Lammps学习指南 小木虫
【转帖】Lammps学习指南 1
作者: duxiao3150 收录日期: 2009-12-11 发布日期: 2009-12-11
本文结构:
0. 写在最开始的话
1. 首先确定lammps是不是适合你
2. 下载和编译
3. 如何使用lammps进行计算
4. 关于manual.pdf(20/JUL/07)的阅读建议
5. Comannds 的简单讲解
6. 解决问题的途径
7. 写在最后面的话
温馨提示：
(1) 点击标题可直接到相关的“章节”.
(2) 为避免混淆, 上面的各“章”,在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指; 而文中其它地方出现的“章节”是指lammps手册中的章节.
(3) 文中跟某些名词相关的网页已加注超链接, 直接点击可浏览该页面以获得更详尽的信息.
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0. 写在最开始的话
从2007年5月初开始接触和学习lammps, 时至今日, 依然对lammps存有很多疑惑. 如同一个刚入门的工匠面对着一台功能强大的复杂机器, 不知所措. 虽然还有好多好多的东西要学习, 但是也已经了解了一些最最基本的东西了. 我可以去帮助那些刚刚入门的人, 正如我刚刚开始学习lammps 时诸位热心网友对我的帮助. 现在, 我写一写自己知道的东西, 希望对lammps 的新手有所帮助, 不当之处, 真诚地希望各位读者多多指正.
我写的这点儿东西, 使用者仅限于使用lammps的新手, 而且里面只讲到了ubuntu下编译lammps的单机版, 没有涉及并行版的编译. 我希望这个“指南”会帮他们更快地了解和学习lammps. 如果你已经在使用lammps了, 我觉得这个“指南”是不会对你有什么帮助的. 不过, 对于高手来说, 如果你有时间, 我还是希望你能看完这篇, 因为我接触lammps和MD的时间都不长, 我怕我的某些错误会误导新手. 所以, 希望大家一起努力, 完善这个指南.
对这个“指南”有任何的建议, 请联系我, 联系方式如下: QQ: 365449075 Email: wfc@https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,
另外, 我只把这篇文章放在这个由学校提供的个人网页空间. 之前QQ空间的那篇文章, 因为对其内容改动较大, 故我已将其删除. 我并不反对转载, (先自我陶醉一下下, 可是会有吗? 呵呵)但是转载之前, 请注意:
(1) 文章中的一些表述我尚不肯定正确与否. 所以转载之前, 请你负责任地认真读完这篇文章并确认你是否认可我的表述. 如果发现错误, 请及时联系我, 谢谢先了.
(2) 我知道有些论坛的用户可以设置回复或者付出金币or 积分等才能查看某些帖子, 我坚决反对这篇文章被这么做.
(3) 本文没有所谓的版权, 完全是分享性质的. 转载的时候, 没有必要著上是我写的, 可是我不希望有一天看到这篇指南成了另外的一个名字的原创. 如果你发现文中的错误并做了修改(最好也通知我), 那样我们可以算是这篇文章的共同作者.
(4) 严禁本文被用作其它用途.
我还要再次重申, 我不想写成像教科书一样的东西. 我写这篇指南的意图也绝对不是“ 哦, 你是lammps新手吧, 那你按照我说的做吧. ”那我岂不成了教父了? 呵呵. 要知道, 这篇文章的作者只不过是一个3个月前才知道世上有lammps这款代码的家伙, 他根本就没有完全读完和读懂lammps手册, 他对MD的基本理论了解的是少之又少. 我只不过是想结合我学习lammps 的过程, 写一下我的体会和建议, 供新手参考. 如果你觉得这个指南对你有用, 那固然很好; 但是如果你看后觉得我说的都是屁话, 那也很好, 你可以按照另外的思路去学习lammps, 同时, 你还可以按照我的联系方式大骂我一顿, 我也会洗耳恭听的.
如果这篇文章真的对lammps的初学者有些许帮助, 那我将感到十分的欣慰. (返回本文目录)
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1. 首先确定lammps是不是适合你
可以从以下两个网页找到答案:
https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,/features.html
https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,/non_features.html
如果你觉得看英文很不爽, 这里有一个中文翻译----By hooge.lu
我也简单说几句, 分子动力学要做的, 大部分lammps都可以做(呵呵, 这句话我是听别人说的). lammps源代码公开, 免费下载, 你可以根据自己的需要修改lammps代码, 重新编译. lammps可以在并行环境中运行, 这更能体现出它强大的计算优势. 它能模拟上百万的原子体系, 气态, 液态或者固态, 在各种系综下. lammps提供了各种势函数供你选择, 具体请到lammps官网查询.
再说说lammps所谓的“缺点”吧.
相比lammps的计算能力, 它提供给我们的前后处理的功能显得相对弱了一些. 对于一些复杂体系初始构型的建立, lammps表现得并不是很尽如人意. 所以lammps提供了一个read_data命令可以读入一个data文件, 这个文件包括体系中各个原子的xyz坐标等等相关参数. 对于这个文件中定义系统的部分, 我有两个建议, 用其它的软件做好体系构型, 导出数据文件, 然后按照lammps规定的格式(参阅手册中read_data命令)修改; 或者你的计算体系构型中原子的排布有某种规律可循, 你就自己编程从而获得lammps需要的data 文件.
提醒一下, 上面提到的通过data文件的方式建立系统的初始构型, 是在你已掌握你的体系的相关参数的基础之上的, lammps只是规定了这个data文件的语法格式而已. 同时, lammps提供的各种势函数, 它也是提供了各种函数的表达式, 至于各个函数所需要的参数, lammps并不会告诉你应该填多少. 这些参数都需要你在用lammps计算之前就已经知道. 如何知道? 这个问题我就不能回答了, 一种办法是参阅相关的文献(这么说貌似很牵强哦).
还有一个可能被新手抱怨的原因就是lammps没有图形界面. 这使得你无法直观地看到你模拟的系统, 相关的建议是采用其它的可视化软件, 如AtomEye, VMD, raster3d等等. 我用的是VMD, Linux版本和Windows版本都有.
VMD 的简单使用:
File -> New Molecule… Browse… then Load 读入 xyz 文件
Graphics -> Representation…
Create Rep 新建层(VMD中对同一个Rep中所有原子的大小颜色同时控制, 所以要对不同种类的原子分别设置显示效果, 需要新建几个Rep) Selections 结合Keywords和Value设置每个层中的原子. (Selected Atoms中把all删除, 然后双击某个Keywords如type, 然后再在Value栏里双击某个种类, 之后Apply)
Draw style中Coloring Method建议选择ColorID , 然后在后面选择颜色; Drawing Method建议选择Beads , 然后在Sphere Scale和Sphere Resolution中调整球的大小和清晰度
计算结果的数据处理在lammps中也显得不是很方便, 你可能需要自己编程进一步处理. 至于一些数据曲线的作图, Windows下的Origin, Linux下的labplot足以应付这个问题了.
以上我只是把features.html和non_features.html里面的内容结合我的理解简单地说了几句. 我建议你认真阅读这两个网页, 毕竟, 下面的几个步骤, 还有那阅读那让人痛苦的手册, 都是建立在lammps可以胜任你的计算要求的基础之上的. 如果lammps不适合你, 那就想其它的办法, 不要在看这篇文章的后续内容上浪费时间了. (返回本文目录)
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2. 下载和编译
lammps是在linux环境下运行的. 所以, 首先你要有一个linux 环境, 如果你已经在用linux了, 那当然再好不过了. (lammps也可以在Windows下编译, 但那不是我现在所能理解的范围. 关于这一点, 请查阅“材料科学论坛－分子动力学模拟版”的某个置顶帖后面的相关回帖, 但是我个人不推荐这么做. )
如果你跟我一样, 听到lammps这个词的时候对linux一窍不通, 那么你有两个选择. 要么在你的Windows环境中虚拟一个linux系统, 我没有这么做过, 所以我不便说什么. 不过我建议你自己在网上搜索在Windows下安装虚拟机虚拟linux的方法, 我只是在ubuntu下虚拟过XP环境(只是用来QQ视频), 想来应该差不多的. 还有一个方法呢, 就是安装一个linux. 新手的话, 我个人推荐ubuntu, 对硬件支持较好, 上手很快. 请参考: ubuntu7.04(硬盘)安装与配置图文指南
多罗嗦几句: 一开始用ubuntu, 我就深深的喜欢上它了, 现在, 我的机子上原来的Windows已经被我格掉了. 换一个操作系统, 刚开始会很不不习惯, 但是现在, 我可以在ubuntu下上网、写文档、看电影听音乐、聊QQ 、用MSN 、看网络电视、使用Matlab……这一切都是通过ubuntu完成的, 而
非在VirtualBox虚拟的XP中做的. 还有最重要的一点, ubuntu中你所需要的绝大多数软件都可以用sudo apt-get install这个命令通过网络安装, 不会有Windows里面烦死人的软件破解等等问题. 一段时间之后, 你就会觉得ubuntu.linux带给你的美妙的享受, 它的那种自由和分享的理念, 这, 绝对不是Windows可以给你的.
