蛋白质的结构和功能

蛋白质的结构和功能
蛋白质的结构和功能

第二章蛋白质的结构和功能

蛋白质(protein)在生物体内具有广泛和重要的生理功能,它不仅是各器官、组织的主要化学组成,且生命活动中各种生理功能的完成大多是通过蛋白质来实现的,而且蛋白质在其中还起着关键的作用,所以蛋白质是生物化学学科中传统、基础的内容,在分子生物学学科中又是发展最快、最重要的部分之一,protein一词就是来自1938年Jons J Berzelius创造的希腊单词protios,意为第一或最重要的意思。

第一节蛋白质在生命活动中的重要功能

蛋白质是生命的物质基础,一切生命活动离不开蛋白质。

蛋白质普遍存在于生物界,从病毒、细菌到动、植物都含有蛋白质,病毒除核酸外几乎都由蛋白质组成,甚至朊病毒(prion)就只含蛋白质而不含核酸。蛋白质也是各种生物体内含量最多的有机物质(表2-1)。人体内蛋白质含量就约占其干重的45%左右。

体内一些蛋白质的重要生理功能:

(一)催化功能

(二)调节功能

(三)保护和支持功能

(四)运输功能

(五)储存和营养功能

(六)收缩和运动功能

(七)防御功能

(八)识别功能

(九)信息传递功能

(十)基因表达调控功能

(十一)凝血功能

(十二)蛋白质的其他众多生理功能

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第二节 蛋白质的分子组成

一、 蛋白质的元素组成和分子量

蛋白质是大分子化合物,相对分子质量(Mr )一般上万,结构十分复杂,但都是由

C 、H 、O 、N 、S 等基本元素组成,有些蛋白质分子中还含有少量Fe 、P 、Zn 、Mn 、Cu 、I 等元素,而其中氮的含量相对恒定,占13%~19%,平均为16%,因此通过样品中含氮量的测定,乘以6.25,即可推算出其中蛋白质的含量。

二、 蛋白质的氨基酸组成

大分子蛋白质的基本组成单位或构件分子(building-block molecule )是氨基酸(amino acid ,AA )(表2-2)。在种类上,虽然自然界中存在着300多种氨基酸,但构成蛋白质的只有20种氨基酸,且都是L,α-氨基酸,在蛋白质生物合成时它们受遗传密码控制。另外,组成蛋白质的氨基酸,不存在种族差异和个体差异。

在20种氨基酸中,除甘氨酸不具有不对称碳原子和脯氨酰是亚氨基酸外,其余

均为L,α-氨基酸。氨基酸分子的结构通式为:R H |

C

|

COOH

N H 2--

(一) 氨基酸的分类

20种氨基酸按其侧链R 结构的不同,在化学中可分为脂肪族、芳香族和杂环氨基酸三大类,分别含15种、2种和3种氨基酸。在脂肪族氨基酸中,3种是支链氨基酸,而大多是直链氨基酸。在20种氨基酸中,有2种是含硫氨基酸和3种是含羟基的氨基酸。在生物化学中,氨基酸是根据其酸性基团(羧基)和碱性基团(氨基、胍基、咪唑基)的多寡而分为酸性氨基酸、碱性氨基酸和中性氨基酸三类,其中酸性氨基酸含2个羧基和1个氨基,碱性氨基酸含2个或2个以上碱性基团和一个羧基,都属于含有可解离基团的极性氨基酸,而中性氨基酸只含有1个羧基和1个氨基,在形成蛋白质分子时都被

结合掉,因此根据其侧链R有无极性再分为中性极性氨基酸和中性非极性氨基酸二个亚类,中性极性氨基酸(polar AA)较亲水(hydrophilic),中性非极性氨基酸(non-polar AA)较疏水(hydrophobic)(表2-3)。在形成大分子蛋白质严密的空间结构中,其组成氨基酸侧链R的大小、形状,带电与极性与否,对蛋白质分子空间结构形成和生理功能关系密切。

