ImageJ分析电泳条带灰度

ImageJ分析电泳条带灰度
ImageJ分析电泳条带灰度

教你使用ImageJ分析电泳条带灰度比-ImageJ使用教程

摘要:ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。

step 1.首先打开软件后,开启图档

step 2.请先做校正,选择Analyze底下的Calibrate选项,再选择校正的模式,使用Uncalibrate OD,再按ok

按下ok之后会出现校正的图形

Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项),再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1),此时框架中会出现一个号码1,之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2),当然可以一直加下去,最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。

Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度,此时可以看到有几个比较高的区段,就是我们想定量的band,使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band 的区域和没有band的区域分开再,使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。

Step 5.当我们点选分析时,在result的对话视窗会出现分析的数据,依序点选就会出现每个band的值。

注:当我们选择分析的条带也可以是横向选取,就可以只比较相同大小的DNA的含量,同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。

用ImageJ对Western DNA和Blot图片灰度分析

用ImageJ对W estern Blot图片灰度分析 教程收集于互联网来源中生网 The good news is that even if you don't have access t o a photo editing program such as Photoshop, you can now do all the same analyses using free programs. My favorite option is the freely available ImageJ from the National Institut es of Health. The homepage for ImageJ is here: https://www.360docs.net/doc/015509980.html,/ij/index.html wherein you can find links t o the download, document ation, additional plugins and so on. Once ImageJ is inst alled, open it up and open your scanned film file. We'll start the ImageJ section by duplicating the method outlined above for Phot oshop. 1. Open your file. 2. Under Image>Type click on 8-bit t o convert the image to grayscale. 3. Go to the menu Process>Subt ract Background. Try a rolling ball radius of 50. This removes some of the background coloration from your image. 4. Go to Analyze>Set Measurements, and click the boxes for Area, Mean Gray Value, and Int egrated D ensit y. 5. Go to Analyze>Set Scale, and ent er "pixels" in the box next t o Unit of length. 6. Go to Edit>Invert (or hit Ct rl+Shift+I) t o invert the colors on the image. Now the dark areas are light, and the light areas are dark. As outlined above, this has the benefit of making the measured values for bands increase with increasing prot ein expression. 7. Choose the F reehand Selection tool from the t ool palette. 8. Draw a line around the boundary of your first band. As above, you need to use your own judgement about

imagej荧光定量方法

1、安装后首先打开ImageJ: 2、 3、 4、黑白反转(因为对于光密度(OD)来说越白数值越小,纯白为0;越黑数值越大,纯黑理论上是无限大。因此我们 5、校正光密度(软件默认为测量灰度,因此我们要改为更加适用的光密度,其中原理不是一两句话能说得清的,这里 在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD,并下界面左下方勾选Global calibration,然后点击右下角的OK 点击OK后会跳出校正后的光密度曲线: 如不勾选Global calibration,光密度的校正只对这张图片有效,一般分析都要分析多张图片,所以需要勾选,勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片,不勾选Disable Global Calibration,勾选Disable these Messages 6、 量单位的选择只对这张图片有效),最后点击OK 7、 只测量我们选中的范围,如不勾选侧会测量整张图片数据),选择后点击OK 在弹出来的界面点击OK 9、 10、记录数据并计算: 结果中的Area为选择范围的面积,如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积;IntDen就是所选范围的IOD (光密度的总和)。 结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。 (/pixel)用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度,以这张图片的数据为例,即: 同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。 以下附上分别应用Image-Pro Plus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比: 从结果的对比看来ImageJ与IPP(Image-Pro Plus)的分析结果是基本一致的

