肿瘤基因检测结果

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一，检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述，对于基因突变的检测，1985以前，利用Southern印迹法，可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变，只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）技术是突变研究中的最重大进展，使基因突变检测技术有了长足的发展，目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上，并且由PCR衍生出的新方法不断出现，目前已达二十余种，自动化程度也愈来愈高，分析时间大大缩短，分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性（single-strand comformational polymorphism,SSCP）和异源双链分析法（heteroduplex analysis,HA）。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法，可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象，一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构，这种二级结构依赖于其碱基组成，即使一个碱基的不同，也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速，因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时，突变检出率可达70％-95％，片段大于400bp时，检出率仅为50％左右，该法可能会存在1％的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件，一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响，同时该法不能测定突变的准确位点，还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段，用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞，如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因，也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法，仅检测第5-8外显子即可发现85％以上的p53基因突变。由于该法简便快速，特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。异源双链分析法（HA） HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起，在非变性凝胶中电泳时，会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似，所不同的是SSCP分离的是单链DNA，HA法分离的是双链DNA，也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用，两者结合使用，可使突变检出率提高到近100％。

肿瘤个性化用药基因检测

一、背景介绍医学发展到今天，人类已经征服了许多疾病，但是如何攻克癌症依然是人类面临的巨大挑战。近年来癌症的发病率一直呈上升趋势，据世界卫生组织报告预测，到2025年，全球将有3亿人患癌症，并有2亿人因此而死亡；在我国癌症已列居各类死亡之首，年均癌症新发病例约为200万人。在治疗上尽管不断有新的药物和治疗手段诞生，但取得的效果不尽人意，癌症的死亡率同50年前相比没有显著降低，与此同时，心脏病，脑血管病和传染病的死亡率却降低了2/3。由于肿瘤是在体内各种因素的作用下由一系列基因连续突变导致细胞生长失去控制所致，因而每个肿瘤患者，即使同一种肿瘤，其致病因素和体内突变的基因都是不一样的，每一个患者的肿瘤都有自己独特的生物特征，这就是肿瘤的异质性。忽略了肿瘤的异质性，采用“一药一病”的疗法是肿瘤治疗没有达到理想效果的主要原因。肿瘤的异质性要求必须对每个患者“区别对待”，这就是肿瘤的个性化治疗。而基因是人类遗产信息的化学载体，决定着我们与前辈的相似和不同。研究结果表明，人类绝大部分的疾病与基因相关。人与人之间的基因99.9%相同，但正是因为那剩余的0.1%的差异，造成了人与人之间健康的差别。基因检测正是利用遗传学、分子生物学等技术进行检测分析，来发现遗传物质异常的过程。通过基因检测，我们可以了解自己的基因型，通过比对自身基因型和大规模医学试验的结果，从而评估自身是否出现某种类型的健康问题（易感风险）；另外可以对肿瘤病人个性化治疗的用药提出指导。随着人类基因组计划的完成，开展通过基因测序的个性化医学检测技术是临床个性化医学的大势所趋，成为解决一些疑难疾病如遗传性疾病以及肿瘤的重要工具。通过基因检测分析评估可能罹患的疾病和预测不同病人的药物效应，并指导临床医生为可能患者提出建议或在临床治疗药物选择时针对患者独特的遗传变异特征选择治疗方式、药物和剂量，即使治疗同一种疾病，或者同一患者的不同阶段，医生也可能根据病人的遗传背景来选择最合适、最具有针对性的治疗方式、药物和剂量，避免严重的毒副反应和医疗资源的浪费！二、方法目前基因检测的方法不胜枚举，基本的步骤是样本的获取（包括血液、唾液、

肿瘤基因检测的解读流程

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。最后获得一份.vcf文件（图1）。

Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区） Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离） ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区 AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息： CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称 CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）