在ubuntu中文论坛里, 你可以学习到很多关于ubuntu的知识, 解决你在使用ubuntu过程中可能会遇到的很多难题. 关于ubuntu的安装, 你也可以请查阅“初学者园地” 的帖子, 尤其是那几个置顶帖.
好了, 如果你拥有了linux环境, 下面就开始我们体验lammps 的历程.
到这里下载lammps, 建议你下载LAMMPS upgrade. 需要说明的是, lammps更新很快, 几乎每天都有源代码的修改. 所以, 你有必要经常关注lammps官方网页.
下载之后, 你会得到一个*.tar.gz的压缩文件包, 在linux的终端, 用以下的命令解压.
gunzip lammps*.tar.gz
tar xvf lammps*.tar
之后, 你会得到一个名为lammps-*的文件夹(注意, 这里的*是通配符). 最新版本的lammps是用C++写的, 编译之前, 你的linux系统中需要有一个编译器. 抱歉地说, 我忘记ubuntu是否自带这个编译器了, 如果没有的话, 用sudo apt-get install build-essential这个命令安装, 这需要你的系统管理员帐户和密码.
下面说ubuntu下编译单机版的lammps的过程(并行的编译我还没去学习, 如果需要, 建议你查阅这个帖子----By hooge.lu).
补充说明一点:
~lammps/src/MAKE目录下的makefile.serial首行注释为“# serial = RedHat Linux box, icc, no MPI, no FFTs”这表示默认的C++编译器为Intel的icc, 如果你按照前述安装了build-essential, 需要你将该文件中以下几行中出现的两个icc改为gcc然后保存, 再进行编译.
CC = icc
CCFLAGS = -O -I../STUBS -DFFT_NONE
DEPFLAGS = -M
LINK = icc
LINKFLAGS = -O -L../STUBS
USRLIB = -lmpi
SYSLIB = -lstdc++
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size
首先到~lammps/src/STUBS目录下, 输入make, 回车.
然后返回到~lammps/src/目录下, 输入make serial, 回车.
好了, 现在你会看到屏幕上的字幕流, 表示lammps正在被编译. 喝口茶, 等会儿, 剩下的事情ubuntu会帮你搞定. 如果成功编译, 在~lammps/src/目录下, 会生成了一个名为lmp_serial的可执行文件, 计算, 就是靠它了. (返回本文目录)
作者：duxiao3150
3. 如何使用lammps进行计算
先简要地说说lammps的运行过程:
lammps本身没有图形界面, 模拟计算的过程都是在linux终端执行. 计算的时候, 需要用户写一个输入文件(input script), 可能还需要一个data文件, 至于如何写输入文件, 我们稍后讨论.
假设你已经写好了这个输入文件, 文件名为https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,, 把这个https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,文件(如果有data文件的话, 连同data文件)和在步骤2中编译得到的lmp_serial放在同一个目录下, 如~/Desktop/compute/. 从终端进入到这个目录, 所需要的命令是:cd ~/Desktop/compute 然后, 在终端输入 ./lmp_serial < https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html, 回车. 你就会发现lammps开始计算了. 就这么简单.
lammps的输出文件主要可以分为三种: 一是https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,mmps, 这里面记录了整个计算过程屏幕上显示的所有信息, 更详细的请参照thermo、thermo_modify等命令; 另一类是与dump命令有关的输出文件, 可以输出应力、
能量、原子位置、速度等等信息; 第三种是restart文件, 具体的信息请查阅write_restart命令.
lammps新手一般会很快注意到下载的lammps解压之后的一个名为examples的子目录. 面对这里面的in文件中一行行看似无序的单词和数字的组合, 如何写in文件, 恐怕是新手们的最大疑问. 很多网友在一开始学习lammps的时候, 总是问：“怎么写in文件?”, “examples目录中in文件里面的那些命令和数字是什么意思呀?”等等这些问题, 不是人家不回答, 而是实在不好回答, 无法回答. 其实你想想, 只要你会写某个MD模拟过程的in文件了, 那lammps就完全可以计算了, 那剩下的工作仅仅是数据的后处理. 如何写in 文件这要你首先看懂lammps手册!!!下一章, 我们就讲讲lammps的manual.pdf 的结构和一些对阅读这个手册的建议. (返回本文目录)
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4. 关于manual.pdf(20/JUL/07)的阅读建议
该manual.pdf(在lammps-*/doc目录中)有454页之多, 如果你要完全看完, 是要话一段时间和精力的. 我刚开始学习的时候, 在群里问学习lammps的方法, 有网友说:“RTFM!”我很好奇这四个字母是什么意思, 他解释说:“Read The Fucking Manual!”呵呵, 看来, 读manual很痛苦这并不是个别现象, 如果你一开始看manual觉得很郁闷, 千万不要灰心放弃, 一定要坚持下去.
再者说, 对于学习任何事物的新手, 给了400多页的资料, 也绝对不应该一开始就从第一页一个字一个字地读到最后一页. 要学会把厚书读薄, 再把薄书读厚. 我大体上看了一下manual.pdf, 里面所有的内容在lammps 的官网上都可以找到. 我个人很不欣赏manual.pdf中后面的命令编排方式, 而喜欢看lammps官方网页, 一目了然, 控制自如, 我个人觉得看manual.pdf会增加我的痛苦, 呵呵.
上一段提到的“把厚手册读薄, 再把薄手册读厚. ”通过下面我的建议来体会这句话的含义. (注意, 仅仅是建议)
(0)理解一点分子动力学的基本理论
这段话是写给那些跟我一样的那些刚接触lammps的时刻也是刚接触MD的时刻的新手的, 而大多数人应该不存在这个问题. MD作为一个庞大的理论体系, 你不可能短时间内就理解的很透彻, 但是, 像“MD基本方程、积分算法、周期性边界条件、系综、驰豫” 等等这些名词你应该大体知道是什么意思吧, 要不然的话, 看lammps手册的痛苦将无法用语言形容.
我推荐给这样的新手一篇文献:
文玉华, 朱如曾, 周富信, 王崇愚, 分子动力学模拟的主要技术, 力学进展 , 1(2003), P.65-73.
当然, 我相信你也应该清楚, 如果你要用lammps做MD的话, 从上面的那篇文献所学到的知识远远不够, 请继续查阅和学习大量的MD书籍文献, 最好是看英文的. 说实话, 我们不得不承认大部分中文文献没什么意思.
(1)通览一遍手册
大体上翻翻muanual.pdf, 你就会发现, 除了两页的目录, 前面95页是叫做Documentation的一部分; 后面的是叫做Comannds的一部分, 有357页之多.
Documentation部分共分为10章. 我们来分解一下这95页的内容.
前面的19页, 也就是第一章Introduction和第二章Getting started. 部分内容步骤1和步骤2中都有所涉及了, 但愿我在前面两个步骤中的讲解多少能帮助你提高这部分的阅读速度. 但是, 毕竟也只是部分内容, 没有涉及到的部分里面也有一些很重要的内容, 但是我个人感觉可能有些也用不到, 可以有选择地看一下.
第三章Comannds是第22页到第27页共6页的内容, 建议你快速扫一眼之后就去看下一章吧. 为了避免步骤4中的内容太多了, 我们将在步骤5中单独来详细讨论这一章.
第四章How-to discussions, 里面的这14小节, 建议你仔细看一下, 对于不同的问题, 有几个小节讲述的内容还是很重要的. 其实这部分在manual.pdf中也就12页.
针对第五章(3页)提到的Example problem, 顺便说一下, 在步骤2中你解压获得的lammps-*的文件夹, 里面有个examples子目录. 这个子目录里面是lammps提供的十几个例子, 从各个例子中的in文件, 你可以大体了解一下in文件的结构. 记得以前我跟一个师弟说, 如果你看着in文件, 能够从脑海里想象出来这个in文件运行之后的结果, 并且, 你想象的结果符合真实运行后的结果的话, 那说明这个in文件涉及的相关命令和参数你是真的理解了.
第6、7、8三章的内容, 分别是2页、5页、12页, 根据你要模拟的系统中的具体问题, 有选择性的看一下.