用imagej进行WB定量分析

ImagJ是一款简单的图像处理与分析软件,可以用来进行WB定量分析。 一、利用ImagJ对WB条带进行灰度分析 1、File——》open 打开WB片子 2、把图片转化成灰度图片 image——》type——》8-bit 3、消除背景影响 process——》subtract background 选择50基本可以 4、设置定量参数 analyze——》set measurements,点击面积,平均密度和灰度值及Integrated Density 5、设置单位 analyze——》set scale ,在“unit of length”的方框里输入“pixels” 6、把图片转换成亮带,Edit——》invert 7、选择Freehand Selection,尽量把条带圈起来,点击键盘m,出来IntDen灰度值 当测定完所有条带,选结果中的“Edit ”的“SelectAll”,然后复制数据“IntDen”到Excel表即可进行分析 8、复制数据IntDen进行分析 二、利用ImagJ对WB条带进行密度分析 1、File——》open 打开WB片子 2、如条带不正,需修正 image——》transform——》rotate 调节angle值,直到条带水平为止 3、选中矩形选项,圈中第一个条带,然后analyze——》gels——》select first lane(快捷键ctrl+1),然后移动第一个条带上的矩形到第二个条带上,analyze——》gels——》select second lane(快捷键ctrl+2),最后analyze——》gels——》plotlanes 4、选中直线工具,将开口的波峰关闭 5、选中魔棒工具,点击波峰可以显示波峰下面积,即条带的密度值 6、以第一个数值为基数,其他数值与第一个数值的比值为相对密度 The protocol of imageJ for quantitative analysis of Western blotting: - open an image - transfer the image to 8-bits image → type: 8 bits - Process → substract background 50 - analyze → set measurements: pick area, mean gray value, integrated density. - analyze → set scale, fill “unit of length” with “pixels” - switch the image to bright bands edit → invert - freehand selection, choose the target area on the im age (e.g. a band), type a “m” for measurement, then we get the result from a new window. - after measuring all of the bands, pick the “edit” of the result window. “select all”, copy the integrated density values to excel to analyze.

westernblotting蛋白质印迹实验的流程

实用标准文案 细胞总蛋白的提取 (1)离心后,弃去上清液,将收集的细胞用手指轻弹重悬于剩余的少量上清液中,转移至1.5ml 离心管内,用1×PBS溶液洗涤2次,每次加入1mL PBS溶液,1000r/min,4℃离心5min,弃上层液体。洗涤两次后,将上清液完全去除,用手指轻弹细胞团,使其分散重悬(若不分散,则无法与裂解液充分混匀)。 (2)每管加入细胞团等体积的含蛋白酶抑制剂cocktail的RIPA细胞裂解液;如需检测磷酸化蛋白,则需另加入磷酸酶抑制剂。使细胞裂解液与细胞充分混匀,冰上裂解30min。如暂不提取蛋白,也可在洗涤细胞2次后加入含蛋白酶抑制剂cocktail和磷酸酶抑制剂的1×PBS约100μL,1000r/min,4℃离心5min后,完全弃上层液体,置于-80℃冰箱保存备用。 (3)冰上超声处理细胞,每次超声2s,间隔3s,约10-20次。 (4)13000r/min,4℃离心15min,收集上清溶液至另一干净并预冷的1.5mL离心管中,于-80℃冰箱保存备用。 2. BCA法测定蛋白质浓度 (1)配制工作液 根据标准品及待测样品的个数,按BCA试剂A和试剂B体积比为50:1配制足量BCA工作液,充分混匀,置于常温备用。 (2)配制标准品 取原标准品BSA(2mg/mL)约100μL,取出50μL,用ddH2O按对数法稀释成如下浓度:1mg/mL、0.5mg/mL、0.25 mg/mL、0.125 mg/mL、0.0625 mg/mL;设置96孔板第

一横排第一孔为空白孔,第二横排第一、二孔加入20μL 1×PBS,从第三横排起,精彩文档.实用标准文案 按浓度梯度由低到高依次取20μL标准品至96孔板中,每一浓度做2个平行孔。 (3)稀释待测样品 取5μl待测蛋白样品,用ddH2O稀释到50μL,分别取20μL至96孔板中,每一浓度做2个平行孔; (4)分别加入200μL BCA工作液到蛋白标准品及待测样品中,轻轻混匀,并去掉每孔中的气泡,置于温箱37℃孵育30min。 (5)将96孔板取出后用酶标仪测定OD570nm值。 (6)根据标准品的OD570nm值绘制标准曲线,并根据标准曲线计算得到待测样品的蛋白质浓度。 蛋白质变性 (1)根据预计将要上样的蛋白质样品质量(25μg-50μgμg,是蛋白质而定),取适量体积的蛋白质样品于预冷的EP管中,加入5×SDS上样缓冲液(体积约为蛋白质样品体积的25%),通过调节上样缓冲液的体积将各样品混合液的终体积调节至相仿。用封口膜将离心管封口,7000r/min离心点离样品混合液3s,使其混合均匀。 (2)将放置样品混合液的架子置于盛有适量dd H2O的磁盘中,用电磁炉加温至100℃,煮沸5min。点离样品,使其混合均匀。