肿瘤遗传学

第十一章肿瘤遗传学 Cancer Genetics 1.肿瘤是一大类疾病，种类在100种以上，涉及到人体的所有脏器和组织器官。 2.2018年2月，《2018中国肿瘤登记年报》发布，2014年新发肿瘤病例约为380.4万例，平均每天确诊1万余人，每分钟就有7人被诊断为癌症。估计每年因癌症死亡病例达270万例。我国居民因癌症死亡的几率是13%，即每7-8人中会有1人因癌症死亡。 3.全国恶性肿瘤发病率前三位是肺癌、胃癌、结直肠癌，死亡率前三位是肺癌、肝癌、胃癌。 4.近20年来，我国癌症呈现年轻化及发病率和死亡率“三线”走高的趋势。 5.四个特点：（1）男性死亡率高于女性，为1.68:1 （2）肺癌居癌症死亡首位（3）癌症呈地域分布明显（4）癌症发病呈现年轻化趋势 6.肿瘤遗传学：研究遗传因素在恶性肿瘤的发生、发展、易感、防治及预后中作用的学科。交叉学科第一节肿瘤与遗传的关系 1.肿瘤发病率的种族差异 2.肿瘤的家族聚集现象 3.环境因素致癌的个体差异 4.致癌因子代谢与肿瘤 5.免疫缺陷与肿瘤核辐射可引起白血病、皮肤癌、甲状腺癌电离辐射可引起白血病紫外线照射可致皮肤癌 3,4-苯并芘可引起肺癌亚硝酸盐可导致肝癌和食道癌黄曲霉素可诱发肝癌乙肝病毒可引起肝癌乳头瘤病毒、疱疹病毒可引起子宫颈癌 EB病毒可引起鼻咽癌和某些淋巴瘤肿瘤的易感性

6.个体的肿瘤遗传易感性是由特定的基因-染色体组合决定的。迄今为止，对这些易感基因如何发挥作用还不很清楚，但有一些事件表明，它们可能是通过生化代谢途径、免疫反应和细胞分裂等机制促进肿瘤发生。 7.酶活性异常酶活性改变可影响致癌物质在体内的代谢反应；另一方面，酶的缺乏也可导致对肿瘤的易感状态。 8.遗传性免疫缺陷机体正常的免疫监视系统不仅能抵御外来抗原的侵入，同时也能识别成为“异已”的突变细胞并加以排斥，免疫缺陷能使突变细胞逃脱这种监视而发展成为肿瘤。许多免疫缺陷患者都有易患肿瘤的倾向。一、肿瘤的家族聚集现象 (一)癌家族(cancer family,CF) 癌家族: 指一个家系中恶性肿瘤的发病率高。癌家族综合征： ①腺癌发病率高 ②多发性原发性癌发病率高 ③发病年龄较早 ④传递规律符合AD 1866年，法国外科医生布罗卡报道了他妻子家系中24名女性,其中有10例乳腺癌患者,6例其他癌症患者。

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此文档下载后即可编辑基因突变的检测方法基因突变的检测方法基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一，检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述，对于基因突变的检测，1985以前，利用Southern印迹法，可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变，只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）技术是突变研究中的最重大进展，使基因突变检测技术有了长足的发展，目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上，并且由PCR衍生出的新方法不断出现，目前已达二十余种，自动化程度也愈来愈高，分析时间大大缩短，分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性（single-strand comformational polymorphism,SSCP）和异源双链分析法（heteroduplex analysis,HA）。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法，可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象，一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构，这种二级结构依赖于其碱基组成，即使一个碱基的不同，也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速，因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp 的PCR产物时，突变检出率可达70％-95％，片段大于400bp时，检出率仅为50％左右，该法可能会存在1％的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件，一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响，同时该法不能测定突变的准确位点，还需通过

肿瘤个体化治疗相关基因突变检测试剂技术审查指导原则

肿瘤个体化治疗相关基因突变检测试剂技术审查指导原则本指导原则旨在指导注册申请人对肿瘤个体化治疗相关基因突变检测试剂注册申报资料的准备及撰写，同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。本指导原则是针对肿瘤个体化治疗相关基因突变检测试剂的一般要求，申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用，若不适用，需具体阐述理由及相应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件，但不包括注册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但需要详细阐明理由，并对其科学合理性进行验证，提供详细的研究资料和验证资料，相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及科学技术的不断发展，本指导原则相关内容也将适时进行调整。一、范围本指导原则所述肿瘤个体化治疗相关基因突变检测试剂是指利用基于聚合酶链式反应（PCR）方法的核酸检测技术，以肿瘤个体化治疗相关的突变基因为检测目标，对人体样本（包括组织、体液等）提取的核酸组分中的目标序列进行体外检测的试剂。本指导原则所指基因突变的类型包括置换、插入、缺失、基因重排、