蛋白质分子中尚含有一些经修饰的氨基酸,并无遗传密码编码,它们往往是在蛋白质生物合成后,由其中相应氨基酸经加工修饰生成。如胱氨酸是由2个半胱氨酸脱氢氧化生成,含有二硫键,存在于部分蛋白质分子中;而羟赖氨酸与羟脯氨酸来自蛋白质中赖氨酸和脯氨酸的羟化,主要存在于胶原蛋白分子中,它与胶原蛋白分子结构的稳定与功能均有关;一些凝血因子分子中含有γ-羧基谷氨酸,也来自蛋白质分子中谷氨酸的羧化,且与其凝血活性密切有关;而一些酶蛋白分子中的丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸羟基,还可与磷酸结合被磷酸化等,更与酶活性的调节功能密切相关。

(二)氨基酸的重要理化性质

1.两性电离与等电点(pI)

2.紫外吸收特征

3.脱水成肽反应

第三节蛋白质的分子结构

一、肽键和肽

肽键(peptide bond)是蛋白质分子中的主要共价键,性质比较稳定。它虽是单键,但具有部分双键的性质,难以自由旋转而有一定的刚性,因此形成肽键平面(图2-3),则包括连接肽键两端的C═O、N-H和2个Cα共6个原子的空间位置处在一个相对接近的平面上,而相邻2个氨基酸的侧链R又形成反式构型,从而形成肽键与肽链复杂的空间结构。

肽(peptide)是氨基酸通过肽键相连的化合物,蛋白质不完全水解的产物也是肽。肽按其组成的氨基酸数目为2个、3个和4个等不同而分别称为二肽、三肽和四肽等,一般含10个以下氨基酸组成的称寡肽(oligopeptide),由10个以上氨基酸组成的称多肽

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(polypeptide),它们都简称为肽。肽链中的氨基酸已不是游离的氨基酸分子,因为其氨基和羧基在生成肽键中都被结合掉了,因此多肽和蛋白质分子中的氨基酸均称为氨基酸残基(amino acid residue)。

多肽有开链肽和环状肽。在人体内主要是开链肽。开链肽具有一个游离的氨基末端和一个游离的羧基末端,分别保留有游离的α-氨基和α-羧基,故又称为多肽链的N 端(氨基端)和C端(羧基端),书写时一般将N端写在分子的左边,并用(H)表示,并以此开始对多肽分子中的氨基酸残基依次编号,而将肽链的C端写在分子的右边,并用(OH)来表示。目前已有约20万种多肽和蛋白质分子中的肽段的氨基酸组成和排列顺序被测定了出来,其中不少是与医学关系密切的多肽,分别具有重要的生理功能或药理作用。

多肽在体内具有广泛的分布与重要的生理功能。其中谷胱甘肽在红细胞中含量丰富,具有保护细胞膜结构及使细胞内酶蛋白处于还原、活性状态的功能。而在各种多肽中,谷胱甘肽的结构比较特殊,分子中谷氨酸是以其γ-羧基与半胱氨酸的α-氨基脱水缩合生成肽键的,且它在细胞中可进行可逆的氧化还原反应,因此有还原型与氧化型两种谷胱甘肽。

近年来一些具有强大生物活性的多肽分子不断地被发现与鉴定,它们大多具有重要的生理功能或药理作用,又如一些“脑肽”与机体的学习记忆、睡眠、食欲和行为都有密切关系,这增加了人们对多肽重要性的认识,多肽也已成为生物化学中引人瞩目的研究领域之一。

多肽和蛋白质的区别,一方面是多肽中氨基酸残基数较蛋白质少,一般少于50个,而蛋白质大多由100个以上氨基酸残基组成,但它们之间在数量上也没有严格的分界线,除分子量外,现在还认为多肽一般没有严密并相对稳定的空间结构,即其空间结构比较易变具有可塑性,而蛋白质分子则具有相对严密、比较稳定的空间结构,这也是蛋白质发挥生理功能的基础,因此一般将胰岛素划归为蛋白质。但有些书上也还不严格地称胰岛素为多肽,因其分子量较小。但多肽和蛋白质都是氨基酸的多聚缩合物,而多肽也是蛋白质不完全水解的产物。

