基于代谢组学的中药-组效关系-研究思路与策略

基于代谢组学的中药-组效关系-研究思路与策略
基于代谢组学的中药-组效关系-研究思路与策略

20ll第十三卷第一期★V01.13No.1

激或基因改变而引起的代谢应答变化,利用现代仪器分析生理状态和病理状态生物体(动物或者人体)体液包括血浆、尿液、组织液、细胞培养液等的小分子内源性代谢产物即代谢组。结合模式识别等化学信息学技术,主要有主成分分析(蹦ncipalc啪po-nentsAnalvsis,PCA)、非线性映射(NonlinearMap—ping,NLM)、聚类分析(ClusterAnalysis,CA)等非监督学习方法和偏最小二乘法(Partialk鹊tsqllare,PLS)、人工神经网络(AnificialNeumlNe眦)rk.ANN)等有监督学习方法,从而获得相应的生物标志物群(Bio啪rke玛)。在现代科学研究中发现,疾病尤其是复杂疾病,往往是多个基因或靶点受到扰动,在小分子代谢产物的水平上,产生与疾病相关联的代谢特征网络体系,这与中医整体观一致,能够较好用于中医症候的研究,体现症候与正常动物的差别。以代谢组学研究中药“组效关系”的药效活性,具有中医药的整体观,能体现中药“多成分、多靶点”整合作用特点,同时是利用现代仪器进行分析,具有较高的灵敏度和准确度,能体现不同有效成分组合的药效活性差异,为较全面的构建中药“组效关系”提供可能。

3.基于系统建模的成分组合与药效活性关联性盆堑

中药有效成分群和内源性生物标志物群均是两个复杂体系,建立这两个复杂体系之间的关联性,是中药“组效关系”的关键问题和难点问题之一。

为了便于建立成分和活性之间的关联性,试验设计时采用现代数理统计方法,如均匀设计、对称平衡设计、人工神经网络等方法,设计出不同配比的有效成分组合给动物给药,再通过仪器分析定性定量生物标示物的变化,然后通过系统建模构建两者之间关系。中药数据具有多目标、离散性、非线性和小样本4个主要特点【9J,因此,常规数学建模方法(方差分析、线性相关法、多元线性回归等)难以进行有效的构建,运用基于熵的神经网络多目标优化技术、基于模型选择的LARS回归多目标优化技术、基于改进蚁群算法的进化计算多目标优化技术更符合中药数据的特点。基于熵的神经网络方法克服了传统神经网络方法对小样本过拟合的缺陷,LARS回归方法对于离散型和小样本的数据求解优于传统的多元线性回归方法,改进的蚁群算法更能适合于非线性的数据。这些方法都属于有监督方法,但是整合了无监督的技术,不但能够实现降维,而且能从中药数据里面挖据出成分与生物标示物之间确切的关联。特别指出的是,我们提出了先构建关联,然后进行优化的思路,这样不但能更好地实现优化,同时为下一步解码成分与活性之间的关联性奠定了基础,为从关联中挖掘出君臣佐使及组效关系提供了前提。通过这些优化技术,各自针对数据的特点和动物实验验证的结果选择出一个最适合此类问题的多目标优化技术,从而建立以有效成分为自变量与相关生物标示物为因变量的多维函数关系式,见图2。从而阐明中药有效成分和生物标记物的动态规律,以及发现它们代谢轨迹变化规律,阐明药物活性部位与药效的关系、药效基团作用于病变靶点的本质过程。但是,由于这种模型是存有限的数据基础上建立起来的,加上模型本身也采取了一定的外推和数学模拟,因此,应通过模型给出的药效范围进行再验证,以期实现模型最佳的描述性和预测性。

本文基于代谢组学建立的中药“组效关系”,一方面可以实现组分优化,筛选出比原方优效的各成分的含量及其配比,为组分中药新药的研究提供基础和依据;另一方面可以根据中药的化学成分的含量及其比例,进行活性预测。

三、展望

本文中采用代谢组学的新方法和思路研究中药“组效关系”,对中药的作用物质基础的发现即有效成分的辨识具有系统性,对中药疗效评价具有整体性,此研究思路将能促进复方药物研究开发,尤其对提高中药及其方剂的认识和研究水平,并能在质量

圈2基于数据挖掘的中药“组效关系”示意图

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基于代谢组学的中药"组效关系"研究思路与策略

作者:许海玉, 唐仕欢, 陈建新, 李德凤, 陈畅, 杨洪军, 刘昌孝, Xu Haiyu, Tang Shihuan, Chen Jianxin, Li Defeng, Chen Chang, Yang Hongjun, Liu Changxiao 作者单位:许海玉,唐仕欢,李德凤,陈畅,杨洪军,Xu Haiyu,Tang Shihuan,Li Defeng,Chen Chang,Yang Hongjun(中国中医科学院中药研究所,北京,100700), 陈建新,Chen Jianxin(北京中医药大

学,北京,100029), 刘昌孝,Liu Changxiao(天津药物研究院,天津,300193)

刊名:

世界科学技术-中医药现代化

英文刊名:WORLD SCIENCE AND TECHNOLOGY-MODERNIZATION OF TRADITIONAL CHINESE MEDICINE

年,卷(期):2011,13(1)

被引用次数:6次

参考文献(19条)

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本文读者也读过(6条)

1.黄璐琦.杨洪军.唐仕欢.陈建新基于复杂系统熵方法的疫病防治用药规律研究[会议论文]-2010

2.杨洪军.雷燕.唐仕欢.陈建新.许海玉.李韶菁.陈畅.黄璐琦.Yang Hongjun.Lei Yan.Tang Shihuan.Chen Jianxin.Xu Haiyu.Li Shaojing.Chen Chang.Huang Luqi发现·辨识·优化——中药新药设计的核心与关键[期刊论文]-世界科学技术-中医药现代化2011,13(1)

3.范刚.周林.赖先荣.王张.张艺.Fan Gang.Zhou https://www.360docs.net/doc/9614059388.html,i Xianrong.Wang Zhang.Zhang Yi基于代谢组学技术的中药质量控制研究思路探讨[期刊论文]-世界科学技术-中医药现代化2010,12(6)

