鼻咽癌护理常规、
鼻咽癌护理常规
【定义】
鼻咽癌原发于鼻咽粘膜上皮，恶性程度高，易呈浸润性生长及早期转移的特点。鼻咽癌在我国是常见的恶性肿瘤之一，为耳鼻咽喉科最常见的恶性肿瘤。
观察要点
1.生命体征及有无头痛、呕吐。
2.皮肤粘膜（有无压疮、皮肤感染、放射野皮肤有无破溃等）
3.观察鼻腔分泌物的量、性质及有无出血情况。
4.化疗期间观察有无药物外渗及静脉血管情况，化疗药物的副作用及血常规。
5.放疗的反应及局部皮肤情况，患者的体重变化及营养状况
6.观察有无并发症（鼻出血、中耳炎、耳鸣、张嘴受限等）
【护理措施】
1.做好心理护理，帮助患者树立信心，解除思想顾虑为患者提供安静舒适的环境，保证患
者得到足够的休息。
2.加强营养护理，给予高蛋白、高维生素、低脂肪饮食，多吃水果、蔬菜、多喝水，提高
放化疗耐受力。评估吞咽功能，确定能否进食，防止误吸、窒息。
3.保持床单位清洁、干燥、平整，保持皮肤清洁干燥，预防压疮。
4.放
5.常规。对白细胞低的患者做好隔离保护措施，每日紫外线消毒。
6.化疗患者注意保护血管，预防化疗药物刺激产生静脉炎，避免药物外渗，严防毒副放映
和并发症的发生。
7.病室保持适宜的温湿度，缓解因放疗引起的鼻腔干燥、鼻塞、鼻腔分泌物增多现象，保
持口腔清洁，避免口腔感染，保持鼻咽清洁，每日用生理盐水冲洗鼻腔1-2次。
8.如患者有出血，给予半卧位，安静休息，安慰患者，解除紧张情绪。嘱患者勿捏鼻、挖
鼻和用力捏鼻涕，少量出血时可鼻部置冰袋止血。
9.保持病房安静整洁，每日开窗通风，每周紫外线空气消毒。
【健康教育】
1.心理指导关心体贴患者，多与患者及家属沟通，满足患者的心理
2.饮食指导宜均衡多吃蔬菜、水果，少吃或不吃咸鱼、咸菜、熏肉、腊味等含有亚硝胺
的食物，不宜进食辛燥刺激食品，不宜饮酒。
3.药物指导向患者讲解药物的作用及不良反应，告知患者应注意的事项。每日用盐水冲
洗鼻腔1~2次。
4.放疗知识指导向患者讲解放疗期间常见的反应，指导患者正如保护放射野皮肤，告知
其避免用手搔抓皮肤，避免使用刺激性的肥皂等擦洗皮肤，以免破溃影响治疗。
5.向化疗患者讲解化疗的不良反应及护理措施，消除其恐惧感，指导患者正确面对化疗。
6.活动指导嘱病人防止感冒，适量活动，注意增减衣物，保持室内空气新鲜，提供
安静舒适的睡眠环境。
7.出院指导指导患者出院后遵医嘱服药，定期复诊，适当运动，有情况随时来医院
就诊。
基因表达谱测序
基因表达谱测序 背景介绍 基因表达谱分析利用HiSeq 2000高通量测序平台对mRNA进行测序，获得10M读长为49nt的原始reads，每一个reads可以对应到相应的转录本，从而研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱分析要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点，能很好的替代以往的数字化表达谱分析。 技术路线
生物信息学分析 送样要求 样品要求 1. 所需Total RNA 的量均不少于 20μg/文库，Total RNA 可以保存在DEPC 处理过的水中、75%的乙醇、异丙醇中，具体以什么方式保存请注明。 2. 如提供实验材料为动物组织材料，样品质量需大于2g ； 3. 如提供实验材料为植物样品，样品质量需大于4g ； 4. 如提供实验材料为培养细胞，请提供1×107培养好的细胞； 5. 如提供实验材料为血液样品，请提供≥2ml 的样品。 我们强烈建议在送样的同时客户做好备份，以备后续实验之用。 样品纯度要求 1. OD 260/OD 280在1.8- 2.0之间，RNA 无降解、28S 和18S 核糖体RNA 条带非常亮且清晰（其
大小决定于用于抽提RNA的物种类型），28S的密度大约是18S的2倍；Agilent 2100检测仪分析RNA完整性数据RIN≥8。 2. 无蛋白质、基因组DNA污染，如有污染请去蛋白并进行DNase I处理。 请提供至少一种样品的凝胶电泳或者Agilent 2100检测仪检测图片，并注明其浓度、体积、OD260/OD280、溶剂名称、制备时间、物种来源以及特别备注。最终以我方定量、质检为准。 样品采集 为了保证提取RNA的完整性，确保后续实验的顺利进行，请务必确保样品的新鲜，对于如何确保样品的新鲜针对不同的样品获取材料的方法如下： 1. 动物组织：从活体上迅速的取下组织（切成黄豆粒大小的块状），每切成一个黄豆粒大小的块状立即放入液氮中，重复上述操作，直至足够提取总RNA的量；准备一个50ml的离心管，做相应的标记（样品名称、编号、客户姓名、时间），最好既在管盖上做好标记，也在管壁上做好相应的标记，先放入液氮中预冷2-3min，拿出离心管（离心管的下部分还是保持在液氮中），打开离心管的盖子，将液氮中黄豆粒大小的块状收集进离心管中。 2. 植物组织： （1）如所采集的是果实、麦穗等体积偏大的样品，收集样品请参照1.动物组织取样方法；（2）如采集的是叶片等体积偏小的样品，请尽量采集嫩叶、幼芽等，每采集一片叶片立即放入液氮中，直至足够提取总RNA的量，后续操作请参照动物组织的采集。 （3）如是植物的花，在采集花骨朵的时候请尽量不要采集到花萼、叶片等，每采集一个花骨朵请立即放入液氮中，直至足够提取总RNA的量；后续操作请参照动物组织的采集。3. 如提供实验材料为菌丝体，请取500μl的菌液于1.5ml离心管中，离心去上清，剩余菌丝体放入液氮或干冰中，请提供不少于5管的菌丝体。 样品运输 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。请填写完整订单，放入自封袋中与样品一起邮寄。为防止RNA的降解，请确保干冰的量足够运送到目的地。我们强烈建议在寄送RNA样品时将RNA保存在75%的乙醇或异丙醇中。 如是特殊样品，关于送样量和保存问题请与我们联系沟通，以便双方共同协商解决。 提供结果 根据客户需求，提供不同深度的信息分析结果。
