基因诊断常用技术与应用

基因诊断的概念

一、基本概念：

1．人类的绝大多数疾病都与基因有关，基因变异引起疾病两种类型：

①内源基因变异：由于先天遗传和后天内外环境因素的影响，人类的基因结构及表达的各个环节都可发生异常，从而导致疾病。分基因结构突变和表达异常。

②外源基因的入侵：各种病原体感染人体后，其特异的基因被带入人体并在体内增殖引起各种疾病。基因改变引起各种表型改变，从而引起疾病，从基因水平探测分析病因和疾病的发病机制，并采用针对性的手段矫正疾病是近年基础和临床的方向。

２．基因诊断：利用现代生物学和分子遗传学的技术方法，直接检测基因结构及表达水平是否正常，从而对疾病作出诊断的方法。

二、基因诊断的特点：

1．以基因做检查材料和检查目标针对性强；

2．分子杂交选用特定基因序列作探针，故特异性强；

3．分子杂交和PCR具有放大效应，故有较大的灵敏度；

4．适用性强，诊断范围广。

基因诊断的常用技术

一、核酸分子杂交：

核酸杂交是从核酸分子混合液中检测特定大小的核酸分子的传统方法。其原理是核酸变性和复性理论。即双链的核酸分子在某些理化因素作用下双链解开，而在条件恢复后又可依碱基配对规律形成双链结构。杂交通常在一支持膜上进行，因此又称为核酸印迹杂交。根据检测样品的不同又被分为DNA印迹杂交（Southern blot hybridization ）和RNA印迹杂交（Northern blot hybridization）。

（一）核酸分子杂交的基本过程：

①DNA或RNA的制备：将待测样品用一定方法提取DNA或RNA。

②制备探针；

③杂交；

④检测。

1．DNA或RNA的制备：将待测样品用一定方法提取DNA或RNA。

2．基因探针的概念：

①基因探针（probe）就是一段与目的基因或DNA互补的特异核苷酸序列，它可以包括整个基因，也可以仅仅是/基因的一部分；可以是DNA本身，也可以是由之转录而来的RNA。

②探针的来源：

DNA探针根据其来源有3种：一种来自基因组中有关的基因本身，称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNA 探针（cDNA probe）。与基因组探针不同的是，cDNA探针不含有内含子序列。此外，还可在体外人工合成碱基数不多的与基因序列互补的DNA片段，称为寡核苷酸探针。

③探针的制备：

进行分子突变需要大量的探针拷贝，后者一般是通过分子克隆（molecular cloning）获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进，应先制备基因组文库，即把基因组DNA打断，或用限制性酶作不完全水解，得到许多大小不等的随机片段，将这些片段体外重组到运载体（噬菌体、质粒等）中去，再将后者转染适当的宿主细胞如大肠杆菌，这时在固体培养基上可以得到许多携带有不同DNA片段的克隆噬菌斑，通过原位杂交，从中可筛出含有目的基因片段的克隆，然后通过细胞扩增，制备出大量的探针。

为了制备cDNA 探针，首先需分离纯化相应mRNA，这从含有大量mRNA的组织、细胞中比较容易做到，如从造血细胞中制备α或β珠蛋白mRNA。有了mRNA作模板后，在逆转录酶的作用下，就可以合成与之互补的DNA(即cDNA)，cDNA与待测基因的编码区有完全相同的碱基顺序，但内含子已在加工过程中切除。

寡核苷酸探针是人工合成的，与已知基因DNA互补的，长度可从十几到几十个核苷酸的片段。如仅知蛋白质的氨基酸顺序量，也可以按氨基酸的密码推导出核苷酸序列，并用化学方法合成。

④探针的标记：

为了确定探针是否与相应的基因组DNA杂交，有必要对探针加以标记，以便在结合部位获得可识别的信号，通常采用放射性同位素32 P标记探针的某种核苷酸α磷酸基。但近年来已发展了一些用非同位素如生物素、地高辛配体，荧光素等作为标记物的方法。但都不及同位素敏感。非同位素标记的优点是保存时间较长，而且避免了同位素的污染。最常用的探针标记法是缺口平移法(nick translation)。

