一般细菌常用鉴定方法(中国科学院微生物研究所细菌分类组)思维导图

细菌的分类与命名-微生物命名规则

细菌的分类与命名 细菌分类学 细菌分类学（taxonomy）是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。它包括三个方面：分类（classification）、命名（nomenclature）和鉴定（identification）。 一、基本概念 1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照它们的亲缘关系分门别 类，以不同等级编排成系统。分类有两种：①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法，包括有传统分类法（classical classification）和数值分类法(numerical classification)；②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类（phylogenetic classification）或自然分类（natural classfication）。 2.细菌命名在分类基础上，给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。按照细菌命名的法规，能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。 3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。若与已知细菌相同即采用已知菌的名称，不同者则按命名原则确定一个新名称。 二、分类等级 细菌的分类等级和其他生物相同，依次为界（kingdom）、门（division）、纲（class）、目（order）、科（family）、属（genus）、种（species）。细菌属于原核生物界（procaryotae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺旋体。 分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下：目-ales、亚目-ineae、科-aceae、亚科-oideaae、族-eae、亚族-inae。 种是细菌分类的基本单位，将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科；依次类推。在两个等级之间，可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属和亚种等。群和组不是正式分类等级，是泛指具有某种共同特性的某个集体，任何等级都可借用。同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异，可再分成亚种（subspecies），亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊的特征。例如抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。 由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌，称为株（strain）。株的建立是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物，例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌（typical strain）或标准菌株（standard strain

16 S rRNA在细菌分类鉴定研究中的应用

16 S rRNA在细菌分类鉴定研究中的应用* 刘文强1，贾玉萍2，赵宏坤3 (1.聊城大学农学院，山东聊城252059；2.山东大学生命科学学院，山东济南252100；3.山东农 业大学动物科技学院，山东泰安271018) 摘要：细菌的16 S 核糖体RNA(ribosome RNA，rRNA)以其在进化上的特征性序列，现已被广泛用于细菌分类和鉴定的分子指标。其具体操作是，以聚合酶链式反应(PCR)分离细菌样本中的16 S rRNA的基因片段，通过克隆、测序或酶切、探针杂交获得其序列信息，再与16 S rRNA 数据库中的序列数据进行比较，确定其在进化中的位置，从而鉴定样本中可能存在的微生物种类。文章综述了16 S rRNA作为微生物系统分子分类鉴定的理论基础和方法，以及在细菌分类鉴定中的应用。 关键词：16 S rRNA；细菌；鉴定；分类 传统的细菌系统分类的主要依据是形态特征和生理生化性状，采取的主要方法是对细菌进行纯培养，然后从形态学、生理生化反应特征以及免疫学特性等方面加以鉴定。大量菌种的分类鉴定是一项繁琐、费时的工作，因此迫切需要建立一种简单、方便、易于操作的分类鉴定方法，使人们在一定程度上更加科学、精确、快速地找到微生物的分类地位，为微生物资源的开发利用奠定基础。20世纪60年代开始，分子遗传学和分子生物学技术的迅速发展使细菌分类学进入了分子生物学时代，许多新技术和方法在细菌分类学中得到广泛应用。Cai H Y等[1]认为，rRNA基因序列己成为一个分子指标，可以广泛地用于各种微生物的遗传特征和分子差异的研究。目前，大量已知微生物的DNA都被测定并输入国际基因数据库，成为对微生物鉴定分类非常有用的参照系统，从而可以通过对未知微生物DNA序列的测定和比较分析，达到对其进行快速、有效的鉴定分类的目的。随着微生物核糖体数据库的日益完善，该技术已应用于海洋、湖泊和土壤、大气微生物菌群和病原微生物等环境微生物多样性的分析[2]。 116 S rRNA作为细菌分子鉴定的依据

