常用生物软件列表
附录：序列分析软件目录
*此目录包括了一些通用序列分析软件，部分专业性较强的软件及网站可参阅书中相应章节
(一)商品化的序列分析软件
名称 用途 出处
Ball&Stick 有关Macintosh微机的分子图像显示，
打印及其他操作;通过
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,可演示相关信
息 Cherwell Scientific Publishing 27 Park End Street Oxford，OX1 1HU，UK
ChemDraw Chem 3D 二维和三维化学结构的排版，对于杂志
上的制图及分子结构的图示特别有用
Cambridge Scientific
Computing 875 Massachusetts
Ave.，Suite 61 Cambridge，MA
02139
DNA Strider 一套简单有用的Macintosh序列分析
程序，可进行限制酶作图，或根据DNA
序列作环状质粒图 Christian Marck
Service de Biochimie—Bat 142 Center d'Etudes Nucleaires de Saclay 91191 Gif-sur-Yvette Cedex France
EUGENE&SAM 用于Sun Microsystems系统SPARC工
作站的多用途核酸蛋白质分析软件包，
包括用于序列检索的FASTA，还可对
DNA和蛋白质数据库快速进行关键词
检索 Lark Sequeneing Technologies 9545 Katy Freeway，Suite 200 Houston，TX 77024
GCG 包括核酸蛋白质序列分析、测序计划管
理、数据库检索、RNA折叠、蛋白质二
级结构预测、序列基序的推出及检索等
程序的软件包，用于VMS及UNIX多用
户系统 Genetics Computer Group University Research Park 575 Science Drive，Suite B Madison，WI 53711
Gene Construction Kit DNA Inspector 与大多数分析软件不同，它管理产显示
克隆策略中的分子构建过程，包括分子
构建，电泳条带。另外，还可以质粒作
图(有序列没序列均可)。涉及展示工具
DNA Inspector是Macintosh的基本分
析程序带演示盘
Textco
27 Gilson Road
West Lebanon，NH 03784,可在
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/downl
oad.html下载
GENEPRO DOS系统的全套序列分析软件，包括核Riverside Scientific
198
GenBank、EMBL DNA数据库或PIR、SWISS-PROT蛋白质数据库，带演示盘 Monroe Drive N．E．Bainbridge Island，WA 98110
HIBIO DNASIS PROSIS DOS系统的全套DNA和蛋白质分析软
件，包括限制酶谱分析，二级结构预测、
测序计划管理、可支持数字化仪和语声
合成仪，可通过CD-ROM光盘驱动器进
行数据库检索
Hitachi Software Engineering
America Compute Division 1111
Bayhill Drive，Suite 395 San
Bruno，CA 94066
Intelligenetics Suite
PC Gene
Gene Works 多功能序列分析软件包，
Intelligenetis Suite 适用于VMSSun
和Microsystem系统；PC Gene适用于
DOS系统；而Gene Works适用于
Macintosh
Intelligenetics
700 East E1 Camino Real
Mountain View，CA 94040
LaserGene Protean 优秀的核酸及氨基酸序列分析软件包，
适用于DOS及Macintosh计算机；带有
序列比较和比对、笔记和分析、测序计
划管理、限制酶谱分析和限制酶谱作
图，以及数据库检索程序，带演示盘
DNAStar，Inc.
1228 South Park Street
Madison，WI 53715
MacMolly 适用于Macintosh的较好的基本序列
分析软件包 Soft Gene Berlin Offenbacher Str 5，D-100 Berlin，33 Germany
MacVector 适用于Macintosh的全套软件包，包括
限制酶谱显示，序列比较及通过硬盘或
CD-ROM光盘驱动器进行数据库检索，
蛋白质二级结构分析 International Biotechnologies P．O．Box 9558
New Haven，CT 06535
Pearson Sequence Analysis Package FASTA 适用于UINX、VMS、Macintosh和DOS
系统的序列分析软件，可进行数据库快
速检索，可贮存于硬盘或CD-ROM光盘
William R．Pearson
Department of Biochemistry
Box 440 Jordan Hall
University of Virginia
Charlottesville，VA 22908
Plasmid Artist 适用于Macintosh，可制作适于出版用
的高质量限制酶图谱 Clontech Laboratory 4030 Fabian Way Palo Alto，CA 94303
Pro-RFLP 适用于Macintosh及DOS系统的凝胶分
析软件，可与扫描仪或电视摄像仪联
用。可提供校准建立未知序列的数据
库、检索与未知序列相配的序列等功
能，并带有完备的打印输出功能 DNA ProScan Inc． P．O．Box 12185 Nashville，TN 37212
199
Rodger Staden Programs 数种序列组装及分析软件、全套UINX
分析软件包，其功能包括可分析从ABI
自动测序仪上输出的荧光追踪记录
Rodger Staden
MRC Lab of Molecular Biology
Hills Road
Cambridge，England CB2 2QH
Sequencher 适用于Macintosh的测序支持软件，包
括筛选载体、寻找开放读框、翻译、限
制酶谱等，以及与荧光测序仪相联的接
口 Gene Codes Corporation 2901 Hubbard Road
Ann Arbor，MI 48105
XQS ALIGN PSQ NAQ ATLAS 数据库管理和检索软件，其特点是可以