(完整版)小鼠表达谱芯片及服务
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基因表达谱芯片的数据分析
基因表达谱芯片的数据分析(2012-03-13 15:25:58)转载▼ 标签：杂谈分类：生物信息 摘要 基因芯片数据分析的目的就是从看似杂乱无序的数据中找出它固有的规律, 本文根据数据分析的目的, 从差异基因表达分析、聚类分析、判别分析以及其它分析等角度对芯片数据分析进行综述, 并对每一种方法的优缺点进行评述, 为正确选用基因芯片数据分析方法提供参考. 关键词: 基因芯片; 数据分析; 差异基因表达; 聚类分析; 判别分析 吴斌, 沈自尹. 基因表达谱芯片的数据分析. 世界华人消化杂志2006;14(1):68-74 https://www.360docs.net/doc/0c6911998.html,/1009-3079/14/68.asp 0 引言 基因芯片数据分析就是对从基因芯片高密度杂交点阵图中提取的杂交点荧光强度信号进行的定量分析, 通过有效数据的筛选和相关基因表达谱的聚类, 最终整合杂交点的生物学信息, 发现基因的表达谱与功能可能存在的联系. 然而每次实验都产生海量数据, 如何解读芯片上成千上万个基因点的杂交信息, 将无机的信息数据与有机的生命活动联系起来, 阐释生命特征和规律以及基因的功能, 是生物信息学研究的重要课题[1]. 基因芯片的数据分析方法从机器学习的角度可分为监督分析和非监督分析, 假如分类还没有形成, 非监督分析和聚类方法是恰当的分析方法; 假如分类已经存在, 则监督分析和判别方法就比非监督分析和聚类方法更有效率。根据研究目的的不同[2,3], 我们对基因芯片数据分析方法分类如下: (1)差异基因表达分析: 基因芯片可用于监测基因在不同组织样品中的表达差异, 例如在正常细胞和肿瘤细胞中; (2)聚类分析: 分析基因或样本之间的相互关系, 使用的统计方法主要是聚类分析; (3)判别分析: 以某些在不同样品中表达差异显著的基因作为模版, 通过判别分析就可建立有效的疾病诊断方法. 1 差异基因表达分析(difference expression, DE) 对于使用参照实验设计进行的重复实验, 可以对2样本的基因表达数据进行差异基因表达分
鼻咽癌护理常规、
鼻咽癌护理常规 【定义】 鼻咽癌原发于鼻咽粘膜上皮，恶性程度高，易呈浸润性生长及早期转移的特点。鼻咽癌在我国是常见的恶性肿瘤之一，为耳鼻咽喉科最常见的恶性肿瘤。 观察要点 1.生命体征及有无头痛、呕吐。 2.皮肤粘膜（有无压疮、皮肤感染、放射野皮肤有无破溃等） 3.观察鼻腔分泌物的量、性质及有无出血情况。 4.化疗期间观察有无药物外渗及静脉血管情况，化疗药物的副作用及血常规。 5.放疗的反应及局部皮肤情况，患者的体重变化及营养状况 6.观察有无并发症（鼻出血、中耳炎、耳鸣、张嘴受限等） 【护理措施】 1.做好心理护理，帮助患者树立信心，解除思想顾虑为患者提供安静舒适的环境，保证患 者得到足够的休息。 2.加强营养护理，给予高蛋白、高维生素、低脂肪饮食，多吃水果、蔬菜、多喝水，提高 放化疗耐受力。评估吞咽功能，确定能否进食，防止误吸、窒息。 3.保持床单位清洁、干燥、平整，保持皮肤清洁干燥，预防压疮。 4.放 5.常规。对白细胞低的患者做好隔离保护措施，每日紫外线消毒。 6.化疗患者注意保护血管，预防化疗药物刺激产生静脉炎，避免药物外渗，严防毒副放映 和并发症的发生。 7.病室保持适宜的温湿度，缓解因放疗引起的鼻腔干燥、鼻塞、鼻腔分泌物增多现象，保 持口腔清洁，避免口腔感染，保持鼻咽清洁，每日用生理盐水冲洗鼻腔1-2次。 8.如患者有出血，给予半卧位，安静休息，安慰患者，解除紧张情绪。嘱患者勿捏鼻、挖 鼻和用力捏鼻涕，少量出血时可鼻部置冰袋止血。 9.保持病房安静整洁，每日开窗通风，每周紫外线空气消毒。 【健康教育】 1.心理指导关心体贴患者，多与患者及家属沟通，满足患者的心理 2.饮食指导宜均衡多吃蔬菜、水果，少吃或不吃咸鱼、咸菜、熏肉、腊味等含有亚硝胺 的食物，不宜进食辛燥刺激食品，不宜饮酒。 3.药物指导向患者讲解药物的作用及不良反应，告知患者应注意的事项。每日用盐水冲 洗鼻腔1~2次。 4.放疗知识指导向患者讲解放疗期间常见的反应，指导患者正如保护放射野皮肤，告知 其避免用手搔抓皮肤，避免使用刺激性的肥皂等擦洗皮肤，以免破溃影响治疗。 5.向化疗患者讲解化疗的不良反应及护理措施，消除其恐惧感，指导患者正确面对化疗。 6.活动指导嘱病人防止感冒，适量活动，注意增减衣物，保持室内空气新鲜，提供 安静舒适的睡眠环境。 7.出院指导指导患者出院后遵医嘱服药，定期复诊，适当运动，有情况随时来医院 就诊。
鼻咽癌病人的护理
