贝叶斯法构建系统发育树

1.打开PAUP软件，打开目标文件和primates文件，将目标文件修改成primates文件格式。

2. 用modeltest

3.7软件分析模型参数。

3. 打开mrbayes软件，文件输入。命令：>execute 文件名.nex

4. 设置参数，模型（上面modeltest3.7软件分析模型参数）。命令：>lset nst＝6/2 rates ＝gamma/invgamma/propinv,若要检查模型的参数，输入命令showmodel。若设定lset nst＝2，需输入命令report tratio＝dirichlet。

3.1 >mcmc ngen=100000(1000000) (samplefreq=10(100)),注意：代数可以先设为10000，以便估计时间的长短。>help mcmc来确认设置。

3.2 运行结束前，标准误差要小于0.01,否则增加代数，继续运行

4.1 >sump burnin=250(2500);抽样的25％划为老化样本，舍去。PSRF值需约等于1.0,否则要运行更长时间。

4.2 >sumt burnin=250(2500),输出所得的进化树，可用treeview打开.

2.Modeltest

3.7基本操作步骤（中文）

Moedltest是进行似然法计算必须的软件之一，它可以帮助大家为所获数据选择最佳的模型进行计算，得到最优的结果。目前该软件的这里介绍一下Modeltest3.7的基本操作步骤：

1. 下载Modeltest3.7软件和模型文件modelblockPAUPb10.txt；

2. 将序列同源排序后保存为XXX.nex文件；全部拷贝到C盘。

3. 打开模型文件，将文件内容拷贝到XXX.nex文件的末尾，可以将该文件另存为XXX.test.model.nex，保留原来的*.nex文件；；

4. 打开PAUP4.0应用程序，将XXX.test.model.nex文件拖入PAUP窗口，然后在命令行输入：execute XXX.test.model.nex，回车后PAUP就开始对数据进行模型估计，结果将保存为model.scores文件和modelfit两个文件，文件位于PAUP4.0软件的文件夹中；

5. 将model.scores文件拷贝到Modeltest3.7.win.exe所在的文件夹中。在“开始”，“运行”里面输入“cmd”进入dos窗口。采用dos命令进入到modeltest应用程序Modeltest3.7.win.exe所在的文件夹。输入“Modeltest3.7.win.exe test.outfile”，回车后Modeltest即开始模型检测，结果将保存在test.outfile文件中；

6. 最后用记事本打开test.outfile文件，该文件中有对最佳模型的解释和说明，估算出的参数位于BEGIN PAUP和END之间，将这些参数直接拷贝到ML法命令集中就可以进行似然法运算。