在VMS系统中进行极快及较为弹性的
关键词检索
National Biomedical Research
Foundation Georgetown
University，Medical Center
3900 Research Road，N．W．
Washington，DC 20007
(二)免费的序列分析软件
名称 说明 出处
Amplify 用于PCR实验的辅助设计，分析甚至模拟 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
AnnHyb AnnHyb2.2是设计PCR引物和DNA探针的辅
助软件 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
antheprot 蛋白分析软件，可以提供一些物化参数，二
级结构预测，可以找出a-helix，b-sheet
等区域，同源性比较等 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
Band Leader 电泳条带定量分析软件，有扫描仪将拍下来
的照片扫进计算机，然后就可以用本软件操
作进行分析 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
ＢinHex 4.0 用于对FTP文件及从邮件发送中心收取的文
件进行解码的必需软件，适用于Macintosh 可从大多数FTP发送中心取得，但从同事手中复制一份也许最简便
BLAST 超快速数据库检索程序，适用于UNIX及VMS
的C源程序 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, EM：netserv@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
BioSCAN 来自北卡大学(University of North
Carolina) Chapel Hill分校的以表格为基
础的检索和设计提取程序
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/
200
BLOCKS Search 通过万维网(www)交付设计并与BLOCKS数据
库中高度保守的蛋白质序列区段比较的一
种以表格为基础的程序
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
/
BoxShade 可制作符合出版要求的序列比对图，在所得
的PostScript格式输出结果中，相似的序
列区段带有阴影
EM：netserv@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
ChemSite 观看模拟有机生物分子3D立体结构的软件https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
CHIME IE和NETSCAPE插件，安装后，可以直接用
浏览器观看PDB格式的文件，直接在浏览器
中看3D分子 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
Clustal 进行多重序列比对并制作系统进化发育树，
可适用于DOS、Macintosh、UNIX和VMS FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Covariation HyperCard组合程序，可分析一组比对序列，
帮助识别共同变化的位点(即RNA分子战火
两个或多个共同进化的位点)
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Cyrillic 遗传族谱分析 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
Disinfectant 适用于Macintosh的出色的病毒检测和清除
软件 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
DNA Club DNA Club是对DNA进行与PCR有关操作的一
个简单软件。它的功能有：1、输入DNA序
列；2、查找ORF序列；3、把DNA翻译成蛋
白序列；4、查找酶切位点；5、查找PCR引
物序列 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
DNA Sequence Polymorphism 对排列过的DNA多序列进行基因多态性分析
的软件
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
DNASIS 综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA、
蛋白质，与DOS下的PCGENE、windows下的
Omiga属同一类的软件 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
DNAssist 带完全功能(没有打印功能)的一个功能较
强的核酸处理软件并带有部分蛋白分析功
能 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
DNATools 与Omiga、DNAsis、PC/Gene等软件属于同
一类的综合性软件，操作简单功能多 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
201
Entrez 可用于接通MEDLINE文献数据库中的遗传学
和分子生物学子库，适用于Macintosh、
Windows、UNIX和VMS，必需以所用计算机
为单位向NCBI办理登记，但可免费办理登
记手续 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, http://atlas.nlm.nih/gov:5 700Entrez/index.html
Enzyme Kinetics HyperCard组合程序，可分析酶动力学实验
数据并作图
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
FASTA 适用于UNIX和VMS的数据库快速检索程序FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
GDE 适用于Sun Microsystems系统SPARC工作
站的上好分析软件包。包括多种序列比对、
测序进化管理、数据库检索等等
