生物的类常用软件

生物的类常用软件
生物的类常用软件

常用生物软件(Windows 版)(一)

一、基因芯片:

1、基因芯片综合分析软件。

ArrayVision 7.0

一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。

Arraypro 4.0

Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。

phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。

J-express

挪威Bergen大学编写,是一个用JAVA语言写的应用程序,界面清晰漂亮,用来分析微矩阵(microarray)实验获得的基因表达数据,需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后,才能运行。

2、基因芯片阅读图像分析软件

ScanAlyze 2.44

,斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。

3、基因芯片数据分析软件

Cluster

斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇(Cluster)分析与其它各种处理的软件。

SAM

Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显著性分析软件,EXCEL软件的插件,由Stanford大学编制。

4.基因芯片聚类图形显示

TreeView 1.5

斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。

FreeView

是基于JAVA语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据,比Treeview增强了某些功能。

5.基因芯片引物设计

Array Designer 2.00

DNA微矩阵(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具

二、RNA二级结构。

RNA Structure 3.5

RNA Sturcture 根据最小自由能原理,将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力,使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能:打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。RNA文库(RNA Library)用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。

基本配置:Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片,32兆内存。

RNAdraw

是一个进行RNA二级结构计算的软件。 1. 它是Windows下的多文档窗口(multipledocument interface) 软件,允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能:打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文库(RNA Library)用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。

loopDloop 2.07b

Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件,需要安装JAVA虚拟机。

Circles 0.1.0

Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件,需要安装JAVA虚拟机。

三、序列综合分析

Vector NTI Suite 8.0

不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找),对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据)->分析->结果(显示、保存和入库)三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。

l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构

l Align X-序列相似性比较

l Align Xblocks-序列局部完全相同比较

l ContigExpress-将小片段拼装成长序列

l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式

l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank

l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具

l Matrix Editor-矩阵数据编辑

l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools 四部分。

DNAStar5.03

即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar 是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。

Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif)及开放阅读框(ORF),设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites)、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。

DS gene :

Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。

DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.)97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能,足可满足一般实验室的要求。在DOS时代,DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件,因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。

DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新换代产品。综合序列分析软件,体积比上一个版本一下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。

DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。DNATools设计的用户友好、强壮,以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好,能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时(通过寻找常用序列格式的特征),会显示这个文件的文本形式,以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列,编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNATools格式时(DNA或寡核苷酸序列),程序不加注解的载入序列,程序模式调整成可以接受载入的数据类型(蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列)。在一个项目中可以加入几千个序列或引物,并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列,而不必通过它们的文件名。

Bioedit一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。该软件有一个简单亲切的界面,集成其他已经很有效果的序列比对软件。另外该软件还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单,但却又很强的可充性,可以自由整合许多软件,例如viewtree.

Jellyfish 2.1 只水母不简单,可以用来进行DNA翻译,序列排队比较,限制酶消化,提交序列进行BLAST,研究项目管理等。操作十分简单,只需拖动与点击便可。

Genetools Genebio公司的核酸序列分析软件,虽然不及vect NTI 和DS gene 强大,它具有repeat /vect find 使其他分析软件所不具有的,值得一提的是该软件具有的CpG island分析。

DNAMAN 限制酶分析,引物设计,对排(aligment),翻译,数据库操作,Blast,序列装配(Sequence assembly).易学易用,操作方便。

四、限制酶切位点分析:

DNAssist2.0

大多软件只对线性序列进行分析,那么***NNN…NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点。DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。另外DNAssist在输出上非常完美,除了图形、线性显示外,还有类似DNASIS的列表方式,列出有的位点(按酶排列,按碱基顺序排列)。

五、质粒绘图:

Gene Construction Kit 2.0

这一个非常好的质粒构建软件包。与大多数分析的软件不同,它制作并显示克隆策略中的分子构建过程;包括质粒构建,模拟电泳条带;当然还可以质粒作图(有无序列均可)。通过它绘出来的图还可以继续用来构建克隆策略图谱。只是该软件由于功能太强,使用起来也不

简单;幸亏它附有详细的使用帮助,认真研究后,应该没有问题。

Winplas 2.6

该软件用来绘制发表质量的质粒图,可广泛应用与论文、教材的质粒插图。其特性包括:1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图;2. 可读入各种流行序列格式文件引入序列信息;

3. 自动识别限制位点可构建序列结构,功能包括:从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等;

4. 绘图功能强大,功能包括:位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件;

5. 限制酶消化分析报告输出与序列输入报告功能。

Plasmid Premier2.02

是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于质粒作图的专业软件,主要用于进行质粒作图,质粒特征分析和质粒设计。其主要界面分为序列编辑窗口(Genetank),质粒作图窗口(Plasmid Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)。打开程序就可进入序列编辑窗口,可以直接打开Genbank或Vector数据库中已知质粒的序列文件,将序列读入,并将有关于质粒的各种特征,包括编码区,启动子,多克隆位点以及参考文献等信息保存在Header中;也可以直接输入序列进行未知质粒的设计。