二、蛋白质分子结构及其规律性

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蛋白质是大分子化合物,一般由一条肽链、上百个氨基酸,即成千上万个原子组成,分为一、二、三、四4级、四个不同的层次(表2-5),以便进行深入研究,其中二、三、四级均属于蛋白质的三维空间结构(three-dimensional structure,3D)或构象(conformation)。随着研究的深入,现在在蛋白质二级和三级结构之间,又增加了一些超二级结构和结构域(domain)。

(一)蛋白质的一级结构(primary structure)

蛋白质的一级结构,专指多肽链中氨基酸(残基)的排列的序列(sequence)。若蛋白质分子中含有二硫键,一级结构也包括生成二硫键的半胱氨酸残基位置。一级结构就是指蛋白质分子中由共价肽键相连的基本分子结构。不同的蛋白质,首先具有不同的一级结构,因此一级结构是区别不同蛋白质最基本、最重要的标志之一。

蛋白质一级结构的重要性,首先是由于其序列中不同氨基酸侧链R的大小、性质不同,决定着肽链折叠盘曲形成不同的空间结构和功能。同时由于蛋白质的一级结构是由遗传物质DNA分子上相应核苷酸序列、即遗传密码决定的,蛋白质与DNA分子均为线状,因此具有“共线性”关系,不同生物具有不同的遗传特征,首先是由于其不同的DNA,编码合成出不同的蛋白质,具有不同的一级结构所决定的,因此蛋白质一级结构的认识对阐明其众多生理功能之分子本质甚为重要。

蛋白质分子中氨基酸序列自动分析仪的问世,使蛋白质一级结构的测定有了飞速的发展。同时由于DNA分子中核苷酸序列的测定也有了迅猛的发展,且其步骤较蛋白质序列测定方法更快速简便,因此近年来更有通过蛋白质相应基因DNA序列的测定,来推断该蛋白质的一级结构。自然界亿万种不同的蛋白质,首先是由于它们有亿万种不同的一级结构,这是其不同空间结构与生理功能的分子基础。

(二)蛋白质的二级结构(secondary structure)

蛋白质的二级结构是指多肽链中相邻氨基酸残基形成的局部肽链空间结构,是其主链原子的局部空间排布。蛋白质分子的空间结构有一些共同的规律可遵循,其中二级结构主要是周期性出现的有规则的α-螺旋、β-片层、β-转角、π-螺旋和无规则线圈等几种二级结构单元,且这些有序的二级结构单元,主要是靠氢键等非共价键来维持其空间

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结构的相对稳定的。

1.α-螺旋(α-helix):是蛋白质分子中最稳定的二级结构,其基本特征是:

(1)肽链骨架由肽键上的C、N原子与氨基酸残基中的α碳原子组成,交替形成了肽链主链,它从N端到C端为顺时针方向的右手螺旋结构(图2-6、2-7)。

(2)螺旋每圈由3.6个氨基酸残基组成,每圈上下螺距为0.54nm(5.4

A)。相邻

螺旋之间,由第1个氨基酸肽键上C═O,隔三个氨基酸残基,与第5个氨

基酸肽键上N—H形成氢键,其间包括13个原子(图2-8),故又称3.613螺

旋,且氢键方向与α-螺旋长轴基本平行,每相邻螺旋间有三个氢键维持其

空间结构的相对稳定。

(3)α-螺旋类似实心棒状,氨基酸残基侧链R在螺旋外侧。各种蛋白质分子中α-螺旋中氨基酸占总氨基酸组成的比例各不相同,如角蛋白中几乎全是由

α-螺旋组成,而小分子蛋白质尤其是在多肽中几乎无α-螺旋的存在。α-

螺旋对维持蛋白质分子空间结构的相对稳定起着十分重要的作用。

2.β-片层结构(β-pleated sheet structure)又称β-折叠,是肽链中比较伸展的空间结

构,其中肽键平面接近平行、但略呈锯齿状或扇形。β-片层可由2~5个肽段片层之间经C═O与N—H间形成的氢键来维系,但氢键方向与肽链长轴方向相垂直(图2-9),且反平行方式排列在热力学上最为稳定。