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
GenBank Search HyPerCard组合程序，所初始的一段电子邮
件，可提供给GenBank FASTA及序列提取的
电子邮件发送中心需要Macintosh微机上的
MaCTCP软件
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
GeneDoc 多序列编辑分析软件，用于分析生物分子中
结构和功能之间的关系 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
GeneMapper 适用于Sun Microsystems系统SPARC工作
站的功能完备的编码区识别软件及其他软
件
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
GenoBase 由NIH提供的一个实验性的www信息源，可
为特定用途的分子生物学数据库提供表格
及查询等功能 http://specter.dcrt.nig.go v:8004/
GenQuest 以表格为基础的程序可通过www对基因组数
据库进行检索，可提供对SWISS-PROT，基因
组数据库(GSDB)，Protein Databank(PDB)
和Prosite数据库所进行的BLAST、FASTA
和Smith-Waterman检索
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Gopher 光顾Internet上不断增加的各种Gopher发
送中心 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
K-Estimator 对排列过的DNA多序列进行基因分歧Ks和
Ka分析的软件 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
202
Linkage 对遗传标志进行连锁分析，适用于UNIX、DOS
和VMS计算机
FTP：corona.med.utah
LoopViewer 在Macintosh计算机上展示Zuker RNA折叠
程序的结果，其输出结果类似于图7.7.4B
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
MACAW 多序列构建与分析软件。适用于Microsoft
Windows(微软视窗)和Macintosh的优秀多
重序列比对和编辑工具 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,或https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
MacMolecule 展示并旋转核酸和蛋白质的分子结构，对教
学很有帮助
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
MacPattern 适用于Macintosh，可利用PROSITE基序数
据库检索蛋白质序列中的模序，可直接阅读
PROSITE中的文件或输入用户定义的模序 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, EM：netserv@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
MacPlasMap 适用于Macintosh的质粒图绘制程序，限制
酶起位点必须由用户输入 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, EM：netserv@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Mage 动态图像(Kinenage,kinetif image)可以交
互地在计算机上显示科学图例。可以选择性
地让程序显示某部分图像，进行即时旋转，
可以提供三维图像信息 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
MandM 用于安排实验方案的HyperCard组合程序 EM：netserv@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, MapMaker 适用于Sun Microsystems系统和VMS系统，
用于连锁分析F
2和CEPH子集
EM：mapm@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Mase 适用于UNIX的多种序列比对编辑软件 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
MFOLD(或LRNA&CRNA) Zuker RNA二级结构预测的VMS版本 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
MulFold 由Don Gibert编制的Zuker RNA二级结构
预测软件MFOLD的Macintosh版本
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
NCSA GelReader 利用自显影片或溴化乙锭染色的凝胶的插
图像在Macintosh微机上自动测重DNA片段
长度，识别泳道和条带，然后将预测的条带
大小输出为可供制表软件使用的文本文件
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
NCSA Mosaic Macintosh、Windows和UNIX系统第一个www
浏览软件，必须与Internet联网
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
203
适用于Macintosh、Windows和UNIX，可提
供快速显示及GIF或JPEG编码格式的直接
图像
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
NIH Image 为生物学家设计的通用图像分析程序，可使
用Macintosh微机上的扫描图像
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Omiga 综合性核酸分析软件，辅助文件：
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pub/OMIGA/OMIGA2
