RT-PCR方法检测白血病中NUP98-HOX融合基因的初步研究

RT-PCR方法检测白血病中NUP98-HOX融合基因的初步研究
RT-PCR方法检测白血病中NUP98-HOX融合基因的初步研究

中国实验血液学杂志Jo“rnnz吖、Ez印rimP”f口zHPmnfoz0_削2005;13(1):83—87

文章编号(ArticleID):1009—2137(2005)01—0083—05

RT.PCR方法检测白血病中NUP98.HOX

融合基因的初步研究

张琰,李玲1,温丙昭1,林仁勇,曹旭2,王宁2,哈力达?牙森1,

江明1,温浩,卢晓梅,冯晓辉,王星

新疆医科大学第一附属医院中心实验室,乌鲁木齐830054;1新疆医科大学第一附属医院血液科,乌鲁木齐830054;2美国ALabama大学病理系

?83??论著?

摘要为了研究白血病患者体内是否有NUP98一HOXA、NuP98一H0xB、NuP98一H0xc、NuP98一HoxD融合基因,提取了骨髓中单个核细胞总RNA,用甲醛变性电泳检测其完整性;反转录合成cDNA第一链并设计了17对引

物,以巢式PCR法(nested—PCR)扩增NuP98一H0xA融合基因;一步法扩增NuP98一HOxB、NuP98一HoxC和

NuP98一H0xD融合基因,412bpGAPDH作为内参照引物,2%琼脂糖凝胶电泳判断PcR结果。结果表明:所提RNA完整,反转录后PcR扩增每个样本中均有内参照GAPDH的表达,但是未发现有NuP98一HoxA、NuP98一

HoxB、NUP98一H0xc、NuP98一HoxD融合基因。结论:在本研究所取新疆白血病人群中没有检测到NuP98一HOXA、NUP98一HoXB、NUP98一HoXC和NUP98一HOXD融合基因。

关键词NUP98一HOX融合基因;白血病;RT—PCR

中图分类号R733.7文献标识码A

RT.PCRDetectingNUP98.HoXFusionGeneinLeukemia

ZHANGY砬”,LjLi咒91,WENBing—Z矗以01,L工NR硎一Yro竹g,CAoX“2,WANGNi咒92,

HALIDA—Y江Sengi,HANGMingL,WENH晓0.LUXino—Mei,FENGxino—Hui,WANGxinM耐imfRP5阳rc^(■订£Pr,了heFi耶£A∥:f记£鲥Hos加栅Z盯Xi可如ngMdifnzL『ni雠rsi砂,Ur“”zqi830054,azi"“;1J卫加九"2enf可

He7nnt()zOgy,TheFirstA,fizintedHospnnl【dxin'in扎gMedtcnzU札i础rsity,Uru?nqi83Q054,Chinn;z1)epnl‘tHlentofPntho{og,,L,nz训e“i9o厂ALⅡ6Ⅱ”2d,USA

AbstractToinvestigatewhetherthereareNUP98一HOXA,NUP98一HoXB,NUP98一H()XC,NUP98一HOXDfusiongenesin

leukemiapatientsinXinjiang,celllllartotalRNAwasextractedfromthebonemarmwmononuclearcells,theformaldehyd}agarosegelelectrophoresiswasusedtojudgewhetherRNAwasintact,the17RT—PCRprimersweredesignedtoamplifythepredictedfusionjunctionsand412bpGAPDHwasusedasaninternalcontr01,NUP98一HOXAfusiongeneswereampllfiedbynested—PCRfollowingreversetranscription.()ne—stepPCRwasperformedtoamplifytheotherpredictedfusiongenes.TheresultsshowedthatRNAwaspmvedtobeintactandexpressionofGAPDHwasfoundineverysample.However,nopredictedfusiontranscriptsweredetectedinleukemiapatients.Inconclusion,noNUP98一HOXfusiongenesweredetectedinthesamplesfromXinjiang.

KevwordsNUP98一HOXfusiongene;leukemia;RT—PCR

.,。Ez声心,”afoZ2005;13(1):8387

染色体易位常与肿瘤的发生相关,尤其在急性白血病中染色体易位至少占65%11。31。急性白血病发生与基因重排及非随机的染色体易位相关。易位可致具有重要功能而原本分离的两条多肽链断端融合形成新的融合蛋白。通过对这些基因的生物学研究可使我们更好的了解染色体重排发生的原因和白血病发生的机制。近年来,国外学者在急性粒细胞白血病(AML),骨髓增生异常综合征(MDS),慢性粒细胞白血病(CML)中发现了与染色体11P15相关的易位,即核孔蛋白基因(nucleoporingene,NuP98)¨叫5J。这些易位产生的融合基因中,较为普遍的是NUP98与同源框基因(homeoboxgene,HOx)的融合,后者包括染色体1q23的PMxl¨。、2q31的HoXDl3”o、7p15的HoXA9、HoXAll和HoXAl3[6_9’16j、HOXCll[”1、HoXDll[18J。报道发现发生NUP98一HoXA9融合的患者80%一90%源自东方人种,这些白血病患者主要是FAB分型中的

通讯作者:温浩,主任医师、教授、博士生导师.电话:(0991)4362844.E—mail:wenhao@superinf0.info

2004—03一01牧稿;2004—10—20接受

万方数据

?84?

M,,很少一部分是M。,偶尔是Ph染色体阳性或阴性的CML患者n9‘20I。Kroon等心¨的研究发现,将表达有NuP98一H0xA9融合基因的逆转录病毒转染至小鼠骨髓细胞,在体外可导致髓祖细胞增生,体内则可诱发小鼠发生髓增生性疾病(myeloprolif.erativedisease,MPD),几个月后,随着MPD的发展,表达有NUP98一HOXA9的小鼠发生AML。因此,本研究采用逆转录.聚合酶链反应(RT—PCR)的方法初步检测急性白血病患者体内是否存在NUP98一HOX融合基因。

材料与方法

研究对象

2002年12月一2004年1月在新疆医科大学第一附属医院血液科就诊及外院送检的初诊标本共70例(附表),其中主要选择非淋巴细胞性白血病,按FAB分型诊断为:急性淋巴细胞性白血病(acutelymphocyteleukemia,ALL)8例,其中L26例,L32例;急性非淋巴细胞性白血病38例(附表),其中M。/M。7例,M221例,M。8例,M5。1例,M。1例;慢性粒细胞性白血病22例;慢性淋巴细胞性白血病(chroniclymphocyteIeukemia,CLL)2例。男性34例,女性36例,平均年龄41岁。

主要仪器和试剂

总RNA提取试剂TRIzoL购自InvitrOgen公司,异丙醇、氯仿及去离子甲酰胺均为Sigma公司产品,反转录试剂盒购自Promega公司,TaqDNA聚合酶(10u/弘1)、琼脂糖为上海生工产品,PCR仪(BIoRAD,美国)。