4.李振坤.陈建新.杨洪军.刘玫琦.黄璐琦.易建强.LI Zhen-kun.CHEN Jian-xin.YANG Hong-jun.LIU Mei-qi. HUANG Lu-qi.YI Jian-qiang基于LARS算法的川芎成分组合与血管活性关系分析[期刊论文]-中国实验方剂学杂志2009,15(3)

5.刘盈.黄璐琦.边宝林.杨洪军中药新药研发医、研、产合作创新网络构建探讨[期刊论文]-中国中医药信息杂志2010,17(12)

6.杨洪军.陈建新.唐仕欢基于组合的中药新药设计方法与技术中药新药设计的策略、方法与技术[会议论文]-2009

引证文献(6条)

1.冯怡.林晓.沈岚.洪燕龙组分中药应重视制剂学方面的研究[期刊论文]-中国中药杂志 2013(5)

2.陈海彬.周红光.俞晓忆.文红梅.吴勉华代谢组学在中药现代化研究中的应用[期刊论文]-中国中西医结合杂志2012(6)

3.陶野.张贝贝.付梅红.许海玉.方婧.王维皓.李德凤.张毅.杨洪军基于色谱指纹图谱的苍术挥发油多成分体内药代动力学研究[期刊论文]-中国实验方剂学杂志 2013(11)

4.闫冠韫.程伟.杨寄.王立波中药现代化研究中的网络药理学方法及可视化工具[期刊论文]-哈尔滨医科大学学报2013(3)

5.高健.杨更亮.杨洪军.许海玉.李韶菁代谢指纹图谱分析技术及数据处理方法研究进展[期刊论文]-中国中药杂志 2012(17)

6.周红光.陈海彬.王瑞平.张玉.吴勉华代谢组学在中药复方研究中的应用[期刊论文]-中国药理学通报 2013(2)本文链接:https://www.360docs.net/doc/9614059388.html,/Periodical_sjkxjs-zyxdh201101005.aspx

代谢组学的研究方法和研究流程

代谢组学的研究方法和研究流程分子微生物学112300003林兵 随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用,与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来,与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用,它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律.这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。 代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障. 1 代谢组学的概念及发展 代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的,他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统,机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年,德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念,但是与N ichols on提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程,也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代谢产物的定性定量分析。同时Fiehn还将代谢组学按照研究目的的不同分为4类: 代谢物靶标分析,代谢轮廓(谱)分析, 代谢组学,代谢指纹分析。现在代谢组学在国内外的研究都在迅速地发展, 科学家们对代谢组学这一概念也进行了完善, 作出了科学的定义: 代谢组学是对一个生物系统的细胞在给定时间和条件下所有小分子代谢物质的定性定量分析,从而定量描述生物内源性代谢物质的整体及其对内因和外因变化应答规律的科学。 与基因组学、转录组学、蛋白质组学相同, 代谢组学的主要研究思想是全局观点。与传统的代谢研究相比, 代谢组学融合了物理学、生物学及分析化学等多学科知识, 利用现代化的先进的仪器联用分析技术对机体在特定的条件下整个代谢产物谱的变化进行检测,并通过特殊的多元统计分析方法研究整体的生物学功能状况。由于代谢组学的研究对象是人体或动物体的所有代谢产物, 而这些代谢产物的产生都是由机体的内源性物质发生反应生成的,因此,代谢产物的变化也就揭示了内源性物质或是基因水平的变化,这使研究对象从微观的基因变为宏观的代谢物,宏观代谢表型的研究使得科学研究的对象范围缩小而且更加直观,易于理解, 这点也是代谢组学研究的优势之一. 代谢组学的优势主要包括:对机体损伤小,所得到的信息量大,相对于基因组学和蛋白质组学检测更加容易。由于代谢组学发展的时间较短, 并且由于代谢组学的分析对象是无偏向性的样品中所有的小分子物质,因此对分析手段的要求比较高, 在数据处理和模式识别上也不成熟,存在一些不足之处。同时生物体代谢物组变化快, 稳定性较难控制,当机体的生理和药理效应超敏时,受试物即使没有相关毒性,也可能引起明显的代谢变化,导致假阳性结果。 代谢组学应用领域大致可以分为以下7个方面:

代谢组学课堂知识总结

代谢组学课堂知识总结 吴江13级生科三班130903030028 代谢组学概念 1.代谢组学用高通量,高敏度,高精确度的现代分析仪器跟踪有机物。代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物(MW<1000)。在食品安全领域,利用代谢组学工具发现农兽药等在动植物体内的相关生物标志物也是一个热点领域。其样品主要是动植物的细胞和组织的提取液。主要技术手段是核磁共振(NMR),质谱(MS),色谱(HPLC,GC)及色谱质谱联用技术。通过检测一系列样品的NMR 谱图,再结合模式识别方法,可以判断出生物体的病理生理状态,并有可能找出与之相关的生物标志物(biomarker)。 2.代谢组学研究方法 代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析(metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说,代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰,最终了解不同化合物的结构,建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。另一种方法是代谢轮廓分析(metabolomic profiling),研究人员假定了一条特定的代谢途径,并对此进行更深入的研究。 3.HPLC:高效液相色谱法(High Performance Liquid Chromatography \ HPLC)又称“高压液相色谱”、“高速液相色谱”、“高分离度液相色谱”、“近代柱色谱”等。高效液相色谱是色谱法的一个重要分支,以液体为流动相,采用高压输液系统,将具有不同极性的单一溶剂或不同比例的混合溶剂、缓冲液等流动相泵入装有固定相的色谱柱,在柱内各成分被分离后,进入检测器进行检测,从而实现对试样的分析。 4.GC: 在这类仪器中,由于质谱仪工作原理不同,又有气相色谱-四极质谱仪,气相色谱-飞行时间质谱仪,气相色谱-离子阱质谱仪等。 代谢组学的应用 1.代谢组学在微生物里的应用对微生物的分类及筛选及功能研究。微生物发酵。 2.代谢组学在药物研究及疾病研究中的应用。通过动物体内的某种类型方法进行药物的筛选。效果的测定的药物作用的机制及临床表现及其评价。 3.代谢组学在生活中的应用食品加工食品产生。 气相色谱分析 1.气相色谱分析(chromatography)是使混合物中各组分在两相间进行分配,其中一相是不动的(固定相),另一相(流动相)携带混合物流过此固定相,与固定相发生作用,在同一推动力下,不同组分在固定相中滞留的时间不同,依次从固定相中流出,又称色层法或者层析法。按流动相可分为气相色谱(GC)和液相色谱(LC) 2.GC是以惰性气体作为流动相,利用试样中各组分在色谱柱中的气相和固定相间的分配系

