晶体结构分析讲义(下)

1.Shelxtl 使用流程

※解析原始文件有hkl文件（或raw文件），包含衍射数据；p4p文件，包含晶胞参数

※为一个晶体的数据建立project，该项目下所有文件具有相同的文件名；一旦在XPREP 中发生hkl文件的矩阵转换，则需要输出新文件名的hkl等文件，因此要建立新的project。※首先运行XPREP，寻找晶体的空间群

※然后运行XS，根据XPREP设定的空间群，寻找结构初解

※在Xshell中观察初解是否合理，如不合理，需重回XPREP中设定其他的空间群

2.Xshell 使用流程

※找出重原子或者确定性大的原子

※找出其余非氢原子

※精修原子坐标

※精修各项异性参数

※找到氢原子(理论加氢或差值傅里叶图加氢)

※反复精修，直到wR2等指标收敛。最后的R1<0.06(0.08) wR2<0.16(0.18)

※通过HTAB指令寻找氢键，判定氢的位置是否合理，并且将相关氢键信息通过HTAB和EQIV指令写进ins文件中

※将原子排序(sort)

3.cif 文件生成和检测错误流程

※在步骤1、2完成后，在ins文件中加入以下三条命令

bond $H

conf

acta

※此时生成了cif和fcf文件，将cif文件拷贝到planton所在文件夹中检测错误，也可以通过如下在线检测网址：https://www.360docs.net/doc/c06325572.html,/services/cif/checkcif.html

※根据错误提示信息，修改或重新精修，将A、B类错误务必全部消灭，C类错误尽量消灭。

4.Acta E 投稿准备流程

投稿前，请务必切实做好如下工作：

※按步骤1、2、3解析晶体并生成相应cif和fcf文件。

※准备结构式图(Chemical structural diagram)、分子椭球图(Molecular ellipsoid diagram)和晶胞堆积图(Packing diagram)，最好是pdf格式。

※按要求撰写文章的文字部分，填写cif中相应段落，注意格式要求！

_publ_section_title 题目

_publ_section_abstract 摘要

_publ_section_related_literature 相关文献

_publ_section_comment 评论

_publ_section_exptl_prep 制备方法

_publ_section_exptl_refinement 精修说明

_publ_section_references 参考文献

_publ_section_figure_captions 插图说明

_publ_section_table_legends 表格说明

_publ_section_acknowledgements 致谢

※将cif中需要填写的其他部分（在cif的标准空白样本中以！标注）全部完成，并再次检查整个cif文件格式和内容。

第六章晶体结构的解析进阶

氢原子的处理

氢键的处理

手性构造的处理

无序的处理

6.1 氢原子的处理

氢原子的指认应该等到其他所有步骤（非氢原子的指认和各向异性修正）都完成后再进行!

差值傅里叶合成加氢：

就如同指认其他非氢原子一样，通过电子密度Q峰来寻找。

理论加氢：

在母原子（C、O、N）上按照一定的理论模型计算出氢的位置。

?在所有非氢原子找到，以及各向异性修正以后，在XSHELL菜单中Atom项，先后选择：

Hybridize-All

Calculate-hydrogen

加氢即可自动完成

?也可对某个具体的原子选取后再在下拉式菜单中选择Select-Atom-Set Hfix ?以上加氢命令必须经过精修(refine)后才能起效。?首先通过位置和强度信息，指认Q峰为H原子。

?除了少数晶体质量很好的情况下，傅里叶合成指认的氢会在精修中出现较大的位置变化（因为氢的权重小），所以常要加入限制性精修命令。

一般将键长限制在以下范围内：

O—H = 0.84(2) ? N—H = 0.87(2) ?可以在*.ins中加入指令

Dfix O1 H1 0.84 0.02

Dfix N1 H1 0.87 0.02

6.2 氢键的处理

经典氢键(Classical Hydrogen bond)

D－H…A D/A= N O F

H…A < r(A) + 2.000 ? and 110 °

一般D-A键长2.8～3.5 ?，

D－H…A键角<110-180 °

在*.ins 文件中加入HTAB 指令（edit current file）

精修(refine)一轮后，在*.lst 文件接近最后部分找到关于氢键的信息，然后在*.res 中修改

水或羟基上的氢在晶体中一定会形成氢键，因此也可以通过相关氢键的相信判定加氢的合理性。

水的加氢往往采用 Hfix 137 指令，相当于当作甲基处理，加3个氢，再根据实际情况去掉一个氢，作为孤对电子。

先对O3（配位水）进行加氢，然后根据氢键的形成，来决定哪些氢要保留，哪些氢要去除。加入HTAB命令，精修后，在*.lst中发现相关段落：Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and 110 deg.

