项的价格,会比现在有的医院更具优势。另外,青基因是利用基因芯片进行检测,准确率大大提高。

36、青基因的检测结果能否作为疾病依据和标准

答:不能。基因检测是预知你会发生什么疾病,并有针对性的进行预防。从而阻止疾病的发生,达到健康的目的。而不是你已经患了什么样的疾病,要如何治疗。后者是临床医学的范畴。

37、检测后报告客户否能看懂?后期还有什么服务?

答:检测报告普通百姓是可以看懂的。青基因在以后工作中会陆续推出有针对性的健康产品和健康引导服务。38、基因检测后我们能为客户提供什么后续服务?

答:首先是基因检测咨询,私密状态下解释基因检测报告,提供健康咨询。其次是提供个性化生活指导方案。

39、检测出疾病隐患能否提供有针对性的产品?

答:检测出疾病隐患可以提供有针对性的产品,但目前并不全面,还需要逐步完善,另外公司会提供给您一些具有专业素养的建议,教会您如何健康的生活。

40、基因检测过程中如何确保客户的隐私?

答:检测中,用代号、编码代替检测者的姓名;制单员通过4级(代号、编码、姓名、身份证号码)核对确认检测者的身份,并对其检测结果进行包装、封存;业务人员在邮寄或传递封闭的检测报告过程中承担法律责任,如果业务员不经检测者本人允许私自窥视检测结果,公司将依法追究责任。

41、久出检测结果?检测结果有法律依据吗?

答:7个工作日(两周时间)会出检测结果。我们每一个检测过程都有专人负责,并盖章确认对整个检测的报告正确性负责,并承担相应的法律责任。

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段,用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因,也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法,仅检测第5-8外显子即可发现85%以上的p53基因突变。由于该法简便快速,特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法(HA) HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起,在非变性凝胶中电泳时,会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似,所不同的是SSCP分离的是单链DNA,HA法分离的是双链DNA,也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用,两者结合使用,可使突变检出率提高到近100%。

(3)理解基因突变的检测方法

第十章基因突变 一、教学目的与要求: (1)了解基因突变的类型和性质、特征 (2)掌握基因突变分子机理和诱变因素的作用方式 (3)理解基因突变的检测方法 (4) 掌握基因突变的修复途径 二、教学重点、难点、疑点: 1.突变的概念、类型和性质 2.诱发突变的分子基础 3.诱发突变与人类癌症 4.生物体基因突变的修复机制 5.果蝇基因突变的检出 6.植物基因突变的检出 7.人类基因突变的检出 [解决方法] (1)通过出示基因结构变化的示意图,加深学生对基因突变内涵的理解。 (2)课堂教学中不断提出问题,让学生通过概念的运用达到巩固概念和知识迁移的目的。 2.教学难点及解决办法 基因突变的原因。 [解决办法] 对人类镰刀型细胞贫血症病因结合图解进行分析,使学生真正明白基因突变的原因——DNA复制过程也可能发生差错,基因中个别碱基的变化,就会造成性状改变。 3.教学疑点及解决办法 为什么说基因突变是变异的主要来源? [解决办法]讲明基因突变与基因重组的区别,联系实际举例。 三、教学方法设计: 四、教具或教学手段:多媒体课件 五、教学过程与板书设计:

第一节基因突变的概念和特征 一、基因突变的概念及类别 1、基因突变:指在染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变基因突变:指染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变 2、类别 隐性突变:A a 显性突变:a A 自发突变—外界环境条件的自然作用或生物体内的生理生化变化而产生的突变 诱发突变—在专门诱变因素影响引起的突变,为“诱发突变” 形态突变型—可见突变:指造成外形改变的突变型 至死突变型—能造成个体死亡或生命力明显下降的突变型 条件突变型—在一定条件下有致死效应 3.一般特征 ①突变的频率:指生物体在每一世代中发生突变的机率,或者在一定时 间内突变可能发生的次数。 高等植物 10-5— 10-8 细菌和噬菌体 10-4—10-10范围大、突变频率比动植物高 例如:氨基酸过程中三种疾病是由三种基因突变导致酶发生变化引起的,有一定的突变频率 苯丙氨酸羟化酶缺乏导致苯丙酮尿症;尿黑尿酸氧化酶缺乏会产生尿黑酸尿症;酪氨酸酶缺乏导致白化病 苯丙氨酸羟化酶 苯丙酮酸苯丙氨酸酪氨酸 积累尿黑尿酸氧化酶 酪氨酸酶 苯丙酮尿症尿黑酸黑色素