总RNA的提取及RT

标本的采集及单个核细胞(MNc)提取化疗前采骨髓血4—5ml(EDTA.Na2抗凝)。‘取抗凝骨髓或外周血4m1加等量的1×PBs稀释后用Ficoll分离液(Sigma公司Histopaque一1077)分离出MNC,PBS洗涤2次,在液氮中存储备用。

细胞总RⅣA提取根据TRIzoL试剂说明书提取样品RNA后将其溶于去离子甲酰胺中,置一85℃冰箱备用。

甲醛变性电泳按照RNA提取试剂盒说明书(Pro—mega公司)进行。

逆转录(陀阳瑚口frnnscrfpffo,l,RT)按试剂盒(Promega公司)操作说明进行,产物存于一20℃。

中国实验血液学杂志,Ezp胁m“foz2005;13(1)

PCR方法扩增NUP98.HOx融合基因

简并引物为上海生工公司合成,余均为Qiagen公司合成,以GAPDH为内参照,反应体系为20肚l,模板cDNA(RT产物)1弘l,10×PCR缓冲液2弘l,25mm01/LMgCl21.3弘l,dNTP0.4弘l(终浓度400肛mol/L),各引物均为1弘l(终浓度0.6肛mol/L),TaqDNA聚合酶1U。

巢式PcR扩增NuP98.Hoj,A引物设计及扩增条件参考文献[16]。

第一轮扩增上游引物:NUP98一l57一CTTGGT—GCTGGACAGGCATC37;下游引物:HOxA简并引物5—7(A/C)A(C/T)(C/G/T)C(G/T)(C/G)G(G/T)GTT(C/T)TG(A/G)AACCA37。扩增条件为95℃4分钟;94℃30秒,55℃45秒,72℃2分钟,共35个循环,72℃10分钟;4℃过夜。

第二轮扩增:以稀释10—20倍后的第一轮产物为模板,引物如下:

上游引物:Nup98—25一CGGGATCCGCACAAATAC—CAGTGGGAATAG一37;下游引物:Hoxa957一GG—GCACCGTTTTTTCCGAGTGGAG一37.Hoxal057一TGTCTGGTGCTTCGTGTAGGGGCA一37.Hoxal157一CAGCCGCTGGAGTCTTAGAGGAGTG一37.Ho—xal357一ATTCGTGGCGTATTCCCGTTCAAGTTC一37。扩增条件为95℃4分钟;94℃30秒,56℃45秒,72℃2分钟,35个循环,72℃10分钟;4℃过夜。一步法扩增NUP98.HoxB,NUP98.Hoxc.NL伊98.Ho』xD引物采用DNAMAN生物学软件设计如下:上游引物:Nup9857一ATATATGGATc—CGCACAAATACCAGTGGGAATAG一37;下游引物:Hoxb957一CTTTGCCCTGCTCCTTATTCATTTTC—TTC一37.Hoxbl357一AGGGGTAGCGCTGTTCTT—CACCTTG一37,Hoxc957一CTGGGTAGGGTTTAG—GACTGCTCC一37.Hoxcl057一TGGAGGTCAGTTC—CCGGATCCGA一37.Hoxcl157一CAGCAGAGGATT—TCCCGAGAAATACTG一37.Hoxcl257一AGAGAGC—TTGCTCCCTCAACAGAAGTC一37.Hoxcl357一AG—GTGGAGTGGAGATGAGGCGCT一37.Hoxd957一CAGTCTCCTTTGGGGCATTTCTCCTT一37.Hox—d1057一CGTGAGGTTGGCGGTCAGTTCTC一37.Hoxdl157一ACTGCAGACGGTCTCTGTTCAGTT—TC一37.Hoxdl257一GTAGAGCGCCAGCGCCTGCT一37.Hoxdl357一CAGGAGACAGTATCTTTGAG—CTTGGAG_37。扩增条件为95℃4分钟;94℃45秒,63℃1分钟,72℃2分钟,共35个循环,72℃10分钟,4℃过夜。

万方数据

RT-PcR方法检测白血病中NuP98一Hox融合基因的初步研究

内参照引物GAPDH(412bp):扩增条件同上。上游引物:57一CCCATCACCATCTTCCAGGAG一37;下游引物:57一GGCAGGGATATTCTGGAGAGCC一

7。

PCR产物电泳

取PCR产物6肛l,2%琼脂糖凝胶

电泳,结果在凝胶成像仪下读取。

Table1.Thegeneraldataof70leukemiapatients

结果

RNA样品鉴定

经甲醛变性电泳可见清晰亮带(28S,18S)(图1),说明所提取的mRNA较完整。分光光度计测浓度表明,所提RNA浓度为o.5—2.opg缸l时,oD2。。/

Figure

1.

RNA

fOrmaldehyde

denaturalizingelectrophoresis.Lane1:totalRNAofsample

1.Lane2:tOtaIRNA0f

sample

?

85

?

OD2。。值在1.8—2.0之间。这表明RNA相对分子质量完整,无降解,无污染。RT—PCR结果

提取的70例白血病患者RNA经RT—PCR扩增NUP98一HOXA、NUP98一HOXB、NUP98一HOXC及NuP98一HOxD融合基因(共16种),见图2,图3。内参照GAPDH在每一样品中均有表达,NuP98一

Figure2.ThefirstroundPCR

amplificationresultofNUP98-

HoXAfusiongene.Lane1:pUCl9DNAmarker.Lane2:sample2.Lane3:sampIe5.Lane4:sample16

Fi2ure3.ThePCR

amplificationresultoffusion2eneNUP98.

HoX(s锄ple

2).Lanel:pUCl9DNAmarker.Lane2:firSt

roundof

NUP98-HoXA.Lane

3:second

roundof

NUP98-

HoXA9.Lane4:secondroundOfNUP98-HoXAl3.Lane5:

NUP98.HoXB9.Lane6:NUP98-HoXCl1.Lane7:NUP98-HoXCl3.Lane

8:NUP98.HoXD9(412

bp:GAPDH)

万方数据

?86?