拷贝数异常及核糖核酸（RNA）表达异常等广义的基因突变。本指导原则的技术要求是基于荧光探针PCR方法确立的，对于高分辨熔解曲线PCR方法、Luminex平台或核酸检测芯片等其他基于PCR的分子生物学检测技术，可能部分要求不完全适用或本指导原则所述技术指标不够全面，申请人可以根据实际产品特性选择适合的方法或补充需要的评价和验证，但需阐述不适用的理由，并验证其科学合理性，同时确认性能评价的充分性。本指导原则所涉及试剂的方法学不包括荧光原位杂交（Fluorescence in situ Hybridization，FISH）、核酸序列测定、染色体核型分析及免疫组化技术等用于肿瘤个体化治疗指导的其他方法学。本指导原则适用于进行首次注册申报和相关许可事项变更的产品。二、注册申报资料要求（一）综述资料综述资料主要包括产品预期用途、产品描述、有关生物安全性的说明、研究结果的总结评价以及同类产品上市情况介绍等内容，其中同类产品上市情况介绍部分应着重从方法学及不同基因突变类型检出能力等方面写明拟申报产品与目前市场上已获批准的同类产品之间的主要区别。若尚无同品种批准上市，则应详细论述作为检测靶标的突变基因与个体化治疗方案的相关性，说明理论依据。提交的资料应符合《体外诊断试剂注册管理办法（试行）》（国食药监械〔2007〕229号）（以下简称《办法》）和《体外诊断试剂注册申报资料基本要求》（国食药监械〔2007〕609号）的相关要求。（二）产品说明书说明书承载了产品预期用途、标本采集及处理、实验方法、检测结果解释以及注意事项等重要信息，是指导实验室工作人员正确操作、临床医生针对检验结果给出合理医学解释的重要依据，因此，产品说明书

肿瘤相关基因的筛选策略

肿瘤相关基因的筛选策略核心提示:nbsp;nbsp;肿瘤的发生发展是一个涉及多因素（遗传、理化及感染因素）、多步骤的贯穿一系列分子事件（多基因参与）的复杂生物过程。细胞染色体的异常和基因的缺陷在肿瘤发生发展过程中起重要作用。1986年，美国麻省总医院的Thaddeusnbsp;Dryia和哈佛大学的Robe 刘复兴《咸宁学院学报（医学版）》2006 年4 月第19 卷第2 期肿瘤的发生发展是一个涉及多因素（遗传、理化及感染因素）、多步骤的贯穿一系列分子事件（多基因参与）的复杂生物过程。细胞染色体的异常和基因的缺陷在肿瘤发生发展过程中起重要作用。1986年，美国麻省总医院的Thaddeus Dryia和哈佛大学的Robert Weinbergd 等成功克隆出第一个抑癌基因Rb并由WH Lee等完成全序列测定。自此肿瘤相关基因（癌基因和抑癌基因）的研究开始进入高潮期并延续至今，一百多种癌基因和二十多种抑癌基因被相继发现。目前有关肿瘤发病机制的研究方向有：①以研究基因环境交互作用为主攻方向，主效应基因与环境易感基因研究并重；②遗传机制与表遗传结合研究；③功能基因型（genotype）和表型（phenotype）的相互关系的研究等。肿瘤相关基因的筛选一直为研究者所重视，新方法不断出现。 1 用微卫星DNA多态性标记策略寻找肿瘤相关的候选抑癌基因抑癌基因的丢失或者功能失活能够引起细胞的恶性转化而致肿瘤发生。可以采用微卫星DNA多态性标记策略去寻找肿瘤相关的抑癌基因。即首先运用微卫星分析的方法寻找具有高杂合性丢失频率的染色体区域，根据连锁分析可知该染色体区域或其临近区域可能存在肿瘤相关的抑癌基因；然后运用基因的分子内微卫星标志分析、甲基化状态分析、突变检测或候选片段的定位克隆等方法从高杂合性丢失的染色体区域筛选候选的抑癌基因。最后将目的基因转入动物观察其功能表型。在肺癌、乳癌、子宫和卵巢癌、女性生殖道癌、睾丸癌、肾癌、口腔癌、头颈鳞癌以及食道癌等人类肿瘤中经常发生一些染色体区域的高杂合性丢失［1～9］，提示这些区域可能存在候选的抑癌基因。通过微卫星分析已筛选到一些候选抑癌基因。在人类肿瘤中，3p14.2、3p21.3、9p1322和16q23.324.1等区域杂合性丢失频率较高。FHIT基因位于3p14.2。FHIT 蛋白是一种AP3A水解酶，可能参与DNA复制和细胞周期的调控。在诸如消化道肿瘤、肺癌、乳腺癌和头颈鳞癌中可以检测到FHIT基因的异常转录［10～12］。在肺癌、胃癌和乳癌中还检测到FHIT基因的点突变［13,14］。在肺癌和宫颈癌中观察到Fhit蛋白表达缺失［15,16］。H37和RPL14等基因位于3p21.3。免疫组化分析显示在非小细胞肺癌中H37基因表达水平降低［17］。细胞周期调控相关基因p16位于9p1322。在食管癌中p16可能通过甲基化、杂合性丢失或者突变等机制失活［18］。WWOX基因位于16q23.324.1。在食管癌中WWOX通过杂合性丢失机制失活［19,20］。上述研究提示FHIT、H37、RPL16、p16和WWOX是候选的抑癌基因，它们有可能在肿瘤的发生、发展过程中发挥重要作用。

