综合序列分析软件BioEdit中文说明书

常用分子生物学软件简介

常用分子生物学软件简介公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-

常用分子生物学软件一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster

斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退

常用生物软件简介汇总(window 版)

一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：69 00美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理

的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，E XCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Tr eeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一

财政大数据综合查询分析系统(FCAS)

财政大数据应用案例综合查询分析系统（Financial Comprehensive Analyses System，简称：FCAS）综合查询分析系统是一款报表展示系统。它以财政业务支撑平台为数据基础，通过抽取、转换整理后，以图表形式展示给用户。图1 报表一功能概述综合查询分析系统用于满足各层次用户的查询及宏观决策支持，它能够产生各种汇总表、明细表，如《省本级预算明细台账》；资金账表《银行存款对应关系分析》；并且能够将汇总数据分解展开，如《总财力分析》、《总财力分析明细》。能够让用户从各种角度分析数据，为用户的分析和决策提供数据支持。综合查询分析系统可以查询预算编制、指标、计划、支付、财税收入、非税收入、库存日报、电子缴款书等各个财政业务环节的数据。而且对各类查询报表进行了分析整理形成大类分析主题。报表如下：预算指标分析主题报表：总财力分析总财力分析(明细) 上年结转分析(明细) 上年结转分析(同期对比) 上年结转分析(分处室) 预算分配分析预算分配分析(同期对比) 预算执行表(预算) 执行进度分析主题报表：预算支出进度分析计划支出结余中央专款分析主题报表：中央专款下达情况表预算管理主题报表：全省(市)支出预算情况分析预算执行动态分析(分处室) 财政分处室分单位预算表待分指标分配情况分析本级对账单(明细) 下级对账单(明细) 预算执行主题报表：实拨资金统计分析预算执行情况分析(单位、科目) 预算计划支付情况分析计划执行情况分析分处室预算执行进度分析预算执行分析(单位、功能、经济) 预算结余分析表补助下级分析主题报表：分地市补助支出情况分析预算编制主题报表：支出预算总表省级支出预算分科目汇总表

生物软件使用说明书大全

生物软件使用说明书大全生物软件使用说明书大全转自： SPSS10教程 SAS6.12统计教程统计软件SAS 8.2教程 Stata统计学教程入门 Eviews3.1使用入门教程1 软件中文使用说明书大全 ? ·NoteExpress初级教程（step by step） ? ·常用生物软件简介汇总(window 版） ? ·STATISTICA/w 5.0及其在医学中的应用 ? ·利用Excel处理统计数据 ? ·数据分析、科技绘图的必备工具－Microcal O () ? ·Band Leader中文使用说明书 ? ·BioEdit中文使用说明书下载 ) ? ·Cn3D中文说明书下载 ? ·Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件演示操作 ) ? ·Gene Construction Kit中文使用手册 ) ? ·aminoXpress中文使用说明书 ) ? ·DNAtools中文说明书下载 ? ·综合性序列分析软件DNAStar中文使用说明书 ) ? ·Reference Manager 10中文使用说明书 ? ·Genamics中文使用说明书) ? ·Vector NTI9.0中文使用说明书 ) ? ·Winplas中文使用说明书 ? ·RNA Structure 3中文使用说明书) ? ·Primer Premier中文使用说明) ? ·进化树分析及相关软件使用说明) ? ·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6 ) ? ·RNAdraw1.1b2功能介绍) ? ·SEQUIN3使用中文说明书 ? ·JELLYFISH 1.3 使用手册) ? ·Omiga使用中文说明书 ? ·Excel 提速12招 ? ·修复受伤的Excel文件 ? ·用好Word 2003的比较功能 ? ·抓图高手:SnagIt使用技巧3例 ? ·DNASTAR-MAPDRAW软件使用教程[图解] ? ·DNASTAR-EDITSEQ软件使用教程[图解] ? ·核酸序列分析软件DNAssist1.0教程[图解] ? ·BandScan使用教程[图解] ? ·蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3中文说明书

excel是一种表格式数据综合管理与分析系统

竭诚为您提供优质文档/双击可除 excel是一种表格式数据综合管理与分析系统篇一：如何运用excel进行数据管理答案如何运用excel进行数据管理答案单选题 1.设置单元格格式时，在数据分类的“自定义”中，代表数值的符号：√ a b c d 应该是@应该是#应该是“应该是0 正确答案：b 2.下列选项都是对某单元格内数据格式的自定义，其中代表固定字母“abc”后跟随任意数字的：√ a b c