---------------------------------------------------------------最新资料推荐------------------------------------------------------ 鼻咽癌病人的护理 眼耳科业务学习讲稿首页科室眼耳鼻喉科题目鼻咽癌病人的护理主讲时间 2019.10. 掌握内容： 1.治疗要点。 2.预防护理。 3 出院指导。 签名掌握内容： 1.治疗要点。 2.预防护理。 3 出院指导。 签名： 一、概念： 鼻咽癌是指发生于鼻咽腔顶部和侧壁的恶性肿瘤。 是我国高发恶性肿瘤之一，发病率为耳鼻咽喉恶性肿瘤之首。 常见临床症状为鼻塞、涕中带血、耳闷堵感、听力下降、复视及头痛等。 鼻咽癌大多对放射治疗具有中度敏感性，放射治疗是鼻咽癌的首选治疗方法。 但是对较高分化癌，病程较晚以及放疗后复发的病例，手术切除和化学药物治疗亦属于不可缺少的手段。 二、病因及发病机制 1、发病原因鼻咽癌的病因不明，推测 1 / 9
遗传因素和生活的传统习惯因素在鼻咽癌发生上可能起着重要作用。 遗传因素： 根据细胞染色体及人类组织相容性抗原 HLA 等的研究，鼻咽癌的明显民族聚集现象，推想鼻咽癌可能是一种多基因遗传因素有关的疾病。 环境因素： 环境因素也是诱发鼻咽癌的一种原因，饮食过多的咸鱼，腊味和腌制含亚硝胺类化合物的食品，这些食物有诱发鼻咽癌的作用，饮水中镍，铅含量高，而锌，铜和镉含量相对低，大米中镍含量高，而钼，铬，铅和镉含量低，这些微量元素的改变也可能与鼻咽癌的发生有关，在广东，调查发现鼻咽癌高发区的大米和水中的微量元素镍含量较低发区为高，在鼻咽癌患者的头发中，镍含量亦高，动物实验表明，镍能促进亚硝胺诱发鼻咽癌。 EB 病毒： 从鼻咽癌的组织中分离出带 EB 病毒的类淋巴母细胞株，找到了EB 病毒颗粒，鼻咽癌体内存在 EB 病毒高滴度的抗体，病情严重者滴度高，随着病情恢复，抗体滴度下降，说明 EB 病毒与鼻咽癌关系密切。 2、发病机制致瘤因素引起鼻咽腔黏膜细胞的无限增殖，恶性变，并发生远处转移。 遗传等因素我们无法控制，这是我们大家都知道的，但是我们可以通过来改变我们的饮食习惯中不合理的部分，也是可以在一定程
寻找差异表达的基因
基因表达谱数据 基因表达谱可以用一个矩阵来表示，每一行代表一个基因，每一列代表一个样本（如图1）。所有基因的表达谱数据在“gene_exp.txt ”文件中存储，第一列为基因的entrez geneid ，第2~61列是疾病样本的表达，第62~76列是正常样本的表达。 图1 基因表达谱的矩阵表示 寻找差异表达的基因： 原理介绍： 差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA 以及基因的方法，目前也有很多差异表达分析的方法，但比较简单也比较常用的是Fold change 方法。它的优点是计算简单直观，缺点是没有考虑到差异表达的统计显著性；通常以2倍差异为阈值，判断基因是否差异表达。Fold change 的计算公式如下： normal Disease x x c Fold = _ 即用疾病样本的表达均值除以正常样本的表达均值。 差异表达分析的目的：识别两个条件下表达差异显著的基因，即一个基因在两个条件中的表达水平，在排除各种偏差后，其差异具有统计学意义。我们利用一种比较常见的T 检验（T-test ）方法来寻找差异表达的miRNA 。T 检验的主要原理为：对每一个miRNA 计算一个T 统计量来衡量疾病与正常情况下miRNA 表达的差异，然后根据t 分布计算显著性p 值来衡量这种差异的显著性，T 统计量计算公式如下： n s n s x x t normal Disease normal Disease miRNA //22+-= 对于得到的显著性p 值，我们需要进行多重检验校正（FDR ），比较常用的是BH 方法（Benjamini and Hochberg, 1995）。
鼻咽癌放疗患者的护理
鼻咽癌放疗患者的护理 发表时间：2012-09-19T11:39:02.250Z 来源：《医药前沿》2012年第7期供稿作者：王敏[导读] 在护理鼻咽癌放疗患者的过程中，应以患者为中心，以人为本，实施的护理到位，可极大地减少放射治疗的并发症 王敏 ( 贵州省兴义市人民医院肿瘤科贵州兴义 5 6 2 4 0 0 ) 【中图分类号】R473.73 【文献标识码】B 【文章编号】2095-1752（2012）07-0278-01鼻咽癌是我国常见的恶性肿瘤之一，为耳鼻咽喉科最常见的恶性肿瘤，占头颈部恶性肿瘤的78.08%，占上呼吸道癌肿的92.99%。鼻咽癌原发于鼻咽粘膜上皮，具有原发部位隐蔽，不易被早期发现，病理分化差，恶性程度高，易呈浸润性生长及早期转移的特点。早期发现、早期诊断对本病的治疗具有更为重要的意义。目前，以放射治疗为主的综合治疗方法是鼻咽癌的首选治疗手段（因为鼻咽癌多为低分化鳞癌，对射线敏感，而放疗后5 年生存率较高，因此放射治疗为首选）。但由于放射治疗在有效杀死癌细胞的同时也会损伤周围的正常组织，出现很多并发症。因此，在放射治疗的同时要注重不良反应的治疗及护理，才能使放疗期顺利完成。 1 资料与方法 1.1 临床资料 本组患者50 例（2009 年1 月-2011 年12 月收治），其中男性35 例，女性15 例，年龄20-73 岁。症状：鼻塞45 例，头痛41 例，鼻衄29 例，淋巴结肿大40 例。癌症分型：I-II 期10 例，III-IV 期40 例。 