Redasoft Visual Cloning 2000

用来帮助生命科学家快速而轻松地绘制专业级质量的质粒载体图,主要的性能包括:快速和轻松地生成一个清晰,色彩鲜明的环行或线性的载体图。自动识别和解析序列文件。新增的web浏览功能允许你链接到数据库站点,并支持下载和自动将序列文件转换成载体图。强大的限制性内切酶分析功能和拥有将近1000种来自REBASE的限制性内切酶。片段的删除和插入完全模拟克隆实验并和其他图形兼容。所看即所得(What You See Is What You Get)的编辑环境使得你的打印结果和你在屏幕上看到的保持一致。自动标记各种区段的碱基位置以避免重叠。可选择的图形比例尺使几个构造图间很容易比较。允许质粒图拷贝到剪贴板并粘贴到其他Windows应用程序。可以用e-mail的方式传递载体图。

SimVector

质粒图绘制软件,绘制发表质量的质粒图与序列、载体图。

常用生物信息学数据库和分析工具网址

数据库

因特网网址

网上生物信息学教程

EMBL biocomputing tutorials

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Embnetut/Gcg/index.html

Plant genome dababase tutorial

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/pgdic

生物信息学机构

NCBI

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

International Nucleotide Sequence Database Collaboration. https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/collab/

EBI

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

USDA

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

Sanger Centre

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

北京大学生物信息学中心

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

数据库信息发布及其它

GenBank Release Notes

ftp://https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/genbank/gbrel.txt

dbEST summary report

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/dbEST/dbESTsummarv.html

EMBL release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl

DDBJ release notes

http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.html

Eukaryotic promoter database release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

SwissProt release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprot

PIR release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pir

PRF release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf

PDBSTR release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstr

Prosite release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prosite

PDB release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb

KEGG release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway 核苷酸数据库

GenBank

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

dbEST

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/dbEST/index.html

dbSTS

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/dbSTS/index.html

dbGSS

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/dbGSS/index.html

Genome (NCBI)

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Entrez/Genome/org.html

dbSNP

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/SNP/

HTGS

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/HTGS/

UniGene

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/UniGene/

EMBL核苷酸数据库

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/embl

Genome (EBI)

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/genomes/

向EMBL数据库提交序列

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/embl/Submission/webin.html

DDBJ

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Plant R gene database

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/rgenes

启动子数据库

Eukaryotic promoter database

http://www.epd.isb-sib.ch

http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

转录因子数据库

FRANSFAC

http://transfac.gbf.de

ooTFD

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

蛋白质数据库

SWISS-PROT或TrEMBL

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/swissprot/

http://www.expasy.ch/sprot/

PIR

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/pir/

PRF

http://www.prf.or.jp/

PDBSTR

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today

Prosite

http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html

结构数据库

PDB

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/pdb

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

NDB

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/NDB/ndb.html

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

DNA-Binding Protein Database

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/NDB/structure-finder/dnabind/index.html

NMR Nucleic Acids Database

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/NDB/structure-finder/nmr/index.html

Protein Plus Database

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/NDB/structure-finder/protein/index.html

Swiss 3Dimage

http://www.expasy.ch/sw3d/

SCOP

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/scop/

CATH

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/bsm/cath/

酶、代谢和调控路径数据库

KEGG

http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

Enzyme Nomenclature Database

http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html

Protein Kinase Resource (PKR)

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/kinases/

LIGAND

http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html

WIT

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/WIT/

EcoCyc

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/ecocyc/

UM-BBD

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/umbbd/

多种代谢路径数据库

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html

基因调控路径数据库(TRANSPATH)

http://transfac.gbf.de

基因组数据库

日本水稻基因组数据库(RGP)

http://rgp.dna.affrc.go.jp

华大水稻基因组框架图

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

欧洲水稻测序(第12染色体)

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,s.fr

拟南芥基因组数据库

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

USDA Database

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

Demeter’s Genomes

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

RiceGenes

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/cgi-bin/WebAce/webace?db=ricegenes

RiceBlastDB

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/cgi-bin/WebAce/webace?db=riceblastdb

FlyBase

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/.bin/fbidq.html?FBgn0003075

Mouse Genome Informatics

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/bin/query_accession?id=MGI:97555

Saccharomyces Genome Database

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22

多种基因组数据库

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/GenomeWeb

文献数据库

PubMed

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/PubMed/

OMIM

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Omim/

Agricola

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/ag98/

关键词为基础的数据库检索

Entrez

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Entrez/

Entrez Nucleotide Sequence Search

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Entrez/nucleotide.html

Entrez Protein Sequence Search

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Entrez/protein.html

Batch Entrez

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Entrez/batch.html

Sequence Retrieval System, India

http://bioinfo.ernet.in:80/srs5/

Sequence Retrieval System, Singapore

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,.sg:80/srs5/

Sequence Retrieval System, US

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,:80/srs/srsc

Sequence Retrieval System, UK

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Search http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.html

Database Search with Key Words

http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.html

DBGET/LinkDB

http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

序列为基础的数据库检索

BLAST

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/BLAST/

FASTA

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/fasta3/

BLITZ

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/bicsw/

SSearch

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,rs.fr/bin/ssearch-guess.cgi

Electronic PCR

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/STS/

Proteome analysis

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/proteome/

多序列分析

Clustal multiple sequence alignment

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,:9331/multi-align/Options/clustalw. html

BCM

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,:9331/multi-align/multi-align.html

EBI ClustalW analysis

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

系谱分析

PAUP

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/PAUP/

EBI ClustalW analysis

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

GCG package

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

PHYLIP

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/phylip.html

MEGA/METREE

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/imeg

Hennig86

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/~mes/hennig/software.html

GAMBIT

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/

MacClade

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/macclade/macclade.html

Phylogenetic analysis

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/stc-95/ResTools/biotools/biotools2.html