是@abc@0是#abc#0是“abc”#是“abc”@ 正确答案：c 3.设置某单元格格式时，如果在“自定义”中填写“0.000”，并在此单元格中输入3.1415，回车后会显示为：√ a b c d3.1423.0003.14153 正确答案：a 4.在excel中，设置单元格内容为文本格式的快捷方式：√ a 应该是# b c d 应该是@应该是“应该是正确答案：d 5.需要excel表格自动将输入的阿拉伯数字转换为中文大写时，设置方法是：设置单元格格式—数字—（）。√

b c d 日期特殊货币科学计数正确答案：b 6.下列日期的输入格式中，属于真日期的是：× a b c d20xx.10.1020xx\10\104119220xx1010 正确答案：c 7.在单元格中输入“5/8”后，点击回车，显示的是：√ a b c d5月8日8月5日1.60.625 正确答案：a 8.在excel中，输入当天日期的快捷键是：√ ashiFt+； bctRl+F5

cshiFt+F5 dctRl+；正确答案：d 9.excel表格对数据的精确度是（）位。√ a12 b15 c18 d24 正确答案：b 10.若想对excel中的内容设置安全性，应该使用的工具是：√ a 数据有效性 b 单元格样式 c 保护工具表 d 冻结窗格正确答案：c 判断题 11.在excel中，编写不用于运算的编号时，#的应用大

序列分析软件DNAMan

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介 DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：

第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1．将待分析序列装入Channel （1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

多维数据综合分析系统及其分析方法与制作流程

图片简介: 本技术公开的属于数据分析技术领域，具体为一种多维数据综合分析系统，该多维数据综合分析系统包括数据存储数据库、基站数据库、数据关联模块、数据分析模块、数据表格图形绘制模块和数据标记模块，该多维数据综合分析系统的分析方法的具体步骤如下：S1：获取话单文件、账单文件和取证文件获取并存储在数据存储数据库内，通过特定的模型和算法，在巨量的话单、账单、电子取证信息中进行数据关联碰撞，分析出符合条件的数据，通过特有的显示模型提供给用户分析线索；能够对被调查人员进行多方位的数据行为刻画，对比分析出被调查人员在某些特定时间/事件内的联系对象、活动轨迹、资金交易、交易对象等信息。技术要求 1.一种多维数据综合分析系统，其特征在于，该多维数据综合分析系统包括数据存储数据库、基站数据库、数据关联模块、数据分析模块、数据表格图形绘制模块和数据标记模块；所述数据分析模块包括话单分析单元、账单分析单元和综合分析单元；所述数据存储数据库、基站数据库之间相互建立联系，所述数据存储数据库存储话单文件、账单文件和取证文件，所述数据关联模块收集时间信息、空间信息和事件信息；

