ImageJ使用教程

用ImageJ对Western DNA和Blot图片灰度分析

用ImageJ对W estern Blot图片灰度分析 教程收集于互联网来源中生网 The good news is that even if you don't have access t o a photo editing program such as Photoshop, you can now do all the same analyses using free programs. My favorite option is the freely available ImageJ from the National Institut es of Health. The homepage for ImageJ is here: https://www.360docs.net/doc/929925812.html,/ij/index.html wherein you can find links t o the download, document ation, additional plugins and so on. Once ImageJ is inst alled, open it up and open your scanned film file. We'll start the ImageJ section by duplicating the method outlined above for Phot oshop. 1. Open your file. 2. Under Image>Type click on 8-bit t o convert the image to grayscale. 3. Go to the menu Process>Subt ract Background. Try a rolling ball radius of 50. This removes some of the background coloration from your image. 4. Go to Analyze>Set Measurements, and click the boxes for Area, Mean Gray Value, and Int egrated D ensit y. 5. Go to Analyze>Set Scale, and ent er "pixels" in the box next t o Unit of length. 6. Go to Edit>Invert (or hit Ct rl+Shift+I) t o invert the colors on the image. Now the dark areas are light, and the light areas are dark. As outlined above, this has the benefit of making the measured values for bands increase with increasing prot ein expression. 7. Choose the F reehand Selection tool from the t ool palette. 8. Draw a line around the boundary of your first band. As above, you need to use your own judgement about

imagej荧光定量方法

1、安装后首先打开ImageJ： 2、 3、 4、黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限大。因此我们 5、校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说得清的，这里 在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD，并下界面左下方勾选Global calibration，然后点击右下角的OK 点击OK后会跳出校正后的光密度曲线： 如不勾选Global calibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选Disable Global Calibration，勾选Disable these Messages 6、 量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK 7、 只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK 在弹出来的界面点击OK 9、 10、记录数据并计算： 结果中的Area为选择范围的面积，如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积；IntDen就是所选范围的IOD （光密度的总和）。 结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。 （/pixel）用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度，以这张图片的数据为例，即： 同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。 以下附上分别应用Image-Pro Plus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比： 从结果的对比看来ImageJ与IPP（Image-Pro Plus）的分析结果是基本一致的

用imagej进行WB定量分析

ImagJ是一款简单的图像处理与分析软件，可以用来进行WB定量分析。 一、利用ImagJ对WB条带进行灰度分析 1、File——》open 打开WB片子 2、把图片转化成灰度图片 image——》type——》8-bit 3、消除背景影响 process——》subtract background 选择50基本可以 4、设置定量参数 analyze——》set measurements，点击面积，平均密度和灰度值及Integrated Density 5、设置单位 analyze——》set scale ，在“unit of length”的方框里输入“pixels” 6、把图片转换成亮带，Edit——》invert 7、选择Freehand Selection，尽量把条带圈起来，点击键盘m，出来IntDen灰度值 当测定完所有条带，选结果中的“Edit ”的“SelectAll”，然后复制数据“IntDen”到Excel表即可进行分析 8、复制数据IntDen进行分析 二、利用ImagJ对WB条带进行密度分析 1、File——》open 打开WB片子 2、如条带不正，需修正 image——》transform——》rotate 调节angle值，直到条带水平为止 3、选中矩形选项，圈中第一个条带，然后analyze——》gels——》select first lane（快捷键ctrl+1），然后移动第一个条带上的矩形到第二个条带上，analyze——》gels——》select second lane（快捷键ctrl+2），最后analyze——》gels——》plotlanes 4、选中直线工具，将开口的波峰关闭 5、选中魔棒工具，点击波峰可以显示波峰下面积，即条带的密度值 6、以第一个数值为基数，其他数值与第一个数值的比值为相对密度 The protocol of imageJ for quantitative analysis of Western blotting: - open an image - transfer the image to 8-bits image → type: 8 bits - Process → substract background 50 - analyze → set measurements: pick area, mean gray value, integrated density. - analyze → set scale, fill “unit of length” with “pixels” - switch the image to bright bands edit → invert - freehand selection, choose the target area on the im age (e.g. a band), type a “m” for measurement, then we get the result from a new window. - after measuring all of the bands, pick the “edit” of the result window. “select all”, copy the integrated density values to excel to analyze.