基因结构预测分析

GENSCAN

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/GENSCAN.html

GeneFinder

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/gf/gf.shtml

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/nucleo.html

Gene Feature Searches

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,:9331/

Grail

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Grail-1.3/

GrailEXP

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/grailexp/

GeneMark

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/GeneMark/hmmchoice.html

Veil

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/labs/compbio/veil.html

AAT

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/aat.html

GENEID

http://www.imim.es/GeneIdentification/Geneid/geneid_input.html

Genlang

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/~sdong/genlang_home.html

GeneParser

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/~eesnyder/GeneParser.html

Glimmer

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/labs/compbio/glimmer.html

MZEF

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/genefinder

Procrustes

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/software/procrustes/

蛋白质结构预测分析

Expasy

http://www.expasy.ch/

Predicting protein secondary structure

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,:9331/pssprediction/pssp.html

Predicting protein 3D Structures

http://dove.embl-heidelberg.de/3D/

Predicting protein structures

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,:9331/seq-search/struc-predict.html 其它分析工具和软件

Putative DNA Sequencing Errors Check

http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/

MatInspector

http://www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.pl

FastM

http://www.gsf.de/cgi-bin/fastm.pl

Web Signal Scan

http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.html

BCM Search Launcher

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,:9331/seq-util/seq-util.html

Webcutter

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/cutter/cut2.html

Translate DNA to protein

http://www.expasy.ch/tools/dna.html

ABIM

http://www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.html sequence motifs:

Pfam

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Pfam/

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/

ProDom

http://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html

PRINTS

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/bsm/dbbrowser/PRINTS/ 其它

多种数据库、分析工具和生物信息学机构

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/stc-95/Restools/biotools

多种数据库和分析工具

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/Tools/

Comparative sequence analysis

http://www.bork.embl-heidelberg.de/

功能基因组分析

Transcription profiling technologies

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/ncicgap/expression_tech_info.html

Protocols for cDNA array technology

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/pbrown/array.html

Data management and analysis of gene expression arrays https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,/DIR/LCG/15k/HTML/

Examples of commercially available filter arrays:

GeneFiltersTM (Research Genetics)

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

Gene Discovery Arrays (Genome Systems)

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

AtlasTM Arrays (CLONTECH)

https://www.360docs.net/doc/c513947697.html,

生物信息学的主要研究内容

常用数据库 在DNA序列方面有GenBank、EMBL和等 在蛋白质一级结构方面有SWISS-PROT、PIR和MIPS等 在蛋白质和其它生物大分子的结构方面有PDB等 在蛋白质结构分类方面有SCOP和CATH等 生物信息学的主要研究内容 1、序列比对(Alignment) 基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础,非常重要。两个序列的比对有较成熟的动态规划算法,以及在此基础上编写的比对软件包BLAST和FASTA,可以免费下载使用。这些软件在数据库查询和搜索中有重要的应用。 2、结构比对 基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性。已有一些算法。 3、蛋白质结构预测,包括2级和3级结构预测,是最重要的课题之一 从方法上来看有演绎法和归纳法两种途径。前者主要是从一些基本原理或假设出发来预测和研究蛋白质的结构和折叠过程。分子力学和分子动力学属这一范畴。后者主要是从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构。同源模建(Homology)和指认(Threading)方法属于这一范畴。虽然经过30余年的努力,蛋白结构预测研究现状远远不能满足实际需要。 4、计算机辅助基因识别(仅指蛋白质编码基因)。最重要的课题之一 基本问题是给定基因组序列后,正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.这是最重要的课题之一,而且越来越重要。经过20余年的努力,提出了数十种算法,有十种左右重要的算法和相应软件上网提供免费服务。原核生物计算机辅助基因识别相对容易些,结果好一些。从具有较多内含子的真核生物基因组序列中正确识别出起始密码子、剪切位点和终止密码子,是个相当困难的问题,研究现状不能令人满意,仍有大量的工作要做。 5、非编码区分析和DNA语言研究,是最重要的课题之一 在人类基因组中,编码部分进展总序列的3~5%,其它通常称为“垃圾”DNA,其实一点也不是垃圾,只是我们暂时还不知道其重要的功能。分析非编码区DNA 序列需要大胆的想象和崭新的研究思路和方法。DNA序列作为一种遗传语言,不仅体现在编码序列之中,而且隐含在非编码序列之中。 6、分子进化和比较基因组学,是最重要的课题之一 早期的工作主要是利用不同物种中同一种基因序列的异同来研究生物的进化,构建进化树。既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做,甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化。以上研究已经积累了大量的工作。近年来由于较多模式生物基因组测序任务的完成,为从整个基因组的角度来研究分子进化提供了条件。 7、序列重叠群(Contigs)装配 一般来说,根据现行的测序技术,每次反应只能测出500或更多一些碱基对的序列,这就有一个把大量的较短的序列全体构成了重叠群(Contigs)。逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群,直至得到完整序列的过程称为重叠群装配。拼接EST数据以发现全长新基因也有类似的问题。已经证明,这是一个NP-完备

常用分子生物学软件简介

常用分子生物学软件简 介 公司内部编号:(GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-

常用分子生物学软件 一、基因芯片: 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写,是一个用JAVA语言写的应用程序,界面清晰漂亮,用来分析微矩阵(microarray)实验获得的基因表达数据,需要下载安装JAVA运行环境后后,才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ,斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster

斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇(Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显着性分析软件,EXCEL软件的插件,由Stanford大学编制。 4.基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据,比Treeview增强了某些功能。 5.基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理,将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力,使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能:打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退

生物信息学软件及使用概述

生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.360docs.net/doc/c513947697.html, 用概述 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念: 科,它将数学和计算机知识应用于生物学,以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息,从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

分析和处理实验数据和公共数据,生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作,利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测(三维建模,目前研究的焦点和难点) 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

功能1. 分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间 ?核酸:序列同源性比较,分子进化树构建,结构信息分析,包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框(ORF ),蛋白编码区(CDS )及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接; ?蛋白:序列同源性比较,结构信息分析(包括Motif ,限制酶切点,内部重复序列的查找,氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析),等电点及二级结构预测等等; ?本地序列与公共序列的联接,成果扩大。 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

计算机常用软件使用技巧

计算机常用软件使用技巧

《常用工具软件使用技巧》论文 班级:学号:姓名 【摘要】本文主要介绍了一些常用的计算机软件使用方法和技巧。重点介绍了系统维护软件,虚拟设备软件,网络基本知识,网络资源查找与下载,多媒体软件,IM软件,办公软件多媒体播放器等等。这些对我们日常使用和维护电脑有很大的帮助。 【关键字】软件使用技巧系统维护工具虚拟设备网络应用工具文件阅读器多媒体设备 1 课程所涉及的软件 1.1 系统维护软件 管理信息系统在完成系统实施、投入正常运行之后,就进入了系统运行与维护阶段。一般信息系统的使用寿命短则4-5年,长则可达10年以上,在信息系统的整个使用寿命中,都将伴随着系统维护工作的进行。系统维护的目的是要保证管理信息系统正常而可靠地运行,并能使系统不断得到改善和提高,以充分发挥作用。因此,系统维护的任务就是要有计划、有组织地对系统进行必要的改动,以保证系统中的各个要素随着环境的变化始终处于最新的、正确的工作状态。

在的硬盘“1”,如果您只有一块硬盘,可以直接按回车。 3、选择要制作镜像文件的分区(即源分区),这里用上下键选择分区“1”(即C分区),再按Tab键切换到“OK“按钮,再按回车。 4、选择镜像文件保存的位置,此时按下“Shift+Tab”键可以切回到选择分区的下拉菜单,按上下键选择分区,例如“1:2”的意思就是第一块硬盘的第二个分区,也就是“D”盘,选好分区后,再按Tab键切到文件选择区域,用上下键选择文件夹,可以再按Tab键,切到“Filename”文本框键入镜像文件名称,如“xp”或“C_BAK.GHO”,然后按回车键即可。 1.2 虚拟设备软件 虚拟机(Virtual Machine),在计算机科学中的体系结构里,是指一种特殊的软件,他可以在计算机平台和终端用户之间创建一种环境,而终端用户则是基于这个软件所创建的环境来操作软件,相互独立操作、互不干扰。在计算机科学中,虚拟机是指可以像真实机器一样运行程序的计算机的软件实现。 1.3 网络基本知识

常用办公软件测试题汇编

常用办公软件测试题 一、综合部分 1.对于Office XP应用程序中的“保存”和“另存为”命令,正确的是___。 A.文档首次存盘时,只能使用“保存”命令 B.文档首次存档时,只能使用“另存为”命令 C.首次存盘时,无论使用“保存”或“另存为”命令,都出现“另存为”对话框 D.再次存盘时,无论使用“保存”或“另存为”命令,会出现“另存为”对话框 2.对于Office XP应用程序中的“常用”工具栏上的“新建”命令按钮和“文件”菜单下的“新建”命令项,不正确的是___。 A.都可以建立新文档 B.作用完全相同 C.“新建”命令按钮操作没有“模板”对话框,使用空白模板 D.“文件”后“新建”命令可打开“模板”对话框,可以选择不同的模板 3.不能在“另存为”对话框中修改文档的___。 A.位置B。名称 C.内容D。类型 4.Office XP应用程序中的“文件”菜单底端列出的几个文件名表示___。 A.用于切换的文件B。已打开的文件 C.正在打印的文件D。最近被该Office XP应用程序处理过的文件 5.在文本编辑状态,执行“编辑”到“复制”命令后,___。

A.被选定的内容复制到插入点 B.被选定的内容复制到剪贴板 C.被选定内容的格式复制到剪贴板 D.剪贴板的内容复制到插入点 6.当“编辑”菜单中的“剪切”和“复制”命令呈浅灰色而不能被选择时,表示___。A.选定的内容太长,剪贴板放不了 B.剪贴板里已经有信息了 C.在文档中没有选定任何信息 D.选定的内容三图形对象 7.Office XP应用程序中的工具栏可以___。 A.放在程序窗口的上边或下边 B.放在程序窗口的左边或右边 C.作为一个窗口放在文本编辑区 D.以上都可以 8.可以从___中选择Office XP应用程序中的命令。 A.菜单B。工具栏 C.快捷菜单D。以上都可以 9.Office XP应用程序中使用鼠标进行复制操作应___。 A.直接拖动B。按住键拖动 10.使用“剪贴板”进行移动操作应选择___命令。 A.“剪切” B。“复制”