所述话单文件、账单文件和取证文件存储到数据存储数据库内，所述数据存储数据库的输出端与数据关联模块连接，所述数据关联模块的输出端与数据分析模块连接，所述数据分析模块的输出端与数据表格图形绘制模块连接，所述数据表格图形绘制模块的输出端与数据标记模块连接。 2.根据权利要求1所述的一种多维数据综合分析系统，其特征在于：所述话单文件包括通话记录、基站信息和离线地图。 3.根据权利要求1所述的一种多维数据综合分析系统，其特征在于：所述账单文件包括交易记录和银行信息。 4.根据权利要求1所述的一种多维数据综合分析系统，其特征在于：所述取证文件为电子取证信息。 5.根据权利要求1所述的一种多维数据综合分析系统，其特征在于：所述话单分析单元、账单分析单元的输出端与综合分析单元连接，所述综合分析单元经过用户授权进行分析操作。 6.一种如权利要求1-5任意一项所述多维数据综合分析系统的分析方法，其特征在于：该多维数据综合分析系统的分析方法的具体步骤如下： S1：获取话单文件、账单文件和取证文件获取并存储在数据存储数据库内，数据存储数据库结合基站数据库对于话单文件、账单文件和取证文件相关文件信息获取； S2：数据存储数据库将话单文件、账单文件和取证文件及相关文件信息输出到数据关联模块，数据关联模块对话单文件、账单文件和取证文件及相关文件信息对应的时间信息、空间信息和事件信息进行关联； S3：话单分析单元、账单分析单元和综合分析单元对通话记录、基站信息和离线地图、交易记录和银行信息、电子取证信息经过用户的授权进行分析； S4：单分析单元、账单分析单元和综合分析单元分析的结果通过数据表格图形绘制模块制成表格；

大数据处理综合处理服务平台的设计实现分析报告

大数据处理综合处理服务平台的设计与实现（广州城市职业学院广东广州510405）摘要：在信息技术高速发展的今天，金融业面临的竞争日趋激烈，信息的高度共享和数据的安全可靠是系统建设中优先考虑的问题。大数据综合处理服务平台支持灵活构建面向数据仓库、实现批量作业的原子化、参数化、操作简单化、流程可控化，并提供灵活、可自定义的程序接口，具有良好的可扩展性。该服务平台以SOA为基础，采用云计算的体系架构，整合多种ETL技术和不同的ETL工具，具有统一、高效、可拓展性。该系统整合金融机构的客户、合约、交易、财务、产品等主要业务数据，提供客户视图、客户关系管理、营销管理、财务分析、质量监控、风险预警、业务流程等功能模块。该研究与设计打破跨国厂商在金融软件方面的垄断地位，促进传统优势企业走新型信息化道路，充分实现了“资源共享、低投入、低消耗、低排放和高效率”，值得大力发展和推广。关键词：面向金融，大数据，综合处理服务平台。一、研究的意义目前，全球IT行业讨论最多的两个议题，一个是大数据分析“Big Data”，一个是云计算“Cloud Computing”。

中国五大国有商业银行发展至今，积累了海量的业务数据，同时还不断的从外界收集数据。据IDC（国际数据公司）预测，用于云计算服务上的支出在接下来的5 年间可能会出现3 倍的增长，占据IT支出增长总量中25%的份额。目前企业的各种业务系统中数据从GB、TB到PB量级呈海量急速增长，相应的存储方式也从单机存储转变为网络存储。传统的信息处理技术和手段，如数据库技术往往只能单纯实现数据的录入、查询、统计等较低层次的功能，无法充分利用和及时更新海量数据，更难以进行综合研究，中国的金融行业也不例外。中国五大国有商业银行发展至今，积累了海量的业务数据，同时还不断的从外界收集数据。通过对不同来源，不同历史阶段的数据进行分析，银行可以甄别有价值潜力的客户群和发现未来金融市场的发展趋势，针对目标客户群的特点和金融市场的需求来研发有竞争力的理财产品。所以，银行对海量数据分析的需求是尤为迫切的。再有，在信息技术高速发展的今天，金融业面临的竞争日趋激烈，信息的高度共享和数据的安全可靠是系统建设中优先考虑的问题。随着国内银行业竞争的加剧，五大国有商业银行不断深化以客户为中心，以优质业务为核心的经营理念，这对银行自身系统的不断完善提出了更高的要求。而“云计算”技术的推出，将成为银行增强数据的安全性和加快信息共享的速度，提高服务质量、降低成本和赢得竞争优势的一大选择。

