密码子偏性分析精品资料
密码子使用偏好性参数汇总
研究密码子偏好性常用的参数 1、相对同义密码子使用度(Relativ e Synonymous Codon Usage, RSCU ) 是指对于某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率，它去除了氨基酸组成对密码子使用的影响。如果密码子的使用没有偏好性，该密码子的RSCU值等于1，当某一密码子的RSCU值大于1时，代表该密码子为使用相对较多的密码子，反之亦然。第i个氨基酸的第j个密码子的相对同义密码子使用度值的计算公式如下: 公式中, X ij是编码第i个氨基酸的第j个密码子的出现次数, n i是编码第i个氨基酸的同义密码子的数量( 值为1~6) 。研究中通常先利用高表达基因的RSCU值建立参考表格。 2、密码子适应指数(Codon Adaptation Index, CAI) 可以根据已知高表达基因的序列来估计未知基因密码子使用的偏好性程度。CAI的值在0~1之间, 如果越高则表明该基因的密码子使用偏好性越强。CAI 值一般用来预测种内基因的表达水平( 但目前的研究发现对于单细胞生物比较适用, 而在哺乳动物中并不能用来表示基因表达水平), 又可以用来预测外源基因的表达水平。 w ij(The relative adaptiveness of a codon): 密码子相对适应度 上式中RSCU imax、X imax分别指编码第i个氨基酸的使用频率最高的密码子的RSCU值和X值 L是指基因中所使用的密码子数。 3、密码子偏好参数(Codon Preference Parameter, CPP) CPP的变化范围为0 ~ 18, 越接近18表示密码子被非随机使用的程度越高。它对于基因编码区域总的碱基组成不敏感, 适于比较基因间或物种间密码子使用偏性的大小。 x ij是编码第i个氨基酸的第j个密码子的出现次数, n i是编码第i个氨基酸的同义密码子的数量( 值为2~6, n i= 1 的情况被排除) 4、有效密码子数(Effective Number of Codon, ENC) ENC值的范围在20~ 61之间, 越靠近20偏性越强。此值是描述密码子使用偏离随机选择的
第5章 质性研究 资料分析的方法
第五章资料分析的方法 资料收集是运用社交技巧，资料整理/分析是孤独的知性探索。 面临的主要困惑：如何从资料中发掘意义？研究者如何可能理解被研究者？被研究者文化主位的意义如何通过研究者文化客位的解释获得意义？主体间性的解释性理解具体是如何发生的？如何在创造性与严谨性上维持一个平衡？ 呈现质性资料整理与分析的基本原则、基本过程、基本的理论取向。 第一节质性研究中资料的整理与初步分析 “整理与分析资料”，指根据研究目的对原始资料进行系统化、条理化，然后用逐步集中与浓缩的方式将资料反映出来，其最终目的是对资料进行意义解释。 不少研究者怀念实地访问/现场调查的时光（田园诗），但在资料组织、整理及分析中，面对庞大的资料茫然失措。提供一些整理/初步分析资料指导方针，保持批判精神（弹性）。 一、质性资料的整理与分析的层级 ●资料分析的层级 -最低层是原始资料，包括录音带、田野笔记、文件等原始资料； -第二层是经过部分处理的资料，比如研究者的笔记与评论； ●-再高一层级的资料为译码或类别，即从原始资料与部分处理过的资料中摘要出有意义部分，同时，在这一层级工作中要呈现分析的备忘录，以解释为什么作此译码的决定。 ●用什么方法来呈现类别或主题：在质性研究中有不同的选择。 -用一些图表、矩阵图与地图来呈现社会网络关系、自然环境、地面区划、译码之间的关系或研究的概念； -用个案研究或以故事描述个案的状况来说明类别或主题。 ●资料处理及分析的技术 以归纳为主的，并且是有系统的。 量化研究在资料收集前简化资料，质性研究在资料收集后简化资料，也使质性研究报告变得易读、生动。 二、质性资料的处理
研究者实地调查后积累了成箱的资料夹、录音带、笔记、电脑磁片，但资料组织与分析需要较实地调查多六倍的时间。许多质性研究者常常会怀疑甚至会迷惑于这个问题，即：不知道什么时候才可以全部结束所有的工作。 ●资料收集：撰写稿、对话、感觉和想法、事件与个人行为描述、概要讨论、多方面的资料收集；笔记、译码、分类、计算值，深度访谈的录音及相关的报纸、书籍、学术文章等。 ●好的质性资料处理的第一步：应在资料收集时就展开下述的工作，包括：所有的田野笔记、访谈笔记、日志与备忘录都应记载日期、时间、地点；同时，除了要将各个主题与资料建档外，也要将每一个受访者的资料都建档或编码。 ●资料处理：很麻烦、复杂的过程，要一次又一次重复阅读所有的笔记与原始资料，直到清楚每段的位置与内容为止，然后对各主题的结构与顺序比较清楚，即开始对资料思考、分类、做联结。 