imageJ中文开发教程

ImageJ开发教程 （苑永超整理，仅供参考，勿作商业用途） 目录 一、ImageJ简述 (2) 二、ImageJ内部结构 (3) 三、ImageJ通过插件扩展功能的方法 (4) 三、插件编辑、编译、运行与部署 (6) 四、主要的包介绍 (8) 五、重要类方法介绍 (10) 1、创建图象和图象栈 (10) 2、创建图象处理器 (11) 3、载入和存储图象 (11) 4、图象参数 (11) 5、操作像素 (11) 6、图象转换 (12) 7、直方图与图象统计量 (12) 8、点运算 (12) 9、滤波器 (13) 10、几何运算 (13) 11、图形运算 (14) 12、显示图象和图象栈 (14) 13、图象栈上的操作 (15) 14、感兴趣的区域 (16) 15、图象属性 (17) 16、用户交互 (17) 17、插件 (18) 18、窗口管理 (19) 19、其他函数 (19) 六、学习资源 (20)

ImageJ官网（https://www.360docs.net/doc/929925812.html,/ij/index.html）上有英文的用户手册和教程，以及一些例子。本教程主要是为看英文比较累的朋友提供一些快速的入门。如果想在ImageJ上开发自己的图象处理算法，建议先熟悉java编程知识。本教程基本不对ImageJ菜单中提供的各种文件操作、图象编辑、图象处理、图象分析等功能作详细介绍，请读者自行探索；也不准备介绍数字图象处理的各种算法和操作，本文假定读者是图象处理方面的专业人士，本教程的重点是如何进行二次开发，如果不特别指出，文中的部分内容和例子都为ImageJ软件包自带或采自相关书籍（如《数字图像处理-java语言描述》），中文注释是后加的。 一、ImageJ简述 图象处理的流程无外乎就是打开图象数据文件，将图象数据加载到内存，然后对该内存中的图象数据进行一系列处理（分割、检测、滤波、合成、识别、显示等等），最后可能还需要将处理结果保存成某种格式的文件。 对于一般的用户来说，类似ACDsee之类的傻瓜式的软件足够了。但是科学人士除了希望有广泛的、成熟的处理算法库可以直接调用外，一般还希望开发自己的特有的图象处理算法、特有的图象处理步骤、甚至特有的交互过程。ImageJ就是这样的工具软件。 ImageJ是基于Java的，ImageJ在设计上实现了一个可以扩展的基本框架，开发人员可以通过其提供的接口来扩展图象处理功能。ImageJ提供了很多现成的功能，这些功能可以通过菜单来调用，也可以调用相应的类的方法的API。 用户只要按照接口要求开发好自己的处理模块，并按照要求部署和配置，Image就可以自动加载和调用。 ImageJ是完全开源和免费的，特别适合教学和科研。其关键的特征有： 1、在菜单上集成了一系列的交互式工具，用于创建、加载、编辑、分析、 处理、保存图象，支持常见的图象文件格式。 目前，ImageJ主菜单上的集成的主要功能： ! File: 打开、保存、创建新的图象文件。 ! Edit:图象的编辑和绘制操作。 ! Image:图象的修改、转换、几何操作。 ! Process:图象的点运算、滤波器、以及多幅图象之间算法操作。 ! Analysze:对图象数据进行统计分析、用直方图或其他格式显示出来。 ! Plugin:编辑、编译、执行、管理用户自己定义的插件。 2、提供简单的插件机制，帮助开发人员专注于自己的图象处理过程的开 发，从而扩展ImageJ的功能。 3、提供宏语言或javascript脚本以及解释器，可以通过组合现有的函数， 来实现客户化的处理过程。这种方式不需要用户具有Java知识。此外 还有一些使用其他脚本语言扩展的方式。 用户要想在ImageJ的基础上扩展自己的图象处理功能、进行二次开发，需要了解Image内部结构。

imagej荧光定量方法

1、安装后首先打开ImageJ： 2、打开要分析图片：File>open（热键为Ctrl+O） 3、转换成8bit的灰度图：Image>Type>8-bit 4、黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限 大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转，不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小）：Edit>Invert（热键为Ctrl+Shift+I） 5、校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说 得清的，这里忽略）：Analyze>Calibrate 在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD，并下界面左下方勾选Global calibration，然后点击右下角的OK 点击OK后会跳出校正后的光密度曲线： 如不勾选Global calibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选Disable Global Calibration，勾选Disable these Messages