1.2 治疗方法 50 例患者均采用调强放疗，其中首次放疗48 例，复发2 例。均分段放疗，第一阶段25 次（周一至周五每天一次，周末休息），第二阶段10 次，总量6000-7000cGy。 2 护理 2.1 放疗前护理 2.1.1 心理护理肿瘤患者大多思想压力重，鼻咽癌系头颈部肿瘤，在放疗过程中面部常会出现色素沉着，皮肤破溃，患者易悲观绝望，护理人员要有高度的同情心和责任感，及时了解患者的心理状态关心和体贴患者，认真细致地做好心理疏导工作，鼓励患者树立生存的信念，在取得患者配合的同时，向其介绍放疗的方法、过程及放疗中可能出现的不良反应，减轻患者紧张和恐惧感。 2.1.2 口腔护理在放疗前仔细检查口腔牙齿，龋齿在放疗前修补，不能修补的牙齿和残根予放疗前10-14 天内拔除，并于晨起和餐前、餐后用生理盐水漱口，用软毛牙刷刷牙。 2.1.3 饮食护理肿瘤为消耗性疾病，患者全身营养较差，应为患者创造良好的饮食环境，指导其进食高热量、高维生素、高蛋白、低盐、易消化的半流质饮食，且少量多餐，禁烟酒，忌辛辣刺激性食物。 2.2 放疗期间护理 2.2.1 基础护理重视晨晚间护理的落实，协助家属做好生活护理，保持病室环境整洁、舒适、安静、地面干燥。 2.2.2 保持鼻腔清洁，减轻鼻咽粘膜反应放疗前30 分钟用生理盐水进行两侧鼻孔轮换清洗，以清除坏死组织及分泌物。 2.2.3 皮肤护理保持照射野皮肤清洁，忌用肥皂、碘酒、酒精、热水及粗毛巾擦洗，禁用手剥去干燥脱落的皮屑，忌在放疗区皮肤上涂含金属额药膏，禁贴含氧化锌的胶布，穿宽松棉质内衣，防止皮肤受摩擦刺激而破溃感染。放疗区皮肤如有痒感，不能搔抓，可用VB12液（生理盐水100m l，地塞米松10m g，庆大霉素8 万u，V B125m g）涂擦，有保湿、止痒、修复受损表皮的作用。 2.2.4 眼部护理指导患者注意眼部卫生，不用手揉搓，如出现痒、痛，可用氯霉素类眼药水或红霉素眼膏点眼，一日多次。 2.2.5 功能锻炼指导患者在放疗期间做张口运动，可防止咀嚼肌及周围组织纤维化，导致张口受限。 2.2.6 预防不良反应放疗前后禁食1h，放疗后静卧30 分钟-60分钟，每日饮水3000-4000m l，促进毒素排泄。密切观察血象变化，定期查血常规，当体温＞ 38℃或WB C ≤ 3.0×109/ L 时暂停放疗，给予升白细胞药物，并限制探视和陪护；当WBC ≤ 1.0×109/L 时，应采取保护性隔离措施，病室用O3 消毒2 次/ 日，1h/ 次。 2.2.7 咽部疼痛的护理疼痛或口腔黏膜反应（放射性口腔炎）重，影响进食，用V B12 液（生理盐水500m l，地塞米松10-20m g，庆大霉素16-24 万u，VB125-10mg，利多卡因100-200mg，根据疼痛及口腔黏膜溃疡情况调整药量）漱口，有止痛、消炎、修复口腔黏膜、促进溃疡愈合的作用。 2.3 放疗后的护理 放疗后1 年内继续坚持张口锻炼，进行上下排牙齿的相互咬合撞击，锻炼咀嚼肌及颞颌关节，能有效地防治张口困难。放疗后3 年内不能拔牙，以防放射性颌骨骨髓炎的发生。防止感冒，避免因感冒诱发头颈部急性蜂窝组织炎。间断鼻腔冲洗，防止鼻腔粘连的发生。嘱患者出院后定期来院复诊。 3 小结 在护理鼻咽癌放疗患者的过程中，应以患者为中心，以人为本，实施的护理到位，可极大地减少放射治疗的并发症。对于放疗后的并发症，护理人员通过对疾病的认识，与患者建立良好的关系，根据患者的情况实行有效的健康教育，使患者保持良好的心境，有利于治疗的顺利进行，在常规护理的基础上加以护理干预，采取多种方式分阶段性实行个性化护理，可减轻鼻咽癌患者放疗后并发症的临床症状，减轻患者痛苦，提高了患者满意度。
1表达谱芯片
康成生物全基因组表达谱芯片技术服务 康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作, 并提供完整的实验报告。根据您的需要您可选择不同厂家提供的全基因组表达谱芯片，包括Phalanx , Agilent和NimbleGen。 Phala nx 全基因组表达谱芯片 华联生物科技开发的标准规格的高密度基因组芯片(Phalanx Whole Genome Microarray)在开发过程中透过台湾工业技术研究院与英国 Sanger Institute等国外权威研究机构合作，从设计到生产再到实验的各个步骤中均执行严格标准，采用创新技术，广泛吸收现有芯片的优点，使得其生产的高密度基因组芯片获得了优异的国际品质。康成生物为您提供华联生物高密度基因组芯片及全程技术服务。 Phalanx Slide TM专利片基处理技术 华联生物的高密度基因组芯片，探针设计采用台湾工业技术研究院特有探针设计软件平台( Integrated Massive Probes Optimal Recognition Tool ，IMPORT )。在芯片的制作过程中，华联生物应用表面化学专利技术( PhalanxSlide TM Technology )对片基表面进行处理，使得片基与寡核苷酸探针的亲和活力更高，背景噪音更低，点阵的均一性更强。 高速的PhalanxArray探针布放技术 华联生物在点样过程中，采用非接触式基因探针布放技术，并以方阵基因探针高速布放技术(PhalanxArray Technology)之优势，大量生产。PhalanxArray 同时使用196个排列整齐的PhalanxJets，在一张芯片上布放39，200个均一的探针。