三、整理与初步分析访谈资料 整理/分析资料作为一个整体，与收集资料之间是不可分开的阶段。整理与分析资料的时机应该越早越好，不应拖到积累了很多资料后才进行。 ●作用： （1）强迫研究者逐步缩小研究范围，尽早就研究方向与类型做出决定； （2）帮助研究者提出统揽所有资料内容的观点，发展可供进一步分析问题； （3）使研究从原始资料向理论建构的方向过渡； （4）帮助研究者在整理资料的基础上了解自己还需要哪些方面的信息，以便下一步有计划地收集资料。 ●资料分析的方法及特点 ●一次性分析：有经验老手，研究规模较小，收集资料较少，研究目的较单一，研究者可采取一次性分析方法，直接对资料进行“整体观看”，然后凭着记忆写出研究报告。 ●采取“收集在前、分析在后”的顺序：一位新手，以把握实地调查工作的进程。无论是新手还是老手，都应该及时地对资料进行整理与分析。 ●费时大：撰写一两个小时的访谈需要花费10小时，且大概有30页或更多页的稿子。 ●专门分析：在强调及时整理与分析资料时，研究者在收集资料后需要一段时间来专门进行分析。这个时间可以是几个星期、几个月，是一个整段、持续、不受到其它事情干扰的时间。（转换一下脑筋；担心已收集的资料不够用）。 ●实地笔记：最大价值在于“原始”，越是能保持其“原汁原味”，今后使用起来越能突显当时的“真实”情形。 四、资料分析前的初步整理原则 ●做记录的基本规则
质性研究方法(1)
质性研究方法 一、质性研究方法的定义及特点 “质性研究”这个词在台湾、港、澳地区用得比较多，在大陆有的称其为“质的研究”、“质化研究”；还有的为将其与定性研究、定量研究相比较，称为“定质研究”。 1.质性研究的定义 所谓质性研究，就是“以研究者本人为研究工具、在自然情境下采用多种资料收集方法对社会现象进行整体性探究、使用归纳法分析资料和形成理论、通过与研究对象互动对其行为和意义建构获得解释性理解的一种活动”。 2.质性研究的特点： 1)自然主义的探究传统 质性研究是在自然情境下，研究者与被研究者直接接触，通过面对面的交往，实地考察被研究者的日常生活状态和过程，了解被研究者所处的环境以及环境对他们产生的影响。自然探究的传统要求研究者注重社会现象的整体性和关系性。在对一个事件进行考察时，不仅要了解事件本身，而且要了解事件发生和变化时的社会文化背景以及对该实践与其他事件之间的联系。 2)对意义的“解释性理解”
质性研究的主要目的是对被研究者的个人经验和意义建构作“解释性理解”，从他们的角度理解他们的行为及其意义解释。由于理解是双方互动的结果，研究者需要对自己的“前设”和“偏见”进行反省，了解自己与对方达到理解的机制和过程。 3)研究是一个演化的过程 随着实际情况的变化，研究者要不断调整自己的研究设计，收集和分析资料的方法，建构理论的方式。因此对研究的过程必须加以细致的反省和报道。 4)使用归纳法，自下而上分析资料 质性研究中的资料分析主要采纳归纳的方法，自下而上在资料的基础上建立分析类别和理论假设，然后通过相关检验得到充实和系统化。因此，“质性研究”的结果只适用于特定的情境和条件，不能推广到样本之外。 5)重视研究关系 由于注重解释性理解，质性研究对研究者与被研究者之间的关系非常重视，特别是伦理道德问题。研究者必须事先征求被研究者的同意，对他们所提供的信息严格保密，与他们保持良好的关系，并合理回报他们所给予的帮助。 “质性研究”就是一种“情境中”的研究。质性研究的特点决定了这是一种非常适合教育领域的研究。 3．质性研究与量的研究的区别：(只说黑体字)
密码子偏好性与异源蛋白表达
密码子偏性与异源蛋白表达 原文：Claes Gustafsson, et al. TRENDS in Biotechnology, 2004,22(7): 346-353. https://www.360docs.net/doc/694656249.html,/corp/images/MS102504CG.pdf 翻译：zhxm409511 在1977年，当Genetech的科学家和他们的科研合作伙伴首次利用细菌生产出人类蛋白（生长激素释放抑制因子）时[1]，蛋白的异源表达在整个生物技术产业中发挥着关键的角色。那时，仅知道生长激素释放抑制因子的氨基酸序列，还不知如何从人的基因组中克隆该基因，因此，Genetech小组采用数条寡核苷酸合成了14个密码子长的生长激素释放抑制因子基因。Itakura和同事们设计这些寡核苷酸时遵循了三条标准[1]。首先，优先使用MS2噬菌体偏爱的密码子——尽管当时对大肠杆菌的基因组DNA序列还知之甚少，却已刚刚完成了MS2噬菌体的测序，并认为该噬菌体的序列能够代表大肠杆菌高表达基因所使用的密码子。其次，消除寡核苷酸不必要的分子内和分子间配对，因为这可能影响基因合成。第三，避免那些先是富含GC随后是富含AT的序列，当时认为这种序列可能会导致转录终止。结果，利用这条合成的基因首次制生产出来了具有功能活性的多肽。 