6、选择测量单位（一般选择象素，如有明确的比例，也可以选择相应单位）：Analyze>Set scale 点击后在弹出的界面里点击中间的click to Remove Scale，并勾选下面的Global（同样的，如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK 7、选择测量项目：Analyze>Set Measurements 在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrated density，并勾选下面的Limit to threshold （这个选项是指只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK 8、选择测量域值：Image>Adjust>Threshold（热键为Ctrl+Shift+T） 滑动弹出界面中间的滑块选择适合的域值，以使的你图片中的细胞或待测目标刚好全部被选中，选好之后点击右下角的Set 在弹出来的界面点击OK

image_j的中文使用方法-值得借鉴哈

ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。 step 1.首先打开软件后，开启图档 ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。 step 1.首先打开软件后，开启图档

step 2.请先做校正，选择Analyze底下的Calibrate选项，再选择校正的模式，使用Uncalibrate OD，再按ok 按下ok之后会出现校正的图形

Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项)，再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1)，此时框架中会出现一个号码1，之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2)，当然可以一直加下去，最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。

Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度，此时可以看到有几个比较高的区段，就是我们想定量的band，使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再，使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。 Step 5.当我们点选分析时，在result的对话视窗会出现分析的数据，依序点选就会出现每个band的值。

注：当我们选择分析的条带也可以是横向选取，就可以只比较相同大小的DNA 的含量，同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。 使用ImageJ 分析图像中的颗粒数 [https://www.360docs.net/doc/929925812.html,] 原创教程，转载请保留此行 1，到本站资料下载-实用小工具栏目下载 ImageJ 并安装。 2，打开ImageJ并打开要分析的图片。请看演示图片。 3，把图像二值话或者设定阈值。选择Image - Adjust - Threshold... 根据提示设定你需要的阈值。这一步非常重要，关系到结果的正确性。设定阈值的标准就是把是颗粒的地方都突出出来。示例中颗粒都被染成了红色。

nano measurer1.2_imagetool3.0和imagej粒径面积图像分析软件使用方法分布计算的测量方法

Nano Measurer 1.2；ImageTool (IT) 3.0 ；imageJ，统计粒径、孔径、孔面积，孔的总面积，角度等三款图像分析软件使用方法 一、Nano Measurer 1.2 粒径分布计算 1.文件/打开图像文件 2.对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线(图中红线)/设置/标尺 3.对话框中输入实际长度100，单位um/确定

4.用鼠标在所需测量的孔上划距离，得到有序号的标记 5.点击报告/查看报告/跳出统计报告和柱状图 6.点击图中下方“统计报告到出…，得到下方数据，ok！！！！

******************Nano Measurer 1.2.5******************* ******************************************************** ==================Basic report================== Total 35 Max./um 29.50 Min./um 1.69 Mean/um 15.14 No. Particle size/um 1 22.02 2 21.04 3 12.67 4 13.71 5 24.12 6 23.83 7 17.05 8 29.50 9 13.05 10 24.53 11 13.59 12 22.75 13 20.25 14 11.90 15 18.01 16 22.56 17 14.35 18 16.36 19 1.88 20 16.07 21 18.21 22 12.51 23 24.28 24 17.36 25 21.25 26 13.09 27 18.84 28 1.69 29 4.21 30 3.37 31 2.66 32 5.06 33 16.03 二、ImageTool (IT) 3.0 统计粒径、孔径、孔面积，孔的总

ImageJ分析电泳条带灰度

教你使用ImageJ分析电泳条带灰度比-ImageJ使用教程 摘要：ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。 step 1.首先打开软件后，开启图档 step 2.请先做校正，选择Analyze底下的Calibrate选项，再选择校正的模式，使用Uncalibrate OD，再按ok 按下ok之后会出现校正的图形

Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项)，再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1)，此时框架中会出现一个号码1，之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2)，当然可以一直加下去，最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。 Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度，此时可以看到有几个比较高的区段，就是我们想定量的band，使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band 的区域和没有band的区域分开再，使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。

