【WO2019206729A1】鉴定抗体轻链和重链的可变结构域的配对【专利】

(12)NACH DEM VERTRAGüBER DIE INTERNATIONALE ZUSAMMENARBEIT AUF DEM GEBIET DES

PATENTWESENS(PCT)VER?FFENTLICHTE INTERNATIONALE ANMELDUNG

(19)Weltorganisation für geistiges Eigentum

Internationales Büro

(43)Internationales Ver?ffentlichungsdatum(10)Internationale Ver?ffentlichungsnummer

WO2019/206729Al

31.Oktober2019(31.10.2019)

W IP O P C T

(51)Internationale Patentklassifikation:

C40B40/10(2006.01)C12N15/10(2006.01)Erkl?rungen gem??Regel4.17:

—hinsichtlich der Berechtigung des Anmelders,ein Patent zu

(21)Internationales Aktenzeichen:PCT/EP2019/059728beantragen und zu erhalten(Regel4.17Ziffer ii)

(22)Internationales Anmeldedatum:Ver?ffentlicht:

16.April2019(16.04.2019)—mit internationalem Recherchenbericht(Artikel21Absatz

(25)Einreichungssprache:Deutsch3)

(26)Ver?ffentlichungssprache:Deutsch

(30)Angaben zur Priorit?t:

18169334.225.April2018(25.04.2018)EP

(71)Anmelder:BAYER AKTIENGESELLSCHAFT

[DE/DE];Kaiser-Wilhelm-Allee1,51373Leverkusen

(DE).

(72)Erfinder:STRERATH,Michael;Marc-Chaga l-Str86,

40477Düsseldorf(DE).BENDER,Christian;Glasstr.10,

50823K?ln(DE).V?LKER,Johanna;Ehrenbergstra?e

6,10245Berlin(DE).BOLIVAR LOPEZ,Julio,Cesar;

Achenbach Str.56,40237Düsseldorf(DE).

(74)Anwalt:BIP PATENTS;Alfred-Nobel-Str.10,40789

Monheim am Rhein NRW(DE).

(81)Bestimmungsstaaten(soweit nicht anders angegeben,für

jede verfügbare nationale Schutzrechtsart)AE,AG,AL,

AM,AO,AT,AU,AZ,BA,BB,BG,BH,BN,BR,BW,BY,

BZ,CA,CH,CL,CN,CO,CR,CU,CZ,DE,DJ,DK,DM,

DO,DZ,EC,EE,EG,ES,FI,GB,GD,GE,GH,GM,GT,

HN,HR,HU,ID,IL,IN,IR,IS,JO,JP,KE,KG,KH,KN,

KP,KR,KW,KZ,LA,LC,LK,LR,LS,LU,LY,MA,MD,

ME,MG,MK,MN,MW,MX,MY,MZ,NA,NG,NI,NO,

NZ,OM,PA,PE,PG,PH,PL,PT,QA,RO,RS,RU,RW,

SA,SC,SD,SE,SG,SK,SL,SM,ST,SV,SY,TH,TJ,TM,

TN,TR,TT,TZ,UA,UG,US,UZ,VC,VN,ZA,ZM,ZW.

(84)Bestimmungsstaaten(soweit nicht anders angegeben,für

jede verfügbare regionale Schutzrechtsart)ARIPO(BW,

GH,GM,KE,LR,LS,MW,MZ,NA,RW,SD,SL,ST,

SZ,TZ,UG,ZM,ZW),eurasisches(AM,AZ,BY,KG,KZ,

RU,TJ,TM),europ?isches(AL,AT,BE,BG,CH,CY,CZ,

DE,DK,EE,ES,FI,FR,GB,GR,HR,HU,IE,IS,IT,LT,

LU,LV,MC,MK,MT,NL,NO,PL,PT,RO,RS,SE,SI,

SK,SM,TR),OAPI(BF,BJ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,

GQ,GW,KM,ML,MR,NE,SN,TD,TG).

(54)Title:IDENTIFYING THE PAIRING OF VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS OF ANTIBODIES (54)Bezeichnung:IDENTIFIZIEREN DER PAARUNG VON VARIABLEN DOM?NEN AUS LEICHTEN UND SCHWEREN KETTEN VON ANTIK?RPERN

(57)Abstract:The present invention relates to the identification of antibodies and/or antibody fragments in a selection process.The present invention relates to a method,a System and a Computer program product for identifying pairs of genes which encode the variable domains of light and heavy chains of selected antibodies and/or antibody fragments.