25年后的今天，大多数基因克隆自cDNA文库或直接利用聚合酶链反应（PCR）从相应的基因组中扩增获得。要尽量避免从头合成基因，因为这样做需要消耗大量的财力和人力[2]。尽管基于PCR的克隆被广泛使用，但很多情况下它还是不及所描述的那样快捷和容易。它经常需要一些不易得到的模板（对于具有内含子的生物，需要cDNA模板），此外还需要进行PCR条件的优化，需要对PCR产物进行测序，如果PCR引入了任何的配对错误，还经常需要通过定点突变进行修复。然而，当扩增出的基因克隆入表达载体后，真正有趣的事情就发生了：经常是没有蛋白表达或表达水平很低。人们已经进行了大量的研究，以提高克隆基因的表达水平，包括优化宿主的生长条件，建立新的宿主系，改用新的宿主，和无细胞系统[3]。尽管这些方法都取得了一些进展，但它们都是围绕一个最根本问题进行的：一种生物所采用的编码蛋白的DNA序列经常不同于另外一种生物在编码该蛋白时所采用的DNA序列。 为什么不同的生物会偏爱不同的密码子？ 遗传密码采用61组三连核苷酸（密码子）编码20种氨基酸，采用3个密码子终止翻译。因此每个氨基酸利用1个（Met和Trp）至6个（Arg，Leu，和Ser）同义密码子编码。这些密码子在核糖体中被互补的tRNAs阅读，而这些tRNAs已经事先携带了相应的氨基酸。密码子的兼并性使得同一蛋白可采用多种不同的核苷酸序列编码。对于两种不同的生物，或对于同一生物的高表达和低表达基因，有时甚至在同一个操纵子内部，对不同密码
转录因子WRKY的同义密码子使用偏好性分析
拟南芥和水稻转录因子WRKY的同义密码子使用偏好性分析 生物科学2004级何瑞 指导老师刘汉梅讲师 摘要：本文首次对拟南芥和水稻WRKY基因家族的密码子用法进行了分析，发现两个物种WRKY基因的碱基组成明显不同，水稻的密码子在第一、二、三位GC含量都明显高于拟南芥，且第三位差异最大。不同物种的WRKY基因存在共同的进化趋势，即基因GC3s 逐步增大。对应性分析结果显示，拟南芥WRKY基因的密码子使用偏性受碱基组成等多种因素共同作用，水稻主要受碱基组成和基因表达水平两个因素的影响。最后确定了拟南芥和水稻WRKY基因家族的最优密码子，分别为11个和27个。研究结果为深入开展其进化、表达调控机制和提高该基因家族新成员预测的准确性等提供了重要的理论依据。 关键词：WRKY基因，密码字偏好性，GC含量，Enc Synonymous Codon Bias of WRKY Gene Family in Aribidopsis and Rice HE Rui Biological Science,Grade 2004 Directed by LIU Han-mei (instructor) Abstract: WRKY gene family were firstly analyzed on the codon bias in Arabidopsis and Rice. The components of nitrogenous bases in the two species are obviously different: the GC content at the fist, second and third position of Rice are significantly higher than those of Aribidopsis, that discrepancy at the third position is the most marked. Meanwhile, as WRKY gene family is evolving, G-ending and C-ending codons of both Aribidopsis and Rice are good for the genes evolution. According to Correspondence Analysis, the codon usage of WRKY gene in Aribidopsis is affected by many factors, such as the components of nitrogenous bases. But the components of nitrogenous bases and the gene expression level are two primary factors in Rice. The numbers of the optimal codon in Arabidopsis and Rice are 11 and 27. The results of the the research provide the accuracy of important theoretical basis of forecasts for its evolution, regulation of gene expression and adding the gene family members. Keywords: WRKY Gene,Codon bias,GC content,Enc 蛋白质中的氨基酸序列是由mRNA中核苷酸序列决定的。mRNA上连续相邻的核苷酸以3个为一体，即三联体密码子，进行翻译时，识别与其对应的tRNA，正确的译出遗