D-H d(D-H) d(H..A)

O3-H3A 0.960 2.617 134.52 3.360 O2 [ x, -y, z+1/2 ]

O3-H3B 0.960 1.826 148.47 2.691 O4

O3-H3C 0.960 1.984 144.08 2.818 O2 [ -x+1/2, y, z+1/2 ]

根据可能形成的氢键信息，应该是H3B和H3C比较可能是真实存在氢的位置，氢键作用较强（键长较短，键角较大）。将H3A去除，并将H3C改为H3A。

但进一步精修出错，原因是Hfix 137指令（加甲基氢）现在已经不适用了，要编辑*.ins将 Afix 137改为 Afix 3（意为保留当前设置）。

最后晶格水O4的加氢最为麻烦，单纯的加指令Hfix 137出错，因为现在晶格水sp3杂化相当于要加四个氢。所以要先将O4连接在O3上(bond with)，再加指令Hfix 137。最后重复上面步骤，判断O4C和H4B应舍去（因为O4上有一个轴，需要去掉两个H）。

C

2

Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and 110 deg.

D-H d(D-H) d(H..A)

O4-H4A 0.960 1.816 159.71 2.737 O1 [ x, y+1, z ]

O4-H4B 0.960 1.896 144.76 2.737 O1 [ -x, y+1, -z+1/2 ]

O4-H4C 0.960 ** Short contact 0.982 Angstroms to H3B [ -x, y, -z+1/2 ] **

O4-H4C 0.960 1.833 146.65 2.687 O3 [ -x, y, -z+1/2 ]

O3-H3B 0.960 ** Short contact 0.982 Angstroms to H4C [ -x, y, -z+1/2 ] **

O3-H3B 0.960 1.821 148.58 2.687 O4

O3-H3A 0.960 1.983 144.29 2.819 O2 [ -x+1/2, y, z+1/2 ]

编辑*.ins将O4的 Afix 137改为 Afix 3。

精修后，再根据*.lst文件中相关段落，在*.ins中加入如下指令，目的在于使得生成的cif文件（下一章介绍）中包含氢键的信息：HTAB O4 O1_$1 eqiv $1 x, y+1, z

HTAB O3 O4

HTAB O3 O2_$2

eqiv $2 -x+1/2, y, z+1/2

6.3 手性构造的处理

在xprep中选择空间群的时候，就会提示该空间群是否有手性(Chiral)，造成手性的原因有两种情况：

?晶体中存在手性分子，并且没有外消旋体。

?虽然没有手性分子，但是存在手性排列方式。

?对于手性构造的绝对构型，如果晶体中没有重原子（Si以后的原子），将无法测定。程序任意选取一种作为解析结果，并不一定代表合理。但如果合成的原料就具有手性，则可以推断产物的手性。

?如果计算机选择的构型有误，可以在精修的过程中通过“Invert”命令翻转以得到对应异构体。

?采取 merg 3 命令则将相应的非独立衍射点合并。

? cif文件中有关手性的项目有如下三条：_chemical_absolute_configuration unk _refine_ls_abs_structure_details 'Flack (1983) with 1121 Friedel pairs'

_refine_ls_abs_structure_Flack 10(5)

?其中第一条代表手性构型的确认情况，各填充代码如下：

rm : absolute configuration established by the structure determination of a compound containing a chiral reference molecule of known absolute configuration.

ad : absolute configuration established by anomalous dispersion effects in diffraction measurements on the crystal.

rmad : absolute configuration established by the structure determination of a compound containing a chiral reference molecule of known absolute configuration and confirmed by anomalous dispersion effects in diffraction measurements on the crystal.

syn : absolute configuration has not been established by anomalous dispersion effects in diffraction measurements on the crystal. The enantiomer has been assigned by reference to an unchanging chiral centre in the synthetic procedure.

unk : absolute configuration is unknown, there being no firm chemical evidence for its assignment to hand and it having not been established by anomalous dispersion effects in diffraction measurements on the crystal. An arbitrary choice of enantiomer has been made.