0Docs.exe；载体库：
ftp://https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pub/OMIGA/Vecbank
12.exe https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
OSP 用于设计适当PCR引物的寡核苷酸选择程
序，可分析靶序列并通过计算GC含量、可
能的二级结构、引物及扩增序列的长度进行
引物设计 c/o Paula Kassos(Phil Green，Washington University，St．Louis)
EM：pg@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
PAUP 适用于DOS和Macintosh的系统进化分析软
件 EM：swofford@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, (David Swofford，Illinois Natural History Survey Champaing，IL)
pDRAW32 pDRAW32是对核特别是质粒进行分析和作图
的软件 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
PGEN DOS系统的寡核苷酸设计分析软件，需要EGA
或VGA图像接口，可以在360k软盘驱动器
上运行
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Phred/Phrap/ Consed 序列组装、检验、编辑软件系统，适用于鸟
枪法序列。
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/
index.html
Phylip 适用于UNIX的系统进化分析软件 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Plasmid processor 本软件是根据位置画出一个质粒图，但不能
输入序列，由序列自动作图
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
Plot/A 采用多种方法进行蛋白质二级结构预测的
分析软件
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
PlotZ 适用于UNIX和VMS系统的限制酶谱绘制软
件
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
PLSearch 适用于UNIX，通过分析SWISS-PROT数据库
而确定的蛋白质一级结构模序的数据库
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
204
Primer 适用于UNIX、VMS、DOS和Macintosh的引
物设计软件，可分析靶序列并通过计算GC
含量、可能的二级结构，以及引物和扩增产
物的长度来设计引物
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
primer! for WWW 在线PCR引物设计,只要有图形界面的浏览
器就可以使用
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
primer premier 设计引物，限制酶分析，核酸蛋白对应翻译，
特定序列(motif)查找Align序列排列
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
Protein Sequence Editor with Multiple Alignment 可以导入以下格式文件SWISS-PROT、PIR、
FASTA(Pearson)、Intelligenetics、
CLUSTAL、GCG；自动处理多序列(使用
D．Higgins ClustalV算法)；往多序列中加
序列；合并不同文件中的序列；以不同的格
式输出多序列；打印多序列；对选定区域序
列比较；手工校正多序列；根据物化或进化
特性对不同种类氨基酸用不同颜色表示，可
以提供分析保守序列和变异序列的可能性
等
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
RasMol 观看生物分子3D微观立体结构软件，可旋
转，可多个模式观看 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
RNAdraw RNA二级结构分析 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
RNAstructure 根据RNA的一级序列，进行二级结构分析并
作图 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
SeqApp 分析DNA和蛋白质序列，同时还可以简便地
使用WAIS和Internet Gophor资源，由Don
Gilbert设计，需要Macintosh计算机及
MacTCP
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
SeqSpeak 简单的DNA序列编辑软件，由Keith Conover
为Macintosh而设计，可通过数字化的人工
声音提供发声反馈
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
Seqverter 本软件是一个文件格式转换工具 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
SLINK and
FASTSLINK
适用于UNIX计算机的连锁分析软件 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
205
式来计算各物种之间的距离，并能够以列表树型等方式显示。 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down load.html
Swiss PDB Viewer OpenGL 对蛋白质进行显示和分析的软件。它直观地
提供了大量的菜单以满足查看显示蛋白的
结构
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
Vector NTI Suite 综合性蛋白核酸分析工具包 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