植物代谢组学的研究方法及其应用

植物代谢组学的研究方法及其应用 ★★★ BlueGuy(金币+3)不错,谢谢! 近年来,随着生命科学研究的发展,尤其是在完成拟南芥(Arabidopsis thaliana) 和水稻(Oryza sativa) 等植物的基因组测序后,植物生物学发生了翻天覆地的变化。人们已经把目光从基因的测序转移到了基因的功能研究。在研究DNA 的基因组学、mRNA 的转录组学及蛋白质的蛋白组学后,接踵而来的是研究代谢物的代谢组学(Hall et al.,2002)。代谢组学的概念来源于代谢组,代谢组是指某一生物或细胞在一特定生理时期内所有的低分子量代谢产物,代谢组学则是对某一生物或细胞在一特定生理时期内所有低分子量代谢产物同时进行定性和定量分析的一门新学科(Goodacre,2004)。它是以组群指标分析为基础,以高通量检测和数据处理为手段,以信息建模与系统整合为目标的系统生物学的一个分支。 代谢物是细胞调控过程的终产物,它们的种类和数量变化被视为生物系统对基因或环境变化的最终响应(Fiehn,2002)。植物内源代谢物对植物的生长发育有重要作用(Pichersky and Gang,2000)。植物中代谢物超过20万种,有维持植物生命活动和生长发育所必需的初生代谢物;还有利用初生代谢物生成的与植物抗病和抗逆关系密切的次生代谢物,所以对植物代谢物进行分析是十分必要的。 但是,由于植物代谢物在时间和空间都具有高度的动态性(stitt and Fernie,2003)。尤其是次生代谢物种类繁多、结构迥异,且产生和分布通常有种属、器官、组织以及生长发育时期的特异性,难于进行分离分析,所以人们一直在寻找更为强大的检测分析工具。在代谢物分析领域,人们已经提出了目标分析、代谢产物指纹分析、代谢产物轮廓分析和代谢表型分析、代谢组学分析等概念。20世纪90年代初,Sauter 等(1991)首先将代谢组分析引入植物系统诊断,此后关于植物代谢组学的研究逐年增多。随着拟南芥等植物的基因组测序完成以及代谢物分析手段的改进和提高,今后几年进入此研究领域的科学家和研究机构将越来越多。 1研究方法 代谢组学分析流程包括样品制备、代谢物成分分析鉴定和数据分析与解释。由于植物中代谢物的种类繁多,而目前可用的成分检测和数据分析方法又多种多样,所以根据研究对象不同,采用的样品制备、分离鉴定手段及数据分析方法各不相同。 1.1样品制备 植物代谢物样品制备分为组织取样、匀浆、抽提、保存和样品预处理等步骤(Weckwerth and Fiehn,2002)。代谢产物通常用水或有机溶剂(如甲醇和己烷等)分别提取,获得水提取物和有机溶剂提取物,从而把非极性的亲脂相和极性相分开。分析之前,通常先用固相微萃取、固相萃取和亲和色谱等方法进行预处理(邱德有和黄璐琦,2004)。然而植物代谢物千差万别,其中很多物质稍受干扰结构就会发生改变,且对其分析鉴定所采用的设备也不同。目前还没有适合所有代谢物的抽提方法,通常只能根据所要分析的代谢物特性及使用的鉴定手段选择合适的提取方法。而抽提时间、温度、溶剂成分和质量及实验者的技巧等诸多因素也将影响样品制备的水平。

药用植物代谢组学的研究进展

药用植物代谢组学的研究进展 【摘要】从技术步骤、分析方法以及实际应用三个方面对当前药用植物代谢组学研究领域的一些理论问题和实践中面临的挑战进行综述。 【关键词】药用植物;代谢组学;功能基因组学 代谢组学是对生物体内代谢物进行大规模分析的一项技术[1],它是系统生物学的重要组成部分(如图1所示),药用植物代谢组学主要研究外界因素变化对植物所造成的影响,如气候变化、营养胁迫、生物胁迫,以及基因的突变和重组等引起的微小变化,是物种表型分析最强有力的工具之一。在现代中药研究中,代谢组学在药物有效性和安全性、中药资源和质量控制研究等方面具有重要理论意义和应用价值。另外,在对模式植物突变体文库或转基因文库进行分析之前,代谢组学往往是首先考虑采用的研究方法之一。目前,国外已有成功利用代谢组学技术对拟南芥突变株进行大规模基因筛选的例子,这为与重要性状相关基因功能的阐明和选育可供商业化利用的转基因作物奠定了基础 目前,还有许多经济作物的全基因组测序计划尚未完成,由于代谢组学研究并不要求对基因组信息的了解,所以在与这些作物有关的研究领域具有更大的利用价值,这也是其与转录组学和蛋白组学研究相比的优势之一。代谢组学研究涉及与生物技术、分析化学、有机化学、化学计量学和信息学相关的大量知识,Fiehn[2]对代谢组学有关的研究方向进行了分类(见表1)。 1代谢组学研究的技术步骤 代谢组学研究涉及的技术步骤主要包括植物栽培、样本制备、衍生化、分离纯化和数据分析5个方面(见图2)。 1.1植物栽培 对研究对象进行培育的目的是为了对样本的稳定性进行控制,相对于微生物和动物而言,植物的人工栽培需要考 表1代谢组学的分类及定义略 虑更多的问题,如中药材在不同年龄、不同发育阶段、不同部位以及光照、水肥、耕作等环境因素的微小差异都可引起生理状态的变化,而这些非可控及可控双重因素的影响很难进行精确的控制,从而影响药用植物代谢组研究的重复性。为了解决以上问题,推荐使用大容量的培养箱[3],定时更换培养箱中栽培对象的位置,以及使用无土栽培技术等,Fukusaki E[4]利用无土栽培系统将水和养分直接引入植物根部,并且对供给量进行精确地控制,大大提高了实验的重复性。 1.2样本制备 为了获得稳定的实验结果,样本制备需要考虑样本的生长、取样的时间和地点、取样量以及样本的处理方法等问题,并根据分析对象的分子结构、溶解性、极性等理化性质及其相对含量大小对提取和分离的方法进行选择,逐一优化试验方案。Maharjan RP等[5]用6种方法分别对大肠杆菌中代谢产物进行提取,发现用-40℃甲醇进行提取的效果最好。现阶段代谢组学的分析对象主要集中在亲水性小分子,尤其是初级代谢产物,气相色谱 质谱联用(GC MS)和毛细管电泳 质谱(CE MS)联用都是分析亲水小分子的重要技术。Fiehn O等[6]使用GC MS 对拟南芥叶片中的亲水小分子进行了分析,发现酒石酸半缩醛、柠苹酸、别苏氨酸、羟基乙酸等15种植物代谢物。 1.3衍生化处理 对目标代谢产物的衍生化处理取决于所使用的分析设备,GC MS系统只适