Gblocks使用说明书-by florawz1

Gblocks使用说明书（by florawz） 1.首先打开软件，进入主页面 2.输入O ，然后回车，对话框显示输入一个文件或路径此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。对话框即出现该文件的路径（如图）按回车，即导入该序列。对话框上部出现下列信息 3.快速比对：输入G，然后回车。在原比对文件所在文件夹内即可出现Gblocks 已经处理好的文件

.fas-gb文件可用Bioedit和DNAMAN打开。打开.htm文件，可查看可视化的处理结果（如图） 4.主菜单： t. 指定的序列类型（可以是蛋白质,DNA或者密码子）。输入一个t，回车。序列类型改为Condons 再输入一个t，回车。序列类型改为DNA（如此循环修改）

o. 打开一个文件。必须为 NBRF/PIR 或 FASTA 格式，序列长度不限。打开 NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型如： >P1;byflorawz ------MEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN--PDPEKVSAYECGFNAF D-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFA YEWKKGALEWA----------------------* (fas格式则不需要，第一行直接为>byflorawz即可) 注意：在使用Glocks分析前，序列缺口必须先消除。在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格。打开多个文件：必须建立一个path文件。输入各个相关文件的路径，在安装好的文件包内可以看到一个"paths"范例，用word打开此文件，即可看到各个文件的所在路径（如图）多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths文件，且各个比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的结果中可以连接起来。如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理，但是最后不能连接。 b. 显示 Block 限制性参数 (详情见下页). s. 显示保存菜单(详情见下页). g. 处理计算 q. 退出 5.限定性参数菜单

Gene 序列分析

Gene 序列分析原文https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/vionit/blog/item/98edb0dc706167a2cc116651.html 核酸和蛋白质序列分析在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴。本路线图及推荐网址已建立超级链接，放在北京大学人类疾病基因研究中心网站（https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/science/bioinfomatics.htm）,可以直接点击进入检索网站。下面介绍其中一些基本分析。值得注意的是，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。（一）核酸序列分析 1、双序列比对（pairwise alignment）双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及氨基酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对和局部比对两类，各以Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法为代表。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有最优值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gap penalty）和空格延伸罚分（gap extension penalty），以获得更优的比对。除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件（http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/），和Pairwise BLAST （https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/BLAST/）。以上介绍的这些双序列比对工具的使用都比较简单，一般输入所比较的序列即可。（1）BLAST和FASTA FASTA（https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/fasta33/）和BLAST（https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/BLAST/）是目前运用较为广泛的相似性搜索工具。这两个工具都采用局部比对的方法，选择计分矩阵对序列计分，通过分值的大小和统计学显著性分析确定有意义的局部比对。使用FASTA和BLAST，进行数据库搜索，找到与查询序列有一定相似性的序列。一般认为，如果蛋白的序列一致性为25-30%,则可认为序列同源。 BLAST根据搜索序列和数据库的不同类型分为5种（表2），另外PSI-BLAST通过迭代搜索，可以搜索到与查询序列相似性较低的序列。其中BLASTN、BLASTP在实践中最为常用，TBLASTN 在搜索相似序列进行新基因预测时特别有用。使用BLAST时，先选择需要使用的BLAST程序，然后提供相应的查询序列，选择所比对的数据库即可。 (2)Needle和Pairwise BLAST：其中Needle适用于蛋白质和DNA序列，而Pairwise BLAST仅适用于DNA序列（3）相似性和同源性：必须指出，相似性（similarity）和同源性( homology)是两个完全不同的概念。同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的

常用生物信息学软件

常用生物信息学软件一、基因芯片 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JA V A语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JA V A运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JA V A语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview 增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具三、序列综合分析 V ector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、

大数据运维及综合分析系统(Orca)