imageJ中文开发教程

ImageJ开发教程 (苑永超整理,仅供参考,勿作商业用途) 目录 一、ImageJ简述 (2) 二、ImageJ内部结构 (3) 三、ImageJ通过插件扩展功能的方法 (4) 三、插件编辑、编译、运行与部署 (6) 四、主要的包介绍 (8) 五、重要类方法介绍 (10) 1、创建图象和图象栈 (10) 2、创建图象处理器 (11) 3、载入和存储图象 (11) 4、图象参数 (11) 5、操作像素 (11) 6、图象转换 (12) 7、直方图与图象统计量 (12) 8、点运算 (12) 9、滤波器 (13) 10、几何运算 (13) 11、图形运算 (14) 12、显示图象和图象栈 (14) 13、图象栈上的操作 (15) 14、感兴趣的区域 (16) 15、图象属性 (17) 16、用户交互 (17) 17、插件 (18) 18、窗口管理 (19) 19、其他函数 (19) 六、学习资源 (20)

ImageJ官网(https://www.360docs.net/doc/015509980.html,/ij/index.html)上有英文的用户手册和教程,以及一些例子。本教程主要是为看英文比较累的朋友提供一些快速的入门。如果想在ImageJ上开发自己的图象处理算法,建议先熟悉java编程知识。本教程基本不对ImageJ菜单中提供的各种文件操作、图象编辑、图象处理、图象分析等功能作详细介绍,请读者自行探索;也不准备介绍数字图象处理的各种算法和操作,本文假定读者是图象处理方面的专业人士,本教程的重点是如何进行二次开发,如果不特别指出,文中的部分内容和例子都为ImageJ软件包自带或采自相关书籍(如《数字图像处理-java语言描述》),中文注释是后加的。 一、ImageJ简述 图象处理的流程无外乎就是打开图象数据文件,将图象数据加载到内存,然后对该内存中的图象数据进行一系列处理(分割、检测、滤波、合成、识别、显示等等),最后可能还需要将处理结果保存成某种格式的文件。 对于一般的用户来说,类似ACDsee之类的傻瓜式的软件足够了。但是科学人士除了希望有广泛的、成熟的处理算法库可以直接调用外,一般还希望开发自己的特有的图象处理算法、特有的图象处理步骤、甚至特有的交互过程。ImageJ就是这样的工具软件。 ImageJ是基于Java的,ImageJ在设计上实现了一个可以扩展的基本框架,开发人员可以通过其提供的接口来扩展图象处理功能。ImageJ提供了很多现成的功能,这些功能可以通过菜单来调用,也可以调用相应的类的方法的API。 用户只要按照接口要求开发好自己的处理模块,并按照要求部署和配置,Image就可以自动加载和调用。 ImageJ是完全开源和免费的,特别适合教学和科研。其关键的特征有: 1、在菜单上集成了一系列的交互式工具,用于创建、加载、编辑、分析、 处理、保存图象,支持常见的图象文件格式。 目前,ImageJ主菜单上的集成的主要功能: ! File: 打开、保存、创建新的图象文件。 ! Edit:图象的编辑和绘制操作。 ! Image:图象的修改、转换、几何操作。 ! Process:图象的点运算、滤波器、以及多幅图象之间算法操作。 ! Analysze:对图象数据进行统计分析、用直方图或其他格式显示出来。 ! Plugin:编辑、编译、执行、管理用户自己定义的插件。 2、提供简单的插件机制,帮助开发人员专注于自己的图象处理过程的开 发,从而扩展ImageJ的功能。 3、提供宏语言或javascript脚本以及解释器,可以通过组合现有的函数, 来实现客户化的处理过程。这种方式不需要用户具有Java知识。此外 还有一些使用其他脚本语言扩展的方式。 用户要想在ImageJ的基础上扩展自己的图象处理功能、进行二次开发,需要了解Image内部结构。

WB灰度值测定

Image J测到了WB条带灰度值关于用Image J量化westernblot条带灰度值,在网上一直盛传着两种操作方法,然鹅~小伙伴们却一直不确定到底哪种才是正确的测量灰度方法,甚至将灰度与光密度弄混淆。今天咱们一起就这个机会学习下,请先看看你是用以下那种方法测量灰度值?以下是两种方法的具体操作。 方法一:1、打开Image J软件→左上角file→Open 选择自己的条带图片(事先把条带摆正)2、把图片转化成灰度图片:Image→type→8-bit 3、第一个矩形工具→选上所有条带 4、analyze→Gels→select first lane→Gels→plot lanes(在这第四步也可以分开选取,如:框选第一个条带→analyze→Gels→select firstlane→将第一个框拖移到余下条带→Gels→select nextlane) 5、选中直线工具,将开口波峰关闭