浅析代谢组学技术在中药研究中的应用

浅析代谢组学技术在中药研究中的应用 摘要:人类对复杂生命体的认识循着从器官/组织、细胞到基因的方式,现在又回到了以整体性研究为特点的系统生物学(system Biology)的时代,其鲜明的特征是各种“组学”(-omics)研究的繁荣。代谢组学(metabonomics)是继基因组学(genomics)、转录组学(transcriptomics)和蛋白质组学(proteomics)后新兴的一种组学方法,是系统生物学的重要组成部分,由Nicholson于1999年首次提出。代谢组学研究的核心思想在于利用现代分析技术定量测定生物体液(如尿液、血浆、组织提取液等)中的内源性代谢产物,考察生物体在不同状态下(生理病理状态、给药前后等)其代谢产物的变化,通过代谢物图的整体分析直接认识生理病理及生化状态,结合化学信息学分析方法确定内源性小分子代谢物成分的变化模式,获得相应的生物标记物群(biomarkers),表征或揭示生物体在特定时间、环境下整体的功能状态[1,2]。其后又出现了针对植物的代谢组学研究(metabolomics)。如今代谢组学已在药物毒性及安全性评价、疑难疾病诊断、新药研发及药物作用机制研究等生命科学的多个领域展示了广阔的应用前景[4,5]。 关键词:代谢组学技术;中药研究;应用 完整的代谢组学分析流程应包括样品的采集、预处理、仪器分析与鉴定、数据分析及生物标记物意义解读,最终认识机体生化反应机理和生命现象。主要研究手段包括核磁共振谱(NMR)、气相色谱-质谱和液相色谱-质谱等各种高通量、高分辨、高灵敏度的谱学技术,特别是 以其灵敏度高、分析速度快、样品无需衍生化等优点,受到众多研究者的关注。主成分分析(PCA) 及偏最小二乘法判别分析等多元模式识别方法 是代谢组学常用的数据降维和信息挖掘方法。 中药“多组分、多靶点、整合调节作用”的特点及中医药理论的“整体观、动态观、辨证观”与代谢组学整体性、系统性、综合性相吻合。因此,以代谢组学为主体的系统生物学研究方法可能是现代科学中可以概括中医药抽象整体观 思想的重要途径。作者遴选了近年来国内外学者在中药代谢组学研究领域颇具代表性的论文作一综述,希望能够为读者提供一定参考。 1 代谢组学技术在现代中药研究中的应用 代谢组学与中医证候模型的研究 辨证论治是中医药的特色与精华,“证”是机体在疾病发展过程中某一阶段的病理概括。建立中医“证”动物模型是开展符合中医药理论药效评价的重要

中药代谢组学研究中生物样品前处理方法

中药代谢组学研究中生物样品前处理方 法 (作者:_________ 单位:___________ 邮编:___________ ) 作者:邹忠杰,梁生旺,袁经权,龚梦鹃 【摘要】总结中药代谢组学研究中生物样品(尿液、血液)的前处理 方法,主要包括:尿液中加入缓冲液提供相同的pH值和离子强度, 保持代谢物化学位移的恒定。利用有机溶剂沉淀法除去血液中的大分子物质,增加色谱柱的性能和使用寿命。血液和尿液样品在进行GC'MS分析前要进行衍生化处理。同时,对尿液和血液的采集与储存方法进行了总结。 【关键词】中药;代谢组学;样品前处理 Abstract: In order to reduce the chemical shift variati on ,the pH and the con siste ncy of io nic stre ngth were con trolled by add ing buffer to uri ne samples. In an alysis of blood,efficie nt removal of macromolecules such as protei ns by orga nic solve nt precipitatio n before injectio n in to an analytical LC column was important in enhancing the performanee and extending column lifetime. Sample derivatization of blood

sample and urine sample before GC:MSanalysis was needed. And methods of collecti on and storage of urine and blood samples were also reviewed. Key words:traditional Chinese medicine; metabonomics; pretreatme nt 代谢组学(metabonomics)是继基因组学、转录组学和蛋白质组学后新兴的一种组学方法,是系统生物学的重要组成部分。中药“多组分、多靶点、整合调节作用”的特点与代谢组学整体性、系统性、综合性相吻合。因此,以代谢组学为主体的系统生物学研究方法可能是现代科学中可以概括中医药抽象整体观思想的重要途径。王广基等对 代谢组学技术在中医药关键科学问题研究中的应用前景进行了分析[1]。作者综述了代谢组学技术在中药整体疗效、作用机制及安全性等研究中的应用[2]。 代谢组学研究中的分析手段主要包括核磁共振谱(NMR)气相色谱拟质谱(GC以MS和液相色谱拟质谱(LC拟MS)等各种高通量、高分辨、高灵敏度的谱学技术[3]。NMR由于其具有很高的重现性、一次实验中实现对各种化合物的同时测定、信号强度与其摩尔浓度成正比,可以很容易进行定量分析、借助各种2D A N MR技术可以在对复杂样品不进行进一步分离的前提下实现结构鉴定等诸多优点而被广泛应用[4]。高分辨魔角旋转核磁共振技术(high拟resolution magic拟angle拟spinning NMF^pectroscopy)可以使研究者不经过提取等繁琐的步骤直接对完整的组织进行测定[5]。L C):MS特