Virtual Library of BioScience 有关生物学的Internet资源的总汇，会不
断更新，可作为了解Internet有关信息的
极好的开端
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/b
iopages.html
Visual sequence editor 1、可以同时显示编辑多达200个核酸蛋白
序列2、将所有程序打包成一个库文件3、
可以输入输出到很多格式序列：
IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；GCG；DNA
Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA
以及普通文本4、可以直接读取MACA的文
件，并能将各序列中的同源顺序标出5、根
据遗传密码(可以自定义)读出一种或六种
阅读框
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pages/down
load.html
WAIS Wide area information service (大范围
信息发送服务中心)，可有效汇集和提供大
量信息 FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,
(NeXT，Motif和Macintosh软件)
FTP：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, (DOS、SunView和VMS软件)
206
常用工具软件
常用工具软件 常用工具软件北京大学出版社教学目标通过本章的学习，使学生了解最常用的计算机工具软件，如压缩和解压缩软件、浏览工具软件、备份与恢复软件、多媒体播放软件简介、防病毒软件、下载工具软件的基本功能，熟练掌握其操作方法，并熟悉一些相应的使用技巧。2013-11-16 新编计算机基础案例教程 2主要教学内容 7.1 常用工具软件概述7.2 “WinRAR的使用”案例7.3 “ACDSee 软件的使用” 案例7.4 “使用一键Ghost对系统进行备份与恢复” 案例 7.5 “多媒体播放软件的使用” 案例7.6 “杀毒软件的安装使用” 案例7.7 “常用下载工具软件的使用” 案例2013-11-16 新编计算机基础案例教程 37.1 常用工具软件概述常用的工具软件有四大类，包括网络、媒体、图文及系统工具软件，这些软件均是在日常办公、娱乐、上网冲浪、获取信息时经常接触到的实用软件。了解并熟练掌握使用这些工具软件，可以更方便、更有效地使用计算机，大大提高工作效率和改善工作质量。2013-11-16 新编计算机基础案例教程 47.1.1 压缩和解压缩软件简介现在比较流行的压缩和解压缩工具软件有WinRAR和WinZip等。WinRAR与WinZip的功能比较: WinRAR有官方的简体中文版，并且安装文件很小，界面友好，使用方便，压缩功能强大，其独特的多媒体压缩算法和紧固式压缩法更是有针对性地提高了压缩率，并且能够对文件进行分卷压缩。完全兼容RAR和ZIP格式，提高了其易用性。 WinZip仅有英文版汉化包，安装文件比较大，兼容性较好，压缩后生成的.zip文件的大小较WinRAR仍要大。WinZip 保持了压缩速度的优势，在压缩大文件和比较多的文件时，比起 WinRAR基本上要快出2倍。2013-11-16 新编计算机基础案例教程 57.1.2 图像浏览工具软件简介用户想快速的浏览，整理和分享，就需要图像浏览工具来帮忙。 ACDSee是目前非常流行的图像浏览工具，它是ACD System公司开发的图像浏览软件，
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
生物信息学软件及使用概述
生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, 用概述 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念： 科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点） 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
常用生物学软件简介
网址： https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/Soft/2006/112.htm Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） Oligo 6 Tour 主要功能介绍 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/ 2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot 是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直 接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。 网址： Vector NTI7.0 中文使用手册 Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/Soft/2007 /460.htm https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/solutions/vectornti/index.html 3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主
常用工具软件教学提纲