生物信息学实验指导讲解

生物信息学实验指导 适用专业:生物技术与制药大类 生物技术 编写:解增言 生物信息学院 2014年9月

目录 实验1 在线BLAST同源序列查询 (3) 实验2 本地BLAST同源序列查询 (8) 实验3 利用ClustalX与MEGA进行多序列比对与分子系统发生树构建 (10) 实验4 利用RNAfold预测RNA二级结构 (14) 实验5 Pfam蛋白质结构域分析 (17) 实验6 利用PSSpred预测蛋白质二级结构 (19) 实验7 利用Cn3D和RasMol分析蛋白质三级结构 (21) 实验8 利用GO及EST数据分析基因功能 (24)

实验1 在线BLAST同源序列查询 一、实验目的 1.了解同源序列查询的原理和用途; 2.掌握利用NCBI在线BLAST工具查找同源序列的方法。 二、实验原理 在生物学种系发生理论中,若两个或多个结构具有相同的祖先,则称它们同源(homologous)。分子生物学中的同源指两条序列来自于一条共同的祖先序列。一般来说,相似超过一定程度的序列具有同源性。在生物信息学研究中,常用序列比对(alignment)来研究序列的同源性以及推测物种之间的关系。 最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对,通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点,寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多个蛋白质或核酸同时进行比较,寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域或位点,从而探索导致它们产生共同功能的序列模式。此外,还可以把蛋白质序列与核酸序列相比来探索核酸序列可能的表达框架;把蛋白质序列与具有三维结构信息的蛋白质相比,从而获得蛋白质折叠类型的信息。 比对还是数据库搜索算法的基础,将查询序列与整个数据库]的所有序列进行比对,从数据库中获得与其最相似序列的已有的数据,能最快速的获得有关查询序列的大量有价值的参考信息,对于进一步分析其结构和功能都会有很大的帮助。近年来随着生物信息学数据大量积累和生物学知识的整理,通过比对方法可以有效地分析和预测一些新发现基因的功能。 序列两两比对 序列比对的理论基础是进化学说,如果两个序列之间具有足够的相似性,就推测二者可能有共同的进化祖先,经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列相似和序列同源是不同的概念,序列之间的相似程度是可以量化的参数,而序列是否同源需要有进化事实的验证。在残基-残基比对中,可以明显看到序列中某些氨基酸残基比其它位置上的残基更保守,这些信息揭示了这些保守位点上的残基对蛋白质的结构和功能是至关重要的,例如它们可能是酶的活性位点残基,形成二硫键的半胱氨酸残基,与配体结合部位的残基,与金属离子结合的残基,形成特定结构motif的残基等等。但并不是所有保守的残基都一定是结构功能重要的,可能它们只是由于历史的原因被保留下来,而不是由于进化压力而保留下来。因此,如果两个序列有显著的保守性,要确定二者具有共同的进化历史,进而认为二者有近似的结构和功能还需要更多实验和信息的支持。通过大量实验和序列比对的分析,一般认为蛋白质的结构和功能比序列具有更大的保守性,因此粗略的说,如果序列之间的相似性超过30%,它们就很可能是同源的。 早期的序列比对是全局的序列比较,但由于蛋白质具有的模块性质,可能由于外显子的交换而产生新蛋白质,因此局部比对会更加合理。通常用打分矩阵描述序列两两比对,两条序列分别作为矩阵的两维,矩阵点是两维上对应两个残基的相似性分数,分数越高则说明两个残基越相似。因此,序列比对问题变成在矩阵里寻找最佳比对路径,目前最有效的方法是Needleman-Wunsch动态规划算法,在此基础上又改良产生了 Smith-Waterman算法和SIM算法。在 FASTA程序包中可以找到用动态规划算法进行序列比对的工具LALIGN,它能给出多个不相互交叉的最佳比对结果。

常用生物软件大汇总(精)

常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。

DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、

软件测试常用术语表

第119贴【2004-10-12】:常见测试术语一 Acceptance Testing--可接受性测试 一般由用户/客户进行的确认是否可以接受一个产品的验证性测试。 actual outcome--实际结果 被测对象在特定的条件下实际产生的结果。 Ad Hoc Testing--随机测试 测试人员通过随机的尝试系统的功能,试图使系统中断。algorithm--算法 (1)一个定义好的有限规则集,用于在有限步骤内解决一个问题;(2)执行一个特定任务的任何操作序列。 algorithm analysis--算法分析 一个软件的验证确认任务,用于保证选择的算法是正确的、合适的和稳定的,并且满足所有精确性、规模和时间 方面的要求。 Alpha Testing--Alpha测试 由选定的用户进行的产品早期性测试。这个测试一般在可控制的环境下进行的。 analysis--分析 (1)分解到一些原子部分或基本原则,以便确定整体的特性;(2)一个推理的过程,显示一个特定的结果是假 设前提的结果;(3)一个问题的方法研究,并且问题被分解为一些小的相关单元作进一步详细研究。 anomaly--异常 在文档或软件操作中观察到的任何与期望违背的结果。

application software--应用软件 满足特定需要的软件。 architecture--构架 一个系统或组件的组织结构。 ASQ--自动化软件质量(Automated Software Quality) 使用软件工具来提高软件的质量。 assertion--断言 指定一个程序必须已经存在的状态的一个逻辑表达式,或者一组程序变量在程序执行期间的某个点上必须满足的 条件。 assertion checking--断言检查 用户在程序中嵌入的断言的检查。 audit--审计 一个或一组工作产品的独立检查以评价与规格、标准、契约或其它准则的符合程度。 audit trail--审计跟踪 系统审计活动的一个时间记录。 Automated Testing--自动化测试 使用自动化测试工具来进行测试,这类测试一般不需要人干预,通常在GUI、性能等测试中用得较多。 第120贴【2004-10-13】:常见测试术语二 Backus-Naur Form--BNF范式 一种分析语言,用于形式化描述语言的语法 baseline--基线