代谢组学综述

代谢组学综述 摘要:代谢组学是20世纪90年代中期发展起来的对某一生物或细胞所有低相对分子质量代谢产物进行定性和定量分析的一门新学科,由于其广泛的应用前景,目前已成为系统生物学的重要组成部分。现简要介绍了代谢组学的含义、代谢组学研究的历史沿革、当前代谢组学研究中的分析技术、数据解析方法,综述了代谢组学在药物毒理学研究、疾病诊断、植物和中药等领域的应用情况,并对当前代谢组学研究中存在的问题及发展趋势进行探讨。 关键词:代谢组学研究技术 随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用, 与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来, 与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用, 它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律。这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。 代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障。 1 代谢组学的概念及发展 代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的, 他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统, 机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年, 德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念, 但是与N icholson提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程, 也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代

代谢组学研究进展综述

代谢组学技术及其在中医研究中的探讨 姓名:郭欣欣学号:22009283 导师:刘慧荣 代谢组学(metabonomics) 是20世纪90年代中期发展起来的一门新兴学科,是关于生物体系受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后) 其代谢产物(内源代谢物质) 种类、数量及其变化规律的科学。它研究的是生物整体、系统或器官的内源性代谢物质的代谢途径及其所受内在或外在因素的影响。常用的方法是检测和量化一个生物整体代谢随时间变化的规律;建立内在和外在因素影响下,代谢整体的变化轨迹,反映某种病理(生理) 过程中所发生的一系列生物事件。 1 代谢组学研究技术平台 代谢组学研究的技术平台包括以下几个部分:前期的样品制备,中期的代谢产物检测、分析与鉴定以及后期的数据分析与模型建立。 前期代谢组学研究常用的检测技术,一般不需要对标本行特别的分离、纯化等。但离体条件下,细胞或组织内的代谢状态可迅速改变,代谢物的质与量亦随之变化,为正确反映在体的真实信息,须立即阻断内在酶的活性。最为常用的是冰冻/液氮降温法及冷冻、干燥的保存技术,尽管如此,细胞间仍始终有一低水平的代谢活动,需尽量避免氧化等活化因素。 中期代谢产物的检测、分析与鉴定是代谢组学技术的核心部分,最常用的是NMR及质谱(MS)两种。 核磁共振技术是利用高磁场中原子核对射频辐射的吸收光谱鉴定化合物结构的分析技术,生命科学领域中常用的是氢谱( 1H NMR ) 、碳谱(13C NMR)及磷谱(31P NMR)三种。可用于体液或组织提取液和活体分析两大类。 NMR技术在代谢组学中的应用越来越广泛,它具有如下优点: ①无损伤性,不破坏样品的结构和性质; ②可在一定的温度和缓冲范围内进行生理条件或接近生理条件的实验; ③与外界特定干预相结合,研究动态系统中机体化学交换、运动等代谢产物的变化规律; ④实验方法灵活多样。但仪器价格及维护费用昂贵限制了该技术的进一步普及。 质谱技术是将离子化的原子、分子或是分子碎片按质量或是质荷比(m/e)大小顺序排列成图谱,并在此基础上,进行各种无机物、有机物的定性或定量分析。新的离子化技术则使质谱技术的灵敏度和准确度均有很大程度的提高。NMR技术与MS技术相比,各有其优缺点,需要在研究中灵活选用。总体而言,NMR技术应用的更为广泛。此外,根据代谢组学的研究需要,还常用于其他的一些分析技术,如气相色谱(GC) ,高效液相色谱仪(HPLC) ,高效毛细管电泳(HPCE)等。它们往往与NMR或MS技术联用,进一步增加其灵敏性。但不容忽视的是,随着分析手段更新,敏感性及分辨率提高,“假阳性”的概率也就越大,可能是仪器技术方法固有的,亦或是数据分析过程中产生的。 后期代谢组学研究的后期需借助于生物信息学平台。它往往借助于一定的软件,联合多种数据分析技术,将多维、分散的数据进行总结、分类及判别分析,发现数据间的定性、定量关系,解读数据中蕴藏的生物学意义,阐述其与机体代谢的关系。如果说分析技术在我们面前打开了“一扇门”,正确的数据分析方法和模型建立便是“找到宝藏”的钥匙。 主成分分析法( PCA) 是最常用的分析方法。其将分散于一组变量上的信息集中于几个综合指标(PC)上,如糖代谢、脂质代谢、氨基酸代谢等,利用主成分描述机体代谢的变化情况,发挥了降维分析的作用,避免淹没于大量数据中。其他的模式识别技术,如聚类分析、辨别式功能分析、最小二乘法投影法等在代谢组学研究中亦有其重要的地位。 现实情况下,代谢组学的数据更为复杂,特别是NMR对病理生理过程的研究,将代谢物的表达谱与时间相联系,分析时更加困难,需要借助复杂的模型或是专家系统进行分析(在应用