遗传因素与肿瘤发生密切相关

遗传因素与肿瘤发生密切相关从遗传学角度说，人体内一切生命过程都与遗传有关，肿瘤也是如此，但肿瘤的遗传表现与一般遗传病不同。肿瘤是由于肿瘤的细胞不仅形态和结构异常，并进行自主性增殖；肿瘤的发生也是在基因结构或表达异常的基础上，经过复杂的演变而成的，因此肿瘤也是细胞或分子遗传病。肿瘤发生的遗传因素一、肿瘤的病因 1.化学因素 2.物理因素包括电离辐射、紫外线、损伤等。例如慢性炎性刺激如慢性皮肤溃疡、结石引起的慢性胆囊炎、慢性子宫颈炎和子宫内膜增生等病变有时可发生癌变。创伤如骨肉瘤、睾丸肿瘤、脑瘤等患者常有外伤史。

3.生物因素包括病毒、寄生虫等。人类乳头状瘤病毒致上皮性肿瘤，主要是子宫颈和肛门生殖器区域的鳞状细胞癌；Epstein-Barr病毒与伯基特淋巴瘤和鼻咽癌、乙型肝炎病毒与肝细胞性肝癌的发生有密切的关系。 4.免疫因素肿瘤可产生肿瘤特异性抗原，引起宿主一系列免疫反应，主要是细胞免疫。T淋巴细胞、K细胞、NK细胞及巨噬细胞在肿瘤免疫中起攻击杀伤肿瘤细胞的作用。临床观察表明：儿童期免疫系统不成熟，老年人免疫功能减退，这两个年龄组肿瘤的发病率均高于其他年龄组。胸腺摘除动物和胸腺先天发育不良患者，由于细胞免疫缺陷,恶性肿瘤发病率升高。 5.激素因素乳腺癌、子宫内膜腺癌的发生发展与雌激素水平过高有关。切除卵巢或用雄激素治疗，可使乳腺癌体积缩小。 6.性别年龄因素

生殖系统、乳腺、甲状腺、胆囊的癌瘤多见于女性；食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、鼻咽癌则多见于男性。癌多见于40岁以上的人，肉瘤多见于青年。而视网膜母细胞瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤则多见于幼儿。二、肿瘤发生的遗传因素 1．肿瘤的家族聚集现象 (1)癌家族：指一个家系在几代中有多个成员发生同一器官或不同器官的恶性肿瘤。这是一个癌家族综合征前三代的系谱图，经过跟踪调查发现,在842名后裔中有95名癌患者，其中患结肠癌(48人)和子宫内膜癌(18人)者占多数。这95人中有13人癌为多发性，有19人癌发生于40岁之前，有72人的双亲之一患癌，男女患者比为47：48。 (2)家族性癌在一个家族内多个成员患同一类型的肿瘤称家族性癌。 12％~25％的结肠癌患者都有结肠癌家族史。许多常见肿瘤（如乳腺癌、肠癌、胃癌等）通常是散发的，但一部分患者有明显的家族史。此外，患者的一级亲属发病率通常高于一般人群3 ~ 4倍。这表明一些肿瘤有家族聚集现象，或家族成员对这些肿瘤的易感性很高。 3.遗传性肿瘤结肠癌患者系谱