Step 5.当我们点选分析时，在result的对话视窗会出现分析的数据，依序点选就会出现每个band的值。

注：当我们选择分析的条带也可以是横向选取，就可以只比较相同大小的DNA的含量，同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。

imageJ功能简单解析

1Image Types and Formats 1.1＞image＞type（此子菜单确定图像的类型或将其转换为另一种类型，所支持 的转换如下） 1.1.18-bit转换为256(28)个灰度级别的图像(只有整数) 1.1.216-bit转换为65,536(216)灰度级别的图像(仅限整数) 1.1.332-bit转换为4,294,967,296(232)灰度(实数)的图像，像素由浮点值表示 （RGB图像转换为灰度使用灰色的公式=(红+绿+蓝)/ 3或灰色= 0.299×红色+ 0.587×绿色+ 0.114×蓝色） 1.1.48-bit color 用Heckbert’s median-cut color quantization algorithm将图像转 换为8位RGB彩色图像 1.1.5RGB color 转换为32位RGB彩色图像 将一张彩色图像分解为三张不同类型的彩色： 1.1.6RGB stack 转换为3层(红、绿、蓝)堆栈 1.1.7HSB stack 转换为3层(色相、饱和度和亮度)堆栈 1.1.8Lab stack （？？？） 1.2＞image＞adjust（此子菜单包含调整亮度/对比度、阈值级别和图像大小的命 令） 对于8位图像，通过更新图像的查找表(lookup table,LUT)来改变亮度和对比度，像素值不变。

RGB图像通过修改像素值来改变RGB图像的亮度和对比度 1.2.1Brightness/Contrast实质是对图像直方图调 节 （1）minimum和maximum分别改变图像的最小值和最大值，来修改图像的像素值 范围 （2）brightness和contrast分别修改直线的斜率和截距来改变图像的亮度和对比 度（直线意义？？？） 1.2.2Window/Level实质和B&C的亮度和对比 度调节相同 1.2.3Color Balance 对red,green,blue,cyan,magenta,yellow,all共 7种颜色选项进行minimum、maximum和 1.2.4Threshold（only for grayscale images） 设置较低和较高的阈值，将灰度图像分割 成感兴趣的特征和背景（对灰度图像直方 图进行分割） 共16种阈值选取方法，3种展示方法 1.2.5Color Threshold 基于色相饱和度和亮度(HSB)、红绿蓝 (RGB)、Lab或YUV的24位RGB图像阈 共16种阈值选取方法，3种展示方法 1.2.6Size缩放到指定的宽度和高度(以像素为单 位) 可选择保持原来的长宽比

Image J官方简体中文快速 入门指南

ImageJ 入门 by tree_cmu 2011-10-20 1 Image J 是什么？ ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。 ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。[1] 2 ImageJ可以做什么？ 概括一下，主要分为以下几个方面： A)图像的区域和像素统计（大小）。长度，角度。阳性点密度和数量 B)光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。 C)两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子 https://www.360docs.net/doc/929925812.html,/bbs/thread/18145886?keywords=image%20J#18145886） D)卷积，Sholl分析，傅里叶分析（这些还不会使用） E)更多功能 3 Image 界面[2] 界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。 菜单栏 菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。 文件和office word 等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。