6、选中魔棒工具(正数第七个),点击波峰,就得出所有area值。 方法二 1、打开Image J软件→左上角file→Open 选择自己的条带图片(事先条带弄正) 2、把图片转化成灰度图片:Image→type→8-bit 3、扣除背景:Process→Subtract Background→50pixels 并勾选Light Background 5、设定参数:Analyze→set measurement→勾选Area、Mean gray value、Min & max gray value、Integrated density 6、Analyze→set scale→unit of length选项里改为pixels,确定

imagej荧光定量方法

1、安装后首先打开ImageJ: 2、打开要分析图片:File>open(热键为Ctrl+O) 3、转换成8bit的灰度图:Image>Type>8-bit 4、黑白反转(因为对于光密度(OD)来说越白数值越小,纯白为0;越黑数值越大,纯黑理论上是无限 大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转,不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小):Edit>Invert(热键为Ctrl+Shift+I) 5、校正光密度(软件默认为测量灰度,因此我们要改为更加适用的光密度,其中原理不是一两句话能说 得清的,这里忽略):Analyze>Calibrate 在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD,并下界面左下方勾选Global calibration,然后点击右下角的OK 点击OK后会跳出校正后的光密度曲线: 如不勾选Global calibration,光密度的校正只对这张图片有效,一般分析都要分析多张图片,所以需要勾选,勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片,不勾选Disable Global Calibration,勾选Disable these Messages

6、选择测量单位(一般选择象素,如有明确的比例,也可以选择相应单位):Analyze>Set scale 点击后在弹出的界面里点击中间的click to Remove Scale,并勾选下面的Global(同样的,如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效),最后点击OK 7、选择测量项目:Analyze>Set Measurements 在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrated density,并勾选下面的Limit to threshold (这个选项是指只测量我们选中的范围,如不勾选侧会测量整张图片数据),选择后点击OK 8、选择测量域值:Image>Adjust>Threshold(热键为Ctrl+Shift+T) 滑动弹出界面中间的滑块选择适合的域值,以使的你图片中的细胞或待测目标刚好全部被选中,选好之后点击右下角的Set 在弹出来的界面点击OK

image_j的中文使用方法-值得借鉴哈

ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。 step 1.首先打开软件后,开启图档 ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。 step 1.首先打开软件后,开启图档

step 2.请先做校正,选择Analyze底下的Calibrate选项,再选择校正的模式,使用Uncalibrate OD,再按ok 按下ok之后会出现校正的图形

Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项),再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1),此时框架中会出现一个号码1,之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2),当然可以一直加下去,最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。

Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度,此时可以看到有几个比较高的区段,就是我们想定量的band,使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再,使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。 Step 5.当我们点选分析时,在result的对话视窗会出现分析的数据,依序点选就会出现每个band的值。

注:当我们选择分析的条带也可以是横向选取,就可以只比较相同大小的DNA 的含量,同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。 使用ImageJ 分析图像中的颗粒数 [https://www.360docs.net/doc/015509980.html,] 原创教程,转载请保留此行 1,到本站资料下载-实用小工具栏目下载 ImageJ 并安装。 2,打开ImageJ并打开要分析的图片。请看演示图片。 3,把图像二值话或者设定阈值。选择Image - Adjust - Threshold... 根据提示设定你需要的阈值。这一步非常重要,关系到结果的正确性。设定阈值的标准就是把是颗粒的地方都突出出来。示例中颗粒都被染成了红色。