第9章Errors, 共33页. 这部分你根本没有必要现在看它. 运行lammps时可能遇到报错, 你可以到这里查, 不过呢, 不要奢望在这里查到很好的解决问题的办法.
第10章, 就3页, 貌似没什么东西, 呵呵.
Commands这部分呢, 是详细的讲述了lammps的各个命令的功能、语法格式、各参数的意义、使用注意事项、默认值等等内容. 该部分关于各个命令的详细介绍, 我建议你结合manual.pdf 的3.3和3.4两节来体会它, 顺便可以了解in文件的结构. 本文中的步骤5也会帮助你阅读这部分的. 每个命令的功能在第一段话中就已经说了个大概, 既然是先通览一遍, 那么只需要先看这一段就行了, 后面的相关参数的设置讲解, 暂时先不要理它.
整个这个通览的过程不会花太长的时间, 2-3天应该可以完成. 之后, 你对lammps应该有了一个大致的了解(也就是把厚手册读薄), 这个了解应该比你最最开始看features.html和non_features.html两个网页要深刻得多, 我的意思是你现在应该大体上知道你的模拟过程会用到哪些命令了, 如果不能的话, 我建议你再重复这个过程, 同时结合examples中的算例以及下面的两个网页:https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,/pictures.html, https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,/movies.html.
(2)仔细阅读你要进行的模拟所需要的命令
lammps功能强大, 可以做各个方面的分子动力学模拟, 但是针对一个具体的MD模拟过程, 可能只需要用到其中的部分命令.
通过对手册3.3和3.4节的学习, 已经对手册Commands这部分的通览, 你应该能知道哪些命令在你的这次模拟中是有用的. 然后, 你就可以逐字地仔细阅读那些命令了, 遇到MD原理相关的而你不懂的, 要认真去查阅相关资料弄懂(把薄手册读厚). 这个时候, 可不要再抱有任何通览阶段的心态, 如果你错过或是误解了一句话, 都可能对你的计算带来难以估计的影响. 因为对我们这些做计算机模拟的人来说, lammps就是一个黑盒子, 你给它in文件, lammps输出各种数据, 如果你对用到的命令都不熟悉, 如何分析模拟结果的合理与否呢? 不过也不要紧张, 下一章再简单讲一些Commands这部分, 以帮助你完成这个过程. (返回本文目录)
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5. Comannds 的简单讲解
英文水平不高, 以下的东西我大概翻译了一下主要意思, 有的忽略没翻译, 所以你要认真阅读手册中的第三章. 以下章节命名规则按照lammps手册.
https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,mands
这一章描述了lammps输入文件的格式和在定义lammps模拟所需要的命令.
3.1 LAMMPS input script
我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps 在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下几点:
(1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的.
timestep 0.5
run 100
run 100
和
run 100
timestep 0.5
run 100
(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行.
(3) 还有一种情况就是: 命令B要用到命A设置的一些数值, 这样你也不能颠倒这两个命令的顺序.
每个命令的详细介绍中的Restrictions部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义.
如果你的输入文件书写的格式有问题, lammps在执行的时候会提示ERROR或者WARNING , 出现类似信息时, 你可以到手册的第九章中查询原因.
3.2 Parsing rules
输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令. lammps中命令的书写是对大小写敏感的, 不过一般的命令和参数都是小写的, 大写字母用于极少数的情况.
(1) 命令行后的 & 表示这一行跟下一行是同一条命令. 这一点跟FORTRAN很像.
(2) 命令行最开始的 # 表示这一行在执行过程中被忽略, 你可以用它来写注释.
(3) $ 是跟声明变量有关系的, 我暂时还没用到过, 具体请参阅variable命令的详细介绍.
(4) 命令行被tabs, spaces间隔成各个“words”, 注意这里的“words”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号.
(5) 一行中第一个词是命令名, 后续的词是相关的参数.
(6) 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数, 其中的 # 或 $ 就没有前面说的作用了.
3.3 Input script structure
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation
后面的两个部分可以按照需要多次重复. Remember that almost all the commands need only be used if a non-default value is desired.
(1) Initialization
在你的模拟体系定义之前, 一些参数必须要被设置. 相关的命令有:units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify.
units: 选择单位系统, lammps提供了lj、real、metal三种单位系统
dimension: 2d模拟还是3d模拟, 默认是3d
boundary: 边界条件：周期性边界or自由边界
atom_style: 定义你的模拟体系中的原子属性, 注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atom type
还有, 这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场: pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style.
(2) Atom definition
lammps提供3种方式定义原子:
①通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入, 这些文件可以包含分子拓扑结构信息.
②按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信息), 你会用到这几个命令: lattice, region, create_box, create_atoms.
③已经设置好的原子可以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系.
(3)Settings
原子和分子的拓扑信息定义好后, 你要制定一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项等等.
力场系数可以通过这些命令定义: pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds. 注意, 其实力场系数也可以在data文件中制定, 详见read_data命令介绍.
各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_timestep, run_style, min_style, min_modify.
我觉得fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 可以施加一系列的边界条件、时间积分、诊断选项等等.
模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算: compute, compute_modify, variable.
输出选项由thermo, dump, restart命令设置.
(4)Run a simulation
使用run命令开始一个分子动力学模拟, 用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics), 使用temper命令来进行parallel tempering(replica-exchange) simulation.
3.4 Commands listed by category
这一节分门别类地列出了lammps的所有命令. 注意有些命令的有些选项是特定的lammps package的一部分, 也就是说只有在编译lammps的时候包括了这些packages, 这些命令才能被使用. 默认情况下编译lammps并不包括所有的packages. 这些依赖关系在相关命令的详细介绍中Restrictions部分中列出了.
Initialization: atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units
Atom definition: create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate
Force fields: angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write, special_bonds
Settings: communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity
Fixes: fix, fix_modify, unfix
Computes: compute, compute_modify, uncompute
Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_style, undump, write_restart
Actions: delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, run, temper
Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log,
next, print, shell, variable (返回本文目录)
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6. 解决问题的途径
关于使用lammps可能会遇到的一些问题, 下面是我遇到解决疑难的一些途径, 与大家共享, 欢迎补充.
可以从这个网页看怎么加入lammps的邮件组, 有问题可以发邮件提问.
lammps的主要作者: Steve Plimpton, 他的email是sjplimp@https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,
材料科学论坛-分子动力学模拟版不时也会有人讨论lammps.
lammps分子动力学模拟学习互助交流, 这是一个关于lammps的专门论坛, 刚开张没多久, 现在人气还不是很旺, 希望大家多多去交流lammps 学习的心得.
SimuWorld
另外, 我知道有两个和lammps相关的QQ群:
37468072----lammps分子动力学
19097619----材料研盟I分子动力学(这个群人数已达上限, 不太好加入) (返回本文目录)
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7. 写在最后面的话
以上好多内容直接引自lammps官方网页, 那就按照它的规则, 在这里再次标注出其网址:https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,/
提醒:感谢lammps的作者们为我们无私的奉献了这么一款很好的代码, 如果你要发表的论文用到了lammps做计算, 请认真阅读下面的内容.
What if I write a paper using LAMMPS results?
Please cite the paper that describes LAMMPS and include a pointer to the LAMMPS WWW Site .
Details are discussed in this section of the LAMMPS documentation.
If you send me a citation for your paper, we'll include it on the Publications page of the LAMMPS WWW Site . Ditto for a picture or movie for the Images page.
关于步骤5中lammps命令的讲解, 限于本人的水平, 不可能讲的很详细. 怎么说呢, 前几天在群中讨论呢, 打算以后组织一下全部翻译lammps的手册, 可是我这几天写这个“指南”, 心里又有了一些感触, 我不是很赞成翻译lammps手册了, 不是我偷懒或是逃避什么, 原因如下: 翻译lammps 手册, 看似新手用起来很方便, 其实只是表面现象, 这培养了人的惰性. 我个人觉得, 不管你英文水平怎么样, 你都是应该去看英文手册的, lammps手册中的英文基本没有太复杂的句型, 可能有些比较专业的名词你没见过, 但是我想英文水平高一点的人看手册也要不停地查字典的. 还有就是, 翻译了手册, 你相信它的准确性吗? 我在大四上学期是学习Fluent的, 当时清洁能源网是组织人把Fluent的帮助文档翻译完了的. 的确, 它帮助我很快的学习了Fluent的基本应用. 但是我不敢100%的相信他们的翻译, 我看的时候也是一边看中文一边对照英文的, 既然这样, 翻译的效果就大打折扣了. 如果你的英文水平不好, 看看lammps手册, 也算提高一下阅读能力吧, 毕竟我们做模拟的以后要看的文献绝大多数都是英文的, 而那些文献, 一般是不会有中文翻译的.