竹节参转录组使用密码子偏好性分析
梁一娥?齐敏杰?丁延庆?等.竹节参转录组使用密码子偏好性分析[Ｊ].江苏农业科学?２０１９?４７(２):５９－６３.ｄｏｉ:１０.１５８８９/ｊ.ｉｓｓｎ.１００２－１３０２.２０１９.０２.０１３ 竹节参转录组使用密码子偏好性分析 梁一娥１?齐敏杰１?丁延庆２?张一来２ (１.贵州师范大学生命科学学院?贵州贵阳５５００００?２.安顺学院农学院?贵州安顺５６１０００) 一一摘要:竹节参是我国珍稀濒危中药材?研究其基因密码子使用模式?可为利用基因工程技术实现人参皂苷异源生物合成及竹节参分子育种改良提供理论依据?以竹节参转录组测序结果为数据来源?筛选编码蛋白基因序列(ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ?简称ＣＤＳ)碱基数不小于３００ｂｐ的１１１９９条完整开放阅读框序列作为研究对象?利用Ｃｏｄｏｎ和ＳＰＳＳ软件分别统计竹节参基因密码子ＧＣ含量二密码子第３位的(Ｃ＋Ｇ)含量(ＧＣ３)和密码子第１二第２位(Ｇ＋Ｃ)含量的平均值(ＧＣ１２)二同义密码子的相对使用度(ＲＳＣＵ)二有效密码子数(ＥＮＣ)等密码子偏好性指标?通过中性绘图(ＧＣ１２ｖｓ.ＧＣ３)二ＰＲ２绘图和ＥＮＣ－ＧＣ３ｓ绘图分析影响竹节参密码子使用模式的因素?结果表明?竹节参基因的平均ＧＣ二ＧＣ１２和ＧＣ３ｓ含量分别为４４.６７％二４６.９７％和３９.８０％?其密码子使用模式受到突变和选择等多重因素的影响?确定了３１个竹节参最优密码子?除了ＵＵＧ外?其余最优密码子均以Ａ或Ｔ结尾?竹节参密码子使用模式与大肠杆菌和酿酒酵母相比差异较大?选取毕赤酵母作为竹节参基因的异源表达宿主更为合适?一一关键词:竹节参?转录组?密码子使用模式?最优密码子 一一中图分类号:Ｑ７５５?Ｓ５６７.５＋１０.１一一文献标志码:Ａ一一文章编号:１００２－１３０２(２０１９)０２－００５９－０５收稿日期:２０１７－０８－２７ 基金项目:国家自然科学基金(编号:３１６６０２５２)?贵州省优秀青年科技人才专项(编号:黔科合人字[２０１５]１８号)?贵州省教育厅创新群体重大研究项目(编号:黔教合ＫＹ[２０１６]０４９号)? 作者简介:梁一娥(１９９４ )?女?贵州遵义人?硕士研究生?主要从事微生物学研究?Ｅ－ｍａｉｌ:１０１３６５３６７１＠ｑｑ.ｃｏｍ? 通信作者:张一来?博士?教授?主要从事植物次生代谢调控研究?Ｅ－ｍａｉｌ:９７５５７５６８１＠ｑｑ.ｃｏｍ? 一一遗传密码子是生物体ＤＮＡ与蛋白质之间信息传递的基本单位?具有简并性?即同一氨基酸有多个对应的密码子?编码同一种氨基酸的密码子叫作同义密码子?同义密码子在同一物种不同基因间或不同物种内的使用频率大有不同?这种不均衡使用模式称为密码子使用偏好性?通常把使用频率较高的一种或几种同义密码子称为最优密码子[１－２]?研究显示?不同物种之间基因密码子偏好性是由突变压力(如ＧＣ含量二基因碱基组成)和自然选择作用(如翻译起始信号二基因表达水平二蛋白结构与长度二ｔＲＮＡ丰度等)引起的?ｍＲＮＡ的二级结构及其稳定性二翻译的速度和准确度二蛋白质折叠等因素也与密码子的偏好性有关[３－４]?对物种密码子偏好性开展研究?有助于理解物种进化发展及密码子使用偏好性的调控机制?密码子偏好性在基因异源表达研究方面也显示了重要作用?基因的表达量越大?其密码子偏好性越强[５]?根据这一原理?替换基因低表达密码子可以提高外源基因表达量?同时根据密码子使用偏好性可以选择更为合适的宿主表达系统?有报道表明?可通过优化密码子的方式来提高外源基因在宿主细胞中的表达量[６－７]?周宗梁等通过优化密码子的方法提高了苏云金芽孢杆菌基因ｃｒｙ１Ａｈ在玉米和水稻中的表达量 [８－９] ?杨金玲等通过优化蝎毒镇痛活性肽基因ＢｍＫＡｎｇＭ１? 将其导入毕赤酵母后该基因表达量得到显著提高[１０] ?通过使 用最优密码子?在草菇 [１１] 二拟南芥 [１２] 二川母贝 [１３] 二菠萝 [１４] 等 生物中均得到了很好的研究成果? 竹节参(ＰａｎａｘｊａｐｏｎｉｃｕｓＣ.Ａ.Ｍｅｙ)为多年生草本植物?属于五加科(Ｐａｅｏｎｉａｃｅａｅ)人参属?是我国珍稀濒危的 七类中草药 之一?具有抗炎二延缓衰老二降血糖等药理作用?有着极高的药用和保健价值?竹节参中富含活性物质三萜皂苷?也是其特征性成分?