单核苷酸多态性(SNP)实验
单核苷酸多态性(SNP)实验
SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。
实验方法原理:
SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。一般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型(haplotype)。大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。
实验材料:
组织样品
试剂、试剂盒:
液氮、PBS、GA缓冲液、GB缓冲液、蛋白酶K、无水乙醇、蛋白液、漂洗液等
仪器、耗材:
离心管、离心机、废液收集管、吸附柱、水浴锅、分光光度计、低温冰箱等
实验步骤:
一、DNA抽提
1. 取新鲜肌肉组织约100 mg,PBS漂洗干净,置于1.5 ml离心管中,加入液氮,迅速磨碎。
2. 加200 μl 缓冲液GA,震荡至彻底悬浮。加入20 μl 蛋白酶K(20 mg/ml)溶液,混匀。
3. 加220 μl 缓冲液GB,充分混匀,37℃消化过夜,溶液变清亮。加220 μl 无水乙醇,充分混匀,此时可能会出现絮状沉淀。
4. 将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB 中,(吸附柱放入废液收集管中)12 000 rpm 离心30 秒,弃掉废液。
5. 加入500 μl 去蛋白液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12 000 rpm 离心30 秒,弃掉废液。
6. 加入700 μl 漂洗液GW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12 000 rpm离心30 秒,弃掉废液。加入500 μl 漂洗液GW,12 000 rpm 离心30 秒,弃掉废液。将吸附柱CB 放回废液收集管中,12 000 rpm 离心2 分钟,尽量除去漂洗液。
7. 将吸附柱CB 转入一个干净的离心管中,加入100 μl 洗脱缓冲液(洗脱缓冲液应在60-70℃水浴预热),混匀,室温放置15 分钟,12 000 rpm 离心30 秒。洗脱第二次,将洗脱缓冲液50 μl 加入吸附柱中,室温放置15 分钟,12 000 rpm 离心30 秒。
8. 采用Beckman DU 640 spectrophotometer 检测提取到的基因组DNA 浓度,在OD260 处有显著吸收峰。同时检测纯度,OD260/280 的值应为为1.7-1.9。
9. 从原液中取出相应体积DNA 溶液,稀释致50 ng/ul,原液置于-70℃保存,稀释液置于-20℃保存。
二、PCR扩增目的片段
1. 按相关的试剂说明在标准反应管中准备反应体系,典型的PCR反应体系如下(20 ul 体系):
2. 向左扳动仪器盖子上的手柄,揭开仪器盖子,小心放置样品管于仪器的相应样品孔中,轻轻盖上盖子,将顶部的旋钮慢慢旋紧,让热盖紧密接触样品管,样品放置完毕。
三、在T1型PCR仪上编辑一个程序
1. 按[C programs]进入编辑模式。要在主目录中创建一个程序请按[D enter]。要进入一个子目录,用→键将光标向右移动,然后用↑↓键选择一个子目录。按[D enter]进入选择的子目录。
2. 输入程序中要求的温度:用[D enter]确认温度。为其输入时间,用小数点来间隔。顺序为h.m.s。用[D enter]确认时间设置,或者用光标键移动到下一个区域。#表示循环的次数。设定循环值=总循环值-1,即,总循环数为30时应输入“29”。用[C pgm ok]来储存一个完整的程序。程序数据永久的储存在记忆中。
四、运行程序
按[B start/stop]选择一个程序。用→↑↓键选择一个子目录,或者用[D enter]进入主目录。输入您想要启动的程序的号码。或者,按[A list]在该子目录中的所有程序的列表中选择一个程序。用↑↓键在列表中滚动选择。用[D enter]确认用强光突出的程序。按[D start]启动程序。
五、控制测试过程
运行过程中,按A按钮,可以获得程序剩余的时间信息。运行完成后,按STOP按钮终止实验,按YES确认终止。小心旋开热盖,按照放置样品的操作顺序,打开盖子,取出实验样品,再盖上盖子,关闭电源,本次实验结束。
六、PCR产物测序
由专门负责测序的服务公司完成。
七、数据分析
少量可人工读取,大量可软件读取。比对发现的SNP在基因组中的位置:重点是启动子区、外显子区域(包括编码区的cSNP及5’及3’UTR)、剪切边界等,密码子的改变是否导致氨基酸的改变:错义突变、无义突变、终止突变。
注意事项:
1. 为保证待测目的区域测序真实可靠,引物设计应该使待测目的区域边界距离上下游引物至少各50 bp;
2. 引物设计建议使用在线方式,以保证成功率;
3. 为保证测序敏感性,PCR产物片段大小应在250 bp-650 bp范围;
4. 为方便实验,建议引物合成时分装成1 o.d/管,方便将PCR与测序的引物分开;
5. 为保证引物的特异性,建议引物设计后在NCBI上blast确认;
6. 为防止降解,PCR产物应尽快测序,否则应该保存在-20℃,且时间不宜过长;
7. 为保证结果真实性,建议对关键点进行反向测序确认。
实验6 多态性(一)
福建农林大学实验报告 实验6 多态性(一) 一、实验目的和要求 (1)掌握虚函数的定义与使用方法,进一步理解多态性的概念和分类。 (2)了解纯虚函数和抽象类的使用方法。 二、实验内容和原理 1、分析并调试下列程序,回答以下问题:(1)指出抽象类(2)指出虚函数,并说明它的作用(3)每个类的作用是什么?整个程序的作用是什么? 2、使用虚函数编写程序求球体、圆柱体和圆锥的体积,由于球体、圆柱体和圆锥都可以看做由圆继 承而来,所以可以定义圆类作为基类。在圆类中定义数据成员半径和一个求体积的虚函数。由圆类 派生出球体类、圆柱体类和圆锥类,在派生类中对圆类中的虚函数重新定义。编写一个外部函数求 各类形状的总体积。最后在main()函数中构造若干形状,并求它们的体积和。