PhalanxArray能够布放多达1，000，000张高 密度芯片，布放效率和产量是目前市场上一般芯片布放系统的100倍。 先进的PhalanxJet TM专利点样技术 华联生物开发出独特的PhalanxJet TM系统，结合其先进的非接触式基因探针布放技术和专利的片基处理技术，保证了探针布放的高重复性。尤其重要 的是，PhalanxJet TM系统可以最大限度的避免探针布放中可能的探针交叉污染。每个单独的PhalanxJet TM包含200个独立的点样针，分别对应不同 的探针，在布放时彼此独立，不会相互干扰。 严谨的检测探针和控制探针设计 华联生物的的高密度基因组芯片，寡核苷酸探针均经过严格筛选，能特异性检测数据库中的基因，灵敏度高，特异性强。人类基因组表达谱芯片，探针 信息主要基于数据库UniGene V.175版，同时整合了各大重要数据库信息。小鼠基因组表达谱芯片，探针信息基于数据库MEEBO (Mouse Exonic Evidence Based Oligonucleotide) 。 华联生物的高密度基因组芯片，实验控制探针设计严谨，包括GAM，OGAM，CGAMs，IHCs，ITQC，ETQC等等，并且还采用了多家公司已经设计好的芯片检测探针，如SpotReport Oligo Array 验证系统，Stratagene 的Alien Oligo Array 验证系统，以及Ambion 公司的ArrayControl Sense Oligo Spots系统等等，从而全面检测样品质量，杂交反应效果，标记反应效果等。使得芯片质量与实验效果得到双重保障。 生物芯片质量评估标准MAQC规范 依据美国食品药物管理局(FDA)与国际上主要生物芯片企业协商制定的生物芯片质量评估标准MAQC计划规范，华联全基因组表达谱芯片各项指标，
基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现
基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现 1.表达谱芯片及其应用 表达谱DNA芯片（DNA microarrays for gene expression profiles）是指将大量DNA片段或寡核昔酸固定在玻璃、硅、塑料等硬质载体上制备成基因芯片，待测样品中的mRNA被提取后，通过逆转录获得cDNA,并在此过程中标记荧光，然后与包含上千个基因的DNA芯片进行杂交反应30min~20h后，将芯片上未发生结合反应的片段洗去，再对玻片进行激光共聚焦扫描，测定芯片上个点的荧光强度，从而推算出待测样品中各种基因的表达水平。用于硏究基因表达的芯片可以有两种：①cDNA芯片；② 寡核昔酸芯片。 cDNA芯片技术及载有较长片段的寡核昔酸芯片采用双色荧光系统：U前常用Cy3—dUTP （绿色）标记对照组mRNA, Cy5—dUTP （红色）标记样品组mRNAUl。用不同波长的荧光扫描芯片，将扫描所得每一点荧光信号值自动输入计?算机并进行信息处理，给出每个点在不同波长下的荧光强度值及其比值（ratio值），同时计算机还给出直观的显色图。在样品中呈高表达的基因其杂交点呈红色，相反，在对照组中高表达的基因其杂交点呈绿色，在两组中表达水平相当的显黄色，这些信号就代表了样品中基因的转录表达情况⑵。 基因芯片因具有高效率，高通量、高精度以及能平行对照研究等特点，被迅速应用于动、植物和人类基因的研究领域，如病原微生物毒力相关基因的。基因表达谱可直接检测mRNA的种类及丰度，可以同时分析上万个基因的表达变化，来揭示基因之间表达变化的相互关系。表达谱芯片可用于研究：①同一个体在同一时间里，不同基因的表达差异。芯片上固定的已知序列的cDNA或寡聚核昔酸最多可以达到30 000多个序列，与人类全基因组基因数相当，所以基因芯片一次反应儿乎就能够分析整个人的基因⑶。②同一个体在不同时间里，相同基因的表达差异。 ③不同个体的相同基因表达上的差异。利用基因芯片可以分析多个样本，同时筛选不同样本（如肿瘤组织、癌前病变和正常组织）之间差异表达的基因，这样可以避免了芯片间的变异造成的误差⑷。张辛燕⑸ 等将512个人癌基因和抑癌基因的cDNA用点样仪点在特制玻片上制成表达谱芯片，对正常人卵巢组织及卵巢癌组织基因表达的差异性进行比较研究，结果发现在卵巢癌组织中下调的基因有23个，上调的基因有15个，初步筛选出了卵巢癌相关基因。Lowe⑹等利用胰腺癌、问充质细胞癌等组织的cDNA制备基因芯片，筛选到胰腺癌细胞中高表达的基因，为医疗诊断、病理研究及新药设计 奠定基础。 2.表达谱芯片的数据处理技术
基因表达谱分析技术