大多数球状蛋白质分子中,α-螺旋与β-片层结构都同时存在,且是各种蛋白质分子中的主要二级结构,但各占氨基酸组成的比例不同,如表2-6所示。胰岛素分子中约有14%的氨基酸残基组成β-片层结构,而胰糜蛋白酶分子中约有45%氨基酸残基组成β-片层二级结构,β-片层二级结构的可塑性比较大。

3.β-转角(β-turn,T),指肽链出现180o左右转向回折时的“U”形有规律的二级

结构单元,空间结构靠第1个氨基酸残基上的C═O隔两个氨基酸残基与第4个氨基酸残基上的N—H形成的氢键来维持其稳定,氢键中包括10~12个原子,因此较α-螺旋卷曲得更紧密。β-转角还有几种亚型,在球状蛋白质中含量丰富,且大多存在于球状蛋白质分子的表面,因此为蛋白质生物活性的重要空间结构部位。

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4.π-螺旋(π-helix):主要存在于胶原蛋白分子中,肽链以4.4个氨基酸残基盘旋一

圈,靠与螺旋长轴基本平行的氢键维持螺旋的稳定,氢键跨18个原子,故又称4.418螺旋。它是比α-螺旋稍大而疏松的左手螺旋。在胶原蛋白分子中,三股左手螺旋再盘曲形成稳定的右手超螺旋,进一步缩合形成胶原微纤维。

5.随意卷曲(randon coil):又称无规律卷曲,是指各种蛋白质分子中彼此各不相同、

没有共同规律可遵循的那些肽段空间结构,它是蛋白质分子中一系列无序构象的总称,也可以说是各种蛋白质分子中的特征性二级结构。因为在蛋白质分子中,并不是所有肽段都形成有序的α-螺旋、β-片层、β-转角等二级结构的,而是有相当部分的肽段,其二级结构在各蛋白质分子间彼此并不相似,无共同规律可遵循,它也普遍存在于各种天然蛋白质分子中,同时也是蛋白质分子结构和功能的重要组成部分。

蛋白质二级结构、乃至更高层次空间结构的形成,决定于其一级结构。由于一级结构中氨基酸残基侧链R大小与性质的不同,使肽键可形成不同的α-螺旋、β-片层等二级结构。如一段肽段由相邻较多酸性氨基酸组成,由于侧链R解离带了相同的负电荷,因此就同性相斥而不易形成稳定的α-螺旋;又如一个肽段中集中了较多具有大侧链R的氨基酸,因空间位阻也不易形成有序的α-螺旋,而多形成随意卷曲。而胶原蛋白分子中富含小分子的甘氨酸和脯氨酸、羟脯氨酸,空间位阻小,故易形成三股超螺旋,且由于脯氨酸、羟脯氨酸为亚氨基酸,在形成肽键后其氮原子上已无氢原子可形成氢键,因此π-螺旋不稳定,也就进一步形成了三股超螺旋。6.超二级结构(super secondary structure)和结构域:近年来随着蛋白质结构与功能研

究的深入,发现不少蛋白质分子中的一些二级结构单元,往往有规则地聚集在一起形成全由α-螺旋、全由β-片层或α-螺旋与β-片层混合、均有的超二级结构基本形式,具体说,形成相对稳定的αα、βββ、βαβ、β2α和αTα等超二级结构(图2-12)又称模体(motif)或模序。具有调控作用的转录因子蛋白质中,就有β2α和αTα超二级结构存在。且单个或多个超二级结构,尚可进一步集结起来,形成在蛋白质分子空间结构中明显可区分的区域,称结构域(图2-13),它们分别又是