上面所说的我不赞成lammps手册的翻译, 并不是说我以后就不为lammps的学习交流做什么了. 我的意思是, 没有必要逐字翻译的. 对于某些关键命令的讲解, 还是要翻译的. 还有就是针对各个命令, 写一些使用这个命令的体会, 如:可能会遇到什么问题, 是怎么解决的, 这个命令相关的MD原理的文献推荐等等. 我觉得把功夫下在这方面会比逐字翻译lammps手册要好些, 是吗? 呵呵, 总之, 通过大家的交流来更有效地提到大家对lammps的理解和应用能力是我们共同的目的, 大家多多讨论.
整篇“指南”到目前为止, 只是写了一个大体的框架, 以后我会按照我的思路, 结合我继续学习lammps的体会, 继续丰富这篇“指南”的, 尤其是好好写好步骤5, 谢谢大家的关注. (返回本文目录)
有机化学高档次杂志投稿之我见
认识一个朋友，他对有机化学投稿十分有经验，最近有幸邀请到他谈了谈对有机化学高档次期刊投稿过程中的一些看法和意见，十分的给力，希望能对小木虫上学有机化学乃至化学的同仁们起到一定帮助。再次感谢这位友人的热情应邀。 在小木虫潜水多年，也获益非浅。抽空写了如下的个人感受，希望对大家有所帮助。 曾经见过的JACS和ANGEW CHEM投稿不下50 篇.其他化学2区的文章投稿可能就更多了.总而言之,看过的审稿意见不下100 篇。下面就我的所见，总结一下我对有机化学投稿的一些个人看法。主要是JACS, ORG LETT。只是个人的感受，如有失偏颇，敬请原谅。其次文章写的比较流水，大家轻拍。 虽然主题是有机化学杂志投稿，但我认为对其他专业的期刊投稿也都很有借鉴意义。 1. JACS和ANGEW CHEM比较 许多人可能都知道,JACS (IF=是纯化学期刊中的老大(CNS除外).虽然影响因子(IF)没有ANGEW CHEM (IF=12)高,但由于ANGEW CHEM只有通讯无全文(一般通讯的引用次数会比全文的期刊高:如ORG LETT比JOC高; ANGEW CHEM比其全文的CHEM. EUR. J.高,等等 ),还有ANGEW CHEM有REVIEW ARTICL (REVIEW的引用次数一般都很高,如CHEM. REVIEW, ACC. CHEM. RES., CHEM. SOC. REV. ), 还有ANGEW CHEM有德文版本(会有双重引用). 可能很多人认为JACS比ANGEW CHEM难中.但我不完全这么认为.毕竟文章能否接收和很多因素有关.虽然的确有一些JACS拒掉的文章改投ANGEW CHEM却接受了(我见过4篇左右).但我也有见过很多投JACS没有中的,投ANGEW CHEM也没有中.而一些投ANGEW CHEM没有中的,改投JACS却反而被接收了(我见过的3篇).但总体来说,可能ANGEW CHEM中的发表的有机化学的文章比例比JACS中的比例高,所以可能ANGEW CHEM接收可能还是会比JACS简单一点. 2. JACS很难投中 JACS很难投中,他对工作的新颖性要求很高.最近几年由于JACS偏重材料和生物化学,所以有机的想发JACS, 难度就更大了. 现在JACS每年收到的稿件太多,且逐年增长,所以他们肯定会尽量来拒你的稿子,拒稿率高于80%.很多很优秀的有机合成工作最后只能在ORG LETT, CHEM COMMUN, CHEM EUR J, JOC, ADV. SYNTH. CATAL.等杂志上发表. 我有一个朋友,他是负责HIGHLIGHT化学期刊上的优秀的研究工作的.有一次他就说:ORG LETT上有些工作很好,但由于有些审稿人员太STUPID,所以JACS被拒了,最后只能无奈改投并发表在ORG LETT. 一般我们看到发在JACS上的有机合成工作,大部分都集中于不对称催化和过渡金属催化的有机反应两个领域. 所有如果能向这两个方向靠的话,JACS可能会容易发一些.
花艺学习心得与体会
花艺学习心得与体会 精品文档 花艺学习心得与体会 一、意义 从XX年开始，中国插花已被正式列入非物质文化遗产，这是中国插花界的盛事。而科学是不分地区与国界的，由于历史的原因，在台湾以黄永川董事长为首的中华花艺文教基金会在研究和推广中国传统插花方面的深度和广度都独树一格，并在中国和海外取得令人瞩目的成就。他与同行编与了一套十分完整的、有系统性、科学性、严格谨性的培训教科书共十五本，其价值可与日本池坊教科书媲美。 二、心得与体会 掌握好的学习方法 1、首先要了解中国插花的特色，为今后创作打下良好的基础 2、按照讲义的教导，为期事半功倍，在学习过程中要循序渐进细读每一章节的内容，并注意细节说明。 明确理论与实操的关系 只有扎实的实操技能，而没有厚实的理论基础，学习高研课程时会感到很吃力。但只有理论，而没有扎实的实操枝能，很难把自已的创作理念表现出来。本人在这方面吃了不少苦头。 贵在坚持，克服困难，打好长久战的准备 1 / 2 精品文档
中华花艺教科书共15本，以最快的速度学习，也要7至8年，在这漫长的岁月里，要坚持下来，我们的体会:真不是一件容易的事，除了有坚定的信心外，还需要有金钱作为后盾及身体的支持。但我们相信，坚持就是胜利。 雄关漫道真如铁，如今起步重头越 经过八年的悠悠岁月，我们终于闯过了中华花艺如铁的雄关，取得了教授的资格证书，但不要忘记中华花艺文教基金会董事长黄永川先生的教诲:取得中华花艺教授资格证书，代表着一个结束，另一个的开始。本人自知之明，取得中华花艺教授资格证书对本人而言，只是初结的幼果，如今起步重头越，还需继续努力学习，增加知识营养和不断提高操作技能。争取达到结中果的目标，结大果是我的努力方向。 推广中华花艺是我们义不容辞的责任 以上是我学习中华花艺肤浅的体会与心得，拿出来和大家分享，请多指教及多包涵。 第二xx届中华花艺学员中国深圳曾绮玲 XX年11月中旬 2 / 2
有机化学高档次杂志投稿之我见复习过程
有机化学高档次杂志投稿之我见（JACS, ORG LETT等） 认识一个朋友，他对有机化学投稿十分有经验，最近有幸邀请到他谈了谈对有机化学高档次期刊投稿过程中的一些看法和意见，十分的给力，希望能对小木虫上学有机化学乃至化学的同仁们起到一定帮助。再次感谢这位友人的热情应邀。 在小木虫潜水多年，也获益非浅。抽空写了如下的个人感受，希望对大家有所帮助。 曾经见过的JACS和ANGEW CHEM投稿不下50 篇.其他化学2区的文章投稿可能就更多了.总而言之,看过的审稿意见不下100 篇。下面就我的所见，总结一下我对有机化学投稿的一些个人看法。主要是JACS, ORG LETT。只是个人的感受，如有失偏颇，敬请原谅。其次文章写的比较流水，大家轻拍。 虽然主题是有机化学杂志投稿，但我认为对其他专业的期刊投稿也都很有借鉴意义。 1. JACS和ANGEW CHEM比较 许多人可能都知道,JACS (IF=8.7)是纯化学期刊中的老大(CNS除外).虽然影响因子(IF)没有ANGEW CHEM (IF=12)高,但由于ANGEW CHEM只有通讯无全文(一般通讯的引用次数会比全文的期刊高:如ORG LETT比JOC高; ANGEW CHEM 比其全文的CHEM. EUR. J.高,等等),还有ANGEW CHEM有REVIEW ARTICL (REVIEW的引用次数一般都很高,如CHEM. REVIEW, ACC. CHEM. RES., CHEM. SOC. REV. ), 还有ANGEW CHEM有德文版本(会有双重引用).