细菌鉴定方法

1.2.1 形态学特征 按照东秀珠和蔡妙英编《常见细菌系统鉴定手册》（1999），中科院微生物所编著《一般细菌常用鉴定方法》（1978）的方法进行鉴定。芽孢杆菌属鉴定到种，参照了蔡妙英等译《芽孢杆菌属》（1980）的方法。 （1）革兰氏染色：挑选少许菌苔，涂布于干净玻片的蒸馏水中，风干固定，结晶紫染色（结晶紫2g，草酸铵0.8g，95%乙醇20 ml，加水至100 ml）1min，水洗后碘液（碘1g，碘化钾2g，水300 ml）作用1min，水洗，脱色，用番红O 液染3min，水洗，风干，光学显微镜观察。 （2）鞭毛染色：将16~24h菌龄的菌苔在载玻片上的水滴中轻蘸几下，将玻片倾斜，使菌液缓慢流到另一端，然后平放在空气中干燥。干燥后滴甲液（丹宁酸5g，FeCl3 1.5g，15%福尔马林2ml，1%NaOH 1ml，蒸馏水100 ml）染6~10min，水洗，干燥后，用乙液（2%AgNO3溶液）加热复染30min，蒸馏水冲洗，干燥，镜检，菌体为深褐色，鞭毛为褐色。 （3）运动性：半固体琼脂穿刺法，将菌种接在可使鉴定菌生长良好的培养基中，其中含0.3~0.6%的琼脂。适温培养，运动性可用透射光目测，如生长菌只生长在穿刺线上，边缘十分清晰，则表明鉴定菌无运动性；如生长菌由穿刺线向四周呈云雾状扩散，其边缘呈云雾状，则表示鉴定菌有运动性。 （4）芽孢染色：孔雀绿染色法。按革兰氏染色涂片后，用饱和的孔雀绿水溶液（约7.6%）染20 min，水冲洗后在用0.5%番红O复染20~30s，水洗，吸干，镜检。芽孢呈绿色，菌体和芽孢囊呈微红色。 （5）抗酸染色：常规涂片，石碳酸复红（10%碱性复红乙醇饱和液10 ml，5%石碳酸水溶液100 ml）加热染色5 min，倾去染液用酸性乙醇脱色，吕氏美蓝（2%亚甲基蓝乙醇饱和液30 ml，0.01%KOH 100 ml。）复染2min，水洗，吸干，镜检。 （6）荚膜染色：在载片一端滴一滴无菌水，取少许菌苔在水滴中制成悬液。取一滴墨汁与菌悬液混合，并用另一载片之一端将此水滴在载片上刮成薄膜风干。用纯甲醇固定1min，加0.5%番红O液数滴滴于涂片上，冲去残余甲醇，并染30s，然后倾去染液，立即吸干，镜检。 1.2.2 培养及生理特性 （1）菌落形态：用划线法将菌种接在平板培养基上，适温培养1~2d，出现单菌落开始观察，包括形状和大小，边缘，表面，隆起形状，透明度，菌落和培养基的颜色等。 （2）生长温度和耐热性：将菌种转接到几支试管中，分别在不同温度下培养，每处理2管，目测生长情况。

16SrRNA在细菌鉴定与分类中的应用

结课论文 题目名称：16S rRNA 在细菌鉴定与分类中的 应用 学生姓名：刘* 学号：2016304110*** 专业：生物化学及分子生物学 结业课程：系统细菌学 中国·武汉 2016 年12 月

16S rRNA在细菌鉴定与分类中的应用 刘* 2016304110*** 华中农业大学生命科学学院，武汉 [摘要]：由于细菌种属间生理生化特征的相似，单凭传统的表型和化学鉴定方法已无法准确对其进行分类鉴定。随着包括PCR技术、测序技术等分子技术的不断进步，细菌的分类鉴定也由在最初的表型和化学鉴定演变到分子水平，使人们可以通过对细菌的DNA鉴定来达到区分种属的目的。细菌的16S 核糖体RNA(rRNA)以其在进化上的特征性序列，基因序列的保守性和存在的普遍性，应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。本文就16S rRNA在细菌鉴定与分类研究中的进展做一综述。 关键词：16S rRNA；细菌分类鉴定；DNA测序；高级结构 传统的细菌系统分类的主要依据是形态特征和生理生化性状，采取的主要方法是对细菌进行纯培养，然后从形态学、生理生化反应特征以及免疫学特性等方面加以鉴定。大量菌种的分类鉴定是一项繁琐、费时的工作，因此迫切需要建立一种简单、方便、易于操作的分类鉴定方法，使人们在一定程度上更加科学、精确、快速地找到微生物的分类地位，为微生物资源的开发利用奠定基础。 20世纪60年代开始，分子遗传学和分子生物学技术的迅速发展使细菌分类学进入了分子生物学时代，许多新技术和方法在细菌分类学中得到广泛应用。在PCR技术的产生发展基础上，产生了许多新的分类方法，如质粒图谱、限制性片段长度多态性分析、PCR指纹图、rRNA基因(rDNA)指纹图、16S核糖体核糖核酸(rRNA)序列分析等。这些技术主要是对细菌染色体或染色体外的DNA片段进行分析，从遗传进化的角度和分子水平进行细菌分类鉴定，从而使细菌分类更科学、更精确。特别是16S rRNA基因序列分析技术的出现，使细菌进化与否可以通过试验研究来证实。目前，关于PCR扩增16S rRNA基因用于细菌分类和鉴定的研究越来越多，大多数细菌的16S rRNA基因均已被测序。本文就16S rRNA在细菌鉴定与分类研究中的进展做一综述。 1.16S rRNA基因 16S rRNA为原核生物的一种核糖体RNA。目前，细菌系统分类学研究中

常见细菌鉴定

常见细菌鉴定 平装: 331页 正文语种: 简体中文 开本: 16 ISBN: 9787117119610 条形码: 9787117119610 尺寸: x x cm 重量: 540 g 百分网内容简介 《临床常见细菌、真菌鉴定手册》着重对院内感染的常见细菌、真菌及其耐药性检测和研究进行了细致阐述。细菌耐药也是当前临床面临的重大难题之一，抗生素滥用是造成耐药性不断增长的主要原因。微生物是进化史上最成功的例子，存在几十亿年了，新兴的微生态学理论认为，人类和微生物之间是适应而不是对抗。院内感染菌株绝大部分是条件致病菌，当机体免疫力低下、抗生素使用不合理破坏了正常菌群，导致微生态失衡情况下，引起感染的发生、发展。我从事微生态研究多年，深刻认识到只有从生态平衡角度，将传统的单纯“杀菌”理论转变为“杀菌”加“促菌”理论，保护人体的正常菌群，维护人体微生态平衡，提高机体免疫能力，才是控制感染的根本办法。 百分网目录