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蛋白质分子中的一个个功能单位,故不严格地又称之为功能域。蛋白质的结构域一般由40~400个氨基酸残基组成。

蛋白质超二级结构和结构域的重要性,还在于它们往往分别是由该蛋白质相应基因的DNA链上不同的外显子编码的。体内蛋白质生物合成时,甚至可将分布在不同染色体上的外显子,通过重组合成出含有不同结构域组成的蛋白质。但因含有一些相同的结构域,因此就可生成一些具有相似功能的蛋白质,形成蛋白质家族(protein family),和合成特异性不同的各种免疫球蛋白分子等。又由于结构域仅是大分子蛋白质中的一个部分,相对较小,比较容易研究其结构和功能的关系,因此结构域已成为目前蛋白质结构、功能研究中的一个关注焦点与热门课题。

(三)蛋白质的三级结构(tertiary structure)

蛋白质的三级结构是指整条多肽链中所有氨基酸残基,包括相距甚远的氨基酸残基主链和侧链所形成的全部分子结构。因此有些在一级结构上相距甚远的氨基酸残基,经肽链折叠在空间结构上可以非常接近。

例如肌红蛋白是一条由153个氨基酸残基组成的肽链,分子中由八个肽段分别形成A~H八段α-螺旋,再进一步通过AB、CD等一些β-转角与随意卷曲连接,进一步

地折叠形成接近球状的分子三级结构,分子大小为4.3nm×3.5nm×2.3nm(43

A×35 A

×23

A)。临床上也通过测定病人血中的肌红蛋白来鉴别诊断心绞痛还是心肌梗死.

自然界大多数蛋白质都是由一条肽链组成的,因此相对稳定的三级结构就是其特征性的空间结构,这是蛋白质分子最显著的特征之一。不同蛋白质有不同的一级结构,因此折叠形成不同的三级结构,赋予它们不同的生理功能。按一级结构人工合成胰岛素的成功,并具有降低动物血糖浓度的作用,是一级结构决定蛋白质空间结构与生理功能的最好例证。

肽链折叠卷曲形成的球状、椭圆形等三级结构蛋白质分子,往往形成一个亲水的分子表面和一个疏水的分子内核,靠分子内部疏水键和氢键等来维持其空间结构的相对稳定。有些蛋白质分子的亲水表面上也常有一些疏水微区,或在分子表面形成一些形态各

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异的“沟”、“槽”或“洞穴”等结构,一些蛋白质的辅基或金属离子往往就结合在其中。例如上述肌红蛋白分子亲水表面上,就有一个疏水洞穴,其中结合着一个含Fe2+的血红素辅基,起着结合并储存氧的功能,供肌肉剧烈收缩氧供应相对不足时释放被利用的需要。而结合了糖、脂的蛋白质分子其三级结构就更复杂了。

(四)蛋白质的四级结构(quaternary structure)

蛋白质的四级结构是指各具独立三级结构多肽链再以各自特定形式接触排布后,结集所形成的蛋白质最高层次空间结构。在此蛋白质四级结构中,各具独立三级结构的多肽链称亚基(subunit),亚基单独存在时不具生物活性,只有按特定组成与方式装配形成四级结构时,蛋白质才具有生物活性。

例如血红蛋白就是由两条相同、各由141个氨基酸残基组成的α-亚基和两条相同、各由146个氨基酸残基组成的β-亚基按特定方式接触、排布组成的一个球状、接近四面体的分子结构。其中α和β亚基分别由七段和八段α-螺旋组成,且β-亚基的三级结构与肌红蛋白三级结构十分相似(图2-16)每个亚基表面疏水洞穴中都分别结合一个含Fe2+血红素辅基。血红蛋白四个亚基间主要靠八个盐键和众多氢键维系其严密、特定的四级结构(图2-17、2-18),其中一个α亚基肽链的N端与另一α-亚基的C端,在空间结构中十分接近,靠盐键结合,且β-亚基的C端,又和α-亚基的第40位赖氨酸残基以盐键相连,以维持血红蛋白严密且相对稳定的四级结构,完成其在血液中运输氧气的生理功能。具有四级结构的整个蛋白质分子也大多形成一个亲水的分子表面和一个疏水的分子内核。