目前在竹节参种质资源[１５－１６]二毛状根的培养[１７]二基因工程代谢的调控[１８]二生药学鉴定[１９]二精油成分分析[２０]和三萜皂苷代谢追踪[２１]等几个研究领域已经开展了许多研究工作?但直接从竹节参中通过分离提取的方法获得三萜皂苷对资源消耗极大?技术难度较高?若利用生物合成的方法则可以很好地解决这一困难?实现有效成分的生物合成?选择适合关键酶基因高效表达的异源表达系统是一个重要步骤?本研究以竹节参转录组数据为材料?通过分析竹节参基因密码子组成的各项指标?研究竹节参表达基因密码子使用偏好性及其影响因素?以期为竹节参相关基因表达系统的选择及分子育种提供理论基础?１ 材料与方法１.１一数据来源 竹节参转录组数据来源于文献[２２]?通过Ｐｅｒｌ语言程序 对竹节参转录组数据进行过滤筛选?筛选出碱基数?３００ｂｐ的蛋白质编码序列共１１１９９条?作为密码子分析的数据来源?本研究中使用到的大肠杆菌(Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ)二酿酒酵母(Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ)和毕赤酵母(Ｐｉｃｈｉａｐａｓｔｏｒｉｓ)的密码子偏好性数据来自ＣｏｄｏｎＵｓａｇｅｄａｔａｂａｓｅ(ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｋａｚｕｓａ.ｏｒ.ｊｐ/ｃｏｄｏｎ/)? １.２一竹节参基因ＧＣ含量分析及中性绘图利用ＣｏｄｏｎＷ１.４.２(ｈｔｔｐ://ｃｏｄｏｎｗ.ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ.ｎｅｔ/)统 计分析竹节参基因密码子的碱基组成规律?测得鸟嘌呤和胞嘧啶总体含量Ｇ＋Ｃ二密码子第３位碱基组成(Ａ３二Ｇ３二Ｃ３二 ９５ 江苏农业科学一２０１９年第４７卷第２期
密码子数据库及密码子偏好性分析软件
密码子数据库及密码子偏好性分析软件 题记：转基因研究中经常要进行基因的异源表达，在翻译过程中，受体物种对外源基因密码子的翻译效率对表达有非常大的制约。因此，利用相应的生物信息学数据库及软件对目标序列进行受体物种的密码子偏好性分析将有助于完成对转基因效率的评价，适当选择合适的受体物种进行高效、可行的表达。 人物，阅读前，让我们感谢下列科学家，是他们为基因异源高效表达提供有价值参考。Yasukazu Nakamura博士： The First Laboratory for Plant Gene Research，Kazusa DNA Research Institute 开发Codon Usage Database（生物密码子表的利用情况统计）。 PrimerX：编写了Codon Usage Analyzer在线密码子统计表处理软件（/cgi-bin/codon.cgi），它使得对密码子的统计用图表的形式显示出来，更加的直观可读。 Morris Maduro博士：针对E. coli开发了E. coli Codon Usage Analyze 。目前的版本为2.1。Thomas Sch?dl：开发设计的以图形形式对异源基因表达的密码子使用分析软件 （Graphical codon usage analyser），用以帮助异源基因表达时对异源基因进行改造，以适应受体物种，避免由于翻译时密码子使用情况的限制使受体物种对外源基因表达产生负面影响。内容： 一：密码子使用统计数据库 Codon Usage Database（.jp/codon/ 是由植物基因研究第一实验室（The First Laboratory for Plant Gene Research）Kazusa DNA Research Institute的Yasukazu Nakamura博士开发的生物密码子表的利用情况统计。数据来源于GenBank 的DNA 序列数据库，是GenBank 的Codon Usage Tabulated 数据库在WWW模式下的扩展和整合。每个物种的密码子使用情况都可以通过WWW方式以网页的形式进行分析查询。 在该数据库中29,311个物种的不同形式的密码子使用情况被统计，包含1,756,171 个全长编码区序列。该数据库的数据来源于NCBI GenBank 的Flat File[December 19 2005]. 