上篇临床细菌学 第一章需氧及兼性厌氧，革兰染色阴性杆菌、球杆菌、球菌及弯曲菌和螺旋菌 第一节心杆菌属 第二节放线杆菌属、艾肯菌属、金氏杆菌属和色杆菌属 第三节弗朗西丝菌属 第四节布鲁菌属 第五节军团菌属 第六节假单胞菌属 第七节伯克霍尔德菌属、窄食单胞菌属、丛毛菌属和食酸菌属 第八节不动杆菌属 第九节莫拉菌属 第十节金黄杆菌属和威克斯菌属 第十一节奈瑟菌属 第十二节鲍特菌属 第十三节产碱杆菌属、无色杆菌属、苍白杆菌属和根瘤菌属 第十四节弧菌属 第十五节气单胞菌属 第十六节肠杆菌科

第十七节巴斯德菌属 第十八节弯曲杆菌属和弓形菌属 第十九节螺杆菌属 第二十节巴尔通体属 第二十一节钩端螺旋体属 第二十二节疏螺旋体属 第二十三节密螺旋体属 第二章需氧革兰染色阳性球菌及杆菌 第一节葡萄球菌属 第二节链球菌属 第三节肠球菌属 第四节气球菌属及其相关菌属 第五节李斯特菌属和丹毒丝菌属 第六节棒状杆菌属及相关菌属 第七节芽胞杆菌属和其他需氧芽胞杆菌 第八节分枝杆菌属 第九节奴卡菌属、红球菌属 第三章专性厌氧菌 第一节消化球菌属、消化链球菌属、嗜胨菌属、微金菌属和厌氧球菌属 第二节韦荣菌属、氨基酸球菌属和巨形菌属 第三节丙酸杆菌属、放线菌属、双歧杆菌属、真杆菌

细菌的分类鉴定及进化地位分析12045109牛天鸣

天津科技大学 《微生物学》结课论文 题目：细菌的分类鉴定及进化地位分析 ） 学院：生物工程学院 专业：制药工程（生物制药） 姓名：牛天鸣 学号： 指导老师：李玉 '

【摘要】 细菌的分类鉴定与细菌的研究和应用有重要的影响。准确地鉴定细菌类别，根据其菌种种类不同，分别针对肠杆菌、阳性球菌、非发酵菌等菌种设计不同药敏板条的抗生素组合，可以指导临床应用用药。目前，细菌分类鉴定方法主要包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类。细菌的进化对于深入认识物种分化、生境适应、毒力进化、耐药性产生芡延等表型进化过程有着重要意义。 关键词：细菌；分类；鉴定；进化。 一、细菌的分类鉴定 目前，细菌分类鉴定的研究已经得到了长足的发展和进步，鉴定依据不再仅局限于形态、生理生化和生态学等表型特征，而是采用不同学科的现代技术和方法从细胞水平、分子水平寻找新的鉴定依据。现在，通常把细菌分类鉴定的方法有4种：传统分类法、2细菌的数值分类和自动化鉴定、化学分类法、分子遗传学分类鉴定法。 1传统分类法 传统分类法又称为经典分类法，是根据微生物的形态特征、培养特征及生理生化特征等表型分类学特征进行分类鉴定的方法[1]。一般传统分类指标常用于初步分类。现今存在于《伯杰氏细菌分类手册》的细菌分类单位名称大都建立在传统分类基础上[2]。由于细菌个体小而简单，仅依据简单的指标不足以区分它们，这就需要增加生理生化特征甚至其他非形态特征来进一步比较和区分。传统分类法中的形态特征常用作分类系统中科以上单元的划分，而形态结构特征结合生理生化特性可以用于科以下单元的分类。随着分子生物学技术的迅猛发展，传统分类方法受到了巨大的冲击，但仍是多相分类学的研究基础。 · 传统的分类鉴定方法主要依赖于表型分析、个体形态学观察，主要观察菌落在其适合的培养基上的生长状况: 细菌在固体培养基上的生长形态、大小、颜色是否均匀一致，菌落个体表面及边缘的生长状况; 在液体培养基上的浑浊状况、沉淀状况、液面菌膜状况; 半固体上穿刺接种后，观察细菌生长状态。在鉴别培养基上培养，观察结果是否跟预期结果相同。形态学鉴定辅以生化试验在细菌鉴定中具有重要的意义，生化试验是根据细菌培养过程中不同菌种所产生的新陈代谢产物各异，表现出不同的生长特性[3]。通