蛋白质的四级结构,包括亚基数目、种类和空间排布方式各不相同。自然界蛋白质的亚基组成数目多为偶数,可以由相同或不同的亚基组成,不同的亚基一般都用α、β、γ等来命名,而具有不同催化功能和调节功能的酶蛋白亚基,则多用催化亚基C和调节亚基R来命名(表2-7)。在蛋白质四级结构中,亚基多以对称的方式结合排布,并由非共价键彼此相互连接。

并不是所有蛋白质分子都具有四级结构的。大多数蛋白质都只由一条肽链组成,只具有三级结构就有生理活性了,只有一部分分子量更大、或具有调节功能的蛋白质,才

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具有四级结构,它由几条肽链组成,从而赋予它特殊的别构作用,这对完成其特定生理功能十分重要。另外由于肽链亚基间的连结键都是非共价键,因此由二硫键相连的,如由四条肽链组成的免疫球蛋白、由A、B二条肽链组成的胰岛素分子,不属于具有四级结构的蛋白质,何况胰岛素还是一个分子量很小的蛋白质。

(五)维系蛋白质空间结构的非共价键

这些非共价键又称副键,包括氢键、盐键、疏水键和范德瓦士力(van der Waals)等。其中维持蛋白质二级结构的主要是氢键,维持蛋白质三级结构的主要是疏水键,维持蛋白质四级结构的有盐键。事实上各层次蛋白质分子空间结构的稳定,都有这些副键共同参与,以保证蛋白质空间结构的相对稳定和各种生理功能的正常发挥。

非共价键的键能要比共价键的键能小得多,因此容易断裂,但由于蛋白质分子中非共价键数目众多,因此它们在维持蛋白质严密空间结构和生理功能上起着十分重要的作用。

(六)二硫键(disulfide bond)

二硫键属于共价键,由一条或两条肽键上的两个半胱氨酸残基上的巯基经脱氢氧化生成。二硫键的作用是加固由非共价键维系的蛋白质分子严密的空间结构,在进一步稳定蛋白质构象和生理功能上起着重要的作用。

但并不是所有蛋白质分子中都含有二硫键的。含有二硫键的蛋白质,一旦其二硫键被还原断裂,蛋白质的空间结构往往易遭到破坏,生理功能也就丧失。胰岛素被还原后就丧失其降低血糖的生物活性。一般细胞合成后分泌到细胞外的蛋白质,分子中二硫键较多,使此蛋白质分子构象更趋稳定以便顺利完成其生理功能,如胰岛素、血浆白蛋白和免疫球蛋白等,而存在于细胞内的蛋白质分子,往往二硫键较少,因为在细胞内是富含还原型谷胱甘肽的生理环境。

第四节蛋白质分子结构和功能的关系

一、蛋白质分子一级结构和功能的关系

蛋白质分子中关键活性部位氨基酸残基的改变,会影响其生理功能,甚至造成分子病(molecular disease)。例如镰状细胞贫血,就是由于血红蛋白分子中两个β亚基第6

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位正常的谷氨酸变异成了缬氨酸,从酸性氨基酸换成了中性支链氨基酸,降低了血红蛋白在红细胞中的溶解度,使它在红细胞中随血流至氧分压低的外周毛细血管时,容易凝聚并沉淀析出,从而造成红细胞破裂溶血和运氧功能的低下。另实验证明,若切除了促肾上腺皮质激素或胰岛素A链N端的部分氨基酸,它们的生物活性也会降低或丧失,可见关键部分氨基酸残基对蛋白质和多肽功能的重要作用。