在数据库的编写过程中，GenBank中的pri (primate sequence entries), rod (rodent sequence entries), mam (other mammalian sequence entries), rt (other ertebrate sequence entries), in (inertebrate sequence entries), pln (plant sequence entries), bct (bacterial sequence entries), rl (iral sequence entries) and phg (phage sequence entries) 文件类型所代表的数据被采用，而EST，pat (patent sequence entries), rna (Structural RNA sequence entries), sts (STS: sequence tagged site sequence entries), syn (synthetic and chimeric sequence entries) and una (unanotated sequence entries)文件类型所代表的数据被舍弃。另外，编码区序列（complete sequenced protein coding genes）被采用，但测序数据中包含的不明确碱基所代表的密码子被排除。 数据库的使用方法： 该数据库可以对物种的拉丁名进行密码子使用情况的搜索，但数据库的搜索是不支持英文别名的。比如对于酵母密码子的搜索，要用其拉丁名Saccharomyces cereisiae，而“yeast”的搜索结果显示为零。另外，数据库对物种也进行了字母排序的统计，同样对酵母，进入S起始的“字典”里可以找到。对于线粒体、叶绿体的密码子使用情况，数据库同样给出了汇总整理。 二：密码子偏好性分析 对于密码子偏好性的分析，有Correspondence Analysis of Codon Usage软件分析程序（/）和graphical codon usage analyser在线分析软件（/faq.php?on=cut）。而对于E. coli，由于其作为发酵工程表达蛋白的最主要的手段，因此Morris Maduro博士针对E. coli开发了 E. coli Codon Usage Analyzer（.edu/~mmaduro/codonusage/usage.htm），目前的版本为2.1，它对于在
拟南芥及水稻转录因子MADS密码子的偏好性比较
浙江大学学报(农业与生命科学版) 31(5):513～517,2005Journal of Zhejiang U niversity (Agric 1&Life Sci 1) 文章编号:100829209(2005)0520513205 收稿日期:2005201229 基金项目:国家自然科学基金(39870421);浙江省重点研究项目基金(2003C22007);浙江省“04206"工程水稻品种改良项目. 作者简介:李娟(1979— ),女,山东省济南人,从事基因组学方面的研究.通讯作者:薛庆中,男,教授,博士生导师,从事植物遗传育种,基因组学方面的研究.E 2mail :qzhxue @hot https://www.360docs.net/doc/694656249.html,. 拟南芥及水稻转录因子MADS 密码子的偏好性比较 李娟1,薛庆中1,2 (1.浙江大学沃森基因组科学院,浙江杭州310008;21浙江大学农学系,浙江杭州310029) 摘 要:大多数与花发育相关的功能基因属于MADS 基因家族.应用CodonW 的因子分析表明,拟南芥MADS 转录因子家族偏好使用A 、U 结尾的密码子,而水稻MADS 转录因子家族偏好使用G 、C 结尾的密码子.同时通过氨基酸序列的多重比对,表明密码子偏好性与氨基酸序列及二级结构之间存在关联,证实了不同的密码子编码的氨基酸位于蛋白质二级结构的特定位置.关 键 词:水稻;拟南芥;密码子偏性;转录因子;AU 含量中图分类号:S511 文献标识码:A L I J uan 1,XU E Qing 2zhong 1,2(1.J ones D.W atson I nstitute of Genome Science ,Zhej iang Universit y ,H angz hou 310008,China ;2.Dept of A g ronom y ,Zhej iang Universit y ,H angz hou 310029,China ) Comparison of MADS transcriptional factor on codon bias in arabidopsis and rice.Journal of Zhejiang University (Agric 1&Life Sci 1),2005,31(5):5132517 Abstract :Most of the flower development 2related f unctional genes are belong to MADS transcription factors