最常用生物软件大全介绍讲解

一、基因芯片: 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综 合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写,是一个用JAVA语言写的应用程序,界面清晰漂亮,用来分析微矩阵(microarray)实验获得的基因表达数据,需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后,才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ,斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。

3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇(Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显著性分析软件,EXCEL软件的插件,由Stanford大学编制。4.基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据,比Treeview增强了某些功能。 5.基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理,将Zuker的根据RNA

常用通讯测试工具使用

常用通讯测试工具 鉴于很多MCGS用户和技术人员对通讯测试工具并不很熟悉,本文档将针对实际的测试情况,对串口、以太网通讯调试过程中所涉及到的常用的测试软件进行相关的讲解。 1. 串口测试工具: 串口调试工具:用来模拟上下位机收发数据的串口工具,占用串口资源。如:串口调试助手,串口精灵,Comm等。 串口监听工具:用来监听上下位机串口相关操作,并截获收发数据的串口工具。不占用串口资源。如:PortMon,ComSky等。 串口模拟工具:用来模拟物理串口的操作,其模拟生成的串口为成对出现,并可被大多数串口调试和监听软件正常识别,是串口测试的绝好工具。如:Visual Serial Port等。 下面将分别介绍串口调试助手、Comm、PortMon和Visual Serial Port的使用。

1.1. 串口调试助手: 为最常用的串口收发测试工具,其各区域说明及操作过程如下: 串口状态 打开/关闭串口 十六进制/ASCII 切换 串口数据 接收区 串口参数 设置区 串口数据 发送区 串口收发计数区 发送数据功能区 保存数据功能区 操作流程如下: ? 设置串口参数(之前先关闭串口)。 ? 设置接收字符类型(十六进制/ASCII 码) ? 设置保存数据的目录路径。 ? 打开串口。 ? 输入发送数据(类型应与接收相同)。 ? 手动或自动发送数据。 ? 点击“保存显示数据”保存接收数据区数据到文件RecXX.txt。 ? 关闭串口。 注:如果没有相应串口或串口被占用时,软件会弹出“没有发现此串口”的提示。

1.2. PortMon 串口监听工具: 用来监听上下位机串口相关操作,并截获收发数据的串口工具。不占用串口资源, 但在进行监听前,要保证相应串口不被占用,否则无法正常监听数据。 连接状态 菜单栏 工具栏 截获数据显示区 PortMon 设置及使用: 1). 确保要监听的串口未被占用。 如果串口被占用,请关闭相应串口的应用程序。比如:要监视MCGS 软件与串口1设备通讯,应该先关闭MCGS 软件。 说明:PortMon 虽不占用串口资源,但在使用前必须确保要监听的串口未被占用,否则无法进行监视。 2). 运行PortMon,并进行相应设置。 ? 连接设置: 在菜单栏选择“计算机(M)”->“连接本地(L)”。如果连接成功,则连接状态显示为“PortMon 于\\计算机名(本地)”。如下图:

字处理软件常用使用技巧和习题

字处理软件常用使用技巧和习题 1.字处理软件(WPS 、Word)能够处理:文字、图片、表格等信息 (注意:利用字处理软件加工信息,所有操作都要先选择被操作对象) 例1.要制作一个图文并茂的电子报刊,以下软件中哪些是比较合适的?()A.WORD、WPS B.WORD、写字板 C.WORD 记事本D.写字板、记事本 2.在字处理软件中,键盘上主要按钮的作用: 键:插入与改写两种状态切换键(大写锁定):大小写两种状态切换 键(上档键):配合其它键,输入该键上方的字母 (控制键):配合其它键起到特定的功能如:+C 复制+V 帖贴+X 剪切+S 保存+Z 撤消 (换档键):配合其它键起到特定的功能如:+E 打开编辑菜单+I 打开插入菜单 键(退格键):删除光标前的字符键(删除键):删除光标后的字符 键:向上翻页键:向下翻页键:将光标移至行首键:将光标移至行首 + 将光标移至文首< Ctrl >+ 将光标移至文尾复复 +空格中英输入法切换+ 输入法间切换

例2.在字处理软件中,键盘上键(退格键)的作用是( ) A.删除光标前的字符B.删除光标后的字符 C.复制光标前的字符D.复制光标后的字符 例3.在文字处理软件的编辑状态中,使插入点快速移动到文档尾的操作是A.+ B.+ C. D. 例4.小明制作了一份如图的电子报刊,请问它在电子报刊中没有使用到的元素是() A.艺术字B.自选图形C.图像D.坚排文本框 例5.要使WORD文档的标题位于页面居中位置,应使用的格式工具是A.B.C.D. 菜单命令的一些标记的意义: ?菜单命令后带有“…”执行该命令会出现一个对话框; ?菜单命令后带有“”执行该命令会出现一个子菜单; ?菜单命令后带有类似“”表示可以使用ALT+括号中的字母来选择它; ?菜单命令中“”,单击些按钮将显示隐藏命令;