肿瘤词汇大全

好多刚接触肿瘤研究的小伙伴们傻傻的分不清楚cfDNA和ctDNA，搞不明白什么是SNP 和SNV，不知道什么是融合基因和易感基因。不怕不怕，今天小编汇总了一些肿瘤研究领域的常见词汇。有了这篇肿瘤词汇大全，看文献搞科研妥妥的~ 1. cfDNA (cell free DNA) cfDNA即血液中游离的自身DNA，这类DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的，这基本都是无害的，会被自身清理掉。 2. ctDNA (circulating tumor DNA) ctDNA即循环肿瘤DNA，是一种来自肿瘤细胞的游离DNA，存在于血液、滑膜液和脑脊液等体液中。因为ctDNA和由正常细胞产生的游离DNA碎片是混合在一起的，只占所有游离DNA （cell-free DNA，cfDNA）含量的0.1%-1%之间，因此准确检测出ctDNA的难度相当的大。 3. CTCs (circulating tumor cells) CTCs即循环肿瘤细胞，是从原发肿瘤或转移形成的新肿瘤上掉落，并且进入到患者的外周血循环系统中的恶性肿瘤细胞。因自发或诊疗操作会从实体肿瘤病灶（原发灶、转移灶）脱落，大部分CTC在进入外周血后发生凋亡或被吞噬，只有少数能够逃逸并锚着发展成为转移灶。而近年来的大量文献证明，CTC与早期癌症的不良预后相关，涵盖乳腺癌、膀胱癌、头颈癌、睾丸生殖细胞癌与结直肠癌等多种癌症。 4. 体细胞突变(somatic mutation) 体细胞突变是指除生殖细胞外的体细胞所发生的变异，如发生在器官和组织的变异。这些变异是肿瘤样品所特有的，其并不来源于父母，也不会传递给后代，往往跟肿瘤的发生和发展有着密切关系，是肿瘤研究中的重点，对于揭示肿瘤发生发展机制有着重要作用。 5. 生殖细胞突变生殖细胞突变，是指来源于精子或卵子的细胞的突变，会传递给后代。 6. SNP (single nucleotide polymorphism) SNP即单核苷酸多态性，是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。包括单碱基转换、颠换，以及单碱基的插入/缺失等。它是基因组中最为广泛存在的一类多态性标记，占大约90%。这些基因组序列变异可以导致个体间表型的差异以及不同个体对疾病，特别是复杂疾病的易感性和对环境因素、药物反应的差异。 7. SNV (single nucleotide variation) SNV是基因组上单个碱基发生改变的位点，在基因组上广泛分布。 SNP是指在一个物种中如果该单碱基变异的频率达到一定水平，而SNV是频率未知（比如仅仅在一个个体中发现）。 8. InDel (insertion or a deletion) InDel是基因组上小片段（＜50bp）的插入或缺失突变。

肿瘤基因突变检测

肿瘤基因突变检测癌症是一类难以预防的疾病，中晚期癌症治愈的可能性又很小，而早期癌症的治愈率可达65%以上，有些肿瘤可达90%以上，因此，战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症早期常无特殊症状，甚至毫无症状，故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT 等检查，但这些方法的敏感性和特异性均不高，发现有异常时往往已是中晚期。 17种常见高发肿瘤，包括乳腺癌（breast cancer）、结肠癌（colorectalcancer）、子宫癌（endometrial cancer）、脑胶质瘤（glioma）、白血病（leukemia）、肺癌（lungcancer）、淋巴癌（lymphoma）、成神经管细胞瘤（medulloblastoma）、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell cancer)和恶性内瘤(sarcoma)，其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介导的分子改变，参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过程中的遗传学变异，对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台，可同时开展多个肿瘤基因突变检测项目，如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、

肿瘤基因检测的解读流程

从临床进入基因检测流程是入口,检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的策四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据T分析数据、基于数据库的解读-与患者个体表征/临床病例结合的解读。 1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38 （NCBI 版本）或hgl9/hg38 （UCSC版本）人类基因组参考序列上;Picard去除重复序列使用GATK 检测SNV与Indel变异使用ANNOVAR 进行变异注释。最后获得一份.vcf文件（图1）。

Ph?*e 1 ： primary processing R*w (FQW) 图1从测序的原始序列数据到vcf文件的流程—份vcf文件包含如下基本信息。 CI LT Start End Ref Alt Func. re fGenc Gene, re fGcno GeneDotail. refGone ExonicFunc. / efGeno ofGone Chr:变异所在的染色体 Start :变异在染色体上的起始位置 End :变异在染色体上的结束位置 Ref :参考基因组的序列 Alt:检测样本基因组的序列 Func.refGene :变异所处参考基因的功能区（exonic Jntronic ,UTR3 ,UTR5 , splicing , upstream , downstream , intergenic ）（此处的exonic 特扌旨夕卜显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区） Phas? 2: variant detection Phase 3: variant annotation