目录 1、Orca-SCMDB (2) 1.1产品简介 (2) 1.2功能特点 (2) 1.3功能说明 (3) 2、ORCA-Radar (4) 2.1 产品简介 (4) 2.2隐患扫描指标 (5) 2.3扫描范围 (5) 2.4产品优势 (6) 2.5设备监控 (6) 2.6性能监控 (7) 3、IT运维大数据分析 (7) 3.1性能Top N (10) 3.2系统安全评测 (10) 3.3性能预测 (11) 3.4容量预测 (11) 3.5可靠性预测 (12)

智能维保Orca包括Orca-SCMDB(信息管理)，Orca-Radar(隐患扫描)，Orca-HHM （大数据分析），Orca-BSM（业务监控），Orca-ITSM（服务管理）等产品。 1、Orca-SCMDB 1.1产品简介 Orca-SCMDB(Super Configuration Management Database)，IT运维管理系统是北京合力思腾结合近十余年的IT运维经验，以解决用户实际问题为根本目标，从实用性、易用性的角度出发，收集、索引和利用整个IT基础架构（服务器、存储、网络、数据库和中间件等）的所有数据，为运维和业务支撑提供精确的数据分析。 1.2功能特点采用“动态建模”技术，支持资源库模型的自定义和灵活扩展，可统一管理各类IT资源目标多维度、多视角管理整个IT架构，有效反映IT资源之间复杂的关联关系，帮助用户梳

理IT架构内部关联和相互影响通过自主开发的数据采集引擎（Shell命令集库），经Telnet/SSH协议，完全实现IT 配置信息的自动采集和动态更新提供精细的IT性能分析和趋势预测，为业务系统的优化、升级、扩容提供数据基础和理论依据 1.3功能说明动态建模与数据采集从用户自己的管理思路和管理流程出发，自定义资源库动态模型。从业务角度建立“业务部门>业务系统>基础架构”的业务数据模型，从维护角度建立“网络（或机房）>设备类型>设备>关联业务”的运维数据模型，以及其他任意角度建立数据模型。独立的数据采集引擎，支持Agent和非Agent两种采集方式，支持格式化数据的批量导入。多视角视图

常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总序列综合分析 Vector NTI Suite8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析- >结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Ve ctor NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析- > 结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑

l Tools Manager- 连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。 DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DN Astar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在O miga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clu stal. W进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从M acVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene是G CG

数据综合分析

1. 客户面临的挑战及问题随着各业务系统的逐步完善，企业内部所积累的数据呈爆炸式增长的态势，然而数据资源中所蕴涵的知识却始终未能得到充分的挖掘和利用。业务系统也存在数据标准和业务处理规则不统一、财务数据和业务数据难以整合等问题；财务业务一体化集成应用也并未解决变化频繁的日常运营操作型数据与管理决策上需要的相对稳定、具有内在一致性和可比性的管理信息之间的矛盾，运营层面的数据无法完整支持企业的管理决策。基于企业现有ERP系统的财务数据综合分析系统要解决下面七个方面的需求： (1)按照从省、市、县到部门的组织层次关系，实现分层次数据展现，为集中化财务管理提供多层级财务指标分析； (2)实现原有ERP系统、综合统计分析系统中无法实现的查询和报表功能，如科目余额表、成本中心报表、项目类报表； (3)提供灵活的多维组合查询分析，实现常规报表、自定义报表、多维查询分析、数据切片、数据钻取、数据联动等功能； (4)提供收入、成本费用、资金、投资等专项分析功能； (5)提供五大能力、杜邦、EVA等综合分析功能； (6)提供财务KPI绩效考核管理建模功能； (7)建立分析决策门户，为决策者提供管理驾驶舱，实现KPI监控、管理MAP、仪表盘分析等直观决策功能。 2. 方案总体框架久其财务数据综合分析与拓展查询解决方案整体架构如下：总体框架示意图