基因表达谱分析技术 1微阵列技术（microarray） 这是近年来发展起来的可用于大规模快速检测基因差别表达、基因组表达谱、DNA序列多态性、致病基因或疾病相关基因的一项新的基因功能研究技术。其原理基本是利用光导化学合成、照相平板印刷以及固相表面化学合成等技术,在固相表面合成成千上万个寡核苷酸“探针”（cDNA、ESTs或基因特异的寡核苷酸），并与放射性同位素或荧光物标记的来自不同细胞、组织或整个器官的DNA或mRNA反转录生成的第一链cDNA进行杂交，然后用特殊的检测系统对每个杂交点进行定量分析。其优点是可以同时对大量基因，甚至整个基因组的基因表达进行对比分析。包括cDNA芯片（cDNA microarray）和DNA芯片（DNA chips）。 cDNA芯片使用的载体可以是尼龙膜，也可以是玻片。当使用尼龙膜时，目前的技术水平可以将20000份材料点在一张12cm×18cm的膜上。尼龙膜上所点的一般是编好顺序的变性了的双链cDNA片段。要得到基因表达情况的数据，只需要将未知的样品与其杂交即可。杂交的结果表示这一样品中基因的表达模式，而比较两份不同样品的杂交结果就可以得到在不同样品中表达模式存在差异的基因。杂交使用的探针一般为mRNA的反转录产物，标记探针使用32PdATP。如果使用玻片为载体，点阵的密度要高于尼龙膜。杂交时使用两种不同颜色的荧光标记不同的两份样品，然后将两份样品混合起来与一张芯片杂交。洗去未杂交的探针以后，能够结合标记cDNA的点受到激发后会发出荧光。通过扫描装置可以检测各个点发出荧光的强度。对每一个点而言，所发出的两种不同荧光的强度的比值，就代表它在不同样品中的丰度。一般来讲，显示出来的图像中，黄色的点表示在不同的样品中丰度的差异不大，红色和绿色的点代表在不同样品中其丰度各不相同。使用尼龙膜为载体制作cDNA芯片进行研究的费用要比玻片低，因为尼龙膜可以重复杂交。检测两种不同的组织或相同组织在不同条件下基因表达的差异，只需要使用少量的尼龙膜。但是利用玻片制作的cDNA芯片灵敏度更高，而且可以使用2种探针同时与芯片杂交，从而降低了因为杂交操作带来的差异；缺点是无法重复使用还必须使用更为复杂的仪器。 Guo等（2004）将包含104个重组子的cDNA文库点在芯片上，用于检测拟南芥叶片衰老时的基因表达模式，得到大约6200差异表达的ESTs，对应2491个非重复基因。其中有134个基因编码转录因子，182个基因预测参与信号传导，如MAPK级联传导路径。Li等（2006）设计高密度的寡核苷酸tiling microarray方法，检测籼稻全基因组转录表达情况。芯片上包含13,078,888个36-mer寡核苷酸探针，基于籼稻全基因组shot-gun测序的序列合成，大约81.9%（35,970）的基因发生转录事件。Hu等（2006）用含有60,000寡核苷酸探针（代表水稻全部预测表达基因）的芯片检测抗旱转基因植株（过量表达SNAC1水稻）中基因的表达情况，揭示大量的逆境相关基因都是上升表达的。 2基因表达系列分析（Serial analysis of gene expression,SAGE） 基因表达系列分析（SAGE）是一种转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的快速、有效的技术，也是一种高通量的功能基因组研究方法，它可以同时将不同基因的表达情况进行量化研究（Velculescu et al.,1995）。SAGE的基本原理是：每一条mRNA序列都可以用它包含的9bp的小片段（TAG）代替，因此考查这些TAGs出现的频率就能知道每一种mRNA 的丰度。首先利用生物素标记的oligo（dT）引物将mRNA反转录成双链cDNA，然后利用NlaIII 酶切双链cDNA。NlaIII酶的识别位点只有4bp，因此cDNA都被切成几十bp的小片段。带有生物素标记的小片段cDNA被分离出来，平均分成2份。这2份cDNA分别跟2个接头连接，2个接头中均有一个FokI酶切位点。FokI是一种II S型核酸内切酶，其识别位点不对称，切割位点位于识别位点下游9bp且不依赖于特异的DNA序列。FokI酶切分成2份的cDNA之
基因表达谱数据分析技术
第18卷第6期微阵列技术[1-3]的到来对生物学和医学来说是一场 革命，通过它可以同时观测成千上万个基因的表达水平，从而能够在基因组水平上以系统的、 全局的观念去研究生命现象及其本质。还可以根据基因在不同条件下表达的差异性来进行复杂疾病诊断、药物筛选、个性化治疗、基因功能发现、农作物优育和优选、环境检测和防治、食品卫生监督及司法鉴定等，因此对基因表达谱的研究具有重要的理论价值和应用意义。微阵列基因表达数据具有维数高、样本小、非线性的特点，这对一些传统的机器学习方法提出了新的挑战，对其数据的分析已成为生物信息学研究的焦点。 1基因表达数据采集 基因表达数据采集可分为三个步骤：微阵列设计、 图像分析和数据获取、过滤、标准化。基因芯片（gene chip ），简称为微阵列,就是指固着在载体上的高密度 DNA 微点阵，具体地说就是将靶基因或寡核苷酸片段有序地、高密度排列在玻璃、硅等载体上。mRNA （信使核糖核酸）的表达水平的获得是通过选取来自不同状态的样本（如正常组织与肿瘤组织、不同发育阶段组织，或用药之前与用药之后组织等，一种称为实验样本，另外一种称为参考样本），在逆转录过程中,实验样本和参考样本RNA （核糖核酸）分别用不同的红、绿荧光染料去标记，并将它们混合，与微阵列上的探针序列进行杂交，经适当的洗脱步骤与激光扫描仪对芯片进行扫描，获得对应于每种荧光的荧光强度图像，通过专用的图像分析软件，可获得微阵列上每个点的红、绿荧光强度（Cy5和Cy3），其比值（Cy5/Cy3）表示该基因在实验样本中的表达水平。在通常情况下，考虑Cy5和Cy3的数值时，还应考虑相应的背景数值，如果微阵列上某个基因的Cy5或Cy3数值比相应的背景数值低，则该基因的表达水平无法确定。