. : inapplicable.

?第二条代表Friedel pairs的数目，即手性空间群由于没有对称中心，在相反的两个方向得到的衍射点数据强度有差别，每两个这样的数据即称为一个Friedel pair。Friedel pairs 的数目要通过在*.ins 中下达merg 3 命令将每对数据合并，然后在cif文件中找独立衍射点数据数目（_reflns_number_total），在命令下达后，这个数字会变小，并且数值之差即为Friedel pairs的数目。

?第三条数据代表当前手性构型的确定程度，在1附近表示准确确定，在0附近表示构型完全相反，可以通过invert命令翻转构型，其他过大或者负数表示手性构型无法确定，计算机自动指认其中任意一种作为当前构型，即为unk。

?可通过例4对手性晶体的解析进行练习。

6.4 无序的处理

无序（disorder）是晶体整体有序的情况下，局部或者个别原子或分子存在不规律排布的情况。

无序主要发生在晶体中受周围作用里较弱的原子或者分子中，比如碳链末端

的甲基，比如没有氢键束缚的溶剂分子(甲醇、二甲亚砜)和阴离子（硫酸根、硝

酸根、高氯酸根）

它们在一个小范围空间无序分布。

相当于各向异性热运动过于扩大，所以往往可以用椭球图考察可能存在无序

的集团，在例5中可以观察到-ClF3中三个F 的椭球明显偏大并且呈现长条（香

蕉）状，说明这三个F 存在无序现象。

无序的处理比较麻烦，在这里就不详细介绍了。

第七章 cif 文件

※ Cif 文件的生成

※ Cif 文件的格式

※ Cif 文件的填写与检查

※ 符合Acta E 的cif 要求

7.1 Cif 文件的生成

※ Cif 文件 (Crystallographic Information File)是国际晶体学联合会(IUCr)制订的晶体信息

标准格式文件

由*.ins 中加入Acta 指令再经过精修产生

TITL 30629Bm in P2(1)/n

CELL 0.71073 9.7934 8.4835 20.5089 90.000 91.098 90.000

ZERR 4.00 0.0020 0.0017 0.0041 0.000 0.030 0.000

LA TT 1

SYMM 0.5-X, 0.5+Y , 0.5-Z

SFAC C H O S

UNIT 88 72 10 10

L.S. 8

Bond $H

Conf

Acta

7.2 Cif 文件的格式要求

※ Cif 是文本文件，其格式有规定的严格要求

※ Cif 文件中每行不得超过80个字符

※ Cif 文件中不能直接显示的字符，用如下方法表示

上标：sp^3^ 下标：C~2~H~4~

degree (°)：\% ? ：\%A

具体方法，在所有解析完成（包括氢的处理）后，在Xshell 下拉式菜单中选取Edit Current file ，加入如左三条红色的指令，再精修一次，Acta 指令生成cif 文件，Bond $H 指令则在cif 文件中产生氢的成键信息（不包括氢键），Conf 指令则在cif 文件中产生扭转角的相关信息。 建议在生成cif 前将原子排序sort 。

α: \ a Ω : \ W

※填写内容，分三种形式数字直接填写

字符串前后加‘……’

大段描述性内容;……;

7.3 Cif 文件的填写与检查

对晶体结构的解析和表达，是否正确进行检查

※在线检测：https://www.360docs.net/doc/c06325572.html,/services/cif/checkcif.html※专家软件：Platon 需要经常下载最新版本

下载地址：https://www.360docs.net/doc/c06325572.html,/~louis/software/platon/ 输入文件: *.cif 输出文件：*.chk(检查结果) *.sup (补充材料) *.lis (全面材料)