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华法林用药指导的基因检测

华法林用药指导的基因检测 (华法林用药剂量的预测) 华法林是临床常用的预防血栓栓塞性疾病口服药物,但存在明显个体差异。其中,VKORC1和CYP2C9基因多态性是华法林个体剂量差异的两个主要影响因素,分别解释约37%和6%的剂量差异。美国食品药品监督管理局(FDA)于2007年8月修改华法林用药标签,提示基因型检测有助于调整华法林给药剂量。2009年美国FDA再次修改华法林用药标签,并根据患者VKORC1和CYP2C9基因型确定华法林起始剂量。国际华法林药物基因组联合会(IWPC)收集了5700例来自4大洲9个国家的21个研究机构使用华法林达到稳定临床疗效的患者信息,并建立数据库。通过对此数据库的筛选和验证,建立了IWPC模型,是目前涉及病例规模最大的模型,该模型可解释华法林个体剂量差异47%。实践证明,依据患者基因型并结合患者临床信息进行华法林个体化给药,可明显提高华法林抗凝达标率,降低抗凝并发症,减少患者再住院率。因此,建议在使用华法林前进行CYP2C9*3和VKORC1基因检测,依据患者基因型指导华法林给药剂量。 该项目收费为800元,每个患者只需检测1次即可。临床医生可按照相应流程提出检测申请,并采用EDTA抗凝真空采血管(紫色帽头)采集外周静脉血2ml(无需空腹,无论是否用药,随时抽取血标本),药师将在2个工作日内出具基因检测报告,并提供个体化给药建议供临床参考。 医院在用的华法林规格:

检测申请流程: 一、进入“检测申请单分类”项下“按检验科室分类”中“药剂科——化学药物用药指导基因检测” 二、单击“药剂科——化学药物用药指导基因检测”,可显示华法林用药指导的基因检测,如患者需要进行华法林基因检测,单击华法林用药指导的基因检测,提交即完成检测申请

基因突变检测多少钱检测方法是什么

基因突变检测多少钱检测方法是什么 一代测序法(Sanger法): 科学家Sanger,于1977年建立,他本人也因此而获得了诺贝尔奖。该技术至今已用 三十多年,现在已相当成熟完善。人类基因组计划的测序工作就是使用该项技术完成的, 现在***的仪器是美国ABI公司的***3730型全自动遗传分析仪,是经过国际和国家认证的仪器,可重复性达到100%,是亲子鉴定和法医鉴定的专用仪器。该方法是目前基因检测的国际金标准。缺点是通量小,适合少量样本,可进行个性化位点检测,成本极高,比芯片 或高通量检测高100倍。 Taqman法: 准确性好,适合于大量样本、少量位点,价格贵,缺点是不能读出序列,不太直观。 质谱法: 准确性较好,缺点只能读出质量数据,不能读出序列,对于缺失和插入突变无法读出,但这种突变更加可怕,适合于大量样本、多位点(最多能检测25个位点),所以可能会 出现少量假阳性和假阴性。 二代基因检测芯片法: 适合于超多位点,大量样品检测和科研参考,每个样本做几百个位点和做几千个位点 的检测成本,相差无几,最大优点是成本低廉,一个位点的价格只相当于一代测序价格的1%,缺点是出来的大量数据,可信度不高。 我们都知道“是药三分毒”,癌症患者的过度治疗会造成患者的器脏损伤,甚至化疗 整个过程费钱费力却“不讨好”,所以进行在进行治疗之前先进行基因测序检测,会让靶 向药物治疗事倍功半。 肺癌的靶向药基因检测,现在很多公司都可以做,医院基本上也是外送公司做,看你 检测几个几个基因,一般不会超过7200,一般检测就是EGFR,融合基因ALK,ROS1,C-MET,中源协和基因检测。 一般的,基因检测是通过血液、其他体液、或细胞对DNA进行检测的技术。 基因检测可以诊断疾病,也可以用于疾病风险的预测。疾病诊断是用基因检测技术检 测引起遗传性疾病的突变基因。目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、 遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检 测技术做出诊断。