HOxA在第一轮扩增中未见条带,第二轮特异性扩增后仍无条带。同样NUP98一HOXB、NUP98一HoXC、NUP98一HOXD扩增未见条带。

讨论

HOX基因是一簇含有共同的183个核苷酸序列的调节基因,在生物的发育分化中起重要作用,具有高度保守性,是转录过程的主控基因。人类HOX基因主要分为两大类:I类HOX基因和II类HoX基因(后者又称为非HOx基因)。I类HOx基因具有特定的时空表达模式,分为A、B、c、D4簇,呈线性依次排列于7,17,12和2号染色体。在造血发育中HOx基因家族也表现出多样性和重复性的调控作用,具有系谱特异性和阶段特异性,整个HOX基因在造血调控中相互协调,共同调节造血细胞。近年来,一些实验已证明某些HoX基因表达的改变可能引发白血病¨_9'16_18'21’23'24|。

NuP98是核孔复合物(nuclearporecomplex)的组成部分,位于人类染色体11P15,编码分子量98kD的核孔蛋白,NuP98位于核孔复合物的胞核面,它在核浆运输中起到停靠蛋白的作用。这一功能主要依赖于其N末端的多个丙氨酸一甘氨酸(FG)重复序列‘22I。

近年来的一些研究证实某些HoX基因和NuP98基因融合可能与白血病的发生有关。Huang等心31在台湾发现4例7号和ll号染色体易位,即t(7;11)(P15;P15)的AML患者,其中3例为M,,1例为M。。病人接受化疗后,仅其中1例短期内完全缓解。该研究提示:t(7;11)的发生有种族性和地域性,尤其多发生于东方人群,而且预后差。通过分子生物学的方法检测NuP98.HOxA9融合基因是诊断t(7;11)的有效手段,同样也可通过其来监测治疗后的疾病状态。Nakamura等Ho报道,t(7;11)(P15;P15)易位是由NuP98和HoxA9融合所致。框内融合转录本含NuP98的N一末端和HOxA9的大部分编码区域,其中NuP98部分包含其功能性的GLFG重复域,HoxA9部分含整个HOxA9的同源域t(7;11)易位对整个HOxA簇基因有潜在的影响心5I,Nakamura等¨o认为t(7;11)使HoxAl0,A11,和A13与其他的A簇基因,包括位于HOXAl3’端的维甲酸应答元件(retinoticacidre—sponseelement,RARE)分开,HOXAl0、A11、A13和NUP98一HOXA9位置的改变致使机体对维甲酸的敏感性降低。NuP98一HoxA9融合基因中,HoxA9

中国实验血液学杂志’,EzpHjmn£oz2005;13(1)

与NUP98启动子结合,抑制了HOxA9的关闭。

KwongL24o和Kei“26o等报道了3例白血病人(1例M.,2例M,)中有NUP98一HOxA融合基因,患者

均发生了粒细胞生成紊乱,且预后较差。Keil【i

等。26。认为NUP98一HOx融合基因的检出有助于鉴

别AMLM,和BCR,Ph染色体阴性的cML加速期。Golub等旧7。发现,在与临床预后相关的6800多种基因检测中,HoxA9基因是唯一的标志基因,认为HOxA9表达是诊断AML的预测指标,其过表达与AML病人治疗失败相关。

本研究根据目前关于NuP98一HOx融合基因

的研究报道,推测可能还存在其它的HOx家族基

因与NUP98的融合。因此,我们采用了DNAMAN

5.0针对16种HOx基因终止密码子前部分序列设

计特异性下游引物,这样如扩增出片段,它将包括

HoX的同源结构域,后者是NUP98一HoX融合基因

的组成部分。RT—PCR是检测染色体结构畸变形成

的融合基因较为敏感和有效的方法,其敏感度达10一10。(可从107个正常细胞中检测出1个携带NUP98一HOXmRNA的白血病细胞)。本研究运用RT—PCR检测白血病患者体内是否有融合基因。以巢式PCR扩增NuP98一HoxA融合基因,其中第一轮扩增采用HOxA简并引物,第二轮扩增目的是判断具体是何种HoxA簇基因与NUP98融合;另外以一步法扩增NUP98一HOXB、NUP98一HoXC、NUP98一HOXD融合基因。样本中均有GAPDH的表达,但未检测到融合基因。这一结果提示:①NuP98一HOx融合基因在新疆人白血病中的发生率可能比较低。Fu.imuraL28‘曾报道融合基因在日本所有AML患者中的发生率<1%。②本研究共设计了多达17对引物,但其数量和针对性仍然有限,这可能是导致未发现NuP98一HOx融合基因的原因之一。③本研究主要针对急慢性髓性白血病,样本例数有限,对于NuP98一Hox融合基因在白血病的发生和发展的作用机制,有待我们扩大样本数从细胞遗传学,分子生物学等多角度做进一步的研究。

致谢:衷心感谢美国阿拉巴马大学病理系曹旭教授,王宁博士给予的无私帮助;感谢新疆医科大学第一附属医院血液科所有医护人员给予的大力支持;感谢北京西苑医院血液病实验室许勇钢,杨晓红,王宏志三位老师和麻柔主任在此研究中给予的协助!

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万方数据

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段,用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因,也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法,仅检测第5-8外显子即可发现85%以上的p53基因突变。由于该法简便快速,特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法(HA) HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起,在非变性凝胶中电泳时,会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似,所不同的是SSCP分离的是单链DNA,HA法分离的是双链DNA,也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用,两者结合使用,可使突变检出率提高到近100%。

【CN109593861A】不同位点白血病MEF2DBCL9融合基因寡核苷酸的检测方法及检测试剂盒【

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910118948.X (22)申请日 2019.02.18 (71)申请人 南方医科大学 地址 510515 广东省广州市白云区沙太南 路1023号-1063号 (72)发明人 李玉华 胡宇行 常宁 贺艳杰  (74)专利代理机构 北京市诚辉律师事务所 11430 代理人 范盈 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 不同位点白血病MEF2D-BCL9融合基因寡核 苷酸的检测方法及检测试剂盒 (57)摘要 本发明是一种用于检测不同位点白血病 MEF2D -BCL9融合基因检测方法及试剂盒,包括检 测体系PCR反应液、引物对、探针、阳性对照品和 阴性对照品。利用实时荧光PCR中的Taqman探针 技术检测患者体内MEF2D -BCL9融合基因的表达 情况以及对高危人群进行较为准确的筛查和鉴 定,具有特异性好,灵敏度高,方法简便高效的特 点。 权利要求书2页 说明书7页序列表3页 附图2页CN 109593861 A 2019.04.09 C N 109593861 A