所谓“分子病”,首先是蛋白质一级结构的改变,从而引起其功能的异常或丧失所造成的疾病。可见蛋白质关键部位甚至仅一个氨基酸残基的异常,对蛋白质理化性质和生理功能均会有明显的影响。分子病是基因突变引起的遗传性疾病,当然首先就是DNA 分子结构的改变,是其分子编码相应蛋白质基因结构的改变,这是1949年美国科学家Pauling在研究血红蛋白时首先提出来的。目前已知血红蛋白分子异常有500多种,其中约一半在临床上可造成分子病。分子病也包括整条多肽链在合成时的缺失,如血红蛋白分子病中的地中海贫血,可缺失血红蛋白α-亚基或β-亚基等。现在已知人类有几千种先天遗传性疾病,其中大多是由于相应蛋白质分子异常或缺失所致。今举一些并不是十分罕见的分子病实例如下(表2-9)

另一方面,在蛋白质结构和功能关系中,一些非关键部位氨基酸残基的改变或缺失,则不会影响蛋白质的生物活性。例如人、猪、牛、羊等哺乳动物胰岛素分子A链中8、9、10位和B链30位的氨基酸残基各不相同,有种族差异,但这并不影响它们都具有降低生物体血糖浓度的共同生理功能。又如在人群的不同个体之间,同一种蛋白质有时也会有氨基酸残基的不同或差异,个体之间,同一种蛋白质中有时会存在一级结构的微小差异,但这也并不影响不同个体中它们担负相同的生理功能。但差异的氨基酸,若是在氨基酸分类中从脂肪族换成芳香族氨基酸等,即蛋白质之间的免疫原性就会差异较大,由这些蛋白质组成人体组织、器官,在临床上进行移植时,就可产生排异反应。

蛋白质一级结构与功能间的关系十分复杂。不同生物中具有相似生理功能的蛋白质或同一种生物体内具有相似功能的蛋白质,其一级结构往往相似,但也有时可相差很大。如催化DNA复制的DNA聚合酶,细菌的和小鼠的就相差很大,具有明显的种族差异,可见生命现象十分复杂多样。

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二、蛋白质分子空间结构和功能的关系

蛋白质分子空间结构和其性质及生理功能的关系也十分密切。不同的蛋白质,正因为具有不同的空间结构,因此具有不同的理化性质和生理功能。如指甲和毛发中的角蛋白,分子中含有大量的α-螺旋二级结构,因此性质稳定坚韧又富有弹性,这是和角蛋白的保护功能分不开的;而胶原蛋白的三股π螺旋平行再几股拧成缆绳样胶原微纤维结构,使其性质稳定而具有强大的抗张力作用,因此是组成肌腱、韧带、骨骼和皮肤的主要蛋白质;丝心蛋白正因为分子中富含β-片层结构,因此分子伸展,蚕丝柔软却没有多大的延伸性。事实上不同的酶,催化不同的底物起不同的反应,表现出酶的特异性,也是和不同的酶具有各自不相同且独特的空间结构密切有关。

又如细胞质膜上一些蛋白质是离子通道,就是因为在其多肽链中的一些α-螺旋或β-折叠二级结构中,一侧多由亲水性氨基酸组成,而另一侧却多由疏水性氨基酸组成,因此是具有“两亲性”(amphipathic)的特点,几段α-螺旋或β-折叠的亲水侧之间就构成了离子通道,而其疏水侧,即通过疏水键将离子通道蛋白质固定在细胞质膜上。载脂蛋白也具有两亲性,既能与血浆中脂类结合,又使之溶解在血液中进行脂类的运输。