基因突变的鉴定

基因突变的鉴定 (2010-07-05 17:37:50) 转载▼ 标签: 杂谈 一.植物形态突变的鉴定 经人工诱发或自然发生的变异是否属于真实的基因突变,是显性突变还是隐性突变,突变频率的高低等,都应进行鉴定。 1.真实遗传变异的鉴定 变异有可遗传的变异,有不可遗传的变异。基因本身发生化学性质的变化而引起的变异是可以遗传的,因环境条件而导致的表现型变异是不遗传的。所以,在诱变处理材料的后代中一旦发现与原始亲本不同的变异体,首先要鉴定它是否真实遗传。例如,在农作物诱变育种过程中,某种高杆植物经理化因素处理后,在其后代中发现个别矮杆植株,这种变异究竟是基因突变引起的呢?还是由环境条件引起的呢?二者如何鉴别呢? 把变异体与原来的亲本种植在土壤条件和栽培条件均匀一致的环境下,若变异体与原始亲本的表现大体相似,即原来的变异消失了,说明它不是遗传的变异;反之,若变异体与原始亲本不同,仍然表现为矮杆,说明它是基因突变的结果。 2.如何鉴别显性突变和隐性突变 利用杂交试验的方法,可以区分显性突变还是隐性突变。以上例而言,让矮杆突变体植株与原始亲本杂交,若F1表现高杆,F2中既有高杆,也有矮杆植株,说明矮杆突变是隐性突变。若是显性突变情况又如何呢?F1表现为矮杆,F2中矮杆:高杆为3:1。 3.利用花粉直感现象估算配子的突变率 为了测定玉米子粒非甜籽变为甜粒(Su→su)的基因突变频率,以甜粒玉米纯合体作母本,用经诱变处理过的非甜粒纯合体的花粉授粉。 susu×SuSu 在正常情况下,非甜(Su)对甜(su)为显性,授粉后的果穗应该完全是非甜粒种子,假如在果穗上发现甜粒种子,就可以认为是Su花粉经诱发处理以后发生了Su→su突变,并可计算出突变频率。

阿司匹林用药指导的基因检测

阿司匹林用药指导的基因检测 (阿司匹林抵抗基因筛查) 阿司匹林是治疗急性冠状动脉综合征和经皮冠状动脉介入术后抗栓的基础药物,广泛应用于心脑血管疾病一级和二级预防。临床发现部分患者尽管长期低剂量服用阿司匹林仍不能有效抑制血小板的活性,即阿司匹林抵抗,其发生率约50%~60%且存在明显种族差异性。研究表明,基因多态性在阿司匹林抵抗中起着重要作用,主要集中在GPIIIaP1A1/A2、PAI-14G/5G和PEAR1基因多态性。GPIIIaP1A2是阿司匹林抵抗主要基因,该基因突变使得GPIIb/IIIa受体结构发生改变,使血小板之间发生交叉连接,导致血小板聚集。研究发现,发生阿司匹林抵抗患者携带P1A2等位基因的频率明显高于阿司匹林敏感患者,且P1A2/A2纯合突变型患者服用阿司匹林后疗效均不良。携带突变型P1A2等位基因患者行支架术后,其亚急性血栓事件发生率是P1A1纯合野生型患者的5倍,需要更高剂量的阿司匹林才能达到抗凝效果。PAI-1是血浆中组织纤溶酶原激活物的主要抑制剂,PAI-1基因研究较多是PAI-14G/5G插入或缺失多态性。4G 等位基因与PAI-1血浆水平升高有关,导致血小板聚集趋势增加,导致心肌梗死和冠心病发生风险增加,携带4G等位基因的患者比5G心肌梗死风险高5倍,需要更高剂量的阿司匹林。PEAR1GG等位基因对阿司匹林应答好,AA或AG基因型患者支架植入术后服用阿司匹林(或结合氯吡格雷),其心肌梗死和死亡率高。因此,建议在使用阿司匹林前检测GPIIIaP1A1/A2、PAI-14G/5G和PEAR1,临床药师将针对患者基因型对患者进行疗效预测,并对高风险患者提前干预,以降低患者用药风险,保障临床用药安全、有效。 该项目收费为1200元(医保、新农合报销),每个患者只需检测1次即可。临床医生可按照相应流程提出检测申请,并采用EDTA抗凝真空采血管(紫色帽头)采集外周静脉血2ml(无需空腹,无论是否用药,随时抽取血标本),检测人员将在2个工作日内出具基因检测报告,并提供个体化给药建议供临床参考。 目前我院在用的阿司匹林:

P53基因突变检测方法

2、试剂和耗材) GIAGEN,德国QIAamp?DNA Blood Mini Kit ()Platiinim?Taq DNA Polymerase High Fidelity (Invitrogen, 11304-102 Nuclease-Free Water (Promega,P 1195) d NTP Mix (Promega,P 151B) PCR引物:北京博迈德科技有限公司合成 DL10000 DNA Marker(TAKARA,大连宝生物)DNA分子定量标准:技术Bioer 产物回收纯化试剂盒(BioSpiii Gel Extraction kit,日本PCR有限公司)公司) Axygen, 200-1000 ul 吸头(美国110.5?10 u、2?20 u k 20-200 □、管EP、 仪.器3 ;Taimon1600R凝胶成像系统分析仪(上海天龙公司)Eppendorf 5417R 高速冷冻离心机(Eppendorf公司,德国)公司,美国)Allegra 6R离心机(Beckman-Coulter应涡旋混合器(北京北德科学仪器厂)MVS-1公司,德国) 1000 u 150 口1、200 ul、(Eppendorf^ 口1 移液器、10 U 1、NEWAIR 公司,美国)1【级生物安全柜NU425-400E (拓速冷冻离心机(BECKMAN COULTER 公司,美国)X-15R 公司德国)仪(Eppendorf Eppendorf Masteicycter PCR 公司,美国)(Bio-Rad电泳仪:Universal 024BR电热恒温水浴器(北京来亨科贸有限责任公司)240全自动凝胶成像系统(中国)凝胶成像分析系统:Tocan 测序仪:GenomeLab CEQ/GeXP (BECKMAN COULTER 公司,美国)20 u k 200 ul和1000 ul加样器(吉尔森公司,法国)旋涡震荡器(Scientific Industries公司,美国) 二、实验方法 1、样品采集,送检和保存 乙二胺四乙酸(EDTA) -3K抗凝管采集HIV和HEV合并感染者外周静脉血,于24h内测定CD4+T淋巴细胞计?数,抗凝血经常规离心分离全血中间层,分装后-80°C冻存用于P53基因变异的测定。 2、血浆样本DNA的提取 取200 P1全血中间层于1.5ml无菌EP管中,加入20 口1蛋白酶K;再加入200 ul AL缓冲液,涡旋振荡15秒,56°C孵育10分钟;瞬时离心EP管,加入200 u 1 无

阿司匹林用药指导的基因检测

阿司匹林用药指导的基 因检测 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】

阿司匹林用药指导的基因检测 (阿司匹林抵抗基因筛查) 阿司匹林是治疗急性冠状动脉综合征和经皮冠状动脉介入术后抗栓的基础药物,广泛应用于心脑血管疾病一级和二级预防。临床发现部分患者尽管长期低剂量服用阿司匹林仍不能有效抑制血小板的活性,即阿司匹林抵抗,其发生率约50%~60%且存在明显种族差异性。研究表明,基因多态性在阿司匹林抵抗中起着重要作用,主要集中在GPIIIaP1A1/A2、PAI-14G/5G和PEAR1基因多态性。GPIIIaP1A2是阿司匹林抵抗主要基因,该基因突变使得GPIIb/IIIa受体结构发生改变,使血小板之间发生交叉连接,导致血小板聚集。研究发现,发生阿司匹林抵抗患者携带P1A2等位基因的频率明显高于阿司匹林敏感患者,且P1A2/A2纯合突变型患者服用阿司匹林后疗效均不良。携带突变型P1A2等位基因患者行支架术后,其亚急性血栓事件发生率是P1A1纯合野生型患者的5倍,需要更高剂量的阿司匹林才能达到抗凝效果。PAI-1是血浆中组织纤溶酶原激活物的主要抑制剂,PAI-1基因研究较多是PAI-14G/5G插入或缺失多态性。4G等位基因与PAI-1血浆水平升高有关,导致血小板聚集趋势增加,导致心肌梗死和冠心病发生风险增加,携带4G等位基因的患者比5G心肌梗死风险高5倍,需要更高剂量的阿司匹林。PEAR1GG等位基因对阿司匹林应答好,AA或AG基因型患者支架植入术后服用阿司匹林(或结合氯吡格雷),其心肌梗死和死亡率高。因此,建议在使用阿司匹林前检测GPIIIaP1A1/A2、PAI-14G/5G和PEAR1,临床药师将针对患者基因型对患者进行疗效预测,并对高风险患者提前干预,以降低患者用药风险,保障临床用药安全、有效。 该项目收费为1200元(医保、新农合报销),每个患者只需检测1次即可。临床医生可按照相应流程提出检测申请,并采用EDTA抗凝真空采血管(紫色帽头)采集外周静脉血2ml(无需空腹,无论是否用药,随时抽取血标本),检测人员将在2个工作日内出具基因检测报告,并提供个体化给药建议供临床参考。 目前我院在用的阿司匹林:

肿瘤基因突变检测

肿瘤基因突变检测 癌症是一类难以预防的疾病,中晚期癌症治愈的可能性又很小,而早期癌症的治愈率可达65%以上,有些肿瘤可达90%以上,因此,战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症早期常无特殊症状,甚至毫无症状,故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT 等检查,但这些方法的敏感性和特异性均不高,发现有异常时往往已是中晚期。 17种常见高发肿瘤,包括乳腺癌(breast cancer)、结肠癌(colorectalcancer)、子宫癌(endometrial cancer)、脑胶质瘤(glioma)、白血病(leukemia)、肺癌(lungcancer)、淋巴癌(lymphoma)、成神经管细胞瘤(medulloblastoma)、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell cancer)和恶性内瘤(sarcoma),其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介导的分子改变,参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过程中的遗传学变异,对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台,可同时开展多个肿瘤基因突变检测项目,如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、