families.Through the factorial correspondence analysis (FCA )of CodonW ,we can find out that MADS transcriptional factors in Arabidopsis prefer to A 2ending and U 2ending codons ,while that in rice prefer to G 2ending and C 2ending codons.By using the ClustalX for searching the relation between the bias of the codons and second structure of the MADS ,we confirm that the amino acids coding by different codons are on the special position of the second structure of the proteins.K ey w ords :rice ;arabidopsis ;codon usage bias ;transcriptional factors ;AU content 转录因子是指那些专一性地结合于DNA 特定序列上,能激活或/和抑制其它基因转录的蛋白质.根据DNA 结合功能域结构,他们主要分为:b HL H (碱基性螺旋2环2螺旋)、bZIP (碱性亮氨酸拉链)、homeodomain 蛋白、MADS 2box 蛋白、zinc 2finger 蛋白、Myb 蛋白、A P2/EREBP 蛋白、HSF 蛋白、HM G 蛋白和A T hook 蛋白等[1]. 植物MADS 基因是一个序列特异的调节 基因家族.和其他真核生物转录因子一样 MADS 蛋白由MADS (M )、Intervening (I )、Keratin 2like (K )和C 2terminal (C )等结构域组成,属于结构域蛋白.大多数花发育相关功能基因属于MADS 因子家族[2,3],被子植物的大部分MADS 基因参与花发育的调控[4].不仅在花器官原基分化期表达,在植物其它部位也有表达,且某些MADS 2box 在烟草花粉发育全过程中持续表达[5].同时,MADS 2box 基因家族还
酵母密码子偏好表
密码子表密码子
酿酒酵母密码子偏好表
UUU 26.1(170666) UCU 23.5(153557) UAU 18.8(122728) UGU 8.1( 52903) UUC 18.4(120510) UCC 14.2( 92923) UAC 14.8( 96596) UGC 4.8( 31095) UUA 26.2(170884) UCA 18.7(122028) UAA 1.1( 6913) UGA 0.7( 4447) UUG 27.2(177573) UCG 8.6( 55951) UAG 0.5( 3312) UGG 10.4( 67789) CUU 12.3( 80076) CCU 13.5( 88263) CAU 13.6( 89007) CGU 6.4( 41791) CUC 5.4( 35545) CCC 6.8( 44309) CAC 7.8( 50785) CGC 2.6( 16993) CUA 13.4( 87619) CCA 18.3(119641) CAA 27.3(178251) CGA 3.0( 19562) CUG 10.5( 68494) CCG 5.3( 34597) CAG 12.1( 79121) CGG 1.7( 11351) AUU 30.1(196893) ACU 20.3(132522) AAU 35.7(233124) AGU 14.2( 92466) AUC 17.2(112176) ACC 12.7( 83207) AAC 24.8(162199) AGC 9.8( 63726) AUA 17.8(116254) ACA 17.8(116084) AAA 41.9(273618) AGA 21.3(139081) AUG 20.9(136805) ACG 8.0( 52045) AAG 30.8(201361) AGG 9.2( 60289) GUU 22.1(144243) GCU 21.2(138358) GAU 37.6(245641) GGU 23.9(156109) GUC 11.8( 76947) GCC 12.6( 82357) GAC 20.2(132048) GGC 9.8( 63903) GUA 11.8( 76927) GCA 16.2(105910) GAA 45.6(297944) GGA 10.9( 71216) GUG 10.8( 70337) GCG 6.2( 40358) GAG 19.2(125717) GGG 6.0( 39359) 酸性氨基酸：天冬氨酸、谷氨酸 碱性氨基酸：赖氨酸、精氨酸、组氨酸 目录 [隐藏] ? 1 基本結構 ? 2 分類 ? 3 理化特性 ? 4 胺基酸的化學結構 ? 5 胺基酸列表 ? 6 基本氨基酸 ?7 必需氨基酸 ?8 次要编码氨基酸 ?9 其它胺基酸 ?10 參考資料