下载并安装最新版本的platon，将cif文件拷贝到platon的安装目录中，运行pwt.exe：Cacl All 指令产生*.lis文件，包含全面的结构分析资料。

Tables 指令产生*.sup文件，包含解析结果的表格形式。

Cif Validate 指令产生*.chk文件，包含检查结果。

根据提示修改cif文件至没有A/B类错误，C类错误也尽量解决

造成错误的原因有两大类：

※属于cif文件填写不完整或者是计算值与与报道值不一致造成的，可通过修改cif文件相关部分解决。

※属于衍射数据的缺陷和精修不当造成的，无法仅仅通过cif文件修改，有的需要重新解析和精修数据，有点则必须再送样重测。

如下为chk文件内容示例

>>> The Following ALERTS were generated <<<

027_ALERT_3_A _diffrn_reflns_theta_full (too) Low ............ 23.27 Deg. 收集衍射角度太小，无法通过修改cif解决052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing .. ? 吸收校正的方法缺失，一般修改为’psi-scan’

053_ALERT_1_A Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ... ? 晶体尺寸最小值（单位毫米）缺失，如修改为0.10 054_ALERT_1_A Medium Crystal Dimension Missing (or Error) ... ? 晶体尺寸中间值（单位毫米）缺失，如修改为0.20 055_ALERT_1_A Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ... ? 晶体尺寸最大值（单位毫米）缺失，如修改为0.30 093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed 如果H都是理论加上去的，应修改为constr 122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ? 空间群没有填写

761_ALERT_1_A CIF Contains no X-H Bonds ...................... ? 没有氢成键键长信息，系没有加bond $H指令造成762_ALERT_1_A CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles .......... ? 没有氢成键角度信息，系没有加bond $H指令造成#========================================================= ==

023_ALERT_3_B Resolution (too) Low [sin(th)/Lambda < 0.6] 23.27 Deg. 解析度过低，无法通过修改cif解决

#============================================================

048_ALERT_1_C MoietyFormula Not Given ........................ ? 分子碎片没有给出，在cif中修改

120_ALERT_1_C Reported SPGR ? Inconsistent with Explicit PCCA 空间群没有给出

125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given ....... ? Hall空间群没有给出

199_ALERT_1_C Check the Reported _cell_measurement_temperature 293 K 晶胞测试温度是否在常温？

200_ALERT_1_C Check the Reported _diffrn_ambient_temperature . 293 K 衍射数据收集是否在常温？

369_ALERT_2_C Long C(sp2)-C(sp2) Bond C1 - C1_b ... 1.53 Ang. C-C单键过长，对于草酸根是正常。764_ALERT_4_C Overcomplete CIF Bond List Detected (Rep/Expd) . 1.11 Ratio 键长信息重复

795_ALERT_4_C C-Atom in CIF Coordinate List out of Sequence .. O3 原子序号没有进行排序

#================================================================

第八章投稿指南

※解析过程和结果的表述※常见投稿杂志Acta E 投稿指南

※8.1 解析过程和结果的表达

※列表法

※描述法

红色字体根据不同情况可以替换

例一：

C2H6MnO7,M = 197.01, orthorhombic, Pcca,a = 9.747(2),b = 6.594(2) ,c = 10.482(3) ?, V = 673.6(3) ? 3,Z = 4,D cal = 1.943 g cm-3. Data were collected at room temperature on a Bruker Smart APEX CCD diffractometer, using graphite monochromated Mo Kα radiation (λ = 0.71073 ?). Empirical correction based on symmetry equivalent reflections was applied to collect data by using the SADABS program. 3005reflections were collected with 597data unique. Structure was solved by direct method and refined by least-squares method on F2. All non-hydrogen atoms were refined anisotropically. Hydrogen atoms were either found in difference flourier map or placed in calculated positions and refined with isotropic thermal parameters. Final R values: R1 = 0.0503 for 517 reflections with I > 2σ(I) and wR2 = 0.0960 for

all data. Additional crystallographic data are available (CCDC-266076)from the Cambridge Crystallographic Data Center.