16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程

16S r D N A鉴定菌株的标准操作规程

16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程 1.适用范围 本标准规定了通过特定引物对细菌的16SrDNA片段进行PCR扩增，然后对扩增片段进行序列分析比对，快速获得细菌种属信息的操作规程。 本标准适用于未知细菌的快速种属分析，以及为细菌的生化鉴定提供指导信息。 2.方法和原理 16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。 细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。 在 16S rRNA 分子中，可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。 16SrDNA序列的前500bp序列变化较大，包含有丰富的细菌种属的特异性信息，所以对于绝大多数菌株来说，只需要第一对引物测前500bp序列即可鉴别出细菌的菌属。针对科学论文发表或是前500bp无法鉴别的情况，需要进行16SrDNA的全序列扩增和测序，得到较为全面的16SrDNA的序列信息。

由于测序仪一次反应最多只能测出700bp的有效序列，为了结果的可靠性，通常将16SrDNA全长序列分成3部分进行测序。 3.设备和材料 3.1器材 移液器（1000μL、200μL 、100μL、10μL）；涡旋振荡器；Eppendorf MixMate；离心机；水浴锅；电泳仪；制冰机；低温冰箱；PCR仪：Veriti 96 Well Thermal Cycler；凝胶成像仪：VersaDoc MP 4000；基因分析仪： AB3500、AB3130 3.2试剂 DNA快速提取试剂：PrepMan Ultra；琼脂糖；PCR试剂：Taq酶，10×Taq Buffer(Mg2+)，dNTPs，ddH2O等； ExoSAP-IT；测序试剂：BigDye Terminator，5×Sequencing Buffer；BigDye XTerminator Purification Kit； 3.3耗材 移液器吸头：1000μL、200μL、10μL；离心管：1.5mL、200μL；Micro Amp TM Optical 96-Well Reaction Plate；Micro Amp TM Optical Adhesive Film；

细菌分类鉴定方法的研究进展

细菌分类鉴定方法的研究进展 目录 细菌分类鉴定方法的研究进展 (2) 摘要 (2) ABSTRATC (3) 1、引言 (4) 1.1细菌分类鉴定 (4) 1.1.1 细菌常规鉴定方法 (4) 1.1.2细菌的数值分类和自动化鉴定 (4) 1.1.3化学分类鉴定法 (4) 1.1.4分子遗传学分类鉴定法 (4) 1.2细菌分类鉴定方法的前景 (5) 细菌的鉴定方法的介绍与总结 (5) 1、细菌常规鉴定方法 (5) 1. 1 免疫诊断技术 (5) 1. 1. 1 凝集试验 (5) 1. 1. 2 免疫酶技术 (5) 1.1. 3 免疫荧光技术 (5) 1. 1. 4 放射免疫测定技术 (6) 1. 1. 5 免疫胶体金标记技术 (6) 1. 2 蛋白质图谱分析 (6) 2、细菌的数值分类和自动化鉴定 (6) 3、化学分类鉴定法 (7) 3.1 磷脂脂肪酸分析技术（PLFA）[6] (7) 3．2 高效液相色谱（HPLC）[7] (7) 3.3 气相色谱（GC）[7] (7) 4、分子遗传学分类鉴定法 (7) 4. 1 细菌染色体DNA G+ C mol %含量测定 (7) 4. 2 核酸杂交技术 (7) 4. 3 限制性核酸内切酶分析法 (7) 4. 4 质粒图谱分析法 (7) 4. 5 脉冲场凝胶电泳分析法 (8) 4. 6 PCR技术 (8)

4. 7 16SrRNA 序列和16S～23SrRNA 间区序列分析法 (8) 4. 8 微生物全基因组测序 (8) 6、参考文献 (9) 细菌分类鉴定方法的研究进展 摘要 细菌分类鉴定方法包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类,分成4个水平:细菌形态和生理生化水平、细胞组分水平、蛋白质水平和核酸水平。表型鉴定法是对前3个水平的鉴定,包括常规鉴定法、数值分类鉴定法和化学分类鉴定法。分子遗传学鉴定法[1]是核酸水平的鉴定,对细菌染色体或质粒DNA 进行分析,核酸杂交、PCR 技术、16SrRNA 和16 ～23SrRNA 序列分析、全基因组测序等,此类方法使细菌种属定位和亲源关系判别由表型特征深化为基因型鉴定。本文主要来介绍各种分类方法以及每种方法的优缺点。 关键词：细菌分类鉴定表型鉴定分子遗传学鉴定