可能很多人认为JACS比ANGEW CHEM难中.但我不完全这么认为.毕竟文章能否接收和很多因素有关.虽然的确有一些JACS拒掉的文章改投ANGEW CHEM 却接受了(我见过4篇左右).但我也有见过很多投JACS没有中的,投ANGEW CHEM也没有中.而一些投ANGEW CHEM没有中的,改投JACS却反而被接收了(我见过的3篇).但总体来说,可能ANGEW CHEM中的发表的有机化学的文章比例比JACS中的比例高,所以可能ANGEW CHEM接收可能还是会比JACS简单一点. 2. JACS很难投中 JACS很难投中,他对工作的新颖性要求很高.最近几年由于JACS偏重材料和生物化学,所以有机的想发JACS, 难度就更大了. 现在JACS每年收到的稿件太多,且逐年增长,所以他们肯定会尽量来拒你的稿子,拒稿率高于80%.很多很优秀的有机合成工作最后只能在ORG LETT, CHEM COMMUN, CHEM EUR J, JOC, ADV. SYNTH. CATAL.等杂志上发表. 我有一个朋友,他是负责HIGHLIGHT化学期刊上的优秀的研究工作的.有一次他就说:ORG LETT上有些工作很好,但由于有些审稿人员太STUPID,所以JACS被拒了,最后只能无奈改投并发表在ORG LETT. 一般我们看到发在JACS上的有机合成工作,大部分都集中于不对称催化和过渡金属催化的有机反应两个领域. 所有如果能向这两个方向靠的话,JACS可能会容易发一些. 3. 投稿与稿件接收过程 投稿后,稿件首先会到主编P J Stang手上;过几天后,他们会对稿件进行第一轮的初步筛选,可能有10%的稿件会在他手上拒掉.但P J Stang不是有机方面的专家,
插花艺术心得
花艺设计学习心得 这个学期我们学了插花与花艺设计这门课程，因为我这个人很喜欢花，对插花也有很大的爱好，所以很新奇的开始听课，听一会就特别感兴趣，感觉特别轻松，所以不知不觉中进入老师的课件，那个时候开始我对插花有了更进一步的了解，在了解的基础上我更喜欢上了插花。通过几周的学习和老师的细心讲解，我了解到现如今花艺设计不仅仅只是简单的插花设计，花艺设计更是一种空间花艺以及设计的行业。花艺设计是会有更高的境界与审美，掌握丰富多彩的设计风格，花艺设计师需要找到每一对恋人喜欢的设计方法，让婚礼策划师通过花艺装饰设计诉说关于爱的美丽誓言。花艺设计从希腊的爱情海花艺设计讲起，将美国、日本、荷兰等的花艺装饰设计一一串联，融入独特的异域文化特色，能够呈现出呈现迥异多变的立体空间婚礼花艺设计。 通过学习我还认识了很多花，下面简单介绍我最喜爱的两种花。 非洲菊，非洲菊又名扶郎花原产非洲南部。花大色美娇姿悦目 是重要的切花装饰材料。大朵红色非洲菊用于新娘捧花。它与月季、唐菖蒲、香石竹列为世界最畅销的“四大切花”。花语：非洲菊花语是象征神秘、互敬互爱有毅力、不畏艰难。还有鹤望兰，又名天堂鸟。是一种有经济价值的观赏花卉。盆栽鹤望兰摆放宾馆、接待大厅和大型会议具清新、高雅之感。在南方可丛植院角点缀花坛中心同样景观效果极佳。亦为重要切花。花语：自由、幸福、潇洒、为恋爱打扮的男孩。
我们这门课主要还讲解了插花艺术。插花是一门艺术，艺术需要创造，成功的作品才能给人以美的享受，欣赏时感到心灵相通，若有所悟，得到启示，回味无穷，同时也获得知识。当然，初学者要循序渐进，经过刻苦学习和实践，才能掌握好插花的知识与技能。初学者要首先学习插花的种种技巧，如花材的选择与处理，构图、造型及搭配，这是非常重要的。但仅此还远远不够，还应学习有关植物、绘画、文学等知识，才能灵活运用上述技巧进行艺术创作。因此，插花艺术家也应像作家、画家、表演艺术家一样，深入社会，深入生活，去寻求创作的源泉和灵感，使作品不仅具有形式美，更重要的是具有思想、情感的意境美。仅有娴熟的插花技巧，其作品缺乏思想、意境的作者，充其量只是一位插花匠。由此可见，要学好插花，必须不断地丰富和提高自己的文化艺术修养，使作品具有传情、动情、充满诗情画意的意境美和精神美。 插花看似简单容易，然而要真正插成一件好的作品却并非易事。因为它既不是单纯的各种花材的组合，也不是简单的造型，而是要以形传神，形神兼备，以情动人，融生活、知识、艺术为一体的一种艺术创作活动。插花是用心来创作花型，用花型来表达心态的一门造型艺术。所以花艺和插花艺术是相辅相成的，缺一不可。 最后，谢谢老师的细心教导。学习花艺设计对女孩子来讲是个提升自身气质的好机会，希望我可以在生活中能够继续了解花艺。
从11连拒到4连中,谈谈我的投稿经历,兼谈科研心得(转自小木虫)
昨晚最后一篇文章接收，科研工作暂告一段落。这个月连续接收了4篇文章。 分别中的 Journal of Macromolecuar Science Part A Analytical Letters Journal of Biomedical Materials Research Part A Polymer Chemistry 做的方向各不一样，其中既有自己比较满意的，也有垃圾文章，都是去年下半年到今年上半年写出来的，之前被连续拒掉11次！ 虽然杂志档次一般，但投稿经验尚可一谈。 先介绍一下背景。小弟是做功能高分子材料方向的。去年已经有一篇Journal of Membrane Science保底，毕业无忧。我希望读书期间多涉及些方向，拓宽知识面，而不是只局限于组上擅长的工作，老板便同意我按自己思路自由发挥。以后的实验课题都是我自己设计的。我们老板人很好，十分为学生个人发展着想，即使是不喜欢搞科研的学生，老板也同意其出去做自己的事情，只要有利自己前途，还帮助其达到毕业最其要求。（***应当事人要求，此段略去***） 呵呵扯远了，回归正题。 先说说11连拒的故事，就以接收这四篇文章的杂志给四篇文章编号 Journal of Macromolecuar Science Part A这篇是垃圾文章，是为辅助以前课题做的个小实验，关于溶液聚合制备微凝胶，数据挺全，但没多少创意。老板意思是既然做了，就把写出来投了，好歹算篇文章。这篇文章就按照老板意思，从上到下，投到第五个杂志才接收，之前只被COLLOID AND POLYMER SCIENCE审过稿，其它都是直接拒，最后找了个IF1一下的，终于送出去了。这篇文章贡献4次拒搞，且讨论价值不大。 Analytical Letters这篇是最坎坷的，最无奈的，让我深感时运不济。这篇文章是关于分子印迹的，实验很简单，完全是靠一点新意。最早投Analyst，主编认为方向不合适。直接改投Langmuir，送审。只有1个审稿人，可能方向不对位，给的审稿意见都不在点子上，问题不大，但给拒了。遂按照审稿人意思修改文章，继续投Langmuir，并且在cover letter中请编辑送个分子印迹专业的审稿人。再次送审。结果这次审稿意见回来，被批得一无是处、毫无创意。遭打击，修改后投Talanta。就在这时，一篇国内分子印迹大牛做的、核心内容相似的文章在Journal of Materials Chemistry上见刊，顿时，我的文章意义全无。而这位大牛也是我之前投Langmuir推荐的审稿人之一。。。。也不得不承认，别人做得更精细，不过中间也有个不做这个的人很难看出来的缺陷。合情合理地被Talanta拒掉。然后我跟这位大牛发了封邮件，指出这个缺陷并请教我的文章，大牛很平易近人地帮我分析了文章中的不足，并提出很多建议。修改，投了个IF1点几的Analytical Letters，大修后接收。这篇文章也贡献了4次拒搞。 Journal of Biomedical Materials Research Part A这篇相对比较顺利，这个实验和最后一个是同时做的。这篇是关于材料表面抗蛋白污染和血液相容性的。先往高处投，投了Acta Biomaterialia，送审，被拒。按照审稿意见修改，投JBMR-A，小修，接收。这是我所有文章中，包括以前的和以前参与的，最顺利的一篇，只贡献了1次被拒。 Polymer Chemistry这篇是我最寄予希望的一篇。是个偶然发现的现象，发现还没人专门研究，于是迅速设计了个实验。先投的Chemical Communications，送审，3个审稿人，1个大修，2个拒，当然被拒掉了。3个审稿人或多或少赞同新意 但指出个致命缺陷——理论深度不够，像实验报告。。。。提的意见一大堆，我尽量修改，但是有几个要求补充的关键实验，我实在没有条件。想着文章不长，就投了Rapid Macromolecular Communications，这次居然被主编人无任何理由直接卡擦了。拿着文章好