两分钟学习凝胶分析软件BandScan

两分钟学习凝胶分析软件BandScan(Step by step ) 转载请注明来自丁香园 发布日期: 2005-07-02 12:14 文章作者: palmyard 文章编辑: admin Step by step to BandScan >>By Palmyard. 按:现在有很多常用的分子生物学软件,但对于初学者,尤其是不太擅长计算机者,使用起来有相当难度。琢磨说明书,或者自己一点点试验,难免觉得头绪纷繁,乃至兴味索然。后来我发现,其实用一个实例,从头到尾示范一遍,可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。其他的一些情况就可以自己去摸索了,这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件STEP BY STEP的系列。这个想法在心里很久了,但是一直没有时间付诸实践,的确是因为没有较为空闲的时间。今天就从BandScan这个软件开始。由于不是很熟悉制作过程,奋战一整天,终于完成了第一个实例学习。 BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件,我们用它重要是为了分析蛋白表达量。现在,我就以我自己表达的一个蛋白图,来示范这个软件分析的过程。最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。 1.安装软件BandScan5.0。主程序可以在网上找到(请搜索以往的帖子或用google搜索BandScan_dl.exe)。安装以后加个补丁(如果找不到补丁可以email我zhuzhang@https://www.360docs.net/doc/015509980.html,,这有4.3、4.5和5.0的补丁,请尽量自己先找一下)。 2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。双击打开。 3.打开后的界面如图。

.打开一张扫描好的电泳图。BandScan可以识别TIF和JPG格式的图片,很方便。打开工具栏上的file/open tiff,jpg file format,选中待分析的图片。

分析测量图象软件Imagepro(DOC)

分析测量图象软件Imagepro-Plus教程 一、入门 Imageproplus(IPP)的主要用途是分析测量图象。本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间,写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得,并总结一下使用方法。 如果你是刚接触IPP,最好先从本帖看起,并同时打开你电脑上的IPP程序照着操作。学会一个软件需要花一段时间的,两分钟不可能学会。两小时也太短。但我相信,照着我这几个帖子作下来,至少是可以用IPP干一点事情了。 打开IPP后的界面是这样的,该从何处下手呢?

既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛 这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的“量”。对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。 所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,这部分区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。 对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,就这张图片来说,AOI是黄色区域,因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。 点击measure---count/size,弹出分类测量窗口

在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。用好这个工具是使用IPP的要点。

westen blot 免疫蛋白印迹实验步骤

Western blot 实验步骤 ——2018.8.8 一、样品及溶液准备 1、匀浆器:上海净信科技有限公司 线虫蛋白提取:5000条线虫加300μL western及IP裂解液(10:1加入PMSF),研磨三次,(设置:研磨45s停止30s),提取蛋白量约1500-2500mg/ml。 2、溶液 ①5*电泳液:Tris-base(三甲基氨基甲烷)15.1g,甘氨酸72g,SDS 5g,加水至1L,室温保存,使用时稀释10倍。(稀释5倍,BIO-RAD电泳仪器不能维持恒压,marker很难跑全条带)。 ②5*Transfer buffer :Tris-base 15.1g,甘氨酸72g,加800mL,使用时,稀释4倍,每800mL加200mL甲醇(就是用的时候,取200mL 5X溶液,稀释成800mL,再加200mL甲醇就可以用了)。 ③5* TBS buffer:NaCl 40g,KCl 1g,Tris base 15g,溶于750mL水,浓HCl 调整PH7.4,加水至1L。使用时稀释5倍。 ④TBST:500ml TBS中加入1mL Tween20 ⑤5%封闭液:10g脱脂奶粉加入200mLTBST。 二,电泳 (一) 制胶 不同蛋白质分子量适宜使用的分离胶浓度范围如下: 1.0mm胶一般需要5ml分离胶溶液,1.5mm一般需要7ml分离胶溶液

(加入TEMED后容易凝固,可以加大量2-3倍,以加速凝固) 加入到玻璃板之间距离上缘1cm处,水封闭上层液体,达到除气泡和压胶目的。肉眼确定水和分离胶之间出现明显的分离后,确定分离胶已完全凝结,倒掉水,并用滤纸吸掉残留在分离胶上的溶液。 将配制好的浓缩胶加到分离胶上层,加满,插入梳子。 待胶干后,保鲜膜包好(保留梳子)。胶可提前一天制好,室温放置以便充分交联,也可现用现制。 (二)电泳 1,BCA测定的蛋白浓度,并定量到同一浓度后,5*SDS loading buffer按1:5加入到样品中,100℃加热10min 蛋白变性,12000rpm离心1min 取上清。(可以将样品全部变性后-80℃保存,更方便使用) 2,将制好的胶板,固定于电泳仪器中,并倒入0.5* Running buffer直至浸没整个胶版(内层高于外层),在电泳缓冲液的浸润下慢慢拔去插槽,形成上样孔。 拔出梳子,marker 5ul/孔,样品一般20ul/孔(最大容纳量35u),浓缩胶60 V(约

nano measurer1.2_imagetool3.0和imagej粒径面积图像分析软件使用方法分布计算的测量方法

Nano Measurer 1.2;ImageTool (IT) 3.0 ;imageJ,统计粒径、孔径、孔面积,孔的总面积,角度等三款图像分析软件使用方法 一、Nano Measurer 1.2 粒径分布计算 1.文件/打开图像文件 2.对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线(图中红线)/设置/标尺 3.对话框中输入实际长度100,单位um/确定