第一章常用软件基础 班级： 1301 姓名：马新林 一、填空题 1．关于计算机软件，根据其用途可以分为两大类，即系统软件和应用软件。 2．操作系统的功能通常包括处理器管理、文件管理、存储管理、设备管理和作业管理等。 3．应用软件是用户可以使用的各种程序设计语言，以及用各种程序设计语言编制的应用程序的集合，分为应用软件包和用户程序。 4. 工具软件是指除操作系统、大型商业应用软件之外的一些软件。工具软件一般是共享软件、免费软件、自由软件或者软件厂商开发的小型商业软件。 5．获取软件的渠道主要有3种，包括从实体商店购买、从软件开发商网站下载、在第三方的软件网站下载。 6．软件许可证的许可范围包括发表权权、署名权权、发行权、修改权权、复制权权、信息网络传播权权、出租权权、翻译权等权利。 二、选择题 1．以下（ B ）属于系统软件。 A. MS Office B. Windows XP C．Photoshop D．酷我音乐盒 2．以下（ B ）不属于办公软件。 A．MySQL B.金山WPS C．MS Office D. 红旗2000 RedOffice 3. 以下（ D ）类软件授权是允许用户自行修改源代码的。 A．商业软件 B.共享软件C．免费软件 D. 开源软件 4．保护软件知识产权的目的不包括（ C ）。 A．鼓励科学技术创新B．保护行业健康发展 C．与国际接轨D．保护消费者的利益 5．以下（ D ）不是开源许可证的共同特征。 A．发布义务 B．保护代码完整C．允许修改D．允许与非开源代码混合第二章计算机主要硬件指标及硬件检测软件 一、填空题 1．在冯·诺依曼的经典计算机理论中，计算机硬件系统由运算器、控制器、存储器、输入设备和输出设备组成。 2．现代的计算机应用了大规模集成电路技术，将运算器和控制器集成在了一起。 3．控制器负责控制程序指令的执行顺序，并给出执行指令时计算机各部件所需要的操作控制命令，是向计算机发布命令的神经中枢。 4．影响计算机硬件工作的外部因素主要包括环境温度、环境湿度等。 5．计算机运行时，室内温度不应高于 30℃。当温度超过 35℃时，就应停止计算机的工作。 6．计算机硬件工作时，室内的空气湿度最佳范围是 40% 到 60% 。 二、选择题
《常用工具软件》实验
《常用工具软件》实训1 “请按照要求进行上机实践，切勿玩游戏！” 1. 通过Google或百度等搜索引擎查找以下版本的软件，了解各版本软件的含义。 2. 访问以下国著名的软件下载站点并回答下列问题：（请在Word中做答，并将此答题文档和主题以“行政班级+学+学号”的方式命名，发到stonebiaoqq.）。 ●华军软件园——https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, ●硅谷动力下载——https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, ●太平洋下载——https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, ●天空软件站——.skycn. ●21cn下载——dl.it.21cn. 选择其中的一个回答下列问题： （1）该站点在国那些城市建立了镜像站点，为什么建立这么镜像站点，每个镜像站点的容是不是都是一样的。 （2）该站点将软件分为哪些类别及其子类，列举每一个子类具有代表性的软件（1-2个）。 （3）该站点从那些方面给出了一个可供下载软件的信息（例如：软件大小、运行环境和网友评论等）。 （4）采用站搜索方式下载一个特定的软件：比如通用解压缩软件WinRAR。 （5）列出该中目前下载人数最多，人气最旺的软件（前十名）。 3. 在“2”中的任意一个过分类查找或名字搜索的方式查找下列最常用的工具软件，了解软件的功能（可通过查看软件简介了解）、运行环境、网友的评价等信息。 下次上课时会就此容提问，例如“给定你一个下表中某个软件的名字，请你回到它是那个类别的软件，主要有些什么功能？，或者倒过来问你“给出某个软件类别，请你给出该类别中被广泛使用的软件有哪些？
4. 在“2”中的任意一个中下载你熟悉的2—3个工具软件并安装，结合上课时所讲的容体会软件安装的基本流程，安装完毕后验证软件启动和退出的多种方法，最后通过多种方式卸载所安装的软件。 5. 查看实验室电脑上你所熟悉的软件的版本，并到网上查找该软件的最新版本，如果发现当前软件不是最新的，请使用不同的更新方式更新这些软件。（选做题） 6. 了解绿色软件的概念，访问一些目前流行的绿色软件下载：（选做题） ●绿色软件联盟——.xdowns. ●绿色下载站——https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, ●绿色软件站——https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html, 在其中下载1-2个你熟悉的绿色软件，体验其优点。
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
常用工具软件学习报告
学习报告 题目：常用工具软件的分类、安装与使用技巧 院系：数学科学系 姓名： 学号： 专业： 年级： 授课教师： 完成日期：
常用工具软件的分类、安装与使用 一、学习内容 1、常用工具软件的分类 第一类：windows系统工具软件 作用：维护系统的正常的运行优化系统使得到最佳的运行效果管理系统。 比如：windows自带备份与还原工具，磁盘清理磁盘碎片整理程序，系统还原，任务管理器。 第二类：系统优化与设置工具 作用：是计算机性能最优化，保证计算机处于工作的理想状态。 比如：windows优化大师，超级兔子等。 第三类：磁盘工具软件 作用：对硬盘及时维护、备份，使系统保持稳定。 比如：分区魔术师，还原精灵等。 第四类：压缩工具软件 作用：便于文件存储和数据传输。 比如：WinRAR，WinZip等。 第五类：下载工具 作用：下载所需资源。 比如：BT下载，迅雷，快车，电驴，QQ旋风等。 第六类：聊天工具 作用：与人沟通交流。 比如：腾讯QQ，MSN，新浪UC，ICQ，阿里旺旺等。 第七类：安全工具 作用：抵御病毒，查杀有害病毒，采取措施把损失降到最低，使计算机正常工作。比如：360杀毒，金山毒霸，卡巴斯基，瑞星等。 第八类：光盘刻录 作用：电脑里暂时不用的软件比较占空间的刻录到光盘，节省电脑的空间， 把重要数据备份，按自己喜好选择性的收藏。 比如：刻录工具Nero，刻录音乐，视频等。 第九类：多媒体工具 作用：播放视频，音乐等娱乐，阅读浏览图片处理制作，浏览网页。 比如：影音风暴，酷狗，ACDSee，红蜻蜓抓图精灵，超星阅览器，搜狗高速浏览器等。 第十类：汉化翻译 作用：进行各类语言翻译，并将其转换为汉文使人得以看懂，，不必学习很多语言也能通过翻译理解。 比如：金山快译，南极星全球通，东方快车等。
最常用生物软件大全介绍讲解
一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综 合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠
十大常用工具软件集锦