插花艺术课程准则修订稿
插花艺术课程准则集团文件发布号：（9816-UATWW-MWUB-WUNN-INNUL-DQQTY-
《插花艺术》课程教学大纲 课程名称：插花艺术 学时：64（理论学时44、实践学时20） 适用专业：酒店管理类专业 开课学期：第一学期 先修课程：《旅游学概论》、《饭店管理》、《设计基础》、《现代服务业管理》考核要求：考试 使用教材及主要参考书： 1．黎佩霞，范燕萍主编.《插花艺术基础》第二版，中国农业出版社，2002年 2．王莲英、秦魁杰等，《中国古典插花名着名品赏析》，福建科学技术出版社，2002年。 3． 4．黎佩霞等编着，《插花艺术基础》，中国农业出版社，2004年 5．蔡俊清，《插花图说》，上海科学技术出版社，1998 6．王莲英，《插花艺术问答》.，金盾出版社，1993年版 一、课程性质和任务 通过本课程教学，使学生了解中、西方插花的历史，掌握插花艺术学的基本知识，领悟插花造型与鉴赏的基本原理，提高学生对插花、盆景与压花等花卉艺术品的创作与应用能力，提高学生的专业素质和就业能力；同时，增强学生的艺术修养，培养学生对花卉艺术品的鉴赏能力，促进学生综合素质的提高。 本课程主要讲授插花艺术的基本原理及造型技法，主要内容包括：插花艺术的定义与范畴、花卉装饰的意义、方式、规律，插花艺术的特点及效果，插花的艺术流派及其风格特点，插花的原理，基本造型，花材和花器的选择，花材的整理加工和保养、造型技法；东方插花艺术的表现方法与要求，西方插花艺术的技法与要求，现代插花艺术及插花艺术作品的鉴赏及评判以及前卫另类插花等；仿真花的插作；并辅以动手实践，使学生能掌握插花艺术的基本原理以及初步具备插花艺术造型的技能。 二、课程教学目的和要求 利用多媒体手段结合课堂现场演示，目的是通过图片及实物对基本理论作深入浅出的讲解，增加学生的感性知识，并唤起学生的学习兴趣。通过向学生展示优秀作品的图片，增强本课程的艺术欣赏性，达到使学生在学习中提高艺术修养的目的。
《插花与花艺设计》学习指南
“插花与花艺设计”课程 学习指南 插花与花艺设计课程为园林专业主干课程，直接培养学生的插花与花艺设计设计制作能力。 职业能力要求： 培养学生的插花与花艺设计制作能力、花艺公司（工作室）经营管理能力。具体为： 1、掌握插花与花艺设计的基本理论知识； 2、能熟练插作东西方各种基本花型； 3、能熟练设计并插作各类礼仪插花、装饰插花； 4、培养学生具有自我发展，创作高水平创意插花的能力； 5、培养学生具有良好的职业素质。 教学目标： 通过本课程的学习，学生要在课程考核合格的基础上，通过深圳市“插花员”中级工考试并取得证书，少数同学能通过深圳市“插花员”高级工考试并取得证书。并引导部分学生取得国际“高级花艺设计师”职业资格证书。 课程内容介绍 初级插花员 中级插花员 高级插花员 国际高级 花艺设计师
“插花与花艺设计”课程以工作过程系统化和可持续发展为出发点，按国际、国家职业标准逐级构建了插花与花艺设计“基础—应用—创作”三大模块（三大部分）12个“学习情境”24个“项目”。以生物学原理把课程理论知识点项目化，融入三大模块，实现随着技能的增加理论层次逐渐上升。大家在利用课程资源进行学习时应遵循课程内容编排规律依次进行。 图1 插花与花艺设计课程“学习情景”设计 课程教学资源介绍及应用 在进行课程资源建设时遵循“有用、好用”原则，把课程教学资源分为三部分：课程介绍、课程基本资源、课程拓展资源。 课程概要部分主要是介绍课程总体情况，包括课程简介、课程标准、课程教学进度安排、课程考核文件及课程学习指南。通过这部分的内容，让学生对本课程有基本的了解，并知道如何利用这个课程的教学资源进行自主学习。 “课程基本资源”涵盖课程教学设计、课程教案、课程教学演示文件、课程实训卡单报告、课程教学录像、教师示范及学生实训作品等。对这部分的资源，插花材料处理 西式基本花型 东方插花基本花型 花艺设计线描图绘制 （4个“学习情境”12个 “项目”，48学时） 命题艺术插花 自由命题创意插花 （1个“学习情境”2个“项目”，9学时） 现代插花手法和类型 礼品花艺设计 节庆花艺设计 庆典花艺设计 婚庆花艺设计 装饰花艺设计 （6个“学习情境”10个“项目”，39学时） 创意插花 应用插花 基础插花
花卉鉴赏与花艺课程简介(中英文版)
《花卉鉴赏与花艺》课程简介 花卉鉴赏与花艺是面向全校学生开设的公共选修课，是由花卉与艺术相融合而成的一门课程，具有很强的实践性、艺术性和趣味性；本课程主要包括植物概论、花卉鉴赏、花艺和压花艺术四部分内容，主要讲授花卉概念、类型、应用、各国国花及名花识别与赏析和压花艺术；总学时34学时，课堂讲授18学时，实践教学16学时。通过本课程学习，使学生了解和掌握植物学的基本知识，加深学生对生物多样性的理解，从而树立生物多样性保护的意识；同时以花卉为切入点，通过学习和实践花卉鉴赏及压花艺术，增强学生的审美情趣和艺术修养，提高学生的动手能力，进而培养学生创新意识和创新能力，促进学生综合素质的全面发展。 考核方式由理论课成绩和实践课成绩组成，理论课成绩为作业与课堂表现成绩，占总成绩30%；实验课成绩由实验操作与作品成绩组成，占总成绩70%。 “Flowers appreciation and artistry” a disci pline combined of floriculture and artistic equivalent with highly practical, artistic and interesting, which opens for all students in public. This course includes introduction of botany, flower appreciation, floral art and pattern art, mainly concerned the concepts, types, application of flowers, national flowers and flowers recognition and appreciation, floral art and Pattern art. This course will last for 34 classes, 18 classes are class teaching and 16 classes are clinical practice. By learning this course, it will help students well know and master botanical basic knowledge, and make students understand biodiversity well to set for firms to protect biodiversity; At the same time, as the breakthrough point with flower, by learning, appreciating flowers and pattern art to improve students’aesthetic charm, artistic culture and the ability of practice, thus cultivating the ability and originality of innovation. That can advance the all-around development of students.