代谢组学技术在烟草研究中的应用进展_王小莉

2016-02,37(1)中国烟草科学 Chinese Tobacco Science 89 代谢组学技术在烟草研究中的应用进展 王小莉,付博,赵铭钦*,贺凡,王鹏泽,刘鹏飞 (河南农业大学烟草学院,国家烟草栽培生理生化研究基地,郑州 450002) 摘要:简述了作为研究植物生理生化和基因功能新方法的代谢组学在烟草研究中的主要技术流程及其应用现状,归纳了不同生态环境和不同组织中烟草代谢物差异及产生原因,总结了生物和非生物胁迫及化学诱导处理等条件下的烟草生理生化变化及相关基因功能。最后提出了目前烟草代谢组学研究所面临的问题,并指出与其他组学整合应用是代谢组学在烟草研究领域的发展趋势。 关键词:烟草;代谢组学;胁迫;化学诱导;基因功能 中图分类号:S572.01 文章编号:1007-5119(2016)01-0089-08 DOI:10.13496/j.issn.1007-5119.2016.01.016 Research of Metabolomics in Tobacco WANG Xiaoli, FU Bo, ZHAO Mingqin*, HE Fan, WANG Pengze, LIU Pengfei (College of Tobacco Science, Henan Agricultural University, National Tobacco Physiology and Biochemistry Research Center, Zhengzhou 450002, China) Abstract: Metabolomics has been considered one of the most effective means of investigating physiological and biochemical processes and gene function of plants. Here we review the main process of metabolomics and its application status in tobacco research, the regulation mechanisms of physiological and biochemical reactions when tobacco responds to different environmental, biotic and abiotic stresses, chemically induced processes and genetic modifications. Finally, issues of critical significance to current tobacco metabolomics research are discussed and it is noted that integration with other omics is the trend of metabolomics research in tobacco. Keywords: tobacco; metabolomics; stress; chemical induction; gene function 代谢组学与基因组学、转录组学和蛋白质组学分别从不同层面研究生物体对环境或基因改变的响应,它们都是系统生物学的重要组成部分。植物代谢组学是21世纪初产生的一门新学科,主要通过研究植物的次生代谢物受环境或基因扰动前后差异来研究植物代谢网络和基因功能[1-2]。与微生物和动物相比,植物的独特性在于它拥有复杂的代谢途径,目前发现的次生代谢产物达20万种以上[3]。代谢物差异是植物对基因或环境改变的最终响应[4],因此,对代谢物进行全面解析,探索相关代谢网络和基因调控机制,是从分子层面深入认识植物生命活动规律的一个重要环节[5-7]。 烟草不仅是重要的经济作物,同时还是一种重要的模式植物,作为生物反应器在研究植物遗传、发育、防御反应和转基因等领域中具有重要意义[8-10]。烟草代谢物非常丰富,目前从烟叶中已鉴定出3000多种[11],且代谢物理化性质和含量差异较大,给烟草化学及代谢规律研究带来挑战。传统的烟草化学主要集中于研究某一类化学成分或某几种重要物质,如萜类[12]、生物碱类[13]、多酚类等[14],这很难全面地系统地阐述烟草代谢网络。随着系统生物学的发展,烟草越来越广泛地被用于基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学的研究中,例如采用系统生物学的方法找出 基金项目:中国烟草总公司浓香型特色优质烟叶开发(110201101001 TS-01);上海烟草集团责任有限公司“浓香型特色优质烟叶风格定位研究及样品检测”(szbcw201201150) 作者简介:王小莉(1983-),女,博士研究生,主要从事烟草生理生化研究。E-mail:xiaoliwang325@https://www.360docs.net/doc/9614059388.html, *通信作者,E-mail:zhaomingqin@https://www.360docs.net/doc/9614059388.html, 收稿日期:2015-09-09 修回日期:2015-11-19

代谢组学在植物研究领域中的应用

Botanical Research 植物学研究, 2016, 5(1), 26-33 Published Online January 2016 in Hans. https://www.360docs.net/doc/9614059388.html,/journal/br https://www.360docs.net/doc/9614059388.html,/10.12677/br.2016.51005 Application of Metabolomics in Plant Research Guixiao La1, Xi Hao1, Xiangyang Li1, Mingyi Ou2, Tiegang Yang1* 1Industrial Crops Research Institute, Henan Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou Henan 2China Tobacco Guizhou Industrial Co. Ltd., Guiyang Guizhou Received: Dec. 10th, 2015; accepted: Dec. 25th, 2015; published: Dec. 30th, 2015 Copyright ? 2016 by authors and Hans Publishers Inc. This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License (CC BY). https://www.360docs.net/doc/9614059388.html,/licenses/by/4.0/ Abstract Metabolomics is an emerging omics technology after genomics and proteomics, which can qualify and quantify all small molecular weight metabolites in an organism or cells in a short time. With the technology development of gas chromatography-mass spectrometer (GC-MS), liquid chroma-tography-mass spectrometer (LC-MS) and capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS), and the improvement of data process method and presented huge advantages, plant metabolomics has been used in multiple research fields such as functional genomics, metabolism pathway, crop improvement... In this paper, we reviewed the recent progress in plant metabolomics and the put-ative problem in this research field. Moreover, the application prospects of the plant metabolom-ics were also forecasted. Keywords Metabolomics, Plant, Advance, Prospect 代谢组学在植物研究领域中的应用 腊贵晓1,郝西1,理向阳1,欧明毅2,杨铁钢1? 1河南省农业科学院经济作物研究所,河南郑州 2贵州中烟工业有限责任公司,贵州贵阳 *通讯作者。