3. 主要功能说明 3.1 常规财务项目分析常规财务项目分析主要是基于ERP中直接提取的财务报表和科目余额表数据进行分析，包括资产分析、负债分析、权益分析、收入分析、支出分析和利润分析等分析主题。 3.2 财务综合能力分析包括盈利能力分析、偿债能力分析、营运能力分析、发展能力分析。分析的指标可以是单个也可以是多个，从总部、分/子公司两个层面分别进行。 3.3 现金流量分析通过对财务绩效指标中资金类指标的监控和分析，实现对企业经营活动中发生的现金流进行全面的掌握和控制。以现金流量表项目作为主要指标。 3.4 KPI主题分析将反映公司核心财务状况和经营状况的关键指标组合在一起，作为一个综合的分析主题，全面及时掌控公司管理重点和核心要素。KPI指标可以根据需要自由定义、选择和调整。 3.5 EVA分析参照国资委和公司内部管理对EVA考评的要求，建立EVA分析模型，客观评价公司创造财富的能力。 3.6 杜邦分析按要求建立灵活动态的杜邦分析模型，为管理层提供了一张明晰的考察公司资产管理效率和是否最大化投资回报的路线图。 3.7 财务风险分析提供多变量因素的财务风险分析Z模型，运用多种财务比率指标加权汇总而构造多元线性函数公式来判断企业财务状况，预测财务危机。 3.8 ERP拓展查询分析 ERP拓展查询分析内容包括财务基本信息、账务信息、往来信息和工程项目情况、出纳查询分析、资金监控查询分析等财务信息多角度精细化的查询分析。 3.9 透视型财务月报系统根据明细核算数据直接生成财务报表，并且在月报报表的汇总数据中，可以直接透视到明细账和相关凭证，报表的数据由系统根据明细数据汇总而成，实现了真正意义上的帐表一体化。 4.方案应用价值 (1)全面整合和深度利用财务信息资源，提高了财务信息的利用价值。 (2)全面加强省公司财务监管力度以及绩效评价能力，提升了财务管控的力度。 (3)有效提升财务信息披露质量，提高信息的透明度和信任度；同时动态实现指标的预测和预警，加强风险预警和风险监控能力，有效规避财务风险，强化了财务风险管理。

常见生物软件使用技巧汇集

常见生物软件使用技巧汇集 Q1.怎么查找序列保守区？ A1：很多人查找序列保守区，一般通过序列多重比对后，肉眼判断序列保守区，但此法难免太主观，不具重复性，且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实，实现这一目的，可以使用DnaSP--> “Analysis” -->“Conserved DNA regi on”...

Q2. 多个FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件？ A2 ：一条条添加，费时费劲，且容易出错。解决的办法有两个：一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能，即：添加序列所在的目录，或全选相关文件，进行多重比对，导出Clustal aln 文件，然后再转换为FASTA；二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“Seq Merger.exe” 即可快速实现合并。 Q3. 如何解决Clustalx 多重比对（*.Aln格式）后转为MEGA 格式时提示出错的问题？ A3：检查所转换MEGA 的*.meg 文件最后几行内容是否有*号，全部删减之即可。因为Clustalx 多重比对后，程序会自动添加一致序列。

Q4. 为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用？ A4：DNAMAN软件的精华在于通道（Channel）的应用，遇到功能菜单呈灰度无法使用时，不妨将序列载入通道后再试试... Q5. 如何让多重比对美观显示又不占篇幅？ A5：推荐使用Web Logo （https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/logo.cgi）或Sequence L ogo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用－可用于设计简并引物，简并序列一目了然，如下图的第7个碱其位点，G/A=R。 Q6. 如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构？ A6：使用ESPript（http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi）对多重比对序列着色的同时，上传预测的蛋白质结构文件*.pdb 即可，效果如下图所示，详见《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》一文。具体操作方法可以参考《ESpript 美化多重比对序列图解(By Raindy) 》。

PAML 中文说明

PAML: 最大似然法分析系统发育Phylogenetic Analysis by Maximum Likelyhood 版本：4.3（2009年9月） Ziheng Y ang 马向辉翻译