General crystallographic data are listed in Table 1. Systematic absences for h0l (l ≠2n) were consistent with the space group(s) Pc and P2/c. The centrosymmetric space group P2/c was chosen based on the value of |E2-1|. A face-indexed (or psi scan) absorption correction was applied (absorption coefficient ì= 1.32 mm-1), and the maximum and minimum transmission factors were 0.9253 and 0.2480. After the correction, there were 11 systematic absence violations and 14 bad equivalents. Systematically absent reflections were deleted and symmetry equivalent reflections were averaged to yield the set of unique data. The reflection 0 -2 5 was f ound to be a statistical outlier (?F2/esd = 14.0) and was deleted from the data set. The resulting 4218 data were used in the least squares refinement.

The structure was solved using direct method s by using the SHELXTL software package. The correct positions for the mercury and molybdenum atoms were deduced from an E-map (or a sharpened Patterson map). Subsequent least-squares refinement and difference Fourier calculations revealed the positions of the remaining non-hydrogen atoms. At this point, a calculation by PLATON showed that there was no missed crystallographic symmetry. Nonhydrogen atoms were refined with independent anisotropic displacement parameters. Hydrogen atoms were placed in "idealized" positions (or located in the difference Fourier map) and their displacement parameters were fixed to be 20-50 % larger than those of the attached non- hydrogen atom (or refined independently). An isotropic extinction parameter (see the SHELXTL manual for the definition of the EXTI command) was refined to a final value of 0.0013 (or w as not needed). The weighting parameters (see the SHELXTL manual for the definition of the WGHT command) were 0.0211 and 3.0421. Successful convergence was indicated by the maximum shift/error of 0.001 for the last cycle of least squares refinement. The largest peak in the final Fourier difference map (0.62 e?-3) was located 0.71 ? from the mercury atom.