为了方便数据处理，常 孟令梅等：一种基于DCT 变换的图像认证算法文章编号：1005－1228（2010）06－0017－03 基因表达谱数据分析技术 刘 玲 （江苏财经职业技术学院，江苏淮安 223001） 摘 要：人类基因组计划的研究已进入后基因组时代，后基因组时代研究的焦点已经从测序转向功能研究，主要采用无监 督和有监督技术来分析基因表达谱和识别基因功能，通过基因转录调控网络分析细胞内基因之间的相互作用关系的整体表示，说明生命功能在基因表达层面的展现，对目前基因表达谱数据分析技术及它们的发展，进行了综述性的研究，分析了它们的优缺点,提出了解决问题的思路和方法，为基因表达谱的进一步研究提供了新的途径。关键词：基因表达谱；分类；无监督；有监督；基因调控网络中图分类号：Q81；TP181 文献标识码：A Gene Expression Data Analysis LIU Ling （Jiangsu Vocational College of Finance &Econimics ，huai ’an 223001,China ） Abstract ：As the work of sequencing the genome of the human has been fully finished,the post-genomic era has begun.Scientists are turning their focus toward identifying gene function from sequencing.Clustering technology,as one of the important tools of analyzing gene expression data and identifying gene function,has been used widely.Transcriptive regulatory networks are the global representation of multiple interactions between genes and their products ,which can help us understand the cell ’s function at the level of gene expression In this paper we discuss main clustering technology about gene expression data at present,analyze their advantages and disadvantages ,present the methods to solve the problems and given approaches to study gene expression data. Key words:gene expression profile ； classification ；gene regulatory network Vol．18No．6Dec 2010 第18卷第6期2010年12月 电脑与信息技术Computer and Information Technology 收稿日期： 2010-06-09项目资助： 江苏省淮安市科技发展计划项目(HAG08015）作者简介： 刘玲（1964-），山东胶州人，副教授，硕士，主要研究方向:生物信息。
全基因组表达谱基因芯片技术服务
全基因组表达谱基因芯片技术服务 康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。根据您的需要您可选择不同厂家提供的全基因组表达谱芯片，包括Roche-NimbleGen和Agilent 。 Roche-NimbleGen全基因组表达谱芯片 * 无膜芯片合成技术 NimbleGen表达谱芯片采用无膜芯片合成技术，使基因芯片制作从数月缩短到数小时，为客户提供最新的芯片设计、高重复性的芯片制作和高可信度的统计结果。 * 唯一将长探针与单转录本多探针设计相结合的表达谱芯片平台对于基因表达分析，长寡核苷酸探针（60mer）可以提供更高的信噪比、灵敏度、专一性和辨别能力；同时，NimbleGen的超高密度芯片（2.1M）使每个基因可通过多个独立的探针得到结果，针对单个转录本的多个探针的平均信号增加了统计的可靠性，降低了探针表现不稳定对芯片结果的影响，增加信号准确性。 * 高密度、高通量分析、节约成本 NimbleGen提供每张片子含135,000个探针的12×135K表达谱芯片，每张芯片上的单个基因设计了3-5个探针，提高了芯片检测的准确性，平均数据有更可靠的统计学意义。 * 至今，在国际顶级期刊上，已有很多利用NimbleGen表达谱芯片技术发表的高质量文章。 1. Induced Pluripotent Stem Cell Lines Derived from Human Somatic Cells. Science 2. Constraint and turnover in sex-biased gene expression in the genus Drosophila. Nature 3. Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell 更多文献请参考NimbleGen公司网站： https://www.360docs.net/doc/0c6911998.html,/products/pubs/publist.xml