催化基础知识普及、探讨帖之五：催化期刊及投稿
催化基础知识普及、探讨帖之五：催化期刊及投稿 催化知识普及、探讨系列帖第 5 帖——催化期刊及投稿
此帖主题相信大家平时了解的比较多， 恐怕也是大家最为关心的问题之一。 小木虫论文 投稿专版关于此方面的介绍比较多也比较详细， 且我们催化专版也有几个帖子专门进行了探 讨和讨论，而我对这方面了解比较少（主要是没发过什么文章，哈哈） ，此帖内容主要是对 网络上的一些投稿知识进行汇总（加入了少的可怜的自己对催化期刊的认识及投稿经验） 。 目的还是办此系列帖的主旨：介绍催化相关基础知识、抛砖引玉、相互学习、分享经验及教 训。 催化是一门跨学科、跨专业的科学，按理论上讲化学类，甚至物理等类的期刊都可以收 录催化相关的文章，因此本贴并不打算介绍诸如《科学》《自然》《德国应用化学》 、 、 、JACS 等等这些高等次的通用型期刊，此帖只局限于催化专业期刊。简而言之：只介绍含有“催化” 两字的相关期刊。 具体介绍各个催化期刊之前，有必要对现今几大出版社或数据库 简要介绍一下（一般 催化期刊都是这四个出版社或数据库名下的） ：
（1）Elsevier Science 出版社
Elsevier 出版的期刊是世界公认的高品位学术期刊，且大多数为核心期刊，被世界上 许多著名的二次文献数据库所收录。SDOS 目前收录 1700 多种数字化期刊，该数据库涵盖 了食品、数学、物理、化学、生命科学、商业及经济管理、计算机科学、工程技术、能源科 学、环境科学、材料科学和社会科学等众多学科。该数据库不仅涵盖了以上各个学科的研究 成果，还提供了简便易用的智能检索程序。通过 Science Direct Onsite（SDOS）中国集团的 数据库支持，用户可以使用 Elsevier Science 为其特别定制的科学、技术方面的学术期刊并 共享资源。 目前 (截止到 2005 年 11 月 16 日)该数据库已有期刊种数 1,734,期刊期数 145,078 ， 文章篇数 2，576，316，最早年份为 1995 年。这个数据库的服务器是通过专线对中国大陆 用户提供服务的。Elsevier Science 是一家非常好的电子出版商，从 2001 年 1 月起，就已有 28 家杰出的学术机构加入了 Elsevier SDOS 中国集团。
（2）Springer 出版社
德国施普林格 Springer-Verlag ） （ 是世界上著名的科技出版公司， 通过 Springer Link 系 统提供学术期刊及电子图书的在线服务。全文期刊数据库所收录的 学科范围较广，包括： 行为科学、生物医药与生命科学、化学与材料科学、计算机科学、商业与经济学、工程学、 地球和环境科学、人文科学、社会科学与法律、数学、医学、物理与天文学等 11 个学科， 其中许多为核心期刊。
（3）ACS 数据库
美国化学学会 ----ACS(American Chemical Society)成立于 1876 年，现已成为世界上最 大的科技协会之一，多年来，ACS 一直致力于为全球化学研究机构、企业及个人提供高品 质的文献及服务，在科学、教育、政策等领域提供了多方位的专业支持，成为享誉全球的科 技出版机构。ACS 的期刊被 ISI 的 Journal Citation Report(JCR)评为：化学领域中被引用次数 最多的化学期刊。 ACS 出版 34 种期刊，内容涵盖以下领域：生化研究方法、药物化学、 有机化学、普通化学、环境科学、材料学、植物学、毒物学、食品科学、物理化学、环境工 程学、工程化学、应用化学、分子生物化学、分析化学、无机与原子能化学、资料系统计算
如何选择SCI刊物
心得：如何选择SCI刊物 ★ 小木虫(金币+1):奖励一下，鼓励发有价值的话题 cxksama:设置为普通贴,0.6个金币收益被收回请去https://www.360docs.net/doc/eb12072314.html,/bbs/viewthread.php?tid=1639969&fpage=1申请2011-01-26 07:49 我在科研期间发了4篇文章，1篇中文，3篇英文，还有1篇英文准备投。我觉得算对得起老师和自己了。呵呵，自恋一下。 快要毕业了，想把我科研的一个重要的经验跟大家分享，那就是如何发论文（从学生角度来说）。当然，这涉及到如何构思，如何写，如何选刊物，如何回答审稿人问题，如何和编辑交流，等等。 涉及面太广了，一口气说不完，所以说下如何选择刊物，因为我发现在小木虫里很多人讲到如何写，如何与审稿人等交流。但很说说如何选刊物。呵呵~~~ 进入主题吧。发表SCI论文是扩大学者及团队知名度和业绩的一个重要指标，尤其是发表高水平的文章。对于学生而言也是如此。因此，选择一个合适的刊物，是至关重要的。那么，如何选择呢？最直接的是通过论文阅读锁定刊物。但我认为，在这这个方法的基础上，还应该从以下角度辩证地看问题： 第一，从学生的志愿考虑： First：如果一个学生是想以后从事学术工作的，那不用说了，发表真正意义上的高水平文章太关键了。但是，高水平的刊物仅仅是高影响因子吗？答案当然不是！有些刊物的影响因子较高，但是并不代表它是高水平的刊物。为什么？因为有些刊物影响因子高是自引率高导致的，如危险废物等，自引率高达31%！根据ISI权威统计，没有自引率的贡献，影响因子只有2.832。所以，想投高水平的刊物，最基本的要排除高自引率的刊物；同时，也要保证影响因子不低。这是刷选高水平刊物的一个方法。TIPs：想要知道刊物自引率，到ISI官方网站查询即可。 当然，并不是每个学生在一开始就能发表高水平文章的，所以，在刷选刊物时可以选择中等水平的。注意，方法与上述的差不多。 Second：如果一个学生是想以后从事非学术的工作，那我认为，不用考虑了，自引率了。So easy！ 第二，从刊物口碑考虑 所谓口碑，就是众人对某刊物的看法，如刊物论文质量，刊物审稿速度，刊物要求高低等。如JACS，众人皆知其论文质量高，审稿速度快。所以刊物一级棒~~~值得考虑。又如Materials letters，众人皆知其论文质量居中，但审稿速度总体较快（平均而言，也有慢的例子；插一句，自引率也不高，7%），所以期刊可接受，对于刚进入学术领域的学生而言，是个不错的选择。呵呵。
期刊投稿、审稿过程
期刊投稿、审稿过程以及常用术语 2010-03-15 23:08 国外期刊投稿、审稿过程以及常用术语 1. Author 作者 如何在线投稿？在线投稿大致步骤： Step 1: Log In 登陆 The login page gives you three options: 1. Log in with your known User ID and Password 用户名和密码 2. Check to see if you have an existing account 确认是否已经注册过 3. Create a new account 没有就注册一个 Step 2: Enter your Author Center 进入作者中心 To begin a new submission, check a previous submission, continue a submission begun earlier, or submit a revised manuscript, choose Author Center. 确认是新投，还是投修改稿 Step 3: Inside Your Author Center 在个人的作者中心里面 Existing manuscripts are found in one of three areas: 包括三个区域（这个每个杂志可能有区别的） Manuscripts to be Revised 需修改稿 Partially Submitted Manuscripts 部分上传稿 Submitted Manuscripts 已上传稿 To start a NEW manuscript submission, choose “Submit First Draft of New Manuscript” link. 开始上传新稿 Step 4: Entering Data 输入资料 The following screens ask you to enter each piece of data associated with your manuscript. Most of this data will also be included in the text of your manuscript, but needs to be entered in this format in order to make the system searchable by these fields. It is used for screen display and e-mail notifications only. You cannot enter text into the Manuscript Data Summary table –scroll down each screen to enter the required information. 按照提示一步一步输入 Pre ss “Save and Continue” at the bottom of each screen in order to save all of your work. If you press the "Back" or "Forward" button on your browser your work will not be saved. 继续时选择保存和继续，如果点击back 或者forward，原来输入的内容会消失。 Step 5: Upload Your Manuscript 上传文稿 The File Manager is the area where you upload your files. Click on the Save and Continue button to get to the upload page. Click on the Browse button in step #1. Locate your file and click on the name of the file to place it in the box. Select a file designation that