基因检测与用药

基因与用药指导 新用药时代 科学的发展让许多不可能变为了可能,攀月登空,潜海游龙。如今我们身边充斥着诸多高科技的元素,基因——DNA更是这其中耀眼的明星。日常我们听到的转基因大豆、转基因动物、DNA眼霜。这些看似高科技外衣下的产品,使我们越来越习惯于听说基因的消息,那基因DNA到底离我们有多远呢? 平日老百姓生活最普通的一部分,感冒发烧,到医院拿点药,或者干脆自己到药店买点儿药。好了也便好了,不好只能归咎于“病毒性的”。遇到大病,医生幵药也是按照常规处方,摸着石头过河。患者更是糊里糊涂,听大夫的便是。至于好不好,好到什么程度,那只能说个人差异了。 岂不知,这差异就体现在基因上,而这吃药也是有讲究的。我们的基因决定了我们吃什么药管用,吃什么药不管用。正确合理的用药是未来个体化医疗的重要组成部分。据世界卫生组织统计,全球死亡患者中,1/3是死于不合理用药,而非死于自然疾病本身。 “基因指导用药” 这个概念并不等同于一般意义上的“抗生素耐药”。后者是针对侵害人体的细菌而言,抗生素是一类能够破坏细菌生理结构或生长代谢的物质。 细菌通过不断的优胜劣汰以抗拒抗生素对它们的杀灭,导致耐药菌株队伍不断壮大,这导致了细菌耐药性的出现,并且这种耐药形势在抗生素滥用的情况下不断恶化,以至于出现了“超级病菌”。 “基因指导用药”则是针对我们每个人先天的遗传基因而言,在一般情况下,基因是伴随我们一生不变的,上面提到医生常规用药,同样的病、同样剂量的药,不同患者服用后疗效可能大相径庭,比如:高血压,据不完全统计,我国现有高血压病人约2亿。高血压是心肌梗死、脑卒中发病的重要危险因素,高血压每年在全球造成的死亡超过700万人,也就是每分钟约有13个人因高血压而与世长辞。很多高血压患者有过用药、疗效不佳、换药的经历。为什么同是高血压,同样的药却结果不一样呢?答案是:基因。基因决定了一个人吃何种药有效、吃何沖药无效,甚至有不良反 应。根据现有研究表明,部分抗高血压的药物降压疗效及不良反应的个体差异主要是因为相关药物的代谢酶、转运体和受体的基因多态性所致。临床常用抗高血压药物包括利尿剂、13-受体阻滞剂(如美托洛尔、卡维地洛等)、钙离子拮抗剂、血管紧张素转换酶抑制剂 (ACE-I)、血管紧张素受体拮抗剂(ARB)等,其中大部分抗高血压药物可能因为基因多态性差异,致使不同患者个体间出现降压效应的差异。 患者当发现患上高血压时,应到相关医院咨询,医生幵具化验单检测上述基因,并在医生指导下合理选择药物,进行有针对性的用药,以免贻误病情或造成不必要的经济损失。

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段,用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因,也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法,仅检测第5-8外显子即可发现85%以上的p53基因突变。由于该法简便快速,特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法(HA) HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起,在非变性凝胶中电泳时,会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似,所不同的是SSCP分离的是单链DNA,HA法分离的是双链DNA,也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用,两者结合使用,可使突变检出率提高到近100%。 突变体富集PCR法(mutant-enriched PCR)本法的基本原理是利用ras基因家族某个密码子部位存在已知的限制性内切酶位点,如K-ras基因第12密码子的BstNI位点,第13密古巴子有BgⅠⅡ位点。用链续二次的巢式PCR来扩增包括K-ras第12、13密码子的DNA片段,在两次扩增反应之间用相应的内切酶消化扩增的DNA片段,野生型因被酶切而不能进入第二次PCR扩增,而突变型则能完整进入第二次PCR扩增并得到产物的富集。 变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradinent electrophoresis,DGGE) DGGE法分析PCR 产物,如果突变发生在最先解链的DNA区域,检出率可达100%,检测片段可达1kb,最适围为100bp-500bp。基本原理基于当双链DNA在变性梯度凝胶中进行到与DNA变性湿度一致的凝胶位置时,DNA发生部分解链,电泳适移率下降,当解链的DNA链中有一个碱基改变时,会在不同的时间发生解链,因影响电泳速度变化的程