生物信息学复习题及答案(陶士珩)

生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez,BLAST,查询序列(query),打分矩阵(scoring matrix),空位(gap),空位罚分,E 值, 低复杂度区域,点矩阵(dot matrix),多序列比对,分子钟,系统发育(phylogeny),进化树的二歧分叉结构,直系同源,旁系同源,外类群,有根树,除权配对算法(UPGMA),邻接法构树,最大简约法构树,最大似然法构树,一致 树(consensus tree),bootstrap,开放阅读框(ORF),密码子偏性(codon bias),基因预测的从头分析法,结构域(domain),超家族,模体(motif),序列表谱(profile),PAM矩阵,BLOSUM,PSI-BLAST,RefSeq,PDB数据库,GenPept, 折叠子,TrEMBL,MMDB,SCOP,PROSITE,Gene Ontology Consortium,表谱(profile)。 二、问答题 1)生物信息学与计算生物学有什么区别与联系? 2)试述生物信息学研究的基本方法。 3)试述生物学与生物信息学的相互关系。 4)美国国家生物技术信息中心(NCBI)的主要工作是什么?请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 5)序列的相似性与同源性有什么区别与联系? 6)BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途 什么? 7)简述BLAST搜索的算法。 8)什么是物种的标记序列? 9)什么是多序列比对过程的三个步骤? 10)简述构建进化树的步骤。 11)简述除权配对法(UPGMA)的算法思想。 12)简述邻接法(NJ)的算法思想。 13)简述最大简约法(MP)的算法思想。 14)简述最大似然法(ML)的算法思想。 15)UPGMA构树法不精确的原因是什么? 16)在MEGA2软件中,提供了多种碱基替换距离模型,试列举其中2种,解释其 含义。 17)试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18)如何用BLAST发现新基因? 19)试述SCOP蛋白质分类方案。 20)试述SWISS-PROT中的数据来源。 21)TrEMBL哪两个部分? 22)试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。 三、操作与计算题 1)如何获取访问号为U49845的genbank文件?解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息: LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2)利用Entrez检索系统,对核酸数据搜索,输入如下信息,将获得什

常用分子生物学软件简介

常用分子生物学软件 一、基因芯片: 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写,是一个用JAVA语言写的应用程序,界面清晰漂亮,用来分析微矩阵(microarray)实验获得的基因表达数据,需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后,才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ,斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇(Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显著性分析软件,EXCEL软件的插件,由Stanford大学编制。 4.基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据,比Treeview增强了某些功能。 5.基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理,将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力,使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能:打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠

生物信息学中的序列比对算法

生物信息学中的序列比对算法 张永1,王瑞2 (1.南昌航空大学计算机学院,江西南昌330063;2.江西大宇职业技术学院,江西南昌330038) 摘要:生物信息学是以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。序列比对是生物信息学中的一个基本问题,设计快速而有效的序列比对算法是生物信息学研究的一个重要内容,通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息,序列比较的基本操作是比对。本文介绍了序列比对算法的发展现状,描述了常用的各类序列比对算法,并分析了它们的优劣。 关键词:生物信息学;双序列比对;多序列比对 中图分类号:TP301文献标识码:A文章编号:1009-3044(2008)03-10181-04 SequenceAlignmentAlgorithmsinBioinformatics ZHANGYong1,WANGRui2 (1.SchoolofComputing,NanchangHangkongUniversity,Nanchang330063,China;2.JiangxiDayuVocationalInstitute,Nanchang330038,China) Abstract:Bioinformaticsisthesubjectofusingcomputertostore,retrieveandanalyzebiologicalinformation.Sequencealignmentisaba-sicprobleminBioinformatics,anditsmainresearchworkistodeveloprapidandeffectivesequencealignmentalgorithms.Wemaydiscov-erfunctional,structuralandevolutionaryinformationinbiologicalsequencesbysequencecomparing.Thispaperintroducesthedevelop-mentactualityofsequencealignmentalgorithms,describesvarietyofsequencealignmentalgorithmandanalysestheadvantagesanddisad-vantagesofthem. Keywords:Bioinformatics;PairwiseSequenceAlignment;MultipleSequenceAlignment 1引言 生物信息学是80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新的交叉学科,最初常被称为基因组信息学。生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白组学两方面,具体说,是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达结构与功能的生物信息。 生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面,具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达结构和功能的生物信息。生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析,也就是研究新的计算机方法,从大量的序列信息中获取基因结构、功能和进化等知识。在从事分子生物学研究的几乎所有实验室中,对所获得的生物序列进行生物信息学分析已经成为下一步实验之前的一个标准操作。而在序列分析中,将未知序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的研究手段,从序列的片段测定,拼接,基因的表达分析,到RNA和蛋白质的结构功能预测,物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。例如,有关病毒癌基因与细胞癌基因关系的研究,免疫分子相互识别与作用机制的研究,就大量采用了这类比较分析方法。这种相似性比较分析方法就称为系列比对(SequenceAlignment)。目前,国际互联网上提供了众多的序列比对分析软件。然而,不同的分析软件会得到不同的结果,同时所使用的参数在很大程度上影响到分析的结果。有时常常会由于采用了不合适的参数而丢失了弱的但却具有统计学显著性意义的主要信息,导致随后的实验研究走弯路。因此,生物信息学中的序列比对算法的研究具有非常重要的理论与实践意义。 序列比对问题根据同时进行比对的序列数目分为双序列比对和多序列比对。双序列比对有比较成熟的动态规划算法,而多序列比对目前还没有快速而又十分有效的方法。一般来说,评价生物序列比对算法的标准有两个:一为算法的运算速度,二为获得最佳比对结果的敏感性或准确性。人们虽已提出众多的多序列比对算法,但由于问题自身的计算复杂性,它还尚未得到彻底解决,是 收稿日期:2007-11-25 基金资助:南昌航空大学校自选(EC200706086) 作者简介:张永(1977-),男,硕士,辽宁铁岭人,南昌航空大学计算机学院讲师,研究方向:生物信息学、信息处理;王瑞(1977-),男,江西大宇职业技术学院外语系助教。