期刊心得小木虫
国内部分理工科核心期刊投稿心得 开心快乐abcd收录日期: 2010-04-08发布日期: 2010-03-28 1、【杂志名称】计算机应用研究 【杂志文章包含专业】建模，仿真，网络，人工智能，比较杂。 【投稿联系方式】http: 【投稿费用】250元/页 【杂志级别】国家一级期刊，全国中文核心期刊 【稿酬回报】无 【投稿感受】增刊录用率始终保持在100%，想上增刊，交钱就行（250元/页），正刊录用与否与文章质量关系不 太密切，有基金可能好点。无审稿费，1~2月就知道结果了！不过该刊物许多高校不认可，不承认它是核心期刊。 2、【杂志名称】火力与指挥控制 【杂志文章包含专业】武器装备方面建模，仿真，评估等。主要针对军工方面文章。 【投稿费用】版面费600元，审稿费50元。如果稿件质量高，免版面费。 【杂志级别】中文核心期刊，科技论文统计源期刊。 【稿酬回报】有，但不多，百十来元吧。
【投稿感受】录用率较高，70％左右，审稿周期2个月，发表周期1年左右。编辑态度较好。 【其他】如果忙着毕业，或评职称，可以投。 3、【杂志名称】系统仿真学报 【杂志文章包含专业】建模，仿真，计算机技术，网络，评估等。内容较杂。 【投稿费用】版面费1200元左右，审稿费150元(中文)。 【杂志级别】中文核心期刊，EI统计源期刊。 【稿酬回报】有，但不多，百十来元吧。 【投稿感受】录用率不高20％左右，审稿周期2个月，发表周期 1."3年左右。编辑态度较好。论文要求仿真结果。【其他】2005年，论文被EI检索率90％以上。 4、【杂志名称】《宇航学报》 【杂志文章包含专业】飞行理论、航天飞行器系统、导弹系统、空气动力学、测量与信息传输、制导与控制、飞 行器能源、遥感飞行器设计与制造、惯性技术、推进技术、计算机应用、材料与工艺、发射工程、结构强度、目 标与环境、计量与测试、质量与可靠性等。 【投稿联系方式】yhxbbjb@ 【投稿费用】审稿费80元，版面费1100左右
文献阅读心得
四位大牛的看文献方法，从小木虫上面偷来的。遇见就不要放过！来源：左芝芬的日志 最近在要看N多文献，要写报告，还得准备小论文，必须得把效率提高，找到适合自己的看文献的最好方法。 牛人一 （从Ph.D到现在工作半年,发了12 篇paper, 7 篇first author.）我现在每天还保持读至少2-3 篇的文献的习惯.读文献有不同的读法.但最重要的自己总结概括这篇文献到底说了什么,否则就是白读,读的时候好像什么都明白,一合上就什么都不知道,这是读文献的大忌,既浪费时间,最重要的是,没有养成良好的习惯,导致以后不愿意读文献. 1. 每次读完文献(不管是细读还是粗读), 合上文献后,想想看,文章最重要的take home message 是什么, 如果不知道,就从abstract,co nclusion 里找, 并且从discuss 里最好确认一下. 这样一来, 一篇文章就过关了. take home message 其实都不会很多, 基本上是一些c oncepts, 如果你发现你需要记得很多,那往往是没有读到重点. 2. 扩充知识面的读法, 重点读introduction, 看人家提出的问题,以及目前的进展类似的文章, 每天读一两篇,一个月内就基本上对这个领域的某个方向有个大概的了解.读好的review 也行, 但这样人容易懒惰. 3. 为了写文章的读法, 读文章的时候, 尤其是看discussion 的时候,看到好的英文句型, 最好有意识的记一下,看一下作者是谁,哪篇文章,哪个期刊, 这样以后照猫画虎写的时候,效率高些.比自己在那里半天琢磨出一个句子强的多. 当然,读的多,写的多,你需要记得句型就越少.其实很简单,有意识的去总结和记亿, 就不容易忘记. 科研牛人二告诉研究生怎么看文献，怎么写论文 一、先看综述 先读综述,可以更好地认识课题,知道已经做出什么，自己要做什么,,还有什么问题没有解决。对于国内文献一般批评的声音很多.但它是你迅速了解你的研究领域的入口,在此之后,你再看外文文献会比一开始直接看外文文献理解的快得多。而国外的综述多为本学科的资深人士撰写，涉及范围广，可以让人事半功倍。 二、有针对地选择文献 针对你自己的方向,找相近的论文来读,从中理解文章中回答什么问题,通过哪些技术手段来证明,有哪些结论?从这些文章中,了解研究思路,逻辑推论,学习技术方法. 1.关键词、主题词检索： 关键词、主题词一定要选好，这样，才能保证你所要的内容的全面。因为，换个主题词，可以有新的内容出现。 2. 检索某个学者： 查SCI,知道了某个在这个领域有建树的学者，找他近期发表的文章。 3. 参考综述检索： 如果有与自己课题相关或有切入点的综述，可以根据相应的参考文献找到那些原始的研究论文。 4. 注意文章的参考价值： 刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的 三、如何阅读文献 1. 注重摘要：摘要可以说是一个论文的窗口。多数文章看摘要，少数文章看全文。真正有用的全文并不多，过分追求全文是浪费，不可走极端。当然只看摘要也是不对的。多数文章题目、摘要简单浏览后，直接把几个Figure 及Title 与legend 一看，一般能掌握大部分。 2.通读全文：读第一遍的时候一定要认真，争取明白每句的大意，能不查字典最好先不查字典。因为读论文的目的并不是学英语，而是获取信息，查了字典以后思维会非常混乱，往往读完全文不知所谓。可以在读的过程中将生字标记，待通读全文后再查找其意思。 3.归纳总结：较长的文章，容易遗忘。好在虽然论文的句子都长，但每段的句数并不多，可以每一段用一个词组标一个标题。 4. 确立句子的架构，抓住主题：读英文原版文献有窍门的。我们每个单词都认识读完了却不知他在说什么，这是最大的问题。在阅读的时候一定要看到大量的关系连词，他们承上启下引领了全文。中国人喜欢罗列事实，给出一个观点然后就是大量的事实，这也是中文文献的特点，我们从小都在读这样的文章，很适应。西方人的文献注重逻辑和推理，从头到尾是非常严格的，就像GRE 里面的阅读是
花艺师初学必学课程指南
花艺师初学必学课程指南 基础入门学习： 花艺初学者是从基础、简单的理论入门开始，总结了一些基础入门的花艺知识供大家参考。 1、要对世界性花艺的全面认识，了解东、西方插花的不同风格， 2、东西方古典和现代花型的特点； 3、现代花艺技巧及应用， 4、工具使用、选择保养花材、搭配花材、搭配器皿、关于器皿方面，不同风格的花 型搭配不同的器皿； 5、色彩的搭配，色彩是花艺作品的第一印象； 6、学会从专业的角度欣赏花艺作品，提高认知。
技能学习: 成为一名专业的花艺师，大量的技能学习和练习是必不可少的。技能方面主要有：手绑花束、花艺造型、婚礼party花艺、植物盆栽、花艺手绘等。 手绑花束 螺旋式手绑花束是一种现代的插花手法，通过这种手法花材可以呈现一种清晰、单一方向的线条流动，并以圆圈方向向上、下、内、外延伸，给人以舒畅的视觉享受。螺旋手法的花艺作品一般花束整体效果丰富饱满，且花茎的螺旋走向无需修饰也能达到很好的观赏效果。手绑花束是现在商业中用到最多的表现形式。 花艺造型 针对不同的环境，有家居插花、商业庆典插花、酒店装饰插花。根据不同的风格，有东方式插花、西方式插花。
婚礼party花艺 小型的有胸花、手腕花、肩花、颈花、新娘手捧花，中小型的有签到台、餐桌，大型的有拱门、仪式亭、背景、舞台、长型餐桌花等。外景的还有婚车花。熟悉室内到室外婚礼花艺的设计、流程、计算花材的用量，和具体实施过程中需要注意的细节。
植物分类、选材、搭配、器皿搭配、植物病虫害的防治。通过对植物系统的认知，懂得植物养护的理论方法，熟练掌握不同类型的组合盆栽制作方法和技巧，发挥创造力和想象力，提高对家居园艺养护和花店植物产品制作。
插花艺术教学大纲
《插花艺术》教学大纲 课程名称：插花艺术 计划总学时：40 实践学时：30 适用专业：园艺、园林专业 制订人：果蔬花卉教研组 制订时间：2011.4 一、课程的性质 “插花艺术”是我国优秀的传统艺术之一。插花文化历史悠久，它不仅可以满足人们视觉上的美感体验，而且其丰富的文化内涵和生动的艺术造型，既可以作为情感的传递媒介，又能在创作中陶冶情操。插花艺术是集合了自然美与艺术美的花的造型设计艺术，在一定程度上与学生的生活相联系。如：在家居中进行装饰布置，其中就涉及对色彩、花语及造型的把握；同时也可作为朋友、亲人间情感与祝福的传递媒介。作为中学的一门艺术课，不能只停留在了解一些知识的基础上，更重要的是让学生去理解、感悟花艺作品，从而引起共鸣。本活动通过动手创作与对作品的深入研究，激发学生对插花艺术更深层的了解与热爱，培养学生对生活的热爱，以及对美的追求，提高学生的研究兴趣，并在学习过程中培养合作精神，使学生养成良好的个性品质。 二、课程的任务和基本要求 通过对本课程的学习，要求学生能较为熟练地运用课堂上讲授的基本美学理论、插花基础知识与实践紧密结合起来,培养、训练学生对园林植物的另一种艺术表现手法。增强学生的美感体验，培养学生欣赏美和创造美的能力，提高学生的艺术修养。培养学生的职业能力，达到国家中级“插花员”的职业标准以及 “花艺环境设计师”中有关室内花艺设计方面的职业能力。让学生掌握东西方插花艺术的创作理念与法则；掌握插花艺术特点、花材的整理与加工技艺技巧、现代花艺设计理念与技法、花艺色彩设计等；动手设计制作艺术插花、礼仪花艺（花束、花篮、婚礼花艺）。 三、本课程与其它课程的关系 本课程融艺术、自然、技能为一体。作为我院园林专业的必修课，要求学生能熟练地运用插花构图原理、造型技艺与实践紧密结合, 以国家职业资格“插花员”、“花艺环境设计师”（室内花艺设计方面）四级、三级的标准培养学生对园林植物的一种艺术创作能力，增强学生的美感体验，提高学生欣赏美和创造美的能力。 四、本课程的教学内容及重点、难点 （一） 教学内容 Ⅰ、理论教学内容 第1章 插花艺术概述 重点: (1).插花艺术分类 (2).东西方插花艺术的特点 难点: (1).插花艺术定义与范畴 (2).中国传统插花艺术的根基（哲学思想、艺术表现）