KRAS基因突变的检测及其临床意义

KRAS基因突变的检测及其临床意义 RAS基因家族由KRAS、HRAS 和NRAS组成,基因家族各成员间同源性可达85%。RAS 基因编码p21蛋白,分子量为21KD,位于细胞膜的内表面,具有GTP酶活性,参于传导细胞增殖信号的调控系统。其激活状态为GTP结合状态,失活状态为GDP结合状态,其转变为活性致癌基因的主要部位是第12、13 和61 密码子的突变,其中以第12 密码子点突变最常见。 RAS基因是人体肿瘤中常见的致癌基因,该基因的体细胞突变常见于多种恶性肿瘤,在肺癌患者中的突变率为15%-30%,在结直肠癌患者中为20%-50%。作为EGFR信号通路下游最重要的的效应因子,KRAS在肿瘤信号转导中发挥重要作用。对KRAS基因突变的检测,可以为肿瘤患者的个体化治疗提供更确切的依据。 西妥昔单抗和帕尼单抗都是特异性针对人类EGFR胞外区的单克隆抗体。美国FDA批准该药单药用于治疗难治性结肠癌,及在放疗基础上治疗进展性头颈部癌。已知EGFR信号途径下游的基因突变则会使患者对西妥昔单抗和帕尼单抗治疗产生耐药性。2009年7月15日,美国FDA批准了对帕尼单抗和西妥昔单抗的说明书的修改,在西妥昔单抗和帕尼单抗说明书的“适应证和用法”部分明确指出,KRAS基因第12或13密码子突变的患者接受治疗无生存获益;不推荐这两种表皮生长因子受体(EGFR)抗体用于KRAS基因突变的转移性结直肠癌(mCRC)患者治疗。根据这一提示,临床医生可以将KRAS基因突变的患者排除在接受抗EGFR单抗治疗之外,重新安排其接受其他药物替代治疗,避免对不能获益的患者进行不必要的治疗。 此外,研究表明,K-ras基因突变状态与非小细胞肺癌对吉非替尼、厄罗替尼等靶向治疗药物的原发性耐药有关,直肠癌患者中K-ras的突变对西妥昔单抗等药物的耐药性有关。美国国家癌症综合网络(NCCN) 2011年版临床治疗指南指出:K-ras基因突变是EGFR酪氨酸激酶抑制剂疗效的预测指标,肿瘤患者在接受EGFR靶向药物治疗前必须进行K-ras基因突变检测,以帮助决定患者是否接受EGFR酪氨酸激酶抑制剂类药物(易瑞沙/特罗凯/埃克替尼等)治疗。携带K-ras永久激活性突变的患者本检验所不建议使用EGFR酪氨酸激酶抑制剂类药物(易瑞沙/特罗凯/埃克替尼等),建议使用靶向的Ras抑制剂药物治疗。 作为RAS/FTI(法尼基转移酶抑制剂)的安卓健通过抑制Ras 的活性,进而影响其下游讯息传递因子,包括抑制PI3K 的表现量与降低Akt 的磷酸化程度;以及活化AMPK促使TSC1/TSC2 结合更紧密,进而大大的降低mTORC1 的活性,开启癌细胞的自噬作用机制;安卓健同时会活化MEK1/ ERK1/2 的路径,促进癌细胞的自噬作用机制;另外,安卓健会使线粒体不稳定,降低Bcl-2、Bcl-XL 与MCl-1 的蛋白质量,使癌细胞程序性凋亡。由于安卓健能同时诱导癌细胞启动自噬作用与程序性凋亡的机制,而实验室的细胞毒性测试亦指出安卓健对多数的癌细胞(脑癌、淋巴癌、血癌、肺腺癌、乳癌、肝癌、胰脏癌、胃癌、直肠癌、前列腺癌与膀胱癌等) 都有药用效果。 上海佳辰投资发展有限公司联合上海张江转化医学研发中心研发K-ras基因突变检测,详细如下: 检测内容:K-ras基因突变 检测方法:ARMS法 主要材料:ABI荧光定量试剂盒 主要设备:ABI 7500荧光定量PCR仪 检测项目和样本类型:

基因检测基因分型指导临床个体化用药

基因分型检测指导个体化用药 据联合国世界卫生组织统计,全球死亡患者中三分之一是死于不合理用药,而非死于自然疾病本身。我国卫生部药品不良反应监测中心的数据为:住院病人中,每年约有19.2万人死于药品不良反应;家庭用药不良反应需要住院治疗的病人则多达250万人。 人们对药物毒副作用不重视是药物不良反应的重要原因。处方中的剂量多是常规剂量,对患者来说未必准确,没考虑个人代谢耐受因素,长期过量用药,很可能导致慢性药物中毒。 基因组的多态性是导致药物反应多态性的重要因素。实际上,每个人有自己特有的药物代谢基因,决定着药物的代谢和耐受剂量,只有根据自己的耐受剂量服药,才是最合理的安全剂量。进行药物代谢相关基因型检测,合理调整用药剂量,使长期用药更安全,毒副作用更小,效果更好。 药物基因组学正是从已知基因对药物效应的影响,确定药物作用的靶点,研究从表型到基因型的药物反应个体多样性。从基因水平研究证明和阐述药物疗效以及药物作用的靶位、作用模式和毒副作用。揭示药物反应多态性这些差异的遗传特征,鉴别基因序列中的差异,并以药物效应及安全性为目标,研究各种基因突变与药效及安全性之间的关系。通过对药物疗效与安全性的遗传体质评估,减少药物毒副作用及耐药现象发生,实现“个性化用药”的目标。 我们第四军医大学药学系药物基因组教研室经过研究,已开发了结核病用药指导的基因检测,乙肝治疗药物拉米夫定、抗凝剂药物华法林以及铂类、5-氟尿嘧啶、巯基嘌呤类等肿瘤化疗药物的用药指导基因检测项目,倡导基于基因分型的个体化合理用药。同时还开发了人乳头瘤病毒筛查与宫颈癌预警项目。 1.结核病用药指导的基因检测: 近年来,结核分枝杆菌耐药现象日趋严重,大大削弱了抗结核药物的疗效。目前结核菌的耐药性问题已成为结核病疫情上升和难以控制的一个重要原因。研究表明,结核分枝杆菌基因中基因突变所引起的耐药性是结核分枝杆菌产生耐药的主要方式。多数导致结核分枝杆菌耐药的基因突变机理比较明确,异烟肼、利福平、乙胺丁醇是一线抗结核药物。kat G 基因的点突变与异烟肼耐药性密切相关,kat G 基

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段,用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因,也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法,仅检测第5-8外显子即可发现85%以上的p53基因突变。由于该法简便快速,特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法(HA) HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起,在非变性凝胶中电泳时,会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似,所不同的是SSCP分离的是单链DNA,HA法分离的是双链DNA,也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用,两者结合使用,可使突变检出率提高到近100%。 突变体富集PCR法(mutant-enriched PCR)本法的基本原理是利用ras基因家族某个密码子部位存在已知的限制性内切酶位点,如K-ras基因第12密码子的BstNI位点,第13密古巴子有BgⅠⅡ位点。用链续二次的巢式PCR来扩增包括K-ras第12、13密码子的DNA片段,在两次扩增反应之间用相应的内切酶消化扩增的DNA片段,野生型因被酶切而不能进入第二次PCR扩增,而突变型则能完整进入第二次PCR扩增并得到产物的富集。 变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradinent electrophoresis,DGGE) DGGE法分析PCR 产物,如果突变发生在最先解链的DNA区域,检出率可达100%,检测片段可达1kb,最适

preMiD基因突变检测技术原理和应用

preMiD?基因突变检测技术原理和临床应用简介: 原癌基因和抑癌基因的驱动突变(driver mutation)是肿瘤特有的标记。以PreGen-Plus?筛查大肠癌4基因突变的粪便筛查被FDA批准为标志,更多突变检测肿瘤的新技术和产品处于临床开发阶段。自主创新的preMid?技术可一次检测38个基因198突变点,覆盖包括胰腺癌、肺癌、乳腺癌和胃癌等14种肿瘤,国际上第一次实现多突变的血浆检测。临床验证preMid?技术可实现癌症(超)早期,疑似患者的辅助诊断和术后复发的实时监控,总体准确率可达80%。 正文: 原理: 1. 突变——肿瘤特异标志。 癌症是基因突变累积的结果。“所有癌症的发生,都源自脱氧核糖核酸(DNA)序列的异常。”国际癌症基因组联合计划参与单位之一、英国剑桥大学桑格研究所首席科学家斯特拉顿教授指出。 癌变的形成要经过8--10年甚至更长,而这漫长的时间其实就是一个多基因突变并累积的过程(图1)。肿瘤相关基因可分为原癌基因和抑癌基因,其中起主要作用的突变属于驱动型突变(driver mutation)。当抑癌基因突变失去抑制癌症作用,或原癌基因突变激活,就会诱发癌症。正常细胞在向癌细胞转化的过程中,发生多种不同原癌基因和抑癌基因突变。 图1 肿瘤是基因突变的结果 相比临床检测中常规使用的肿瘤蛋白血清标志物,突变无疑是更特异的肿瘤标记。 2009年12月,桑格研究所在《自然》杂志上刊文宣布,他们率先在世界上破译肺癌、