(57)Zusammenfassung:Die vorliegende Erfindung befasst sich mit der Identifikation von Antik?rpern und/oder Antik?rperfragmen?ten in einem Selektionsverfahren.Gegenstand der vorliegenden Erfindung sind ein Verfahren,ein System und ein Computerprogramm?produkt zur Identifikation von Paaren von Genen,die die variablen Dom?nen von leichten und schweren Ketten von selektierten An?tik?rpern und/oder Antik?rperfragmenten kodieren.

Identifizieren der Paarung von variablen Dom?nen

aus leichten und schweren Ketten von Antik?rpern

Die vorliegende Erfindung befasst sich mit der Identifikation von Antik?rpern und/oder Antik?rperfragmenten in einem Selektionsverfahren.Gegenstand der vorliegenden Erfindung sind ein Verfahren,ein System und ein Computerprogrammprodukt zur Identifikation von Paaren von Genen,die die variablen Dom?nen von leichten und schweren Ketten von selektierten Antik?rpern und/oder Antik?rperfragmenten kodieren.

Das humane Immunsystem bildet ein komplexes Netzwerk aus verschiedenen Organen,Zelltypen und Molekülen als Abwehrsystem gegen k?rperfremde Eindringlinge.

Antik?rper,auch Immunglobuline genannt,sind Proteine aus der Klasse der Globuline,die in Wirbeltieren als Reaktion auf bestimmte Stoffe,so genannte Antigene,gebildet werden.Antik?rper stehen im Dienste des Immunsystems;sie werden von einer Klasse wei?er Blutzellen,den B-Lymphozyten,produziert.

Als Antigene wirken fast ausschlie?lich Makromoleküle oder an Partikel gebundene Moleküle, zum Beispiel Lipopolysaccharide an der Oberfl?che von Bakterien.Ein bestimmtes Antigen induziert in der Regel die Bildung von nur wenigen bestimmten Antik?rpern,dieüber spezifische, nicht-kovalente Bindungen zumeist nur diesen Fremdstoff erkennen.

Die spezifische Bindung von Antik?rpern an die Antigene bildet einen wesentlichen Teil der Abwehr gegen die eingedrungenen Fremdstoffe.

Jeder Antik?rper besteht aus zwei identischen schweren Ketten(engl.:heavy chains,H)und zwei identischen leichten Ketten(engl.:light chains,L),die durch kovalente Disulfidbrücken zu einer Ypsilon-f?rmigen Struktur miteinander verknüpft sind.Die leichten Ketten bestehen aus jeweils einer variablen und einer konstanten Dom?ne.Bezeichnet werden diese als V L und CL.Die schweren Ketten hingegen haben jeweils eine variable und drei(IgG,IgA)bzw.vier(IgM,IgE) konstante Dom?nen.Bezeichnet werden diese analog als V H und Cid,CH2,CH3.

Die variablen Dom?nen einer leichten und einer schweren Kette bilden die Antigenbindungsstelle; diese sind daher von besonderem Interesse für therapeutische,immunologische und/oder diagnostische Zwecke.Gro?e Bibliotheken von Antik?rpern und/oder Antik?rperfragmenten werden erstellt und ausgewertet,um diese in der Medizin zu nutzen.

Eine weitverbreitete Technik zum Generieren und Charakterisieren von Antik?rperbibliotheken ist die"Phage Display"-Methode,bei der das jeweilige Protein von Interesse als Fusionspolypeptid auf einem Bakteriophagen-Hüllprotein exprimiert und durch Bindung an immobilisierten oder l?slichen biotinylierten Liganden(Antigenen)selektiert werden kann.Ein Phage,der auf diese Weise konstruiert wurde,kann als kompakte genetische Einheit betrachtet werden,welche sowohl die ph?notypischen als auch die genotypischen Eigenschaften in sich vereint hat.Die"Phage Display"-Technologie ist erfolgreich auf Antik?rper,Antik?rperfragmente,Enzyme,DNA-Bindungsproteine usw.angewendet worden.

Um z.B.ein Phagen-Display von Antik?rper-Bibliotheken zu verwenden,werden zun?chst die relevanten Zellen aus dem Organismus isoliert.Dabei handelt es sich um Plasmazellen,die insbesondere in Blut,Knochenmark und Lymphknoten zu finden sind.Aus diesen Zellen wird mRNA isoliert,die dann in cDNA transkribiert wird.

Mit Hilfe der Polymerase-Kettenreaktion(PCR)werden aus der cDNA die Gene der variablen Dom?nen der leichten(VL)und schweren Kette(VH)der Antik?rper vervielf?ltigt.