权 利 要 求 书1/2页CN 109593861 A 1.一种用于不同位点MEF2D-BCL9融合基因的检验试剂盒,所述检验试剂盒中包括检测用引物、探针,其特征在于: 检测目的基因用上下游引物分别为:202-968-F、202-968-R、221-968-F、221-968-R、202-1055-F、202-1055-R、221-1055-F、221-1055-R,探针为202-968-Probe、221-968-Probe、202-1055-Probe、221-1055-Probe,检测内参基因ABL1用引物为ABL1-F、ABL1-R,探针为ABL1-Probe;其中, 序列信息 202-968-F:GCAGCCAGCACTACAGAGGA SEQ ID No.1 202-968-R:CTCTGGAGGCATGGTATAAGGTGT SEQ ID No.2 202-968-Probe:FAM-CCCCACCTCCTACAGCCAGCC-BHQ1 SEQ ID No.3 221-968-F:GTGACCTGAACAGTGCTAACGGA SEQ ID No.4 221-968-R:CTGGAGGCATGGTATAAGGTGT SEQ ID No.5 221-968-Probe:FAM-CCTGCCCCAGCCCTGTTGGTG-BHQ1 SEQ ID No.6 202-1055-F:CAGCCAGCACTACAGAGGAACA SEQ ID No.7 202-1055-R:CTGAGGGTTGGCATCGGAAC SEQ ID No.8 202-1055-Probe:FAM-CTGCCCCAGCGGCCAGCTA-BHQ1 SEQ ID No.9 221-1055-F:GTGACCTGAACAGTGCTAACGGA SEQ ID No.10 221-1055-R:ACCTGAAATTCGAGGATTCTGTGT SEQ ID No.11 221-1055-Probe:FAM-CTGCCCCAGCCCTGTTGGAA-BHQ1 SEQ ID No.12 ABL1-F:GTGAGTGACATAGCCTCATGTTC SEQ ID No.13 ABL1-R:GCAGGCGTGCTCGTGAAAT SEQ ID No.14 ABL1-Probe:Quasar670-TCAGGGAGGGTTAGGAAAACCAC-BHQ-plus SEQ ID No.15。 2.根据权利要求1所述的检验试剂盒,所述检验试剂盒中还包括阴性对照和阳性对照,所述阳性对照品为含有MEF2D-BCL9 Variant 1,MEF2D-BCL9 Variant 2,MEF2D-BCL9 Variant 3,MEF2D-BCL9 Variant 4;所述阴性对照品为去离子水。 3.一种用于不同位点MEF2D-BCL9融合基因的引物和探针组合物,所述的引物和探针组合物包括:202-968-F、202-968-R、221-968-F、221-968-R、202-1055-F、202-1055-R、221-1055-F、221-1055-R,探针为202-968-Probe、221-968-Probe、202-1055-Probe、221-1055-Probe,检测内参基因ABL1用引物为ABL1-F、ABL1-R,探针为ABL1-Probe;其中,序列信息 202-968-F:GCAGCCAGCACTACAGAGGA SEQ ID No.1 202-968-R:CTCTGGAGGCATGGTATAAGGTGT SEQ ID No.2 202-968-Probe:FAM-CCCCACCTCCTACAGCCAGCC-BHQ1 SEQ ID No.3 221-968-F:GTGACCTGAACAGTGCTAACGGA SEQ ID No.4 221-968-R:CTGGAGGCATGGTATAAGGTGT SEQ ID No.5 221-968-Probe:FAM-CCTGCCCCAGCCCTGTTGGTG-BHQ1 SEQ ID No.6 202-1055-F:CAGCCAGCACTACAGAGGAACA SEQ ID No.7 202-1055-R:CTGAGGGTTGGCATCGGAAC SEQ ID No.8 202-1055-Probe:FAM-CTGCCCCAGCGGCCAGCTA-BHQ1 SEQ ID No.9 2

血液病中的融合基因

一、Ph染色体相关白血病的检测 Ph染色体最初在慢性粒细胞性白血病(CML)中发现,其发生率达到90%以上,成为慢粒的细胞遗传学标志。该染色体是由于第9号染色体长臂3区4带(9q34)和22号染色体长臂1区1带(22q11)相互易位所致,其后果使位于9q34的原癌基因C-ABL和位于22q11的BCR基因发生融合,形成BCR-ABL融合基因,并表达为BCR-ABL融合mRNA,翻译成融合蛋白质。20世纪70年代以来,在部分急性淋巴细胞白血病(ALL)中也发现有Ph染色体,占ALL的5%(儿童)~25%(成人)。近年来由于PCR技术的不断发展,对Ph染色体阳性白血病的诊断和残留白血病细胞的检测有了很大的进展。 应用筑巢式逆转录酶/多聚酶链反应技术(RT/PCR)检测BCR—ABL融合基因转录本,发现了3种BCR-ABL异构体,这种异构体的形成是由于BCR基因断裂点的位置不同所致。慢粒患者在BCR基因的断裂点主要集中于经典的bcr区域,即M-BCR区域,而伴有Ph染色体急性白血病中,约50%的患者BCR基因断裂点与慢粒患者相同,而另50%患者的断裂点位于BCR 基因的第1个内含子,ABL基因的断裂点主要位于第1或第2个内含子,第22号染色体的断裂点位于M-BCR2内含子,即M-BCR第二外显子与ABL基因第二个外显子相融合(简称b2a2转录本)。如果断裂点于M-BCR第三外显子即形成b3a2转录本,如果BCR基因的断裂点位于基因的第一内含子,则形成e1a2转录本,后者主要见于Ph染色体阳性的急性白血病患者。 二、急性早幼粒细胞性白血病的检测 急性早幼粒细胞白血病(APL)患者中95%以上具有特异的染色体易位t(15;17)(q22;q21),易位的结果使第15号染色体长臂2区2带的早幼粒细胞白血病基因(PML)和第17号染色体长臂2区1带的维A酸受体α(RARα)基因形成PML-RARα融合基因转录本。由于该融合基因对APL具有高度特异性,因此可以作为APL诊断的分子标志。近年来各国科学家有在少数APL患者中陆续发现了变异型染色体易位t(5;7)、t(11;17)、dup(17)形成的NPM-RARα、PLZF-RARα、NμMA-RARα、STATSB-RARα融合基因,这对进一步研究APL的发生机制具有重要意义。同时在APL患者的鉴别诊断和治疗上具有积极的意义。 三、急性粒细胞性白血病(M2b)的检测 急性粒细胞性白血病(M2b)型患者中90%存在特异的t(8;21)(q22;q22)染色体易位,伴该染色体易位的白血病细胞具有一定程度的分化能力,能分化至较成熟的嗜中性和嗜酸性细胞,且对化疗反应较敏感。目前已经发现该染色体易位使8号染色体的ETO/MTG基因和21号染色体的AML1基因融合形成AML1-ETO融合基因,从而导致产生AML1-ETO嵌合转录子,这种异常转录因子有可能参与造血系统恶性肿瘤的发生,因此检测该融合基因转录本对急性粒细胞性白血病(M2b)型患者的诊断、微小残留病变监测等具有重要意义。 四、AML-M4伴嗜酸性细胞增多症中inv(16)导致CBF-MHY11融合基因的检测 近年来的研究发现在AML-M4伴嗜酸性细胞增多症中inv(16)(p13;q22)的结果使16号染色体长臂的CBF(核心结合因子)β链基因和短臂的MYH11基因发生融合,形成两种形式的融合基因,即CBFβ-MHY11和MHY11-CBFβ融合基因,其中前者对M4Eo的致病可能更为重要。研究结果提示CBFβ基因的断裂点恒定于靠近3′端编码区的17个氨基酸处,而MYH11基因的断裂点存在着至少3种不同的方式,同进这些重排仍然保持融合基因转录本的开放阅读框架。与其他类型的白血病发生的分子机制相似,CBFβ-MYH11融合蛋白的产生将促使白血病的发生。特别有意义的是,本型白血病中的inv(16)与急性粒细胞性白血病(M2b)型中的t(8;21)(q22;q22)染色体易位分别累及CBFα和β链,进一步说明了转录因子异常在白血病发病机制中的特殊地位。 与用PCR检测CBFβ-MYH11融合基因时,必须检测所有可能的CBFβ-MYH11融合基因转录