代谢组学在中药药理研究中的应用

【摘要】笔者结合多年的工作经验,针对代谢组学在中药药理研究中的应用进行研究讨论,具体介绍了这种组学方法的特点,并得出以下相关结论,以供参考。 【关键词】代谢组学;中药药理;研究应用 0.引言 代谢组学当今一种全新的生物系统研究方法,其主要是对生物体系中的数量、代谢物质种类等进行研究分析。这种中医学方法在我国中药药理研究中得到了十分广泛的应用。通过采用先进的检测技术,以及相关专业的计算方法,以此来判断中药体内代谢组的变化规律,从而对中药的疗效和安全性进行评价。因此,本文针对代谢组学在中药药理研究中的应用进行探讨阐释,从而总结出一些自身的看法与观点。 1.在中药药效物质基础研究中的应用 随着药学技术的不断进步与发展,相关的组学方法也取得了较大的完善与改革。而代谢组学正是在这一发展过程中所累积的产物。自从其被提出以来,受到了我国中药医学界的高度关注,并对其进行了实质性的科研研究,尤其是在对中药药效物质基础方面,很多医学学者进行了深入的探索,并得到了十分显著的成果。在早期的医学研究过程中,已经有部分学者利用代谢组学法,以及先进的分析仪器来对黄芩苷体进行了实验研究,从中发现了三种不同的代谢产物,这就说明这三种化学结构在分解吸收后分别形成了代谢物质,而黄芩甘体则是代谢产物中的主体结构,从而共同组成了该中药的药效物质。 在对钩藤多动合剂的生物化学机制研究中,发现了具有疗效的生物标志物,并证明这种药物是通过调节单胺类神经递质的失衡而发挥作用。有学者对肾虚证的大鼠给予淫羊藿治疗,运用超高效液相色谱质谱结合主成分分析的方法研究发现淫羊藿苷和朝藿定可能为淫羊藿的主要药效物质基础。一些实验结果表明,尖萼耧斗菜的作用靶标与其他9种常用抗菌素一样都是作用于蛋白质的合成,发挥抗菌作用的主要活性物质可能是木兰碱。还有学者实验比较了款冬的花蕾和叶轴水提液对氨诱导的小鼠咳嗽的药效,通过对代谢物的lh―nmr光谱和多远数据分析发现,款冬花蕾的止咳和化痰功效可能与其高浓度的绿原酸、3,5咖啡酰奎宁酸及芸香苷相关。 2.在中药及中药复方作用机制研究中的应用 通常情况下,对于一些药效成分复杂的中药复方进行研究时,代谢组学方法反而能发挥更好的研究作用。因此,针对这一问题,我国某个药学学者就进行了相关的实验研究,通过利用先进的快速液相色谱串联离子阱飞行时间质谱技术对研究物的血液代谢物进行探索研究,从中发现研究物中的胆固醇代谢、氨基酸代谢、等代谢发生了较大的变化。 运用代谢组学的方法结合气相色谱一质谱(gc―ms)的检测手段探讨了下淤血汤对cc1诱导的肝纤维化大鼠的治疗作用机理,通过主成分分析(pca)、最小偏二乘法(pls-da)等模式识别方法,证明了cc1所致的代谢紊乱在下淤血汤的干预下得到恢复,鉴定了10个与调节能量代谢、微生物菌群、氨基酸及脂肪酸代谢相关的生物标志物。下淤血汤的作用机理可能包括这些过程。另外,对心气不足证的代谢组学特征和温心方对其治疗作用进行了实验研究,采用uplc―ms联用技术、多变量分析和数据库检索等方法,鉴定出了17个生物标志物,通路分析提示心气不足证的糖酵解、糖异生代谢,不饱和脂肪酸、脂肪酸及嘌呤的生物合成代谢网络被严重扰乱,而温心方通过调节多个通路紊乱至正常水平而具有潜在的药理作用。运用代谢组学方法对逍遥散抗抑郁的作用机制进行了实验研究,以核磁共振(nmr)结合多变量分析的方法对血浆代谢物组进行鉴定和分析,发现了11个潜在的生物标志物,且与对照组比较抑郁治疗组的氧化三甲胺、丙氨酸、羟基丁酸、缬氨酸、亮氨酸/异亮氨酸、低密度/极低密度脂蛋白和脂肪含量降低,卵磷脂、高密度脂蛋白、胆碱。 3.在中药安全性和毒性研究中的应用

代谢组学及其发展

代谢组学及其发展 摘要:代谢组学是上世纪九十年代中期发展起来的一门新兴学科,是系统 生物学的重要组成部分。它是关于生物体系内源代谢物质种类、数量及其变化规律的科学,研究生物整体、系统或器官的内源性代谢物质及其所受内在或外在因素的影响。 关键词:代谢组学,研究方法,组学运用,中药学 1 代谢组学 代谢组学(metabonomics/metabolomics)是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想,对生物体内所有代谢物进行定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。 2代谢组学的研究方法 2.1研究范围 代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物(MW<1000)。在食品安全领域,利用代谢组学工具发现农兽药等在动植物体内的相关生物标志物也是一个热点领。其样品主要是动植物的细胞和组织的提取液。 2.2常用的分析技术 主要技术手段是代谢组学以液相色谱一质谱(LC.MS)、气相色谱-质谱(GC.Ms)、核磁共振谱(NMR)等方法为主要研究手段[1.2.3],其中以NMR为主。通过检测一系列样品的NMR 谱图,再结合模式识别方法,可以判断出生物体的病理生理状态,并有可能找出与之相关的生物标志物(biomarker)。为相关预警信号提供一个预知平台。 据不同的研究对象和研究目的,Fiehn 将生物体系的代谢产物分析分为4个层次:(1)代谢物靶标分析对某个或某几个特定组分的分析。在这个层次中,需要采取一定的预处理技术除掉干扰物,以提高检测的灵敏度。(2)代谢轮廓(谱)分析对少数所预设的一些代谢产物的定量分析。如某一类结构、性质相关的化合物,某一代谢途径的所有中间产物或多条代谢途径的标志性组分。进行代谢轮廓(谱)分析时,可以充分利用这一类化合物的特有的化学性质,在样品的预处理和检测过程中,采用特定的技术来完成。(3)代谢组学是在限定条件下对特定生物样品中所有内源性代谢组分的定性和定量分析。进行代谢组学研究时,样品的预处理和检测技术必须满足对所有的代谢组分具有高灵敏度、高选择性、高通量的要求,而且基体干扰要小。代谢组学涉及的数据量非常大,因此需要有能对其数据进行解析的化学计量学技术。代谢组学的最终目标是解析所有的可见峰。(4)代谢指纹分析不具体鉴定单一组分,而是通过比较代谢物指纹图谱的差异对样品进行快速分类。 2.3数据处理平台 应用NMR或MS得到的代谢组学数据是海量的多变量数据信息,需要利用模式识别(PR,pattern recognition)技术进行多元数据分析,将数据降维,然后对样本分类或寻找生物标志物(biomarker),用来解释代谢表型(metabolic phenotypes)

谈基于代谢组学技术的中药复方研究近况

谈基于代谢组学技术的中药复方研究近况 中药复方是中药临床应用的重要形式,通过多成分协同作用实现对人体疾病的调节与治疗,其作用靶点多,一般涉及多条代谢通路,并具有时效性。传统研究手段一般只针对复方的某一功效、主治开展药效和药理研究。相比之下,代谢组学结合了大规模信息提取技术和多元变量处理技术,针对机体所有代谢产物进行分析,其研究模式与复方作用机制相契合,故近年来被广泛应用于中药复方研究。本文回顾了近五年来代谢组学技术在中药复方研究中的应用,拟通过初步分析、总结其应用概况及研究成果,讨论可能存在的问题,并展望其研究前景。 1 代谢组学简介 1. 1 代谢组学的起源与发展代谢组学作为系统 生物学的重要组成部分,起源于1970 年代。1999年,Nicholson 等受到核磁共振( NMR) 技术分析大鼠尿液这一实验研究的启发,最先提出代谢组的概念,认为代谢组学是生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年Fiehn 等定义了代谢组学,认为代谢组学是对限定条件下的特定生物样品中所有代谢产物的定性和定量分析。 1. 2 代谢组学的主要研究层次、研究对象及研究方法 目前,代谢组学的研究层次主要分为靶标分析、代谢轮廓分析、代谢物指纹分析及代谢组学分析,相比较而言,代谢组学分析更加系统