二、聚合酶链反应（PCR）：

1．核酸杂交反应是一对一的反应，即膜上有一个被检测分子时，相应就有一个标记的探针分子与它杂交。所以整个实验敏感性主要取决于标记探针的质量和杂交后的检测方法。在优化的条件下，核酸杂交可检测到pg水平的靶分子，约相当于106个分子。但是，在许多临床情况下，即无法得到这样的样品量。这时可以用聚合酶链反应来扩增靶分子以特异性地增加靶分子量，达到提高敏感性的目的。

2．聚合酶链反应（polymerase chain reaction ，PCR）：

PCR的反应本身是在同一试管内利用DNA聚合酶催化的反应反复进行同一段DNA片段的合成。聚合酶反应的模板是待检测核酸分子：DNA可直接用于反应，而RNA则需要用反转录酶反转录成为cDNA，然后用作聚合酶反应的模板。反应的引物有两条，分别位于待扩增DNA片段的两端，可启动相对方向的DNA合成。这样从一个模板分子起始的话，经过n次聚合酶反应后就可以合成2 n个模板分子。所以从很小时的样品即有可能扩增出电泳后肉眼可见的产物。

3．PCR反应：

模板（待测的cDNA或RNA）；

底物（dATP，dGTP，dCTP，dTTP）；

引物；

TaqDNA聚合酶，反应温度（75-85 ℃ ）；

变性：95℃；

退火：55℃；

聚合：72℃；

检测：电泳或核酸杂交。

4．以PCR为基础的基因诊断技术：

（1）巢式PCR：先以一对外引物进行常规PCR，取一部分扩增产物为模板，用另一对内引物进行扩增反应，提高灵敏度和特异性。

（2）多重PCR：在同一PCR反应体系中加多对引物进行扩增反应的方法叫多重PCR。这种方法可对某一特定的基因的不同的区域进行缺失诊断。

（3）逆转录PCR：这种PCR的起始模板是RNA，先以RNA为模板通过逆转录反应合成，再以cDNA为模板合成双链cDNA，在此基础上再进行PCR。由此可见，RT-PCR在基因表达研究和对RNA病毒的基因诊断中具有特殊作用。

（4）荧光定量PCR：本方法通过对照基因的扩增或对引物进行荧光标记，结合一定的仪器可以对PCR产物进行定量。

（5）联合PCR技术。

三、核酸序列分析法：

核酸序列分析法是最确切的基因诊断分析法，它通过测定碱基排列序列而发现DNA的具体变异情况。

核酸序列分析法有两种：化学裂解法和双脱氧核苷酸末端终止法。

基因诊断的应用

1．病原生物的侵入：一般侵入体内的病原生物可通过显微镜检查各免疫学方法进行诊断。但是，直接检测病原生物的遗传物质可以大大提高诊断的敏感性。此外，由于基因碱基配对原理的基因诊断可直接检测病原微生物的遗传物质，所以诊断的特异性也大为提高。目前，基因诊断已在病毒性肝炎，爱滋病等传染病的诊断中发挥了不可代替的作用。

2．遗传病：遗传病是指遗传物质（基因）的异常所导致的疾病，因此遗传病的诊断，最本质和最直接的是检测出异常的基因。

从受精卵开始，各人的基因组就已确定。因此，对遗传病高危妊娠，基因诊断可以在胎儿出生前进行，甚至早在胚胎着床前进行，这对于减少遗传病儿的出生具有重要价值，也是目前对大多数尚没有理想治疗方法的遗传病最有效的预防措施。对于已经出生的遗传病患者，特别是如亨廷顿舞蹈症等某些成年期才发病的患者，由于基因诊断可以在症状出现之前进行，因而能及早采取措施，避免疾病基因遗传给后代。

3．癌症：现在已经发现，癌细胞是由受伤的基因激活的，环境污染物、微生物、某些食品或药品等可能是造成基因损伤的根源。随着癌基因的发现和抗癌基因研究的进展，癌症是一类基因性疾病的理论已经成立。基因诊断癌症是根据DNA杂交原理，探测某种基因的存在与否、有无变异，区别变异基因属良性或恶性，从而达到诊断癌症的目的。基因诊断癌症准确率高，甚至对某些人表现出患癌倾向性都能作出预测。

4．器官组织移植：器官移植（包括骨髓移植）的主要难题是如何解决机体对移植物的排斥反应。理想的方法是进行术前组织配型。基因诊断技术能够分析和显示基因型，更好地完成组织配型，从而提高了器官移植的成功率。

5．其它：DNA指纹

个体识别

亲子关系识别法医物证

非典型肺炎