基因表达谱分析技术
基因表达谱分析技术 1、微阵列技术（microarray） 这是近年来发展起来的可用于大规模快速检测基因差别表达、基因组表达谱、DNA序列多态性、致病基因或疾病相关基因的一项新的基因功能研究技术。其原理基本是利用光导化学合成、照相平板印刷以及固相表面化学合成等技术,在固相表面合成成千上万个寡核苷酸“探针”（cDNA、ESTs或基因特异的寡核苷酸），并与放射性同位素或荧光物标记的来自不同细胞、组织或整个器官的DNA或mRNA反转录生成的第一链cDNA进行杂交，然后用特殊的检测系统对每个杂交点进行定量分析。其优点是可以同时对大量基因，甚至整个基因组的基因表达进行对比分析。包括cDNA芯片（cDNA microarray）和DNA 芯片（DNA chips）。 cDNA芯片使用的载体可以是尼龙膜，也可以是玻片。当使用尼龙膜时，目前的技术水平可以将20000份材料点在一张12cm×18cm的膜上。尼龙膜上所点的一般是编好顺序的变性了的双链cDNA片段。要得到基因表达情况的数据，只需要将未知的样品与其杂交即可。杂交的结果表示这一样品中基因的表达模式，而比较两份不同样品的杂交结果就可以得到在不同样品中表达模式存在差异的基因。杂交使用的探针一般为mRNA的反转录产物，标记探针使用32PdATP。如果使用玻片为载体，点阵的密度要高于尼龙膜。杂交时使用两种不同颜色的荧光标记不同的两份样品，然后将两份样品混合起来与一张芯片杂
交。洗去未杂交的探针以后，能够结合标记cDNA的点受到激发后会发出荧光。通过扫描装置可以检测各个点发出荧光的强度。对每一个点而言，所发出的两种不同荧光的强度的比值，就代表它在不同样品中的丰度。一般来讲，显示出来的图像中，黄色的点表示在不同的样品中丰度的差异不大，红色和绿色的点代表在不同样品中其丰度各不相同。使用尼龙膜为载体制作cDNA芯片进行研究的费用要比玻片低，因为尼龙膜可以重复杂交。检测两种不同的组织或相同组织在不同条件下基因表达的差异，只需要使用少量的尼龙膜。但是利用玻片制作的cDNA芯片灵敏度更高，而且可以使用2种探针同时与芯片杂交，从而降低了因为杂交操作带来的差异；缺点是无法重复使用还必须使用更为复杂的仪器。 Guo等（2004）将包含104个重组子的cDNA文库点在芯片上，用于检测拟南芥叶片衰老时的基因表达模式，得到大约6200差异表达的ESTs，对应2491个非重复基因。其中有134个基因编码转录因子，182个基因预测参与信号传导，如MAPK级联传导路径。Li等（2006）设计高密度的寡核苷酸tiling microarray方法，检测籼稻全基因组转录表达情况。芯片上包含13,078,888个36-mer寡核苷酸探针，基于籼稻全基因组shot-gun测序的序列合成，大约81.9%（35,970）的基因发生转录事件。Hu等（2006）用含有60,000寡核苷酸探针（代表水稻全部预测表达基因）的芯片检测抗旱转基因植株（过量表达SNAC1水稻）中基因的表达情况，揭示大量的逆境相关基因都是上升表达的。 2、基因表达系列分析（Serial analysis of gene expression, SAGE）
基因表达谱芯片常见问题分析
基因表达谱芯片常见问题分析 1 芯片实验和定量PCR的优劣比较? 基因表达谱芯片实验可以对大量基因一次性进行定量研究,定量PCR则对大量基因需逐一进行定量研究。 2 在芯片制作过程中的PCR原液是否可以为客户保存? 可以抽干冷冻保存一年。 3 可否用DNA和芯片杂交? 不可以，因为芯片上的样品是cDNA而真核基因DNA中普遍存在內显子，核酸杂交无法顺利进行。 4 对于临床症状不明显的的遗传病,如何取样? 可以从病人抽取血样或者骨髓。 5 如何保存血样? 将血样中血细胞分离出来，然后-80℃低温保存。 6 脱落细胞是否都是死亡的细胞, 其中是否可以抽提mRNA? 不完全是死亡的细胞, 但是mRNA的含量比较少, 建议最好用正常细胞抽提mRNA。 7 完成一张芯片的实验,需要的细胞的量是多少? 需要5×106的细胞量 8 提供的电泳图和OD值如何评价mRNA的质量？ 电泳图可以分析mRNA和总RNA是否降解, OD值可以判断纯度。 9 是否可以将同一症状的病例混合后抽提,看共性表达? 可以。 10 芯片是否可以重复使用? 不可以。 11 杂交后的芯片如何保存? 避光常温保存几个星期。 12 在实验前期,如何定参照物? 根据实验设计来确定使用共同参照物还是各自的参照物。 13 如何消除基因芯片实验中的个体差异？ 可以使用同一样品重复芯片实验,取其共性,获得可靠的数据结果。 14 芯片在杂交过程中为什么会发生非特异性杂交, 如何降低? 这是由于DNA碱基错配造成, 提高芯片杂交后洗脱液的温度可以降低非特异性杂交。 15 芯片上基因cDNA是从什么组织中取得的? 芯片上基因cDNA来源于美国I.M.A.G.E.项目，是从人的各种组织中分离确定的，并且每个基因cDNA 具有明确功能定义的，与其它基因不相重复的。 16 芯片上有多少条有效基因? 目前芯片上的有效基因数目最多有7500条，每条基因都有明确的功能定义，不相重复。 17 基因表达谱芯片是如何进行分类的? 基因表达谱芯片是根据芯片的用途来分类的，每种芯片上包括与特定用途相关的基因。 18表达谱芯片是否可以按照器官来进行分类? 不可以。 19 基因芯片的假阳性率是多少? 一般控制在1%---2%。