皮肤癌和乳腺癌等5种肿瘤全部基因密码,绘制出相应的肿瘤基因突变图谱(表1)。 表1 5种癌症基因突变相关数据 Nature.2010.8;466(7308):869-873. 2.循环DNA是检测突变的重要来源 肿瘤起源DNA存在于血液循环DNA中。循环DNA存在于血清或血浆、滑膜液和脑脊液等体液中的非细胞里面存在的片段,亦称细胞游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)。 早在1947年Mandel和Metais就发现循环核酸;30年后Leon等研究表明肿瘤患者外肿瘤患者cfDNA水平大大高于正常人1989年Stroun等发现血液游离DNA具有肿瘤细胞DNA的一些特征;5年后研究者在肿瘤患者的血浆和血清中检测到癌基因突变,与原发肿瘤一致。 图2 肿瘤cfDNA来源示意图 肿瘤细胞cfDNA如何进入血液,目前认为:1) 循环肿瘤细胞或微转移灶的裂解;2) 肿瘤细胞的凋亡;3) 肿瘤细胞坏死;4) 肿瘤细胞自发性释放。 cfDNA突变检测具有特异、实时且无创等突出特点,无疑是肿瘤早期筛查、辅助诊断、预后判断及跟踪复发等有效靶标。

基因变异的研究方法与进展

基因变异广义上说就是指基因结构变化从而产生了可遗传的变异。也就是说DNA水平上的突变造成的基因改变。而这一突变过程可能有很多原因,有自发性的,比如DNA配对过程中的装配错误,也有外源性的诱导因素,如物理,化学,生物因素等造成染色体结构改变或者基因结构的直接变化。 突变的形式多种多样,常见的有:点突变,即一个或多个核苷酸发生了改变;框内突变指的是3个或是的倍数的碱基缺失或插入导致的突变,使基因丢失或增加1个或几个氨基酸;除此之外,还存在着DNA大片段的缺失,通常是指几百个bp至几十个kb的碱基缺失或复制。 这其中,最常见的莫过于点突变,他是指一个或者几个核苷酸的缺失或改变,通常会形成三种类型,第一种是同义突变,即碱基替换后,虽然密码子发生改变,但编码氨基酸没有改变(遗传密码的兼并性),亦称静止突变,第二种是错义突变,指的是碱基替换,密码子发生改变后,编码氨基酸亦发生改变,编码另一个氨基酸,第三种是无义突变,即碱基替换后,使编码氨基酸的密码子变成一个终止密码子。 基于上述的变化,常见的基因变异研究方法有如下几种 一、筛选性方法 有人将这类方法分为2类,根据电泳性质不同及其他包括化学修饰法等 1 RNase 法 该法是一种最早提出的检测DNA突变的方法口。其原理是RNase可以识别RNA:DNA或RNA:RNA杂交链中错误配对的碱基并将其切断。经聚丙烯酰胺凝胶电泳将正常链及被切断的含有突变点的链区分开来。杂交方法是将同位素或其它方法标记的正常野生型RNA 片段与相对应的待测DNA 片段混合,90"C

左右变性并在室温下复性形成杂交分子。当待测DNA 片段中存在碱基突变时,在该位点上二条链不能正常配对,便成为RNase的识别和切割位点 2 DGGE、CDGE、TGGE、TSGE法 梯度变性凝胶电泳(DGGE)原理是当双链DNA在梯度变性的聚丙烯酰胺凝胶中行进到与DNA变性温度(熔点温度)一致的凝胶变性浓度位臵时,DNA 发生解旋变性此时电泳速度迅速降低。而当解旋的DNA链中有一个碱基突变时,将会影响其电泳速度变化的程度,从而将正常与突变的DNA区别开。 CDGE(constant denatural gel electrophoresis)法通过预实验或理论计算预先精确确定待测DNA片段的熔点温度后采用单一变性浓度凝胶电泳,简化了DGGE 法的操作 类似于CDGE法,TSGE (temperature sweep gel electropnoresis)法则取消了温度梯度而代之以单一温度 这类方法的优点是:(1)检出率高,~100 (2)可用于分析突变——正常DNA 混合样品;(3)可以回收分离出的DNA 片段;(4)可以直接测定未经扩增的DNA 。这类方法的缺点也很多,如(1)分析片段较小,<500 bp;(2)需要制备昂贵的GC clamp(3)需要事先经过复杂的计算机处理计算熔点温度或预试验确定变性条件; (4)位于高度富含GC的片段中的突变可能漏检。鉴于以上不利因素,DGGE等一类方法有逐渐被SSCP(单链构象多态性)法取代的倾向。尽管如此,这类方法一经建立,应用十分方便,适于大规模样品分析 3 SSCP法 单链构象多态性(single strand conlotraation polymorphism,)是在非变性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA或RNA分子依其碱基序列不同而形成不同构象,

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