常用工具软件测试题及答案

一、判断题 1. Realone Player不支持多节目连续播放。(N) 2. 网际快车可以上传和下载文件。(N) 3. 天网防火墙的拦截功能是指数据包无法进入或出去。(Y) 4. SnagIt可以捕获DOS屏幕,RM电影和游戏等画面。(Y) 5. Adobe Acrobat Reader可以解压缩文件。(N) 6. 金山词霸2002支持Windows XP,但不支持office XP系统。(N) 7. 在用Ner-Burning Room刻录CD音乐时,若误将数据文件从本地资源管理器中拖入刻录机虚拟资源管理器中时,该文件将被添加到音乐CD中。(N) 8. Symantec Ghost 可以实现数据修复。(N) 9. Easy Recovery 可以恢复任何被从硬盘上删除的文件。(N) 10. Ctrem软件具有防发呆功能。(Y) 二.选择题(每小题2分,共40分) 1、下列不属于金山词霸所具有的功能的是:(C ) A、屏幕取词 B、词典查词 C、全文翻译 D、用户词典 2、东方快车提供了(C )种语言翻译。 A、1种 B、2种 C、3种 D、4种 3、:Vintual CD 中的Creat按钮的功能为(B ) A、编辑映像文件 B、创建光盘的映像文件 C、映像文件的显示方式 D、将映像文件插入虚拟光驱 4、下列哪一个软件属于光盘刻录软件(A ) A、Nero-Buring Room B:Virtual CD C: DAEMON Tools D:Iparmor 5、下列不属于媒体播放工具的是(D ) A、Winamp B、超级解霸 C、Realone Player D:WinRAR 6、下列媒体播放器可以自由截取单个画面或整段电影的是非曲直(B ) A、Winamp B、超级解霸 C、Realone Player D、音频解霸 7、下列哪一个不是网际快车为已下载的文件设置的缺省创建类别( D) A、软件 B、游戏和mp3 C、驱动程序 D、电影 8、CuteFTP具有网际快车不具备的功能是( A) A、上传文件 B、下载文件 C、断点续传 D、支持多线程下载 9、如果在天网防火墙的ICMP规则中输入( B)则表示任何类型代码都符合本规则。 A、254 B、255 C、256 D、253 10、Norton Antivirus的安全扫描功能包括(D ) ①自动防护②电子邮件扫描③禁止脚本④全面系统扫描 A、①②③ B、①②④ C、①③④ D、①②③④ 11、ACDSee不能对图片进行下列哪种操作(C ) A、浏览和编辑图像 B、图片格式转换 C、抓取图片 D、设置墙纸和幻灯片放映 12、SnagIt捕获的图片可被存为下列哪些格式(D ) ①BMP ②PCX ③TGA ④RSB A、①②③ B、①②④ C、①②③④ D、①② 13、WinRAR不可以解压下列哪些格式的文件( D)

常用工具软件测试题及答案

、判断题 1. Realo ne Player不支持多节目连续播放。 (N ) 2. 网际快车可以上传和下载文件。(N ) 3. 天网防火墙的拦截功能是指数据包无法进入或出去。(Y ) 4. Snagit可以捕获DOS屏幕,RM电影和游戏等画面。(Y ) 5. Adobe Acrobat Reader 可以解压缩文件。 (N ) 6.金山词霸2002支持Windows XP,但不支持office XP 系统。 (N ) 7. 在用Ner-Burning Room 刻录CD 音乐时,若误将数据文件从本地资源管理器中拖入刻录机虚拟资源管理器中时,该文件将被添加到音乐CD 中。(N ) 8. Symantec Ghost 可以实现数据修复。 (N ) 9. Easy Recovery 可以恢复任何被从硬盘上删除的文件。(N ) 10. Ctrem 软件具有防发呆功能。 (Y ) 二.选择题(每小题2分,共40 分) 1、下列不属于金山词霸所具有的功能的是:(C ) A、屏幕取词 B、词典查词 C、全文翻译 D、用户词典 2、东方快车提供了(C )种语言翻 译。 1种B、2种C、3种D、4种 3、:Vintual CD 中的Creat 按钮的功能为 (B ) 编辑映像文件B、创建光盘的映像文件 映像文件的显示方式D、将映像文件插入虚拟光驱 4、下列哪一个软件属于光盘刻录软件(A ) A 、Nero-Buring Room B:Virtual CD C: DAEMON Tools D:iparmor 5、下列不属于媒体播放工具的是(D ) A、Winamp B、超级解霸 C、Realone Player D:WinRAR

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