※绘图法

XSHELL 中提供的绘图功能比较发表直观，但图像质量较差，所以一般在XP中画图

1. 分子椭球图：提供单个分子的空间结构和各向异性参数情况。

Fmol进入XP后首先运行的命令

Kill $Q 将所有Q峰去掉

Labl 1输出图中原子序号不加括号

Mpln/n计算机自动将分子放置于一个重叠

最小的方向

Proj观看当前分子，并调整其摆放方向

Telp 0 -50 0.03 20作图命令，0代表输出

椭球图，-50代表热椭球概率50 %, 20

表示图具有一定的透视效果。运行结束时

要输入文件名*，生成*.plt文件。

Draw *将*.plt文件转换为*.ps文件（运行

后选择A），该文件可再由adobe arobat

中附带的distiller软件转为*.pdf格式。

2. 晶胞堆积图：提供晶胞中分子的堆积情况，重点表明分子与分子之间的作用情况

Fmol

Matr 2将晶胞沿着b轴方向放置

Pbox 15 10指定一个15*12*10的空间

Pack在上述空间内堆积分子

Telp cell输出带有晶胞的堆积图

draw

3. 常用的XP命令：

help 显示所有可以执行的XP命令

Help **** 显示某条命令的具体说明

Fmol 运行XP后首条执行的命令，目的在于将当前分子保存

Kill 消去原子的命令

Undo 消去某个化学键的联结

Fuse 消去所有通过对称操作生长出来的原子，回到最小不对称单元状态

Grow 通过对称操作生长出完整的分子

Pack 通过对称操作堆积分子，可以选择性地去除保留其中组分，最后一定要在Sgen/Foml选项上回车，否则结果不能保存。

Mpln/n 将分子放置于一个重叠最小的方向

Proj 观看当前的结构，并可调整其摆放方向

Matr n n=1，2或3。表示沿着a，b或c轴方向摆放晶胞

Pbox a b 划分一个长、宽和深分别为a，b*0.75，c (?)的长方体区域，如紧接着再运行Pack，则在上述区域内堆积。

Labl n n取1则输出图时候所有的原子序号不加括号，n取0则不输出原子序号。Envi Mn1 显示某原子，比如Mn1周围一定区域内所有原子及其对称操作代码

Sgen O1 4566 生长出对称操作代码为4566的O1原子

Telp 0 –50 0.03输出椭球图，并且给每个原子标序号，最后要输入文件名。

Telp cell 输出带有晶胞的透视图，一般和pack指令联用得到晶胞堆积图

Draw * 将前面输出的图从*.plt文件转换成*.ps文件（运行后选择A）

Mercury (最新版本1.4.2, CCDC) 也是经常用来辅助分析晶体结构和画图的软件。

8.2 常见投稿杂志

结构得到解析的化合物，原则上只要先前没有发表过，都具有发表价值。其价值大小可以从几个方面来衡量：

※是否具有新奇的结构：零维的团簇，一维链状、二维层状和三维骨架结构；螺旋构造，手性构造；大的孔道、层距和空穴。而单纯的分子和离子较为普通。

※是否具有新颖的成键关系：金属－金属成键，金属－碳成键，分子和分子之间的特殊弱作用力形成的超分子结构。

※是否具有特殊性质：磁性、发光、导电，这些性质使得文章档次大为提升，脱离了单纯的晶体学的范畴

发表晶体结构较多的SCI国际学术杂志（前50）

Cambridge Structural Database，1 January 2008

发表晶体结构较多的国内杂志及其影响因子（2005）：※化学学报0.643

※中国化学0.592

※高等学校化学学报0.796

※无机化学学报0.535

※有机化学0.497

※结构化学0.548

※化学学报0.643

※中国化学快报0.342

8.3 Acta E 投稿指南

IUCr Acta Crystallography Section A-F

(国际晶体学联合会主办的晶体学报A-F)

Section E : Structure Report Online

※投稿指南

https://www.360docs.net/doc/c06325572.html,/e/services/authorservices.html※2007.3.28后，投稿新格式要求

https://www.360docs.net/doc/c06325572.html,/e/services/newformat.html※投稿地址

https://www.360docs.net/doc/c06325572.html,/e/services/submit.html※投稿需要的文件: *.cif

※在经过初步审核后进一步需要的文件：

*.fcf（结构因子文件）结构式图分子椭球图晶胞堆积图

※cif详细格式介绍请见如下两个模板文件

example_e_cif.cif ：标准模板

blank_e_cif.cif ：供投稿用的空白模板

※_publ_section_title题目：化学系统命名，如

Poly[diaqua-μ-oxalato-manganese (II) monohydrate]

1-(2,4-Difluorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethanone

rac-Diethyl {[5-(4-fluorophenyl)-1,3,4-thiadiazol-2-ylamino](phenyl)methyl}-phosphonate

※_publ_section_abstract摘要

例一

The title compound, [CoCl2(C6H7N)2(C2H6O)2], was

obtained unintentionally as the product of an attempted

synthesis of a polycarboxylate-bridged network complex of

cobalt(II) using aniline as a base to deprotonate the organic

acid. The molecule is centrosymmetric, so pairs of equivalent

ligands lie trans to each other in a slightly distorted

octahedral coordination geometry. Molecules are linked by

O-H…Cl and N-H…Cl hydrogen bonds involving all the

potential donors, generating sheets parallel to (001).

例二

The title compound, C8H8O3, is an acid-protecting

group used in the synthesis of peptides and as an

accelerator in polymerization reactions. Its oxidation

product, piperonal (heliotropine), is used in the

flavouring and perfume industries. All the non-H atoms,

except the O atom of the hydroxyl group, are coplanar (r.m.s. deviation 0.028 ? ). The crystal packing is stabilized by an O-H…O hydrogen bond.

※_publ_section_related_literature相关文献

Example 1：

The corresponding four-coordinate complex without ethanol has tetrahedral geometry (Burrow et al., 1997), with layers of molecules linked by N—H Cl hydrogen bonds.

Example 2：For related structures, see: Viladomat et al. (1998); Nagaraj et al. (2005); Sonar et al. (2006); Harrison et al. (2006). For related literature, see: Allen (2002); Bruno et al. (2004);

Ortiz et al. (2005); Stewart (1971).

Example 3：

For general background, see: Kim et al. (2001); Chetia et al. (2004); Zhang et al. (2004); Ranu & Banerjee (2005). For bond–length data, see: Allen et al. (1987).