白血病融合基因

白血病融合基因Last revision on 21 December 2020

bcr/abl融合基因 慢性粒细胞白血病(Chronic Myelogenous Leukemia,CML)是一种发生于造血干细胞的血液系统恶性克隆增生性疾病。在受累的细胞系中可找到Ph标记染色体或(和)bcr/abl基因重排。 基因结构 人abl基因位于9号染色体长臂,有1b、1a和2-11共12个外显子。转录始自1b或1a,形成的两种mRNA长度分别为7kb和6kb,合成的两种蛋白质分子量均约为145,前者定位于细胞膜,而后者主要在细胞核内。abl主要结构有N 端的肉瘤同源2(srchomology,SH2)、SH1。SH2结合磷酸化的酪氨酸残基,SH1具有酪氨酸激酶活性。近C端富含酸性氨基酸残基,可结合DNA。abl蛋白参与细胞周期调节。在G0期,abl-Rb蛋白复合物与DNA结合。在G1→S转变过程中,Rb被磷酸化,abl与之分离,并激活,使RNA聚合酶磷酸化,促进转录,细胞进入S期。 bcr基因位于22号染色体长臂,有23个外显子。蛋白产物分子量均为160。bcr蛋白第1-63个氨基酸是二聚体化结构,参与bcr蛋白多聚体的形成。bcr蛋白参与细胞周期调节,但详细过程还不十分明确。bcr基因断裂点集中在三个区域:主要(major bcr,M-bcr)、次要(minor bcr,m-bcr)和μ(μ-bcr)区域。abl基因断裂位于第1或第2内含子。因断裂点不一,bcr/abl融合基因及其mRNA和蛋白产物呈多样性。CML的bcr基因断裂点常位于M-bcr,主要是b2a2和b3a2,蛋白分子量为210kb。bcr基因在ALL中大约2/3为m-BCR位点。Ph1染色体和bcr/abl融合基因是CML的分子基础,并可作为区分典型CML 和非典型CML的诊断指标。

(3)理解基因突变的检测方法

第十章基因突变 一、教学目的与要求: (1)了解基因突变的类型和性质、特征 (2)掌握基因突变分子机理和诱变因素的作用方式 (3)理解基因突变的检测方法 (4) 掌握基因突变的修复途径 二、教学重点、难点、疑点: 1.突变的概念、类型和性质 2.诱发突变的分子基础 3.诱发突变与人类癌症 4.生物体基因突变的修复机制 5.果蝇基因突变的检出 6.植物基因突变的检出 7.人类基因突变的检出 [解决方法] (1)通过出示基因结构变化的示意图,加深学生对基因突变内涵的理解。 (2)课堂教学中不断提出问题,让学生通过概念的运用达到巩固概念和知识迁移的目的。 2.教学难点及解决办法 基因突变的原因。 [解决办法] 对人类镰刀型细胞贫血症病因结合图解进行分析,使学生真正明白基因突变的原因——DNA复制过程也可能发生差错,基因中个别碱基的变化,就会造成性状改变。 3.教学疑点及解决办法 为什么说基因突变是变异的主要来源? [解决办法]讲明基因突变与基因重组的区别,联系实际举例。 三、教学方法设计: 四、教具或教学手段:多媒体课件 五、教学过程与板书设计:

第一节基因突变的概念和特征 一、基因突变的概念及类别 1、基因突变:指在染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变基因突变:指染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变 2、类别 隐性突变:A a 显性突变:a A 自发突变—外界环境条件的自然作用或生物体内的生理生化变化而产生的突变 诱发突变—在专门诱变因素影响引起的突变,为“诱发突变” 形态突变型—可见突变:指造成外形改变的突变型 至死突变型—能造成个体死亡或生命力明显下降的突变型 条件突变型—在一定条件下有致死效应 3.一般特征 ①突变的频率:指生物体在每一世代中发生突变的机率,或者在一定时 间内突变可能发生的次数。 高等植物 10-5— 10-8 细菌和噬菌体 10-4—10-10范围大、突变频率比动植物高 例如:氨基酸过程中三种疾病是由三种基因突变导致酶发生变化引起的,有一定的突变频率 苯丙氨酸羟化酶缺乏导致苯丙酮尿症;尿黑尿酸氧化酶缺乏会产生尿黑酸尿症;酪氨酸酶缺乏导致白化病 苯丙氨酸羟化酶 苯丙酮酸苯丙氨酸酪氨酸 积累尿黑尿酸氧化酶 酪氨酸酶 苯丙酮尿症尿黑酸黑色素

白血病融合基因检测综述

白血病融合基因检测综 述 公司标准化编码 [QQX96QT-XQQB89Q8-NQQJ6Q8-MQM9N]