三、实验环境 1. 硬件:PC机; 2. 软件:Windows操作系统、Visual C++ 6.0 四、算法描述及实验步骤 1、算法描述及步骤如下: (1)根据题目要求编写好程序代码并在VC环境下输入源程序。 (2)检查程序有无错误(包括语法错误和逻辑错误),有则改之。 (3)编译和连接,仔细分析编译信息,如有错误应找出原因并改正之。本题改正后的代码如下: #include 单核苷酸多态性(SNP)实验 SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。 实验方法原理: SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。一般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型(haplotype)。大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。 实验材料: 组织样品 试剂、试剂盒: 液氮、PBS、GA缓冲液、GB缓冲液、蛋白酶K、无水乙醇、蛋白液、漂洗液等 仪器、耗材: 离心管、离心机、废液收集管、吸附柱、水浴锅、分光光度计、低温冰箱等 实验步骤: 一、DNA抽提 1. 取新鲜肌肉组织约100 mg,PBS漂洗干净,置于1.5 ml离心管中,加入液氮,迅速磨碎。 2. 加200 μl 缓冲液GA,震荡至彻底悬浮。加入20 μl 蛋白酶K(20 mg/ml)溶液,混匀。 3. 加220 μl 缓冲液GB,充分混匀,37℃消化过夜,溶液变清亮。加220 μl 无水乙醇,充分混匀,此时可能会出现絮状沉淀。 4. 将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB 中,(吸附柱放入废液收集管中)12 000 rpm 离心30 秒,弃掉废液。 5. 加入500 μl 去蛋白液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12 000 rpm 离心30 秒,弃掉废液。 6. 加入700 μl 漂洗液GW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12 000 rpm离心30 秒,弃掉废液。加入500 μl 漂洗液GW,12 000 rpm 离心30 秒,弃掉废液。将吸附柱CB 放回废液收集管中,12 000 rpm 离心2 分钟,尽量除去漂洗液。 7. 将吸附柱CB 转入一个干净的离心管中,加入100 μl 洗脱缓冲液(洗脱缓冲液应在60-70℃水浴预热),混匀,室温放置15 分钟,12 000 rpm 离心30 秒。洗脱第二次,将洗脱缓冲液50 μl 加入吸附柱中,室温放置15 分钟,12 000 rpm 离心30 秒。 8. 采用Beckman DU 640 spectrophotometer 检测提取到的基因组DNA 浓度,在OD260 处有显著吸收峰。同时检测纯度,OD260/280 的值应为为1.7-1.9。 9. 从原液中取出相应体积DNA 溶液,稀释致50 ng/ul,原液置于-70℃保存,稀释液置于-20℃保存。 二、PCR扩增目的片段 实验四类的继承与多态 一、实验目的 1.掌握构造方法和成员方法重载的应用。 2.理解类的继承性的作用 3.领会面向对象编程的多态性。 二、实验内容与要求 基本概念 1.进一步理解继承的含义 新类可从现有的类中产生,并保留现有类的成员变量和方法并可根据需要对它们加以修改。新类还可添加新的变量和方法。这种现象就称为类的继承。 当建立一个新类时,不必写出全部成员变量和成员方法。只要简单地声明这个类是从一个已定义的类继承下来的,就可以引用被继承类的全部成员。被继承的类称为父类或超类(superclass),这个新类称为子类。 Java 提供了一个庞大的类库让开发人员继承和使用。设计这些类是出于公用的目的,因此,很少 有某个类恰恰满足你的需要。你必须设计自己的能处理实际问题的类,如果你设计的这个类仅仅实现了继承,则和父类毫无两样。所以,通常要对子类进行扩展,即添加新的属性和方法。这使得子类要比父类大,但更具特殊性,代表着一组更具体的对象。继承的意义就在于此。 2.了解成员变量的隐藏方式 所谓隐藏是指子类重新定义了父类中的同名变量,在子类L ine 中重新定义了x为x1,y 为y1,隐藏了父类Point 中的两个成员变量x 和y。子类执行自己的方法时,操作的是子类的变量,子类执行父类的方法时,操作的是父类的变量。在子类中要特别注意成员变量的命名,防止无意中隐藏了父类的关键成员变量,这有可能给程序带来麻烦。 3.了解成员方法的覆盖方式 (1)方法覆盖的定义与作用通过继承子类可以继承父类中所有可以被子类访问的成员方法,但如果子类的方法与父类方法同名,则不能继承,此时称子类的方法覆盖了父类的方法,简称为方法覆盖(override)。方法覆盖为子类提供了修改父类成员方法的能力。 4.理解类的多态性类的继承发生在多个类之间,而类的多态只发生在同一个类上。在一个类中,可以定义多个同名的方法,只要确定它们的参数个数和类型不同。这种现象称为类的多态。多态使程序简洁,为程序员带来很大便利。在O OP 中,当程序要实现多个相近的功能时,就给相应的方法起一个共同的名字,用不同的参数代表不同的功能。这样,在使用方法时不论传递什么参数,只要能被程序识别就可以得到确定的结果。 类的多态性体现在方法的重载(overload)上,包括成员方法和构造方法的重载。 实践应用单核苷酸多态性(SNP)实验
实验04 类的继承与多态
实验八 多态性