Allen, F. H., Kennard, O.,Watson, D. G., Brammer, L., Orpen, A. G. & Taylor, R. (1987). J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2, pp.S1–19.

这里引用了其中最常见的一些键长:

-------------------

Formal single bonds

C4-C4 1.54 C4-C3 1.52 C4-C2 1.46 C4-N3 1.47 C4-N2 1.47 C4-O2 1.43

C3-C3 1.46 C3-C2 1.45 C3-N3 1.40 C3-N2 1.40 C3-O2 1.36 C2-C2 1.38

C2-N3 1.33 C2-N2 1.33 C2-O2 1.36 N3-N3 1.45 N3-N2 1.45 N3-O2 1.36

N2-N2 1.45 N2-O2 1.41

-------------------

Formal double bonds

C3-C3 1.34 C3-C2 1.31 C3-N2 1.32 C3-O1 1.22 C2-C2 1.28 C2-N2 1.32

C2-O1 1.16 N3-O1 1.24 N2-N2 1.25 N2-O1 1.21

-------------------

Formal triple bonds

C2-C2 1.20 C2-N1 1.16

-------------------

Aromatic bonds

C3-C3 1.40 C2-N2 1.34 N2-N2 1.35

-------------------

※_publ_section_comment评论

可以看成是abstract的扩充版本，也可以将abstract看成是comment的精简版

※_publ_section_exptl_prep晶体的制备方法

※_publ_section_exptl_refinement精修说明

主要是说明氢的处理，无序和手性的精修也如果存在也要在这里说明。1是理论加氢的例子，2是混合加氢的例子。

1、H atoms were positioned geometrically [O—H = 0.82 ?, and C—H = 0.93, 0.98 and 0.96 ? for aromatic, methine and methyl H atoms, respectively] and constrained to ride on their parent atoms, with U iso(H) = xU eq(C,O), where x = 1.5 for methyl and x = 1.2 for all other H atoms.

2、H atoms bonded to N and O atoms were located in a difference map and refined with distance restraints of O—H = 0.84(2) and N—H = 0.87 (2) ?, and with U iso(H) = 1.2U eq(N,O). Other H atoms were positioned geometrically and refined using a riding model (including free rotation about the ethanol C—C bond), with C—H = 0.95–0.99 ? and with U iso(H)= 1.2 (1.5 for methyl groups) times U eq(C).

※_publ_section_references参考文献

严格按照格式编排

※_publ_section_figure_captions插图说明图1为分子椭球图的说明例子，图2为晶胞堆积图的说明例子。

Fig. 1. The molecular structure of (I), with atom labels and 50% probability displacement ellipsoids for non-H atoms.

Fig. 2. The packing of (I), viewed down the c axis, showing one layer of molecules connected by O—H···Cl and N—H···Cl hydrogen bonds (dashed lines). H atoms not involved in hydrogen bonding have been omitted.

※_publ_section_table_legends表格说明

Table 1

Selected geometric parameters (?，° ).

如果有需要特别说明的键长和键角，往往放在表1内，一般情况下有机物内的键长和键角由于比较常规，往往该表空缺，而配合物内的配位键往往需要特殊说明键长和键角，这时候就可以写在表内，但不要手动造表，只需要在cif文件相关键长键角信息的这一项后面填写“y”就可以了：

loop_

_geom_bond_atom_site_label_1

_geom_bond_atom_site_label_2

_geom_bond_distance

_geom_bond_site_symmetry_2

_geom_bond_publ_flag

Co Cl 2.4836(9) . y

Co Cl 2.4835(9) 2_666 ?

Co O 2.120(2) . y

Co O 2.120(2) 2_666 ?

Table 2

Hydrogen-bond geometry (?，° ).

表2是氢键信息表，很多情况下，由于上表空缺，氢键信息就变为表1，也有可能由于没有氢键，也没有值得说明的其他键长和键角，造成一个表也没有。

※_publ_section_acknowledgements 致谢

cif的填写和格式检查可以借助pubcif（IUCr）或者encifer（CCDC）这两个软件来完成。