实用为上！十大常用工具软件集锦 随着电脑及互联网的普及，人们传统的工作方式、学习方式及思维方式逐渐发生变化，很多传统的信息查询方式都逐渐被电脑所取代，比如以前我们通常通过去书店买本词典来查询英语单词，而今我们只需安装一款免费的词典软件即可轻松查询单词甚至进行全文翻译，再比如现在很多人喜欢在网上淘宝，买到心仪的商品后很多人喜欢查询快递到达情况，我们再也无需要拿着快递单号去快递公司查询了直接在网上通过软件即可查询。为了生活的更加舒适和便捷，我们需要诸如此类的实用信息查询软件，随着这些软件大多是一些名不见经传的小软件，但是却是日常生活中实用性非常强的好工具，相信有了这些软件的帮助，我们的生活一定会更加舒适和便捷！ 1.淘友必备：快递查询软件推荐——快递精灵 随着互联网的普及和人们消费观念的更新，网上购物已经被越来越多人所接受，网购成了时尚，成了不可阻挡的潮流，即使在全球金融风暴的阵阵寒流中，也依然可以看到“风景这边独好”。网购的不断发展，不仅仅给经营者和消费者带来实实在在的实惠，还带动了诸多行业的飞速发展，尤其是物流快递业，作为卖家与买家之间的纽带，快递业无疑遇到了行业发展的春天！ 很多网友在网购后盼货心情急切，因此对快递跟单查询产生大量需求，一般情况下用户可以进入快递公司的网站进行查询，但是由于快递公司比较多，四处查找快递公司的网址比较不便，因此小编这里为大家推荐一款可以直接查询快递跟单信息的小工具：快递精灵。
快递查询精灵资料： 快递查询精灵软件预览： 快递查询精灵可以帮助用户查询几乎所有快递公司的跟单信息，包括邮政快递、申通快递、圆通快递等淘宝网常见合作快递单位，如图所示，用户只需在程序界面左侧输入快递单号即可轻松跟踪到快递运输情况。注意：快递查询服务必须在联网状态下进行。
常用工具软件的分类、安装与使用技巧
常用工具软件的分类、安装与使用技巧 姓名 （系别班级学号：） 计算机软件(Computer Software)是指计算机系统中的程序及其文档。程序是计算任务的处理对象和处理规则的描述；文档是为了便于了解程序所需的阐明性资料。程序必须装入机器内部才能工作，文档一般是给人看的，不一定装入机器。 软件是用户与硬件之间的接口界面。用户主要是通过软件与计算机进行交流。软件是计算机系统设计的重要依据。为了方便用户，为了使计算机系统具有较高的总体效用，在设计计算机系统时，必须通盘考虑软件与硬件的结合，以及用户的要求和软件的要求。 计算机软件总体分为系统软件和应用软件两大类：系统软件是各类操作系统，如windows、Linux、UNIX等，还包括操作系统的补丁程序及硬件驱动程序，都是系统软件类。应用软件可以细分的种类就更多了，如工具软件、游戏软件、管理软件等都属于应用软件类。 系统软件是负责管理计算机系统中各种独立的硬件，使得它们可以协调工作。系统软件使得计算机使用者和其他软件将计算机当作一个整体而不需要顾及到底层每个硬件是如何工作的。一般来讲，系统软件包括操作系统和一系列基本的工具（比如编译器，，存储器格式化，文件系统管理，用户身份验证，驱动管理，网络连接等方面的工具）。应用软件是为了某种特定的用途而被开发的软件。它可以是一个特定的程序，比如一个图像浏览器。也可以是一组功能联系紧密，
可以互相协作的程序的集合，比如微软的Office软件。也可以是一个由众多独立程序组成的庞大的软件系统，比如数据库管理系统。 我们知道，使用电脑就是让电脑帮我们工作，学习和娱乐，这些都离不开软件，所以电脑知识学习就一定要知道软件安装使用。在电脑运行过程中，不少问题，就有可能是因为软件安装或使用不正确。下面是一些软件安装使用经验: 软件安装使用的一些经验系统，1. 软件选择经验: 仔细选择适合自己的软件。现在软件太多了，看看软件下载的网站就知道，如何选择适合自己软件也是一门学问. 同类软件，款式众多，性能、品位亦有差别。因而，除了选择功能合适，特别要注意软件的口碑。这种比较，可以借助于权威评价或论坛评论，而不用自己都去安装一下，也会减少因为安装软件而引起的系统不安全. 总的来说选择一个比较有品牌的软件是比较安全的。 2不要安装功能太相同软件 相同功能软件，选择一个自己认为好的就行了，不用都安装. 如果安装多个同类软件，不仅会占用系统资源事小，电脑知识。还有可能软件之间相互冲突，轻则软件打架，重则系统崩溃。也可能会造成系统运行的不正常，是潜在的威胁。如下载软件，迅雷，快车，电驴等都想要设置成默认下载软件，让你不得安宁。 3.软件安装经验: 小心各种破解软件和破解补丁 虽然各种破解软件和破解补丁，让我们使用功能更全的软件，但有时候这些东西被别有用心里的人动过手脚，会使系统存在安全问题，甚至是中毒、中木马、安装垃圾插件等问题。所以使用这些软
启动子生物信息学分析软件
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/seq_tools/promoter.html 2. PlantCARE（plant cis-acting regulatory elements）, a database of plant cis-acting regulatory elements http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtoo ls/plantcare/html/ 3. promoter 2.0 prediction server http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4. 启动子分析网址: 1 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/seq_tools/promoter.html 2 http://alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html 3 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/~molb470/ ... s/solorz/index.html 5 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/molbio/proscan/ http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/seq_tools/promoter.html https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/pub/programs.html#pmatch https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/molbio/proscan/ https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/molbio/signal/ https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/thread-41571-1-1.htm 常用启动子分析网址： http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databas es