白血病相关融合基因的检测及意义 白血病是造血系统的恶性克隆性疾病,由于造血干细胞受损,导致克隆中的白血病细胞失去进一步分化成熟的能力而停滞在细胞发育的不同阶段。白血病细胞具有自我更新增强、增殖失控、分化障碍、凋亡受阻等特点,患者会出现不同程度的贫血、出血、感染和浸润的临床症状,严重危害生命健康。近年来,随着细胞生物学和分子生物学技术的发展,人们已经认识到大部分的白血病中都存在着包括缺失、重复、易位等染色体畸变,导致原癌基因或抑癌基因结构变异,原癌基因激活或抑癌基因失活,产生新的融合基因,编码融合蛋白。现有报道的染色体畸变已有五十种以上,累及更多数目的融合基因,这些异常已经逐渐成为不同类型白血病的分子生物学特异性标志。 白血病相关融合基因的种类多样,常见的融合基因有BCR-ABL、AML1-ETO、PML-RARα、E2A-PBX1、MLL-AF4、TEL-AML1、SIL-TAL1、DEK-CAN、CBFβ-MYH11等。 BCR(breakpoint cluster region)基因是BCR-ABL融合基因的组成部分,与费城染色体(Philadelphia Chromosome)的形成有关,具有两种转录异构体。正常的BCR基因编码产物的功能还尚未清楚,它编码的蛋白具有丝氨酸/苏氨酸激酶活性,是RAC1和CDC42的GTP酶激活蛋白。ABL1基因是编码细胞质和细胞核蛋白酪氨酸激酶的原癌基因,与细胞分化、细胞分裂、细胞粘附、应激反应等生命活动相关。活化的ABL1蛋白通过SH3结构域受到负调控,SH3结构域的缺失会导致ABL1基因转化为癌基因。CDC2介导的磷酸化能够调节ABL1酪氨酸激酶的DNA结合活化过程,表明ABL1可能在细胞周期中发挥作用。 Nowell及Hungerford于1960年发现在慢性粒细胞性白血病(CML)患者外周血中有一个比G组染色体还小的近端着丝粒染色体,由于首先在美国费城(Philadelphia)发现,故命名为费城染色体。1971年O`Riordon利用荧光显带法确认费城染色体是第22号染色体长臂缺失大段后剩余的部分。1973年Rowley 发现缺失下来的那部分通常易位到9号染色体长臂的末端,形成t(9;22) (q34;q11)。1982年Deklein等在费城染色体上首次发现了原来位于9号染色体长臂末端(9q34)的癌基因ABL1,证明费城染色体上有来自9号染色体长臂末端的片端,是22号染色体与9号染色体相互易位的产物。易位使9号染色体长臂(9q34)上的原癌基因ABL1和22号染色体(22q11)上的BCR基因重新组合成融合基因,因而称为BCR-ABL融合基因。 BCR-ABL融合基因编码的融合蛋白具有很强的酪氨酸激酶活性,改变细胞多种蛋白质酪氨酸磷酸化水平和细胞微丝机动蛋白的功能,扰乱细胞内正常的信号传导途径,使细胞失去了对周围环境的反应性,并抑制凋亡的发生,影响细胞周期调控,导致骨髓造血干细胞过度增殖。BCR-ABL融合基因在病人中常见有四种剪接体mRNA:编码P210融合蛋白的b2a2和b3a2,编码P190的e1a2,编码 P230的e19a2。其中b3a2和 b2a2主要存在于CML,ela2主要在急性淋巴细胞性白血病(ALL)中出现,而出现较少的e19a2根据2008年世界卫生组织(WHO)最新版的血液系统肿瘤分类标准,也应被诊断为CML。90%以上的CML患者血细胞中都发现有费城染色体的存在,主要为P210融合蛋白,因而费城染色体和BCR-ABL融合基因可以作为区分典型CML和非典型CML的诊断指标。同时在费城染色体阳性的ALL患者中,65%的成人和80%的儿童能够检测到P190融合蛋白阳性。由于BCR-ABL融合蛋白能够收到多种小分子化合物的抑制,临床上第一代针对BCR-ABL融

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基因突变检测多少钱检测方法是什么

基因突变检测多少钱检测方法是什么 一代测序法(Sanger法): 科学家Sanger,于1977年建立,他本人也因此而获得了诺贝尔奖。该技术至今已用 三十多年,现在已相当成熟完善。人类基因组计划的测序工作就是使用该项技术完成的, 现在***的仪器是美国ABI公司的***3730型全自动遗传分析仪,是经过国际和国家认证的仪器,可重复性达到100%,是亲子鉴定和法医鉴定的专用仪器。该方法是目前基因检测的国际金标准。缺点是通量小,适合少量样本,可进行个性化位点检测,成本极高,比芯片 或高通量检测高100倍。 Taqman法: 准确性好,适合于大量样本、少量位点,价格贵,缺点是不能读出序列,不太直观。 质谱法: 准确性较好,缺点只能读出质量数据,不能读出序列,对于缺失和插入突变无法读出,但这种突变更加可怕,适合于大量样本、多位点(最多能检测25个位点),所以可能会 出现少量假阳性和假阴性。 二代基因检测芯片法: 适合于超多位点,大量样品检测和科研参考,每个样本做几百个位点和做几千个位点 的检测成本,相差无几,最大优点是成本低廉,一个位点的价格只相当于一代测序价格的1%,缺点是出来的大量数据,可信度不高。 我们都知道“是药三分毒”,癌症患者的过度治疗会造成患者的器脏损伤,甚至化疗 整个过程费钱费力却“不讨好”,所以进行在进行治疗之前先进行基因测序检测,会让靶 向药物治疗事倍功半。 肺癌的靶向药基因检测,现在很多公司都可以做,医院基本上也是外送公司做,看你 检测几个几个基因,一般不会超过7200,一般检测就是EGFR,融合基因ALK,ROS1,C-MET,中源协和基因检测。 一般的,基因检测是通过血液、其他体液、或细胞对DNA进行检测的技术。 基因检测可以诊断疾病,也可以用于疾病风险的预测。疾病诊断是用基因检测技术检 测引起遗传性疾病的突变基因。目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、 遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检 测技术做出诊断。

正常核型急性髓系白血病患者融合基因的检测

2009年4月第47卷第11期·论著· 急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AM L)是一种以造血干/祖细胞获得性突变为特征的恶性克隆性疾病,大约55%的成人病例在诊断时出现非随机的克隆性染色体异常,儿童病例的检出率更高,但正常核型检出率在AM L中达到40%~47%[1]。染色体畸变能在转录水平干扰造血调控、影响髓系细胞分化,因此快速、简便地获得患者染色体遗传缺陷的信息是临床亟待解决的问题。本研究采用多重RT-PCR方法一次可同时检测29种基因重排,提高了隐匿性染色体易位的检出率,用于初诊时的筛选,对临床分型、预后判断及指导个体化治疗具有重要价值。 1材料与方法 1.1对象 选取2006年1月~2008年11月山西医科大学第二医院及山西省儿童医院血液科门诊或住院AM L初治患者60例,男30例,女30例,年龄1~70岁,中位年龄35岁。所有病例均经临床、形态学、免疫学和组化染色确诊,分别为M1、M2、M3、M4各12例,M5、M6各6例。所有病例均进行了染色体核型分析。 1.2方法 1.2.1试剂和仪器TRIzol试剂盒购自美国Gibco/BRL公司;AM V逆转录酶、RNAsin、TaqDNA聚合酶购自美国Promega公司。PCR扩增仪为美国Perkin-Elmer公司产品。 1.2.2细胞总RNA的提取和逆转录反应全部病例于初诊化疗开始前采取骨髓标本2~3mL,用淋巴细胞分离液提取单个核细胞,按Trizol一步法提取细胞总RNA,分光光度计测定A260值、A280值,以AM V逆转录酶系合成cDNA。引物序列参照文献[1]方法设计。逆转录广泛表达的转录因子(E2A)mRNA为内对照。1.2.3多重巢式RT-PCR两轮均平行设置8组含有混合引物的多重PCR,同时检测29种染色体易位和畸变所形成的86种剪接形式。每组检测的融合基因包括:第Ⅰ组inv(16)的CBF/M YH11;t(X;11)的M LL/AFX;t(6;11)的M LL/AF6;t(11;19) 正常核型急性髓系白血病患者融合基因的检测 赵瑾1*周永安1△苏丽萍1武坚锐2王恺1解菊芬1马莉1石磊3 (1.山西医科大学第二医院血液科;2.山西省儿童医院检验科;3.山西医科大学第二医院风湿科,太原030001) [摘要]目的探讨急性髓系白血病(AM L)患者染色体畸变所形成的易位相关融合基因的临床和实验的关系。方法采用多重巢式RT-PCR方法和染色体核型分析技术对60例AM L患者的融合基因进行分析。结果18例(30%)正常核型的AM L 患者分别检测出有PM L/RARα、AM L1/ETO、TLS/ERG、CBFβ/M YH11和M LL/AF9等5种融合基因的存在。结论多重巢式RT-PCR技术可用于白血病患者初诊时染色体畸变的筛选,可在核型正常的AM L患者中检出隐匿的染色体易位,对AM L 的诊断分型具有重要帮助,进一步指导临床个体化治疗。 [关键词]急性髓系白血病;融合基因;多重RT-PCR;正常核型 [中图分类号]R733.7[文献标识码]A[文章编号]1673-9701(2009)11-11-03 Det ect ion of Fusion Genes in Acut e Myeloid Leukemia Pat ient s wit h Nor mal Kar yot ypes ZHAO Jin1ZHOU Yongan1SU Liping1WU Jianrui2WANG Kai1XIE Jufen1MA Li1SHI Lei3 1.Department of Haematology,the Second Teaching Hospital of Shanxi M edical University; 2.Children's Hospital of Shanxi; 3.Department of Rheumatism,the Second Teaching Hospital of Shanxi M edical University,Taiyuan030001 [Abst r act]Object ive To investigate the fusion genes derived from chromosome structural aberrations in patients with acute myelocytic leukemia determined by multiplex RT-PCR and explore its potential clinical significance in diagnosis,treatment and prognosis evaluation. Met hods Bone marrow samples from60patients were analyzed with a novel multiplex nested RT-PCR and examination for chromosome karyotype.Result s5types of fusion genes such as PM L/RARα,AM L1/ETO,CBFβ/M YH11,TLS/ERG,M LL/AF9were detected in18(30%)patients with normal karyotypes by multiplex RT-PCR.Conclusion M ultiplex RT-PCR technique can quickly screen chromosome structural aberrations in patients with newly diagnosed leukemia.It is useful in detection of fusion genes in acute myeloid leukemia(AM L)with normal karyotypes and it would refine the karyotype analysis,help us to improve classification of the leukemia types of M ICM and to direct individulized chemotherapy. [Key Words]Acute myeloid leukemia;Fusion gene;M ultiplex RT-PCR;Normal karyotype *山西医科大学硕士研究生在读 △通讯作者 CHINA MODERN DOCTOR中国现代医生11