化、完整化。代谢组学利用先进的分析手段对生物单元,如生物体液、细胞或组织提取物中的一些小分子物质( 相对分子质量 1 kDa) 进行系统的测量和分析。同时结合大规模信息提取技术和多元变量处理技术,分析外源性物质及因素( 如药物、食物、环境等) 对生物体所产生的整体效应,认识机体的生理、病理状态。最后,结合模式识别和专家系统等分析方法确定生理病理状态下及外源性物质刺激引起的内源性代谢物组的变化规律,获得表征生物体在特定时间和环境下的整体功能状态与生物标志物( 群) 。 2 基于代谢组学的中药复方药效及作用机制研究 代谢组学技术的引入,为复方药效及作用机制研究提供了新思路和新方法,有助于科研得到更加全面、准确、动态的结果,促进了这一研究领域的发展。 2. 1 临床研究 在临床应用方面,代谢组学能够实现对血液、尿液、粪便以及唾液、精液、眼泪等生物样品的检测,与传统检测手段相比,代谢组学技术具有非破坏性,能够更全面、更快速地得到检测结果,从而提高患者的依从性。同时,代谢组学技术提供的动态分析结果,符合中药复方辨证论治的诊疗特点,能够更好地为临床服务。 林燕等研究玉屏风颗粒对反复上呼吸道感染肺卫气虚证患者的药效作用机制,研究基于液质联用技术检测患者血浆,结果表明疾病组在治疗前的代谢谱和健康组存在明显不同,经玉屏风颗粒干预后其代谢谱向健康组回归; 半胱氨酸、苏氨酸、焦谷氨酸和L-蛋氨酸4 种物

代谢组学的定义(1)

代谢组学的定义 代谢组学(metabolomics/metabonomics)[1, 2]是上世纪90 年代中期发展起来的一门新学科,它是研究生物体系受外部刺激所产生的所有代谢产物变化的科学,所关注的是代谢循环中分子量小于1000 的小分子代谢物的变化,反映的是外界刺激或遗传修饰的细胞或组织的代谢应答变化。代谢组学的概念来源于最初人们提出的“代谢物组”(metabolome),即指某一生物或细胞所有代谢产物,后来发展为代谢组学的概念。其最主要的特征是通过高通量的实验和大规模的计算,从系统生物学的角度出发,全面地综合地考察机体的代谢变化。作为一种崭新的方法学,代谢组学已成为国际上疾病与健康研究的一个重要热点。 Nicholson 研究小组于1999 年提出了metabonomics 的概念[1],并在疾病诊断、药物筛选等方面做了大量的卓有成效的工作[3, 4]。Fiehn 等[5]提出了metabolomics 的概念,第一次把代谢产物和生物基因的功能联系起来。之后很多植物化学家开展植物代谢组学的研究,使代谢组学得到了极大的发展,形成了当前代谢组学的两大主流领域:metabolomics 和metabonomics。前者是对生物系统整体的、动态的认识(不仅关心代谢物质的整体也关注其动态变化规律),而后者强调分析且是个静态的认识概念,因此可以认为metabolomics 是metabonomics 的一个组成部分。代谢组学经过不断的发展,一些相关层次的定义已被学术界广泛接受。第一个层次为靶标分析,目标是定量分析一个靶蛋白的底物和/或产物;第二个层次为代谢轮廓分析,采用针对性的分析技术,对特定代谢过程中的结构或性质相关的预设代谢物系列进行定量测定;第三个层次为代谢指纹,定性或半定量分析细胞内外全部代谢物;第四个层次为代谢组分析,定量分析一个生物系统全部代谢物,其目前还难以实现。 目前,代谢组学已在药物毒性和机理研究[6-7]、微生物和植物研究[8,9]、疾病诊断和动物模型[10, 11]、基因功能的阐明[12]等领域获得了较广泛的应用,在中药成分的安全性评估[13]、药物代谢分析[14]、毒性基因组学[15]、营养基因组[16]、药理代谢组学[17-19]、整合药物代谢和系统毒理学[20, 21]等方面也取得了新的突破和进展代谢组学的具体研究方法是:运用核磁共振(NMR)、质谱(MS)、气质联用(GC-MS)、高效液相色谱(HPLC)等高通量、高灵敏度与高精确度的现代分析技术,通过对细胞提取物、组织提取物、生物体液(血浆、血清、尿液、胆汁、脑脊液等)和完整的脏器组织等随时间变化的代谢物浓度进行检测,结合有效的模式识别方法进行定性、定量和分类,并将这些代谢信息与生理病理过程中的生物学事件关联起来,从而了解机体生命活动的代谢过程[22]。 基于核磁共振的代谢组学 作为众多化学分析方法中的一种,NMR 在代谢组学的研究中起着非常重要的作用。首先,NMR 分析生物体液或活体组织等复杂样品时,预处理过程简单,测试手段丰富,包括液体高分辨NMR、高分辨魔角旋转(HRMAS) NMR 和活体磁共振定域谱(MRS),因此能够在最接近生理状态的条件下对不同类型的样品进行检测。其次,NMR 是一种无创性的多参数动态分析技术,同时具有定性分析和定量分析的能力;NMR 谱本身携带有丰富的分子结构和动力学信息,通过扫描生物样品可以得到其所有含NMR 可观测核的、且含量在NMR 检测限上的代谢物的特征NMR 谱。再次,NMR 检测可以在很短的时间内完成(一般5 ~ 10 分钟),这对于实现高通量样品检测,并保证样品在检测期内维持原有生化性质至关重要。此外,低温探头、自动进样技术的出现和日趋完善,也使检测灵敏度和速度不断提高。最

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