常用工具软件的的分类
常用工具软件的的分类、安装于使用技巧 XXX XXX系XXX专业1101B 随着社会的发展，计算机在我们的生活中扮演着越来越重要的角色。目前，人类社会已经进入了计算机网络时代，计算机和互联网已经深深地进入到老百姓的日常生活工作和学习中。当然，学习怎么使用计算机也是人们所必须的，要想学习如何使用当然要从最简单开始--使用计算机常用的软件。 下面介绍一下什么是工具软件：它是为了方便用户管理计算机系统而专门设计的软件。他们是为了增强和扩充原有的操作系统的某些功能而安装使用的的辅助性软件。有了它们可以是我们更方便、更快捷的使用计算机。下面介绍常用工具软件的分类安装与使用。 一、常用工具软件的分类： 1、安全类工具软件： 2、、系统工具软件： 3、网络工具软件： 4、网络软件通信工具： 5、文件管工具软件： 6、图文处理工具软件： 7、媒体播放与制作工具软件： 二、常用工具软件的安装 软件安装时一定要注意软件的安全性。有些软件可能含有某些未知的病毒或木马。所以尽量使用安全的即“绿色”的软件。如果想使用该软件，但又不知道该软件的安全性可以通过
安装虚拟机对该软件进行安装和测试。下面简单介绍一个常用工具软件的安装过程。 暴风影音： （1）、打开暴风影音安装包，进入暴风影音安装向导，对许可协 议选择“接受”。 （2）、选定安装组件 （3）选择目标文件夹
（4）、暴风影音进入安装状态，当进度条充满，“下一步”按钮由灰变黑时，点击。 （5）、选择软件推荐 （6）安装完成 三、使用技巧
软件在使用时有的附加有说明文档，如有疑问，可以点击文档获取。软件在使用的过程中要注意防护，防止其被病毒入侵，或者感染木马。若对软件不放心可以使用虚拟机对软件进行使用和操作。
分子生物学分析常用软件
https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670 常用分子生物学软件的入门介绍 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670
2019常用工具软件第一套
常用工具软件第一套 单选题 ? 1.在360杀毒软件中，宏病毒扫描主要查杀（D）文件中的宏病毒。 A 文本文件 B 图像文件 C 视频文件 D Office文件 答案: D ? 2.Snagit软件中开始捕捉默认的组合键是（D ）。 A Ctrl+Shift+F B Ctrl+Shift+A C Ctrl+Shift+S D Ctrl+Shift+Z 答案: D 3.红蜻蜓是一款完全免费的专业级的（D ）软件。 A 图形处理 B 音频处理 C 网络防护 D 屏幕捕捉 答案: D ? 4.Symantec Ghost是（B）公司推出的软件。 A 友立 B 赛门铁克 C IBM D Ulead ?答案: B ? 5.“虽然不会立即产生破坏性影响，但是这些程序会篡改计算机设置，使系统产生漏洞，从而危害网络安全”，描述的是（ C ）的特点。 A 病毒 B 木马 C 威胁 D 程序
C ? 6.优化大师不可以使用设置向导优化的是（ B）。 A 磁盘缓存优化 B 系统安全优化 C 文件系统优化 D 网络系统优化 答案: B ?7.在360杀毒软件中，（A）的扫描方式扫描更彻底，但是耗时较长，占用系统资源较多。 A 全盘扫描 B 快速扫描 C 功能大全 D 彻底扫描 答案: A ?8.下列软件不属于下载工具软件的是（D ）。 A BT B 电驴 C 迅雷 D 陌陌 答案: D ?9.（D ）为用户提供了一个可以收看多个节目的平台，可以让用户体验同时收看两个节目的乐趣。 A 酷我音乐 B 暴风影音 C 红蜻蜓 D PPlive 答案: D ?10.Windows优化大师的系统清理维护功能不包括（B ）。 A 冗余DLL清理 B 磁盘碎片清理 C 软件智能卸载 D 安装补丁清理
常用工具软件及使用
课题十二：常用工具软件及使用 [教学目标] 1、了解网络工具，文件压缩工具，多媒体播放器等常用软件。 2、能够掌握常用工具软件的常规使用方法。 [教学重点] 了解文件压缩工具，网络工具。 [教学难点] 网络工具的使用 [教学手段] 采用多媒体演示+讲授。 [教学内容] 一．查找软件的方法： 大部分工具软件在网上都可以免费下载，但有些软件需要注册交费才能长期使用。在搜索软件时，可以在搜索引擎（如百度或Google）中输入关键词进行查找，也可以到提供软件下载的专业网站如华军软件园（）和天空软件站（）等网站中去下载，这些网站中一般都提供搜索和分类检索功能 软件搜索窗口 软件分类窗口 二．文件压缩工具：WinRAR WinRAR是在Windows环境下对压缩文件进行管理并进行压缩与解压缩操作的软件。
WinRAR的工 作界面 以快速压缩文 件的方法为例， 在“资源管理 器”或“我的电 脑”窗口中选择 需要压缩的文 件以及文件夹， 右击选中的文 件，将弹出快捷 菜单，与 WinRAR相关 的选项有： （1）添 加到档案文件 （2）添加到“XXX.rar” （3）压缩并邮寄 （4）压缩到“XXX.rar”并邮寄 三．网络工具软件 （一）下载工具网际快车 1、FlashGet软件简介 下载速度和下载后的管理，是大家普遍关注的问题。优秀下载软件FlashGet（网际快车） 就是针对这个问题而开发的，它采用多线程技术，把一个文件分成几个部分同时下载，从而 成倍的提高下载速度；同时FlashGet可以为下载文件创建不同的类别目录，从而实现下载 文件的分类管理。而且支持拖拽、更名、查找等功能，使文件管理更加方便。总而言之，FlashGet是为数不多的集速度与管理于一体的王牌下载软件之一。 经过历次版本更新，FlashGet已到1.71版本，可从它的主页获取最新消息。 2、FlashGet工作界面介绍 在系统任务栏上打开“开始”菜单，选择“程序|FlashGet”主界面如图所示 Flash Get主 界面 3、应 用 实 例 （1）通 过 浏 览 器 下
常用生物信息学软件介绍
常用生物学软件简介 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。 i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用 户可保存自己的特殊设置。 网址： https://www.360docs.net/doc/ad9783783.html,/ 2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX 可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直