基因突变的检测方法

遗传性肿瘤易感基因筛查

项目简介据医学统计显示，肿瘤的发生并不是随机的，乳腺癌、黑色素瘤、结肠癌、前列腺癌、子宫内膜癌、大肠癌、胃癌等多种癌症都具有显著的家族聚集性，其中有5%-10%的肿瘤具有明确的遗传性。如果家族近亲中有两人以上患有癌症，那么其余家族成员罹患癌症的风险是比较高的。通过基因测序可以有效地检测出遗传性肿瘤相关的致病突变，从而预知特定肿瘤发生的风险，并进行有针对性的健康管理。技术优势 1、检测全面：包括点突变、插入、缺失及重复。可以选择一次性筛查多达十六种遗传性肿瘤，涉及到一百多个基因，性价比高； 2、准确性高：运用芯片捕获技术和新一代高通量测序技术，准确性高达99%； 3、专业性强：完善的肿瘤相关基因突变数据库； 4、检测时间短：实现检测及数据分析自动化，效率高。检测项目 1.肺癌肺癌是最常见的肺原发性恶性肿瘤，绝大多数肺癌起源于支气管粘膜上皮，故亦称支气管肺癌。近50多年来，世界各国特别是工业发达国家，肺癌的发病率和病死率均迅速上升，死于癌病的男性病人中肺癌已居首位。肺癌目前是全世界癌症死因的第一名。1995年全世界有60万人死于肺癌，而且每年人数都在上升，2003年世界卫生组织（WHO）公布的死亡率是110万/年，发病率是120万/年。而女性患肺癌的发生率尤其有上升的趋势。本病多在40岁以上发病，发病年龄高峰在60～79岁之间。男女患病率为2.3:1。另外种族、家属史与吸烟对肺癌的发病均有影响。肺癌的基本类型包括两种：非小细胞型肺癌：包括腺癌、鳞癌、大细胞癌，与小细胞癌相比其癌细胞生长分裂较慢，扩散转移相对较晚。非小细胞肺癌约占肺癌总敉的80-85%。小细胞肺癌（SCLC）：是肺癌的一个未分化癌分型，在肺癌中所占的比例约20~25%，小细胞肺癌分为局限期和广泛期，大多数小细胞肺癌诊断时已为广泛期，局限期最多占1/3。肺癌易感基因：KRAS、EGFR等 2.肝癌

健康人群遗传性癌症基因筛查

家人患上癌症，你是否需要基因检测？近日，一篇发表于国际杂志上的研究报告中，来自美国研究人员指出，利用基因测序技术可以帮助筛查患遗传性癌症的风险。而在现实中，女性乳腺癌、卵巢进行遗传性基因检测已经被女性广泛接受，著名影星朱莉安吉丽娜就是通过检测基因发现自己是癌症高发患者，主动进行了预防性手术。在医院里，癌症患者家属常常问医生癌症是否可以遗传，自己是否会得癌症。在所有癌症患者家族史里，往往有不止一个癌症患者，这令癌症患者家属非常焦虑。现在人们往往非常注重自己的健康，定期锻炼，并注意饮食，但更希望了解基因遗传检测以及在癌症来袭之前应采取什么预防措施。我们知道，所有癌症中大约5%至10%的癌症都是由于遗传性基因的突变而致，这些突变往往会代代相传，而BRCA1和BRCA2基因的突变就是引发遗传性乳腺癌、卵巢癌的常见原因；而BRCA基因突变被认为是乳腺癌风险中最出名的致癌因子，但是其常常也会引发卵巢、前列腺及其它组织的癌症。另外许多不同的基因，比如ATM、CDH1、CHEK2等基因也和乳腺癌发病风险增加直接相关，而研究人员也在努力研究寻找其它影响癌症倾向的基因。即使没有遗传家族史，也应该考虑进行基因检测。肿瘤都有一定的比例是有易感基因突变引起，并且有明确的预防措施来降低肿瘤相关风险美国医生建议癌症患者家属和一些癌症高危人群开展遗传性癌症基因组测序，因为全基因组测序有着技术及其他方面的优势，它能更好地检测缺失和重排，包括内含子。全基因组测序除了能够鉴定癌症的易感性，并告知治疗选择外，它还有望提供其他疾病的遗传风险的信息，如血色素沉着病或脂代谢紊乱。这些结果将有助于改善或确定患者的风险预防策略，遗传性癌症基因测序是目前最尖端的预测癌症发生的科技手段，检测价格已经从以前的几万美元降低到几百美元，成为普通人能够承受的检测手段。国内最大癌症诊疗服务机构全球肿瘤医生网已经与中国、美国著名基因检测公司合作，在国内开展健康人群遗传性癌症基因检测服务。检测对象可以在全球肿瘤医生网在线申请检测服务，只需远程寄送口腔上皮组织或唾液，就可以获得全基因检测结果。检测对象不需要去体检机构或者医院进行检测，在家里5分钟就可以完成检测工作。全球肿瘤医生网目前可以为检测对象提供遗传性肿瘤相关的最多117个基因的突变检测，包