P53基因突变检测方法

2、试剂和耗材) GIAGEN,德国QIAamp?DNA Blood Mini Kit ()Platiinim?Taq DNA Polymerase High Fidelity (Invitrogen, 11304-102 Nuclease-Free Water (Promega,P 1195) d NTP Mix (Promega,P 151B) PCR引物:北京博迈德科技有限公司合成 DL10000 DNA Marker(TAKARA,大连宝生物)DNA分子定量标准:技术Bioer 产物回收纯化试剂盒(BioSpiii Gel Extraction kit,日本PCR有限公司)公司) Axygen, 200-1000 ul 吸头(美国110.5?10 u、2?20 u k 20-200 □、管EP、 仪.器3 ;Taimon1600R凝胶成像系统分析仪(上海天龙公司)Eppendorf 5417R 高速冷冻离心机(Eppendorf公司,德国)公司,美国)Allegra 6R离心机(Beckman-Coulter应涡旋混合器(北京北德科学仪器厂)MVS-1公司,德国) 1000 u 150 口1、200 ul、(Eppendorf^ 口1 移液器、10 U 1、NEWAIR 公司,美国)1【级生物安全柜NU425-400E (拓速冷冻离心机(BECKMAN COULTER 公司,美国)X-15R 公司德国)仪(Eppendorf Eppendorf Masteicycter PCR 公司,美国)(Bio-Rad电泳仪:Universal 024BR电热恒温水浴器(北京来亨科贸有限责任公司)240全自动凝胶成像系统(中国)凝胶成像分析系统:Tocan 测序仪:GenomeLab CEQ/GeXP (BECKMAN COULTER 公司,美国)20 u k 200 ul和1000 ul加样器(吉尔森公司,法国)旋涡震荡器(Scientific Industries公司,美国) 二、实验方法 1、样品采集,送检和保存 乙二胺四乙酸(EDTA) -3K抗凝管采集HIV和HEV合并感染者外周静脉血,于24h内测定CD4+T淋巴细胞计?数,抗凝血经常规离心分离全血中间层,分装后-80°C冻存用于P53基因变异的测定。 2、血浆样本DNA的提取 取200 P1全血中间层于1.5ml无菌EP管中,加入20 口1蛋白酶K;再加入200 ul AL缓冲液,涡旋振荡15秒,56°C孵育10分钟;瞬时离心EP管,加入200 u 1 无