image J使用教程

Examples of Image Analysis Using ImageJ Area Measurements of a Complex Object Problem: Determine the photosynthetic (i.e., green) portion of a variegated leaf. (Open leaf image via Select File → Open Samples → Leaf ) ? Convert scanned color image of leaf to grayscale: Image → Type → 8-bit ? Set measurement scale: Draw a line over a 50 mm section of the ruler then Analyze → Set Scale In Set Scale window enter 50 into the 'Known Distance' box and change the 'Unit of Measurement' box to mm , check 'Global' ? Draw a new line and confirm that the measurement scale is correct. ? Threshold the leaf image using the automated routine: Process → Binary → Make Binary The automated threshold includes only the dark green areas. ? Calculate area of green portion: Surround the leaf with the rectangular selection tool Analyze → Analyze Particles Enter 50 as the minimum particle size, toggle 'Show Outlines', check “Display Results’ and click 'OK' Outline of analyzed area will be drawn. Data window gives an area of about 2000 mm 2 depending on the calibration setting. (See bottom of page for an alternative method for measuring areas.) ? Threshold new image of leaf using manual settings: Image → Adjust →Threshold and play with sliders to include all of leaf in red and click ‘Apply’ The manual threshold setting includes all of the leaf area. ? Calculate area of entire leaf: Enclose the leaf with the rectangular selection tool Analyze → Analyze Particles Use previous window settings and click 'OK' Outline of entire leaf is automatically drawn. Data window gives an area of about 2450 mm 2. This analysis suggests that about 82% of leaf surface is dark green. These values should be manually confirmed before beginning a 'production run' of measurements. An alternative procedure for measuring areas: Analyze → Set Measurements , check 'Limit to Threshold'. After converting to a binary image, select Analyze → Measure This procedure is simpler but does not draw an outline of the measured area. (more on reverse side)

imageJ中文开发教程

ImageJ 开发教程 （苑永超整理，仅供参考，勿作商业用途） 目录 一、ImageJ 简述 (2) 二、ImageJ 内部结构 (3) 三、ImageJ 通过插件扩展功能的方法 (4) 三、插件编辑、编译、运行与部署 (6) 四、主要的包介绍 (8) 五、重要类方法介绍 (10) 1、创建图象和图象栈 (10) 2、创建图象处理器 (11) 3、载入和存储图象 (11) 4、图象参数 (11) 5、操作像素 (11) 6、图象转换 (12) 7、直方图与图象统计量 (12) 8、点运算 (12) 9、滤波器 (13) 10、几何运算 (13) 11、图形运算 (14) 12、显示图象和图象栈 (14) 13、图象栈上的操作 (15) 14、感兴趣的区域 (16) 15、图象属性 (17) 16、用户交互 (17) 17、插件 (18) 18、窗口管理 (19) 19、其他函数 (19) 六、学习资源 (20)

ImageJ 官网（https://www.360docs.net/doc/929925812.html,/ij/index.html）上有英文的用户 手册和教程，以及一些例子。本教程主要是为看英文比较累的朋友 提供一些快速的入门。如果想在 ImageJ 上开发自己的图象处理算法，建议先熟悉 java 编程知识。本教程基本不对ImageJ 菜 单中提供的各种文件操作、图象编辑、图象处理、图象分析等功能 作详细介绍，请读者自行探索；也不准备介绍数字图象处理的 各种算法和操作，本文假定读者是图象处理方面的专业人士， 本教程的重点是如何进行二次开发，如果不特别指出，文中的 部分内容和例子都为 ImageJ 软件包自带或采自相关书籍（如 《数字图像处理-java语言描述》），中文注释是后加的。 一、ImageJ 简述 图象处理的流程无外乎就是打开图象数据文件，将图象数 据加载到内存，然后对该内存中的图象数据进行一系列处理（分割、检测、滤波、合成、识别、显示等等），最后可能 还需要将处理结果保存成某种格式的文件。 对于一般的用户来说，类似ACDsee 之类的傻瓜式的软件足够了。但是科学人士除了希望有广泛的、成熟的处理算法库 可以直接调用外，一般还希望开发自己的特有的图象处理算法、特有的图象处理步骤、甚至特有的交互过程。ImageJ 就是这样的工具软件。 ImageJ是基于Java的，ImageJ在设计上实现了一个可以扩展的基本框架，开发人员可以通过其提供的接口来扩展图象处理 功能。ImageJ 提供了很多现成的功能，这些功能可以通过菜 单来调用，也可以调用相应的类的方法的 API。 用户只要按照接口要求开发好自己的处理模块，并按照要求部署和配置， Image 就可以自动加载和调用。 ImageJ 是完全开源和免费的，特别适合教学和科研。其关键的特征有： 、 1、在菜单上集成了一系列的交互式工具，用于创建、加载 编辑、分析、处理、保存图象，支持常见的图象文件 格式。 目前，ImageJ 主菜单上的集成的主要功能： ?File:打开、保存、创建新的图象文件。 ?Edit:图象的编辑和绘制操作。 ?Image:图象的修改、转换、几何操作。 ?Process:图象的点运算、滤波器、以及多幅图象之间算法操作。 ?Analysze:对图象数据进行统计分析、用直方图或其他格式显示出来。 ?Plugin:编辑、编译、执行、管理用户自己定义的插件。