(整理)中关村华康基因研究院---单基因肿瘤综合征

135150 Birt-Hogg-Dube综合征160980Carney综合征 612359Cowden样综合征 151623Li-Fraumeni综合征1型609265Li-Fraumeni综合征2型158320Muir-Torre综合征193300VonHippel-Lindau综合征194070Wilms瘤1型 194071Wilms瘤2型 113970伯基特淋巴瘤 219090促肾上腺皮质激素细胞腺瘤600634催乳素细胞腺瘤 168000副神经节瘤1型 601650副神经节瘤2型 605373副神经节瘤3型 115310副神经节瘤4型 606864副神经节瘤合并胃恶性间质瘤148000卡波西肉瘤 156530变形性骨发育不良171400多发性内分泌腺瘤病2a型162300多发性内分泌腺瘤病2b型610755多发性内分泌腺瘤病4型166000多发性内生软骨瘤病_ 601606多发性家族性毛发上皮瘤150800多发性皮肤平滑肌瘤

184500多发性脂囊瘤 158350多发性错构瘤综合征(Cowden病）150699子宫平滑肌瘤 132700家族性圆柱瘤 155240家族性甲状腺髓样癌 142330家族性肝腺瘤 610455家族性肿瘤样钙沉着症607174家族性脑膜瘤 602089小儿毛细管血管瘤 114900小肠类癌 608615少牙畸形结直肠癌综合征612219尤因肉瘤 130650巨大舌-脐膨出综合 608456常染色体隐性结直肠腺瘤性息肉612387类肉瘤病,易感2型 612229结肠癌,易感3型 606764胃肠道间质瘤 606856胰腺癌,易感1型 613347胰腺癌,易感2型 613348胰腺癌,易感3型 182000脂溢性角化病 612160血管瘤样纤维组织细胞瘤180200视网膜母细胞瘤 215300软骨肉瘤 276300透克氏症

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法基因突变的检测方法基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一，检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述，对于基因突变的检测，1985以前，利用Southern印迹法，可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变，只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）技术是突变研究中的最重大进展，使基因突变检测技术有了长足的发展，目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上，并且由PCR衍生出的新方法不断出现，目前已达二十余种，自动化程度也愈来愈高，分析时间大大缩短，分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性（single-strand comformational polymorphism,SSCP）和异源双链分析法（heteroduplex analysis,HA）。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法，可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象，一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构，这种二级结构依赖于其碱基组成，即使一个碱基的不同，也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速，因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时，突变检出率可达70％-95％，片段大于400bp时，检出率仅为50％左右，该法可能会存在1％的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件，一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响，同时该法不能测定突变的准确位点，还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段，用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞，如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因，也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法，仅检测第5-8外显子即可发现85％以上的p53基因突变。由于该法简便快速，特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。异源双链分析法（HA） HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起，在非变性凝胶中电泳时，会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似，所不同的是SSCP分离的是单链DNA，HA法分离的是双链DNA，也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用，两者结合使用，可使突变检出率提高到近100％。突变体富集PCR法（mutant-enriched PCR）本法的基本原理是利用ras基因家族某个密码子部位存在已知的限制性内切酶位点，如K-ras基因第12密码子的BstNI位点，第13密古巴子有BgⅠⅡ位点。用链续二次的巢式PCR来扩增包括K-ras第12、13密码子的DNA片段，在两次扩增反应之间用相应的内切酶消化扩增的DNA片段，野生型因被酶切而不能进入第二次PCR扩增，而突变型则能完整进入第二次PCR扩增并得到产物的富集。变性梯度凝胶电泳法（denaturing gradinent electrophoresis,DGGE） DGGE法分析PCR 产物，如果突变发生在最先解链的DNA区域，检出率可达100％，检测片段可达1kb，最适