4.用鼠标在所需测量的孔上划距离,得到有序号的标记 5.点击报告/查看报告/跳出统计报告和柱状图 6.点击图中下方“统计报告到出…,得到下方数据,ok!!!!

******************Nano Measurer 1.2.5******************* ******************************************************** ==================Basic report================== Total 35 Max./um 29.50 Min./um 1.69 Mean/um 15.14 No. Particle size/um 1 22.02 2 21.04 3 12.67 4 13.71 5 24.12 6 23.83 7 17.05 8 29.50 9 13.05 10 24.53 11 13.59 12 22.75 13 20.25 14 11.90 15 18.01 16 22.56 17 14.35 18 16.36 19 1.88 20 16.07 21 18.21 22 12.51 23 24.28 24 17.36 25 21.25 26 13.09 27 18.84 28 1.69 29 4.21 30 3.37 31 2.66 32 5.06 33 16.03 二、ImageTool (IT) 3.0 统计粒径、孔径、孔面积,孔的总

蛋白灰度分析总结-sssholy

蛋白灰度分析总结 By sssholy 2012-08-26 (stejun@https://www.360docs.net/doc/015509980.html,) 蛋白灰度分析软件有:Image-Pro Plus,Quantity One,Image J等~~ 但总的来说: (1 能准确反应蛋白灰度~~ 但需要靠魔棒或轨迹法选取目的蛋白区域,有一定的主观性,不过蛋白灰度测定本身就是半定量分析-----测量值本身就没有一定标准,不同软件测量值不同,即使相同软件重复测量数值也不一定相同,因此只要测定数值能反应目的蛋白变化趋势,测量值相对偏差不大即可~~~ (2)Quantity One 有泳道-轨迹测定法,等高线/手绘选取目的区域测定法等方法。ⅰ.泳道-轨迹测定法: 过程:先剔除一系列背景,再选择泳道(lane),然后分析条带(band),最后使用高斯建模得出灰度分析值(Gauss Model trace) 特点:感觉比较科学,重复性好,但十分繁琐,而且有时不能正确反应灰度(我亲测过,亲~~)。 ⅱ.等高线-手绘选取目的区域测定法:通过等高线或手绘选取目的蛋白区域,最简便,但重复性不太好。 (3)Image J 最坑爹~~~,它用魔棒选取区域测定灰度,可是有时很难选中所需区域,而且方法繁琐,不推荐!! 在此,只总结综合性能最好的Image-Pro Plus(IPP)蛋白灰度分析方法~~~~

Image-Pro Plus 分析蛋白灰度教程 说明:目的蛋白的灰度=目的蛋白IOD值/ 相应内参IOD值 1.使用Photoshop剪切出目的区域(只含western bolt条带,如图),保存为 TIFF格式文件。 2.Image-Pro Plus打开文件,剔除背景: (1)放大镜放大目的区域 (2)M easure---calibration---intensity---options----image, 选择背景最大value值------ok-------ok----system----close (3) Measure---count/size---measure---select measurements,选择IOD为测量值,调整结果显示方式:Options-label style改为mesurement,选择IOD为显示值。(4)接下来有2种方法选择目的蛋白区域(即找出AOI,area of interest, IPP核心元件):魔棒和手绘轨迹法。 魔棒:首选方法,客观科学,适合于蛋白条带轮廓清楚且各蛋白条带不融合 目的蛋白区域)。 手绘轨迹法:主观性较强,当魔棒无法选择单一条带时才使用。 (5)count/size---edit-----convert AOI to object---得出IOD值 (6)若测下一条带,则点NEW AOI按钮,再按以上方法选择AOI (7) 可以count/size---view---measurement data显示或输出测量值 图示过程如下:

Image-J-对Western-Blot进行灰度分析

Image J 对Western blot 条带进行灰度分析 Image J软件:Windows 版本 第一步:软件安装 1.下载地址:https://www.360docs.net/doc/015509980.html,/ij/download.html 2.下载windows 32位带Java版本,双击软件安装。 第二步:界面介绍 1.软件界面 第三步:图片分析 1.下图为样板图片 2.导入图片:File> Open> Sample1.jpg 图片导入后,Sample1.jpg在新的窗口中打开

3.图片类型设置:Image> Type> 8 bit 4.去除图片背景:Process> Subtract Background> …

4.1Subtract Background 窗口:Rolling ball radius 设为50 pixels, 勾选light background,可选preview,点击“OK”确定 5.工具栏:选择“矩形选框”

6.最大化“Sample1.jpg”窗口,便于矩形选择,矩形选择第一个泳道 7.标记“矩形选框”为1:矩形选择后,调整矩形至合适大小,按下数字键 “1”,或者Analyze> Gels> Select Fist Lane。 8.选择“泳道2”:拖动“1”的矩形框,会出现两个矩形选框,拖动矩形框 至泳道2,调整位置,并按下数字键“2”,Image J 会自动调整大小使“矩形框2”与“矩形框1”保持同一水平。 9.继续拖动,会出项新的“矩形选框”,调增至泳道3,并按下数字键“2” (注意:是按下数字键“2”),重复9至6个泳道全部选择。 10.所有泳道选择后,按下数字键“3”,出现分析图谱。

蛋白免疫印迹半定量分析在药理学研究中的影响因素

基金项目:国家自然科学基金委优秀青年科学基金资助项目(81322050);教育部新世纪优秀人才项目(NCET-12-0072);北京市科技新星项目(2010B072) 作者简介:姜晨晨,女,硕士研究生研究方向:抗病毒药物药理学 * 通讯作者:彭宗根,男,研究员,博士生导师研究方向:抗病毒药 物分子药理学Tel :(010)63166129 E-mail :pumcpzg@https://www.360docs.net/doc/015509980.html, 蛋白免疫印迹半定量分析在药理学研究中的影响因素 姜晨晨1,程军军2,黄梦昊1,吴舟一1,李健蕊1,李文静1,彭宗根 1* (1.中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究 所,北京100050;2.中国医学科学院北京协和医学院药物研究所,北京100050) 摘要:目的探讨蛋白免疫印迹半定量分析的影响因素,为在蛋白水平上研究药物的药理作用提供指导。方法提取丙型肝 炎病毒(HCV )感染的Huh7.5细胞内总蛋白,蛋白定量后,以丙型肝炎病毒编码的核心蛋白为目的蛋白,以管家基因编码的蛋白Tubulin 或Gapdh 为内参对照,分析蛋白上样量、抗体浓度及孵育时间、发光液浓度等可变因素对蛋白免疫印迹半定量分析结果的影响。结果 蛋白免疫印迹半定量结果中目的蛋白相对强度与蛋白总上样量之间只在一定上样量范围内有线性关 系,超出线性范围会导致相对蛋白强度变化幅度减少,甚至无变化;上样体积、内参的选择不影响实验结果;在条带质量较好的前提下,一抗浓度及其孵育时间和发光液浓度也不改变实验结果;但是半定量有一定的缺陷,实验结果有一定的误差,应在15%以内。结论 影响蛋白免疫印迹半定量结果的主要因素为目的蛋白的上样量;在能获得条带质量较好的前提下,改变上 样体积和抗体孵育时间、 适当稀释抗体和发光液浓度有利于实验进展而不影响实验结果。关键词:蛋白免疫印迹;半定量;影响因素;蛋白浓度doi :10.11669/cpj.2015.09.006 中图分类号:R965 文献标志码:A 文章编号:1001-2494(2015)09-0758-05 Impact Factors on Results of Semi-Quantitative Western Blot in Pharmacological Research JIANG Chen-chen 1,CHENG Jun-jun 2,HUANG Meng-hao 1,WU Zhou-yi 1,LI Jian-rui 1,LI Wen-jing 1,PENG Zong-gen 1*(1.Institute of Medicinal Biotechnology ,Chinese Academy of Medical Sciences &Peking Union Medical College ,Beijing 100050,China ;2.Institute of Materia Medica ,Chinese Academy of Medical Sciences &Peking Union Medical College ,Beijing 100050,China ) ABSTRACT :OBJECTIVE To investigate the impact factors of the semi-quantitative Western blot (WB ),offering a guidance on re-search of pharmacological effects of drugs at the level of proteins.METHODS Total proteins were extracted from the Huh7.5cells infected with hepatitis C virus and quantified with BCA kit ,HCV Core protein was chose as target protein ,and protein Tubulin or Gap-dh ,which was encoded by housekeeping gene ,as the internal control.By controlling the experimental factors ,such as loading sample amount ,concentration and the incubation time of first antibodies ,and dilutions of chemiluminescent fluid as well ,we analyzed those factors how to impact the semi-quantitative results.RESULTS The semi-quantitative results showed that there is a linear relationship between relative intensity of target protein and the amount of total protein at must protein concentration range ,beyond which ,the range-ability of relative intensity of target protein reduced ,even no changes.However ,sample volume loaded ,or protein selected as internal reference has little influence on the result of semi-quantitative WB.In the context of obtaining high-quality band ,concentration and in-cubation time of antibodies or dilution of chemiluminescent fluid also has no influence on it.Yet ,the semi-quantitative WB has certain defects and our results show that the permissible error of semi-quantitative result should be controlled within 15%.CONCLUSION The key impact factor on the result of semi-quantitative WB is the target protein amount of loading.On the premise of obtaining clear and high-quality bands ,appropriately selecting loading volume of samples ,concentration and incubation time of first antibodies ,and dilutions of chemiluminescent fluid is conducive to accomplish experiments without affecting the final results of semi-quantitative WB.KEY WORDS :Western blot ;semi-quantitative ;impact factor ;protein concentration 蛋白免疫印迹(Western blot )是当前蛋白分析的一种常规技术,它结合了电泳的高分辨率和酶免疫测定的高敏感性和特异性,用于检测样品中特异 蛋白存在与否、 细胞中特异蛋白的半定量分析和蛋白质分子相互作用的研究[1] 。在药理学研究中,使用蛋白免疫印迹分析通常都是为了半定量检测某种