(推荐)细菌分类大全

革兰氏阳性菌 革兰氏阳性菌 革兰氏染色法的意义就在于鉴别细菌，把众多的细菌分为两大类，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。大多数化脓性球菌都属于革兰氏氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，而大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病。 常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等；常见的革兰氏阴性菌有痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌及脑膜炎双球菌等。 在治疗上，大多数革兰氏阳性菌都对青霉素敏感（结核杆菌对青霉素不敏感）；而革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感（但奈瑟氏菌中的流行性脑膜炎双球菌和淋病双球菌对青霉素敏感），而对链霉素、氯霉素等敏感。所以首先区分病原菌是革兰氏阳性菌还是阴性菌，在选择抗生素方面意义重大。 革兰氏阴性菌,大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病.常见的革兰氏阴性菌有痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌及脑膜炎双球菌等。革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感,可以选择氟喹诺酮类药物如诺氟沙星，左氧氟沙星等，也可以选择大环内酯类比如克拉霉素、罗红霉素等。 革兰氏阳性菌，大多数化脓性球菌都属于革兰氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等。可以选择青霉素族，头孢曲松钠等。 革兰氏阴性菌，以[大肠杆菌]为代表。大肠杆菌为兼气性菌种，一般生存于肠道中及厌氧的还境中。革兰氏阴性菌细胞壁的特征为有一层outer membrane 与阳性菌种不同。目前对大肠杆菌的研究很多，除了它是一般食物中是否有被污染的指标外，很多分子生物学方面的研究皆需要使用到大肠杆菌当作实验宿主。 除了大肠杆菌外，变形杆菌、痢疾杆菌、肺炎杆菌、布氏杆菌、产气夹膜杆菌、流感(嗜血)杆菌、副流感(嗜血)杆菌、卡他(摩拉)菌、不动杆菌属、耶尔森菌属、嗜肺军团菌、百日咳杆菌、副百日咳杆菌、志贺菌属、巴斯德菌属、霍乱弧菌、副溶血性杆菌、类志贺吡邻单胞菌等也是革兰氏阴性菌 革兰氏阳性菌与阴性菌

微生物的分类与鉴定答案

一、填空： 1．微生物菌种的命名采用"双名法",即由属名和种名加词构成。 2．来源于一个细胞在固体平板培养基上形成的群体称菌株。 3．1969年将生物界分成了五界，分别是动物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界。4．细菌的分类单元分为七个基本的分类等级，由上而下依次为_界、_门__、纲、目、科、属、种。 5．生物分类的传统指标为形态特征、生理生化反应、和生态特性。 6．形态学特征始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据之一，其主要原因为具有相对稳定性_和易观察。 7．分类学的内容包括_细菌分类_、放线菌分类和真菌分类_三部分，目前进行细菌分类和鉴定的重要参考书目是_《伯杰氏细菌鉴定手册》。 8．微生物分类和鉴定的特征包括_形态特征_和_生理生化反应_，其中__形态特征_对鉴定微生物的系统发育有决定性作用，而_生理生化反应_可作为判断亲缘关系的参考而且对以实用为目的的分类鉴定仍有重要价值。 9．核酸分子杂交_和_rRNA寡核苷酸编目分析__是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。 10．1978年，Woese等提出新的生物分类概念，根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界，即细菌域、古生菌域和真核生物域。 11．对微生物命定学名的表示方法分双名与三名两种。 12．在生物的界级分类学说研究中,1978年由R．H．whittake和“提出了一个崭新的三域学说。13．填写以下10个数据：(1) 对牛奶等进行巴氏消毒时常用 63 ℃的温度；(2)用液氮保藏微生物的温度为 -196 ℃；(3)通常细菌的最适培养温度为 37 ℃：(4)用烘箱进行的干热灭菌温度一般为 150～170 ℃；(5)的代时一般为 17 min；(6)典型的酵母菌S．cerevisiae的代时一般为 120 min，其大小一般为～10 X ～21um 。（7）至今已记载的微生物约 20万种（1995）；(8)我国卫生部门规定自来水中所含的大肠菌群数不得超过 3个/L ；(9)细菌总数不得超过 100个/ml 。 14．血清学反应是抗原和抗体之间发生的反应。 15.在鉴定菌种的一些现代方法中，有核酸分子杂交，rRNA寡核苷酸编目分析，全基因组测定，数值分类等方法。 二、选择题： 1．同种菌不同来源的纯培养称为（ C ） （A）种 (B)变种 (C)菌株 (D)群 2．试排出生物分类等级的正确顺序（D） (A)目→纲→界→门 (B)界→纲→目→门 (C)目→纲→门→界 (D)界→门→纲→目 三、判断题 1．目前种是生物分类中最小的分类单元和分类等级。√ 2．具有相同G+C含量的生物表明它们之间一定具有相近的亲缘关系。× 四、名词解释 1.种：是一个基本分类单位,它是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差异的菌株的总称。 2.新种：从自然界中分离得到的某一微生物的纯种，如果与文献上记载的典型种的特征有明显差异，即为新种。 3．培养物：根据一定的目的，在培养基上培养的微生物称为培养物。