(重要)质性资料的分析
第八章质性资料的分析 提纲 第一节资料的初步分析 一、现场中的资料分析 二、现场外的资料分析 第二节资料的归类和深入分析 一、类属分析和情境分析 二、资料分析的具体方法 第三节理论建构的方式：扎根理论 【内容提要】 本章阐明了质性资料初步整理和分析的具体步骤，以及质性资料归类和深入分析的常用方法：类属分析和情境分析，归纳了质性资料分析可采用的几种具体手段，探讨了质性研究中扎根理论的基本原则。 质的研究的资料分析有着自己特有的意义和方式。具体而言，质的研究要求研究者深入实地切实理解所研究的社会现象，体验在一个特定的社会现象中所表现出来的特质，主张研究者在研究过程中要试着进入研究对象自身的概念世界，了解人们如何建构和解释他们日常生活经验的意义，要用一种开放的研究态度，在人们自然的生活环境中，了解实际发生的事件，始终扎根于原始资料，并用研究对象自己的概念、语言和习俗，支持、探寻和体验他们所诠释的思想、情感和行动的架构，以此了解他们在日常生活事件中所建构的价值观念和行为准则，进而深入地认识某个个体或群体对特定事物的态度与行为结构。 第一节资料的初步分析 在对人文科学的质的研究中，研究者感兴趣的是不同的人对他们各自生活意义的理解，关心的是“参与者的看法”（Participant perspectives）。研究者通过理解把握生活世界的意义，达到研究者的主观视界和文本所提供的视界的融合。在这个意义上，质的研究的资料分析应当成为理解“他人”和接受“他人”的途径。 一、现场中的资料分析 （一）缩小研究范围，确定研究方向和类型 一般的研究问题是研究者进行研究的切入口。研究者通过考察可能的研究方向、研究对象、资料来源和资料收集的程序，确定一般的研究问题。在最初收集资料的基础上，进一步明确研究方向和研究条件，从而使研究对象和研究重点更加集中，这一过程使资料收集范围更狭小，集中收集那些能反映已出现的特殊现象的资料。这个过程可以重复进行，使范围越来越集中，知道最后集中于一个特定的组成部分或研究中的有限成分。资料收集、分析和解释从一个一般的开端变得更集中、更直接或范围更狭小。 （二）提炼主要观点，发展分析性问题 研究者在进入现场时，可能在头脑中存有某些一般性的问题，但是要提出具体的研究问题，还必须在研究过程中逐渐酝酿形成。在现场里的资料分析，正是这种酝酿的过程，透过
质性研究方法的定义及特点
质性研究方法的定义及特点 “质性研究”这个词在台湾、港、澳地区用得比较多，在大陆有的称其为“质的研究”、“质化研究”；还有的为将其与定性研究、定量研究相比较，称为“定质研究”。 1.质性研究的定义 所谓质性研究，就是“以研究者本人为研究工具、在自然情境下采用多种资料收集方法对社会现象进行整体性探究、使用归纳法分析资料和形成理论、通过与研究对象互动对其行为和意义建构获得解释性理解的一种活动”。 2.质性研究的特点： 1) 自然主义的探究传统 质性研究是在自然情境下，研究者与被研究者直接接触，通过面对面的交往，实地考察被研究者的日常生活状态和过程，了解被研究者所处的环境以及环境对他们产生的影响。自然探究的传统要求研究者注重社会现象的整体性和关系性。在对一个事件进行考察时，不仅要了解事件本身，而且要了解事件发生和变化时的社会文化背景以及对该实践与其他事件之间的联系。 2)对意义的“解释性理解” 质性研究的主要目的是对被研究者的个人经验和意义建构作“解释性理解”，从他们的角度理解他们的行为及其意义解释。由于理解是双方互动的结果，研究者需要对自己的“前设”和“偏见”进行反省，了解自己与对方达到理解的机制和过程。 3)研究是一个演化的过程 随着实际情况的变化，研究者要不断调整自己的研究设计，收集和分析资料的方法，建构理论的方式。因此对研究的过程必须加以细致的反省和报道。 4)使用归纳法，自下而上分析资料 质性研究中的资料分析主要采纳归纳的方法，自下而上在资料的基础上建立分析类别和理论假设，然后通过相关检验得到充实和系统化。因此，“质性研究”的结果只适用于特定的情境和条件，不能推广到样本之外。 5)重视研究关系 由于注重解释性理解，质性研究对研究者与被研究者之间的关系非常重视，特别是伦理道德问题。研究者必须事先征求被研究者的同意，对他们所提供的信息严格保密，与他们保持良好的关系，并合理回报他们所给予的帮助。 “质性研究”就是一种“情境中”的研究。质性研究的特点决定了这是一种非常适合教育领域的研究。