imageJ功能简单解析

1Image Types and Formats 1.1>image>type(此子菜单确定图像的类型或将其转换为另一种类型,所支持 的转换如下) 1.1.18-bit转换为256(28)个灰度级别的图像(只有整数) 1.1.216-bit转换为65,536(216)灰度级别的图像(仅限整数) 1.1.332-bit转换为4,294,967,296(232)灰度(实数)的图像,像素由浮点值表示 (RGB图像转换为灰度使用灰色的公式=(红+绿+蓝)/ 3或灰色= 0.299×红色+ 0.587×绿色+ 0.114×蓝色) 1.1.48-bit color 用Heckbert’s median-cut color quantization algorithm将图像转 换为8位RGB彩色图像 1.1.5RGB color 转换为32位RGB彩色图像 将一张彩色图像分解为三张不同类型的彩色: 1.1.6RGB stack 转换为3层(红、绿、蓝)堆栈 1.1.7HSB stack 转换为3层(色相、饱和度和亮度)堆栈 1.1.8Lab stack (???) 1.2>image>adjust(此子菜单包含调整亮度/对比度、阈值级别和图像大小的命 令) 对于8位图像,通过更新图像的查找表(lookup table,LUT)来改变亮度和对比度,像素值不变。

RGB图像通过修改像素值来改变RGB图像的亮度和对比度 1.2.1Brightness/Contrast实质是对图像直方图调 节 (1)minimum和maximum分别改变图像的最小值和最大值,来修改图像的像素值 范围 (2)brightness和contrast分别修改直线的斜率和截距来改变图像的亮度和对比 度(直线意义???) 1.2.2Window/Level实质和B&C的亮度和对比 度调节相同 1.2.3Color Balance 对red,green,blue,cyan,magenta,yellow,all共 7种颜色选项进行minimum、maximum和 1.2.4Threshold(only for grayscale images) 设置较低和较高的阈值,将灰度图像分割 成感兴趣的特征和背景(对灰度图像直方 图进行分割) 共16种阈值选取方法,3种展示方法 1.2.5Color Threshold 基于色相饱和度和亮度(HSB)、红绿蓝 (RGB)、Lab或YUV的24位RGB图像阈 共16种阈值选取方法,3种展示方法 1.2.6Size缩放到指定的宽度和高度(以像素为单 位) 可选择保持原来的长宽比

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