常见细菌种属鉴定

常见细菌种属鉴定 摘要：【目的】了解细菌生理生化反应原理，掌握细菌鉴定中常见的生理生化反应方法。分析不同细菌对不同含碳、含氮化合物的分解利用情况。研究细菌在不同培养基的不同生长现象及其代谢产物在鉴别细菌中的意义。【原理】各种细菌所具有的酶系统不尽相同，对营养基质的分解能力也不一样，因而代谢产物存在差别。以此用生理生化试验的方法检测细菌对各种基质的代谢作用及其代谢产物，从而鉴别细菌的种属，称之为细菌的生理生化反应。关键词：微生物；细菌；种属；鉴定 Common bacterial species identification Abstract: [ Objective ] to understand bacterial physiological and biochemical reaction principle, master the identification of bacteria commonly found in the physiological and biochemical reaction method. Analysis of different bacteria on different carbon, nitrogen containing compounds are decomposed using the situation. Studies on bacteria in different culture medium with different growth phenomenon and its metabolites in bacterial identification and significance of. [ principle ] various bacteria with enzyme system is endless and same, on nutrition matrix decomposition ability is different, so the metabolite differences. By physiological and biochemical test methods for detection of bacteria on a variety of substrate metabolis m and its metabolites, thus differentiating bacterial species, known as bacterial physiological and biochemical reaction. Key words: microbe; bacteria; species identification 前言 在所有生活细胞中存在的全部生物化学反应称之为代谢。代谢的过程主要是酶促反应过程。具有酶功能的蛋白质多数在细胞内，称为胞内酶（endoenzymes）。许多细菌产生胞外酶（exoenzymes），这些酶从细胞中释放出来，以催化细胞外的反应。各种微生物在代谢类型上表现出很大的差异，如表现在对大分子糖类和蛋白质的分解能力以及分解代谢的最终产物的不同，反映出它们具有不同的酶系和不同的生理特性，这些特性可被用作为细菌鉴定和分类的内容。 在这部分实验中，通过细菌对大分子物质的水解、糖发酵实验、鉴定肠道菌的不同生理生化反应等几个试验，来证明不同细菌生理生化功能的多样性。 1 .材料和方法 1.1实验器材 1.1.1菌种 枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、普通变形杆菌； 1.1.2培养基 固体淀粉培养基、葡萄糖发酵培养基、乳糖发酵培养基、葡萄糖蛋白胨水培养基等； 1.1.3试剂和溶液 甲基红，Lugol’s碘液，40%的KOH，5%的a-萘酚溶液； 1.1.4仪器或其他用具 无菌培养皿，无菌试管，杜氏小管，记号笔，移液管及无菌枪头，棉塞，皮筋，报纸，培养箱等。

菌种鉴定标准操作规程

菌种鉴定标准操作规程 目的：建立菌种鉴定标准操作规程 范围：适用于******鉴定标准操作 职责： 内容： 1 整体操作步骤 1.1 纯化、分离待鉴定菌 用接种环挑取待鉴定菌落或少许含菌溶液到相应的培养基上（如TSA），划线分离，以出现微生物单菌落为止。 1.2 挑取纯化后的单菌落，进行革兰染色、镜检，以确定待鉴定菌的革兰属性。 1.3 如镜检结果为革兰阴性杆菌，则先进行发酵实验。如发酵实验结果为阴性，则 选用API20NE 试剂条进行鉴定；如发酵实验结果为阳性，则在经过细胞色素氧化酶实 验后选用API20E 试剂条进行鉴定。 1.4 如镜检结果为革兰阳性球菌，则先进行过氧化氢酶实验。如实验结果为阴性则 选用API Strep 试剂条进行鉴定，如实验结果为阳性则选用API Staph 试剂条进行鉴定。 1.5 假如镜检结果为革兰阳性杆菌并且有内生芽胞，则选用API 50CHB 试剂条进行鉴定；否则，根据运动性实验和过氧化氢酶实验结果选用API Coryne 或其他试剂条进行鉴定。 1.6 选定正确的试剂条以后，根据不同的API 试剂条的标准操作规程准备接种物， 进行接种、培养等操作并将结果形成数码，用API 鉴定软件鉴定或查询待检菌的名称均可。鉴定结果应记录，必要时，给出相应解释。 2 革兰氏染色 2.1 染色剂的配制 2.1.1 结晶紫染色液： 甲液：结晶紫 1.0g 95%的酒精20ml 乙液：草酸铵0.8g 水80ml 将甲液和乙液混合均匀，静置48h 使用，置密闭棕色瓶中储存。

1.7 碘液： 碘 1.0g 碘化钾 2.0g 水300ml 配制时先用3～5ml 水将碘化钾溶解，再加入碘，用力摇匀，使之全部溶解后，再 加水稀释至300ml ，摇匀，分装在棕色瓶中储存。 1.8 稀石碳酸红溶液: 碱性品红 1.0g 石碳酸 5.0ml 95%乙醇10.0ml 配制时用乙醇溶解碱性品红，然后加入石碳酸溶液，使用时加水稀释至100ml ，摇匀。 2.2 操作: 2.1.2 涂片：用接种环挑取液体培养物中菌体在载玻片上涂成薄层，固体培养物则 先在载玻片上滴一滴蒸馏水或生理盐水，用接种环挑取少量菌体在载玻片上涂成薄层。 2.1.3 干燥固定：涂片自然干燥或在酒精灯火焰上方微热烘干，并在火焰上通过2～ 3 次，以固定涂片。 2.1.4 染色：在已固定的标本上滴加结晶紫溶液数滴，使染色液覆盖整个涂片标本， 染色1 分钟。 2.1.5 水洗：斜置玻片使很细水流的纯化水从染色标本的上端流下，勿使水流直接 冲刷涂片处，直至洗下的水呈无色为止。 2.1.6 滴加碘液冲去残水并媒染约 1 分钟，用纯化水冲去碘液吸干。 2.1.7 滴加95%的乙醇脱色约20～30 秒，脱色时应将玻片微振动，使酒精分布均匀，立即用水冲净。 2.1.8 稀石碳酸红溶液染色 1 分钟后，用水洗净晾干或吸干。 2.1.9 镜检：先用低倍镜观察，找到适合的位置，再加一滴香柏油于涂片上，使用 100 倍物镜观察细菌革兰氏属性。革兰氏阳性菌染色成蓝紫色，革兰氏阴性菌染成红色，同时做阳性对照。 3 简单染色 3.1 用于真菌与细菌的鉴别。