用IMAGEJ的图形叠加功能改进免疫组化染色的方法

用IMAGEJ的图形叠加功能改进免疫组化染色的方法 时间：2009年11月22日16:05 来源：中国医药导报 李晓霞1，杨国强2* （1.郑州市儿童医院，河南郑州 450003；2.郑州人民医院，河南郑州 450003） [摘要] IMAGEJ是一个共享的医学图形分析软件，它具有很强的图形操作和分析的功能。利用它的图形叠加功能可以很方便的把免疫荧光图像和组化染色图像叠加在一起。对于同一张涂片先进行某种分子的免疫荧光染色得到它在不同细胞中的分布图，再进行组化染色得到细胞的染色图，然后进行图像叠加。既可以清楚地观察细胞结构，也明确了这种分子在不同细胞中的分布。改进简化了常规免疫组化的操作步骤，利用荧光检测也提高了检测的敏感度，为细胞内分子的定量化检测打下了基础。 [关键词] IMAGEJ医学图形分析软件；图形叠加；免疫组化；定量分析 [中图分类号] R446.61 [文献标识码] B [文章编号] 1673-7210（2009）11（c）-128-01 本文介绍用IMAGEJ的图形叠加功能改进免疫组化染色的方法如下： 1 方法 第一，下载IMAGEJ。打开网址HTTP：//https://www.360docs.net/doc/929925812.html,/IJ点击DOWNLOAD。可以看到不同版本的下载方式。根据自己计算机的配置情况选择合适的下载方式，一般是选取WINDOWS方式下载。 第二，经解压缩后，打开压缩包内的文件，然后按照提示完成IMAGEJ的安装。 第三，取一张骨髓涂片，4%甲醛固定5 min。滴加山羊血清封闭液，室温下10 min后

甩去多余液体，不洗。滴加单克隆小鼠抗人CD3。37℃下1 h后用PBS洗3次，每次2 min。滴加荧光标记的山羊抗小鼠IgG，37℃下20 min后PBS洗4次，每次5 min。在荧光显微镜下观察，并存取文件1。 第四，用瑞氏染色液复染，镜下观察存取得到文件2。 第五，打开IMAGEJ和文件1文件2。利用THRESHOLD和Brightness/Contrast命令调整亮度和对比度，SUBTRACT BACKGROUND剪除背景，存取文件3。 第六，使用IMAGE CALCULATE命令叠加文件1和文件3，这样荧光图像和瑞氏染色图像就叠加在了一起。 2 讨论 计算机生物医学图像分析不仅大大延伸了人眼的分辨能力，而且还可以超越时间和空间的限制，把实际工作中较困难的操作利用其虚拟功能转变为其他简单的形式来完成，从而引起一些实际工作从原理到实际操作的根本的改变[1]。 如上述方法进行的淋巴细胞的亚群分析，从操作上不同于传统的最常用的两种方法：免疫荧光方法和免疫酶方法。而是经过改进在计算机的辅助下既利用了免疫荧光的高灵敏度，又弥补了它不能观察细胞结构的不足。传统的免疫酶法也具有较高的敏感度且经过复染也可以观察细胞结构，但与免疫荧光法进行比较，免疫酶法相对要复杂很多[2]。从根本上说这是因为荧光素是一种分子量很小的物质，可以很多分子同时直接标记在抗体上成为一种敏感度很高的显示系统；而免疫酶要成为一种理想的显示系统，必须借助于生物素-卵白素等一些中介分子的帮助，聚集够一定的含量，才可以在较短的时间内催化底物显色以达到足够的敏感度。因此免疫荧光法要简单很多，用免疫荧光法比较容易获得试验结果。但也有其缺陷就是细胞的结构不如经过染色看得清楚，它只能以明和暗区分是否是阳性细胞，即只能判断有或无，或进行简单的计数。利用免疫酶法复染后，不同细胞的结构则可以看得很清楚，这也是其优势所在，尤其在组织切片的免疫组化是不可缺少的；免疫荧光则达不到这种效果，借助于计算机的图像分析功能可以克服这一弱点。只需要再对同一切片进行复染，然后叠加染色图片和荧光图片。这样阳性细胞在切片中的分布以及整个组织结构都看得很清楚。同时，具体的操作步骤也简单了很多。