1、概述 PAML (for Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) 是一个用最大似然法分析蛋白质或DNA序列系统发育的一个程序包。 1.1 PAML 文件：除了这个手册以外，以下资源也需要注意： PAML网站：https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/software/PAML.html。在这个网站上有PAML的下载以及编译程序; PAML FAQ页面：https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/software/pamlFAQs.pdf; PAML讨论群：https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/phpBB2/，在这里你可以提出你的问题，或者提出你发现的漏洞。 1.2 PAML 可以做些什么？ PAML 的最新版本包含一下几个程序模块：baseml, basemlg, codeml, evolver, pamp, yn00, mcmctree, 以及chi2。其中最常用的模块的介绍可以参考杨子恒教授2007年发表的文章。模块运行中用到的计算、统计方法在杨子恒教授的书中有详细的介绍。模块的主要作用包括：计算以及检测系统发育树（baseml 和codeml）; 计算复杂的碱基替代或者氨基酸替代模型中的参数，如不同位点间不同速率的模型或多个基因或者位点的综合分析模型（baseml和codeml）; 用似然比例检测比较几个模型（baseml，codeml以及chi2）; 用全局分子钟或者局部分子钟估算分歧时间（baseml和codeml）; 用最大似然法重建祖先氨基酸、核苷酸序列以及密码子模型（baseml和codeml）; 用蒙特卡洛模拟生成氨基酸、密码子

生物技术实验讲义(操作流程)

实验九、未知基因的功能分析实验目的：初步对实验获取的基因功能的分析，掌握对其编码的蛋白质结构和功能分析的流程材料与用品：材料：某基因的序列器材：计算机及相关的数据库、Bioedit ，ORF finder 、ClustalW 、Rasmol 、dps 软件等，相关软件可从网上下载请在实验前准备好。内容与方法： 1. 基因序列的BLAST 分析，登陆到NCBI 数据库https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/Blast.cgi 进行BLASTn 比对，从比对的结果了解所分析基因的一些基本信息； 2. 基因编码产物的分析：采用bioedit ，ORF finder 等软件分析该基因编码的蛋白质序列(http://www.expasy.ch/tools/ DNA__PROTEIN)；并对该蛋白质序列进行BLASTp 分析 (https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/Blast.cgi )，了解基本信息并和其核酸分析的结果进行比较； 3. 编码的蛋白质序列的基本情况分析：包括氨基酸组成，分子量，等电点、信号肽分析；(在http://www.expasy.ch/tools/ 中找到Primary structure analysis 这一项，选择其中相关程序计算。) 4. 从SWISS-PROT （在http://www.expasy.ch/中，按照右侧表格中的编号找出其对应的序列，放到同一个文本文件中。）获取和所分析蛋白同一家族的成员蛋白约20条左右，利用 ClustalX 进行多序列比对，找出该家族蛋白质的保守性区域；并利用常用N-J 法构建系统发育树，了解它们在进化的相互关系；（温馨提示：保守区域：PLA E YYIVDSW ；AHFRKWES ；FTV E GYQSSGSA 。 5. 利用swiss －model 服务器(https://www.360docs.net/doc/244535806.html,/SWISS-MODEL.html)对所获得的蛋白质序列进行同源建模，了解其三级结构，并利用spdbviewer 软件找出上述保守序列在空间的位置。 6. 根据表中给出的ID 号以及该蛋白序列所对应的蛋白的最适pH 值的数据，建立一个描述一级结构（一级结构的特征值：指每条序列中氨基酸组成）和其相关理化特征（这里指最适pH ）的定ID pH obs P45705 8.00 P29127 8.00 P55332 6.50 O43097 6.50 P00694 6.50 P26515 6.50 P55334 6.50 P45796 6.50 P25811 6.30 Q06562 6.00 P35809 5.90 P55333 5.50 P09850 5.50 P29126 5.50 P36217 5.25 P48793 5.00 P18429 5.00 P48824 4.50 P36218 4.25 P55328 3.50 P55329 3.00 P33557 2.00