16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程

16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程 1.适用范围 本标准规定了通过特定引物对细菌的16SrDNA片段进行PCR扩增，然后对扩增片段进行序列分析比对，快速获得细菌种属信息的操作规程。 本标准适用于未知细菌的快速种属分析，以及为细菌的生化鉴定提供指导信息。 2.方法和原理 16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA 测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。 细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列。16S rDNA由于大小适中，约左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。 在16S rRNA 分子中，可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。 … 16SrDNA序列的前500bp序列变化较大，包含有丰富的细菌种属的特异性信息，所以对于绝大多数菌株来说，只需要第一对引物测前500bp序列即可鉴别出细菌的菌属。针对科学论文发表或是前500bp无法鉴别的情况，需要进行16SrDNA 的全序列扩增和测序，得到较为全面的16SrDNA的序列信息。 由于测序仪一次反应最多只能测出700bp的有效序列，为了结果的可靠性，通常将16SrDNA全长序列分成3部分进行测序。

微生物鉴定中常用方法及详细步骤

微生物鉴定中常用方法及详细步骤 1. 有些细菌具有合成淀粉酶的能力，可以分泌胞外淀粉酶。淀粉酶可以使淀粉水解为麦芽糖和葡萄糖，淀粉水解后遇碘不再变蓝色。 2. 细菌产生的脂肪酶能分解培养基中的脂肪生成甘油及脂肪酸。脂肪酸可以使培养基pH下降，可通过在油脂培养基中加入中性红做指示剂进行测试。中性红指示范围为pH6.8（红）——8.0（黄）。当细菌分解脂肪产生脂肪酸时，则菌落周围培养基中出现红色斑点。 3. 某些细菌分泌蛋白酶分解明胶，产生小分子物质。如果细菌具有分解明胶的能力，则培养基可由原来固体状态变成液体状态。 4. 牛乳中主要含有乳糖、酪蛋白等成分。细菌对牛乳的利用主要是指对乳糖及酪蛋白的分解和利用。牛乳中常加入石蕊作为酸碱指示剂和氧化还原指示剂。石蕊中性时呈淡紫色，酸性时呈红色，碱性时呈蓝色，还原时则部分或全部脱色。细菌对牛乳的利用可分三种情况：（1）酸凝固作用：细菌发酵乳糖后，产生许多酸，使石蕊牛乳变红，当酸度很高时，可使牛乳凝固，此称为酸凝固。（2）凝乳酶凝固作用：某些细菌能分泌凝乳酶，使牛乳中的酪蛋白凝固，这种凝固在中性环境中发生。通常这种细菌还具有水解蛋白质的能力，因而产生氨等碱性物质，使石蕊变蓝。（3）胨化作用：酪蛋白被水解，使牛乳变成清亮透明的液体。胨化作用可以在酸性条件下或碱性条件下进行，一般石蕊色素被还原褪色。

具体步骤 一、淀粉水解试验 1. 准备淀粉培养基平板：将熔化后冷却至50℃左右的淀粉培养基倒入无菌平皿中，待凝固后制成平板。 2. 接种：用记号笔在平板底部划成两部分，在每部分分别写上菌名，用接种环取少量的待测菌，点接在培养基表面的相对应部分的中心，其中一个菌种应是枯草杆菌做对照菌 3. 培养：将接种后的平皿置于28℃恒温箱培养24h。 4. 检测：取出平板，打开平皿盖，滴加少量的碘液于平板上，轻轻旋转，使碘液均匀铺满整个平板。菌落周围如出现无色透明圈，则说明淀粉已经被水解，表示该细菌具有分解淀粉的能力。可以用透明圈大小说明测试菌株水解淀粉能力的强弱。 二、油脂水解试验 1. 将装有油脂培养基的三角瓶置于沸水浴中熔化，取出并充分振荡，使油脂均匀分布，再倾入无菌平皿中，待凝固成平板。

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程 细菌分类鉴定规程 杜艳、余翔、罗国升 新菌鉴定主要流程： 1、潜在新菌的确定 拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (或EzTaxon server (进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。 2、选择标准菌株构建进化树 选择参考菌株构建三种进化树(NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。 3、购买标准菌株 根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在上查找。 标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。2) 一个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重新分类。总之，进行种、属、甚至是科的比较研究时，都要用模式微生物，这就涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。 4、表型特征实验 培养特征：菌落特征(如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等)。 细胞形态：形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，大小，排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)。