用ImageJ对Western Blot图片灰度分析

用ImageJ对Western Blot图片灰度分析 教程收集于互联网来源中生网 The good news is that even if you don't have access to a photo editing program such as Photoshop, you can now do all the same analyses using free programs. My favorite option is the freely available ImageJ from the National Institutes of Health. The homepage for ImageJ is here: https://www.360docs.net/doc/929925812.html,/ij/index.html wherein you can find links to the download, documentation, additional plugins and so on. Once ImageJ is installed, open it up and open your scanned film file. We'll start the ImageJ section by duplicating the method outlined above for Photoshop. 1. Open your file. 2. Under Image>Type click on 8-bit to convert the image to grayscale. 3. Go to the menu Process>Subtract Background. Try a rolling ball radius of 50. This removes some of the background coloration from your image. 4. Go to Analyze>Set Measurements, and click the boxes for Area, Mean Gray Value, and Integrated Density. 5. Go to Analyze>Set Scale, and enter "pixels" in the box next to Unit of length. 6. Go to Edit>Invert (or hit Ctrl+Shift+I) to invert the colors on the image. Now the dark areas are light, and the light areas are dark. As outlined above, this has the benefit of making the measured values for bands increase with increasing protein expression. 7. Choose the Freehand Selection tool from the tool palette.

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关于本手册- 请先阅读 ImageJ是一个公共领域的Java图像处理程序由美国国立卫生研究院的Macintosh形象的启发。它运行在 任何一个Java 1.1或更高版本的虚拟机电脑，无论是作为一个applet或网上下载的应用程序作为一个。 笔者，韦恩Rasband（wayne@https://www.360docs.net/doc/929925812.html,），是在研究科，国立 心理健康，贝塞斯达，马里兰州，美国。 约ImageJ信息的最佳来源，可以发现在ImageJ网页（https://www.360docs.net/doc/929925812.html,/ij/）和 通过订阅ImageJ邮件列表（在主页上的细节）。本手册的目的是要介绍给ImageJ光学显微镜- 一个ImageJ的剧目一小部分。 ImageJ的一种方式，一个“插件”现在越来越多的补充本地大量功能（可选 需要额外安装）。的核心职能进行了详细的描述在ImageJ网站（按照 单证链接）。一个插件是一个文件（名为*.类），需要在“插件”子文件夹ImageJ文件夹，否则ImageJ不会加载它。 在本手册中，本机的功能是指在斜体，黑白文本，由插件斜体，深蓝色 文本。ImageJ功能都可以通过键盘快捷键访问，或“热键”。一些热键是硬到有线 ImageJ，而另一些用户定义的。与大多数其他Windows应用程序，键盘快捷方式不 要求“控制”键被按下（在Microsoft Word中，热键“复制”，例如，是按Ctrl + C）后，在 ImageJ，这就是“C”的。除非你已经安装了从赖特细胞成像设备网站（手册ImageJ 和软件的链接），插件本手册中提到的和定制的键盘快捷方式或多或少（ “热键”）可能无法工作。 这也仅仅是被插件收集整理和我组织，他们都已经获得 摆脱ImageJ网站或其他地方上网。这项工作的信贷应该去 作者的插件（见附件）。请确保他们得到适当的承认，在任何 出版，他们的工作便利。我试图包括适当引用或联系方式 每位作者。让我知道任何遗漏，我会立即改正。 如果你是一个插件作者，你是不是你的插件的方式描述或包含或快乐 引，请让我知道。我会在必要时更新此手册。 本手册的目的是介绍性的概述，让您建立和运行，因此，并不详尽。 我开始工作，而在本手册Babraham学院，剑桥，英国（地址如下）就业。我认为现在是一个“进展中的工作”。请发送任何意见： 托尼柯林斯博士 设施经理 赖特细胞成像设备 多伦多西方研究所 管委会13-407 399 Bathurst街 多伦多，开，M5T 2S8 电子邮箱：tonyc@uhnres.utoronto.ca 网址：www.uhnresearch.ca / wcif