白血病融合基因检测综述0105复习过程

白血病相关融合基因的检测及意义 白血病是造血系统的恶性克隆性疾病,由于造血干细胞受损,导致克隆中的白血病细胞失去进一步分化成熟的能力而停滞在细胞发育的不同阶段。白血病细胞具有自我更新增强、增殖失控、分化障碍、凋亡受阻等特点,患者会出现不同程度的贫血、出血、感染和浸润的临床症状,严重危害生命健康。近年来,随着细胞生物学和分子生物学技术的发展,人们已经认识到大部分的白血病中都存在着包括缺失、重复、易位等染色体畸变,导致原癌基因或抑癌基因结构变异,原癌基因激活或抑癌基因失活,产生新的融合基因,编码融合蛋白。现有报道的染色体畸变已有五十种以上,累及更多数目的融合基因,这些异常已经逐渐成为不同类型白血病的分子生物学特异性标志。 白血病相关融合基因的种类多样,常见的融合基因有BCR-ABL、AML1-ETO、 PML-RARα、E2A-PBX1、MLL-AF4、TEL-AML1、SIL-TAL1、DEK-CAN、CBFβ-MYH11等。 BCR(breakpoint cluster region)基因是BCR-ABL融合基因的组成部分,与费城染色体(Philadelphia Chromosome)的形成有关,具有两种转录异构体。正常的BCR基因编码产物的功能还尚未清楚,它编码的蛋白具有丝氨酸/苏氨酸激酶活性,是RAC1和CDC42的GTP酶激活蛋白。ABL1基因是编码细胞质和细胞核蛋白酪氨酸激酶的原癌基因,与细胞分化、细胞分裂、细胞粘附、应激反应等生命活动相关。活化的ABL1蛋白通过SH3结构域受到负调控,SH3结构域的缺失会导致ABL1基因转化为癌基因。CDC2介导的磷酸化能够调节ABL1酪氨酸激酶的DNA结合活化过程,表明ABL1可能在细胞周期中发挥作用。 Nowell及Hungerford于1960年发现在慢性粒细胞性白血病(CML)患者外周血中有一个比G组染色体还小的近端着丝粒染色体,由于首先在美国费城(Philadelphia)发现,故命名为费城染色体。1971年O`Riordon利用荧光显带法确认费城染色体是第22号染色体长臂缺失大段后剩余的部分。1973年Rowley发现缺失下来的那部分通常易位到9号染色体长臂的末端,形成t(9;22)(q34;q11)。1982年Deklein等在费城染色体上首次发现了原来位于9号染色体长臂末端(9q34)的癌基因ABL1,证明费城染色体上有来自9号染色体长臂末端的片端,是22号染色体与9号染色体相互易位的产物。易位使9号染色体长臂(9q34)上的原癌基因ABL1和22号染色体(22q11)上的BCR基因重新组合成融合基因,因而称为BCR-ABL融合基因。 BCR-ABL融合基因编码的融合蛋白具有很强的酪氨酸激酶活性,改变细胞多种蛋白质酪氨酸磷酸化水平和细胞微丝机动蛋白的功能,扰乱细胞内正常的信号传导途径,使细胞失去了对周围环境的反应性,并抑制凋亡的发生,影响细胞周期调控,导致骨髓造血干细胞过度增殖。BCR-ABL融合基因在病人中常见有四种剪接体mRNA:编码P210融合蛋白的b2a2和b3a2,编码P190的e1a2,编码P230的e19a2。其中b3a2和b2a2主要存在于CML,ela2主要在急性淋巴细胞性白血病(ALL)中出现,而出现较少的e19a2根据2008年世界卫生组织(WHO)最新版的血液系统肿瘤分类标准,也应被诊断为CML。90%以上的CML患者血细胞中都发现有费城染色体的存在,主要为P210融合蛋白,因而费城染色体和BCR-ABL融合基因可以作为区分典型CML和非典型CML的诊断指标。同时在费城染色体阳性的ALL患者中,65%的成人和80%的儿童能够检测到P190融合蛋白阳性。由于BCR-ABL融合蛋白能够收到多种小分子化合物的抑制,临床上第一代针对BCR-ABL融合蛋白的酪氨酸激酶小分子抑制剂(TKI)伊马替尼就是是通过结合抑制BCR-ABL融合蛋白的酪氨酸激酶结构域来抑制其在细胞周期中的影响,从而发挥抗白血病作用的。第二代BCR-ABL酪氨酸激酶抑制剂达沙替尼和尼洛替尼也是在这个基础上进行改进,以以减少因伊马替尼使用而带来的抗药性。对费城染色体和BCR-ABL融合基因的检测,对于正确区分CML类型,指导临床治疗和判断预后情况具有重要的指导作用。

肿瘤基因突变检测

肿瘤基因突变检测 癌症是一类难以预防的疾病,中晚期癌症治愈的可能性又很小,而早期癌症的治愈率可达65%以上,有些肿瘤可达90%以上,因此,战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症早期常无特殊症状,甚至毫无症状,故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT 等检查,但这些方法的敏感性和特异性均不高,发现有异常时往往已是中晚期。 17种常见高发肿瘤,包括乳腺癌(breast cancer)、结肠癌(colorectalcancer)、子宫癌(endometrial cancer)、脑胶质瘤(glioma)、白血病(leukemia)、肺癌(lungcancer)、淋巴癌(lymphoma)、成神经管细胞瘤(medulloblastoma)、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell cancer)和恶性内瘤(sarcoma),其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介导的分子改变,参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过程中的遗传学变异,对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台,可同时开展多个肿瘤基因突变检测项目,如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、

bcrabl融合基因荧光定量rtpcr诊断试剂盒说明书

PML/RARα融合基因荧光RT-PCR诊断试剂盒 一、试剂盒采用荧光定量RT-PCR方法,快速、特异、灵敏、定量地检测临床白血病标本中PML/RARα融合基因的情况, 约有90%的急性早幼粒细胞白血病患者骨髓细胞和血细胞中会出现PML/RARα融合基因。因此检测PML/RARα融合基因已成为诊断急性早幼粒细胞白血病以及治疗后追踪残余白血病细胞的主要依据。 二、试剂盒组成(20人份) RNA提取液(20ml /瓶)1瓶Taq酶(40μl /管)1管 反应液I (165μl /管)1管定量标准品(50μl /管)8管 反应液II (165μl /管)1管DEPC H2O (500μl /管)1管 反应液Ⅲ(350μl /管)1管去离子水(1100μl /管)1管 逆转录酶(25μl /管)1管 三、检测步骤 1.标本采集 抽取外周血5ml抗凝后密封送检,或3ml新鲜骨髓标本密封送检。 2.标本处理 将5ml抗凝外周血或3ml骨髓加入等体积生理盐水稀释,取10ml离心管,先加入2ml淋巴细胞分离液,再取稀释好的标本5ml沿管壁缓慢加入,4℃静置5分钟后,2,000rpm离心15分钟,小心吸取白细胞层于离心管中,离心留沉淀,用生理盐水洗沉淀一次,沉淀加入RNA提取液,充分混匀。室温静置5分钟,加入氯仿,盖上管盖,用力振摇15秒,4℃静置2-3分钟,4℃12,000rpm离心15分钟,离心后反应管分三层,底层为微黄色的氯仿层,中间层及无色水相上层,水相上层的体积一般为提取液体积的60%。小心将上层水相转移至灭菌的离心管中,加等体积异丙醇4℃静置10分钟,然后4℃,12,000rpm离心10分钟,离心前通常看不见RNA 沉淀,离心后可见胶状沉淀。去上清,加入400μl 75%的乙醇洗涤RNA沉淀,混匀,4℃7,000 rpm离心5分钟,小心吸去大部分乙醇。将沉淀在室温空气中干燥10分钟。(注:75% 乙醇配制时须用试剂盒中提供的DEPC H2O)。用40μl DEPC H2O溶解沉淀,吸出部分溶液,测A260-A280处的吸光值,并计算RNA含量。 3.逆转录反应:取灭菌离心管, 按以下要求配备逆转录体系 反应液I 逆转录酶模板(RNA)DEPC H2O 总反应体积 μl 1μl 2μg(或5μl)μl 20μl 反应条件:37℃水浴60分钟。 4.第一步PCR扩增:取灭菌PCR反应管, 按以下要求配备PCR体系 反应液II Taq酶模板(cDNA)去离子水总反应体积 μl μl 5μl 13μl 25μl 反应条件:94℃→4分钟预变性, 然后按94℃30秒→54℃30秒→72℃60秒, 共做20个循环。 5.第二步PCR扩增:取灭菌PCR反应管, 按以下要求配备实时定量PCR体系 反应液ⅢTaq酶模板(PCR产物)去离子水总反应体积 14μl 1μl 5μl 30μl 50μl 注:每次实验取105、106、107、108一组阳性标准品瞬时离心上机即可 反应条件:93℃→2分钟预变性, 然后按93℃45秒→55℃60秒, 共做40个循环。 6.结果分析条件的设定与判定

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