微生物检验实验室细菌鉴定操作规程

微生物检验实验室细菌鉴定操作规程 1．目的 规范细菌鉴定标准操作规程。 2．适用范围 革兰阴性菌、革兰阳性菌等。 3．职责 检验人员严格执行本程序。 4．程序 4.1 观察菌落大小、颜色、气味、溶血、形态特征等，观 察内容应记录在《细菌鉴定流程表》。 4.2 涂片，革兰染色，观察染色性及细菌形态、大小和排列，球菌、杆菌或螺形菌等，观察内容记录在《细菌鉴定流程表》。 4.3 初步生化反应根据菌落特征和涂片结果选择初步生化反应，如氧化酶、触酶、凝固酶（玻片法）等。 4.4 制定细菌鉴定方案 4.4.1 仪器鉴定方案（以VITEK2为例） 革兰阴性杆菌：选择GN卡（阴性菌鉴定卡）。 革兰阳性球菌：选择GP卡（阳性菌鉴定卡）。 酵母菌：选择YST卡（酵母菌鉴定卡）。 需氧芽孢杆菌：选择BBL卡（需氧芽孢杆菌卡）。 4.4.2 手工细菌鉴定法

氧化酶阳性革兰阴性杆菌，选择非发酵鉴定生化反应组合：葡萄糖O/F、木糖、麦芽糖、硝酸盐、动力、七叶苷等生化反应。 氧化酶阴性革兰阴性杆菌，选择肠杆菌科细菌鉴定生化反应组合：触酶、硝酸盐、葡萄糖O/F、动力、乳糖、VP、吲哚、甲基红、枸橼酸盐、精氨酸、鸟氨酸、赖氨酸等生化反应。 疑不动杆菌氧化酶阴性革兰阴性杆菌，选择非发酵鉴定生化反应组合。 革兰阳性球菌，选择革兰阳性球菌鉴定生化反应组合：触酶、葡萄糖O/F、胆汁七叶苷、蔗糖、木糖、甘露醇、硝酸盐、脲酶等。 参考文献 [1] 周庭银编著.临床微生物学诊断与图解.第二版.上海：上海科学技术出版社，2007 [2] 王钦升，周正明，高屹主编.实用医学培养基手册.北京：人民军医出版社，1999 编写人：AAA、BBB 操作人：本室操作人员 批准人：

16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程

. 16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程 1.适用范围 本标准规定了通过特定引物对细菌的16SrDNA片段进行PCR扩增，然后对扩增片段进行序列分析比对，快速获得细菌种属信息的操作规程。 本标准适用于未知细菌的快速种属分析，以及为细菌的生化鉴定提供指导信息。 2.方法和原理 16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA 测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。 细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。 在16S rRNA 分子中，可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。 16SrDNA序列的前500bp序列变化较大，包含有丰富的细菌种属的特异性信息，所以对于绝大多数菌株来说，只需要第一对引物测前500bp序列即可鉴别出细菌的菌属。针对科学论文发表或是前500bp无法鉴别的情况，需要进行16SrDNA 的全序列扩增和测序，得到较为全面的16SrDNA的序列信息。 由于测序仪一次反应最多只能测出700bp的有效序列，为了结果的可靠性，通常

3.设备和材料 3.1器材 移液器（1000μL、200μL 、100μL、10μL）；涡旋振荡器；Eppendorf MixMate；离心机；水浴锅；电泳仪；制冰机；低温冰箱；PCR仪：Veriti 96 Well Thermal . . AB3130AB3500、凝胶成像仪：Cycler；VersaDoc MP 4000；基因分析仪：试剂3.2 10×Taq 酶，试剂：TaqDNA快速提取试剂：PrepMan Ultra；琼脂糖；PCR2+，；测序试剂：BigDye TerminatorExoSAP，ddHO等；-Buffer(MgIT)，dNTPs2；BigDye XTerminator Purification Kit5×Sequencing Buffer；耗材3.3TM Optical Micro Amp；离心管：1.5mL、200μL；1000μL移液器吸头：、200μL、10μL TM Well Reaction Plate96-；Micro Amp；Optical Adhesive Film引物3.4 扩增长度名称16SrDNA 序列 正向引物27F -3'5'-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG 500 bp左右第1部分5'- GWA TTA CCG CGG CKG CTG -3' 反向引物519R 5'- CTC CTA CGG GAG GCA GCA G-3' 正向引物357F 部分750bp左右第25'-AGG GTT GCG CTC GTT GC-3' 1115R 反向引物 5'- AAA CTY AAA KGA A TT GAC GG-3' 926F 正向引物部分左右560 bp第35'-TAC GGC TAC CTT GTT ACG ACT T-3' 1492R 反向引物 其中M=C:A, Y=C:T. K=G:T, R=A:G, S=G:C. W=A:T; all 1:1 4.操作流程 核酸提取