SNP与肿瘤易感相关性研究进展_晏光荣

SNP 与肿瘤易感相关性研究进展晏光荣　综述曹亚　审校 (中南大学湘雅医学院肿瘤研究所,长沙410078) 摘要:单核苷酸多态性(single nucleotide polym orphism ,S NP )是基因组变异最丰富的一种DNA 序列变化形式,反映了个体表型、疾病易感性和对药物、环境因子反应的差异。肿瘤是一种多基因遗传病,除涉及外界环境因素的作用外,还涉及到多个遗传易感基因的作用。现就肿瘤易感相关基因S NP 与肿瘤易感相关关系进行综述,并分析其在肿瘤的一级预防、早期诊断等方面的应用前景和目前存在的问题。关键词:单核苷酸多态性;　肿瘤;　易感性;　相关性中图分类号:Q527 文献标识码:A 文章编号:100121773(2004)022******* 单核苷酸多态性(single nucleotide polym orphism , S NP )是指在基因组内某一特定核苷酸位置上存在两种碱基(包括插入、缺失),其在群体中的分布频率均不低于1%。作为第三代分子遗传标记,具有比第一代、第二代遗传标记高密度、稳定和易于分型检测的优势,因而在疾病特别是多基因疾病研究领域显示了巨大的优势。 S NP 是反映个体遗传易感差异的一个重要方面, 它一般涉及两个方面:其一是运用大量的S NP 进行基因组扫描,通过连锁不平衡分析,将肿瘤易感相关基因定位于某一区域及某标记附近,可作为定位候选克隆的第一步,而这有赖于大量S NP 的发现以及基于 S NP 的高密度、高分辨率的物理图谱的构建,这一领域的工作刚刚起步。其二是根据肿瘤的一个或几个易感基因内(包括顺式作用元件区、剪切位点)或附近的 S NP 对患病人群与正常对照人群进行相关分析,确定某S NP 的某种基因型、单倍型频率在患病人群与正常对照人群中的差异分布,从而确定某基因型或单倍型所反映的个体对某种肿瘤的易感性,此领域的研究取得了可喜的进展。 1　研究现状 1.1　类固醇类激素代谢酶基因S NP 与肿瘤易感类固醇类激素在性腺肿瘤(如:前列腺癌、乳腺癌、卵巢癌)的发生发展中扮演重要的角色,参与其代谢途径的各种酶的代谢差异,影响激素在体内的积累或不足,导致个体对肿瘤易感性的差异。S NP 特别是功能 S NP 反映了这类酶基因的遗传变异,也就代表着酶的活性、表达水平的差异。大量研究表明,参与类固醇类激素代谢酶基因(如:HS D3B1[1],HS D3B2[1], HS D17B3[2],SRD5A2[3],CY P19[4],CY P3A431B [5],CY P1A1[6])的S NP 与前列腺癌、乳腺癌、卵巢癌易感性相关,它们的某种基因型或单倍型显著增加个体患病风险。如Chang [1]研究了3 β2羟基类固醇脱酶基因(3β2hydroxysteroid dehychrogenase ,HS D3B )在前列腺癌易感中的作用时,发现HS D3B1(N367T ,A to T )的等位基因 C 的频率在遗传性前列腺癌或散发性前列腺癌与正常对照人群中分布差异显著。C/A 或C/C 基因型增加了个体对前列腺癌的风险。进一步分析发现HS D3B1 N367T (C/A 或C/C )和BHS D3B2C7519G (C/G 或G /G ) 的联合作用显著增加了个体对前列腺癌的易感性。 1.2　DNA 修复基因S NP 与肿瘤易感在肿瘤的发生发展过程中,各种化学、物理、生物的致癌因素导致机体DNA 的损伤,包括突变、甲基化、断裂、二聚体形成等形式。这些DNA 的损伤将改变机体某些基因的遗传结构,从而导致基因组的不稳定性,而机体对这些损伤有一套修复系统,对损伤进行修复,维持机体遗传物质的稳定性。但是,个体间、群体间DNA 损伤修复酶基因存在遗传差异(遗传多态性),决定了个体对肿瘤易感性的差异。S NP 是一种较好地反映个体遗传差异的分子标记。已有许多研究者通过分析S NP 基因型、单倍型频率在患病与相应正常人群中的分布差异,确定修复基因的S NP 基因型与某肿瘤易感的相关关系。结果发现:hOGG 1(A1165G )的GG 基因型[6]、 XRCC3(Thr241M et )的M et/M et 基因型[8]、LIG 4(T 1977C ) 5 71收稿日期:2002212231 修回日期:2003202218 作者简介:晏光荣(19772),男,江西高安人,在读博士,主要从事肿瘤发病分子机制研究。第24卷第2期2004年4月国外医学?生理、病理科学与临床分册 F oreign M edical Sciences ?Section of Pathophysiology and Clinical M edicine V ol.24　N o.2 Apr.　2004