两亲性使蛋白质间形成二聚体也十分重要。

具有四级结构的蛋白质,尚有重要的别构作用(allosteric effect),又称变构作用。别构作用是指一些生理小分子物质,作用于具有四级结构的蛋白质,与其活性中心外别的部位结合,引起蛋白质亚基间一些副键的改变,使蛋白质分子构象发生轻微变化,包括分子变得疏松或紧密,从而使其生物活性升高或降低的过程。具有四级结构蛋白质的别构作用,其活性得到不断调正,从而使机体适应千变万化的内、外环境,因此推断这是蛋白质进化到具有四级结构的重要生理意义之一。

血红蛋白运氧中也有别构作用:当血红蛋白分子第一个亚基与氧结合后,该亚基构象的轻微改变,可导致4个亚基间盐键的断裂,使亚基间的空间排布和四级结构发生轻微改变,血红蛋白分子从较紧密的T型转变成较松弛的R型构象,从而使血红蛋白其他亚基与氧的结合容易化,产生了正协同作用,呈现出与肌红蛋白不同的“S”形氧解离曲线,完成其更有效的运氧功能(图2-21)。氧对生命十分重要,但氧又难溶于水,生物

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进化到脊椎动物,产生了血红蛋白与肌红蛋白,尤其是血红蛋白具有四级结构和别构作用,使之能更有效地完成运氧功能。它就像撕一张四联邮票,当撕第一张时较费力,但撕第二、三张时就容易些了,当撕到第四张邮票时几乎可以不费力气一样,即血红蛋白变构到第四个亚基与氧的结合时就更容易了(图2-22)。当然,血红蛋白是由四个亚基聚合而成的蛋白质,在变构中亚基是绝对不能分开的,只是整个构象的改变。

第五节蛋白质的分类

蛋白质可根据其化学组成不同分为单纯蛋白质(simple proteins)和结合蛋白质(conjugated proteins)两大类。单纯蛋白质仅由氨基酸组成,而结合蛋白质除氨基酸组成外还含有非蛋白质的辅基(prosthetic group)。

单纯蛋白质可按其溶解度不同而再分为白蛋白、球蛋白、组蛋白、硬蛋白、精蛋白、谷蛋白等七类(表2-10),其中前五类在动物体内广泛分布,如组蛋白类主要分布在细胞核内,以与DNA结合的形式存在,有调节基因开放、关闭的功能,本身又再分为5亚基;硬蛋白类则有保护和支持等功能;精蛋白则主要存在在精子中富含精氨酸。

不同蛋白质溶解度的不同,有利于从混合蛋白质中进行各蛋白质组分的分离纯化,如血浆各组成成分蛋白质的分离纯化、综合利用。

结合蛋白质按其辅基不同再可分为核蛋白、糖蛋白、脂蛋白、磷蛋白等六类(表2-11)。其中核蛋白是细胞染色体的主要化学组成;而脂蛋白为人血浆中脂类的主要结合、运输形式。

蛋白质也可按分子形状不同而分为纤维状蛋白质和球状蛋白质两大类。纤维状蛋白质(fibrous protein)分子呈纤维状或棒状,分子长轴和短轴的比一般大于10。

第六节蛋白质的重要理化性质

一、大分子亲水胶体性质

二、两性解离与等电点

三、紫外吸收特征与蛋白质定量分析

四、蛋白质的变性(denaturation)

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变性是指在一些物理或化学因素作用下,使蛋白质分子空间结构破坏,从而引起蛋白质理化性质改变,包括结晶性能消失。蛋白质溶液粘度增加,呈色反应加强及易被消化水解等,尤其是溶解度降低和生物活性丧失的过程。蛋白质变性的机理是分子中非共价键断裂,使蛋白质分子从严密且有序的空间结构转变成杂乱松散、无序的空间结构,因此生物活性也必然丧失;同时由于蛋白质变性后,分子内部的疏水基团暴露到了分子的表面,因此其溶解度降低、容易沉淀析出。变性的蛋白质大多沉淀,但沉淀的蛋白质在蛋白质分离纯化中并不是变性的。

造成蛋白质变性的物理、化学条件有加热、紫外线、X射线和有机溶剂,如乙醇、尿素、胍和强酸、强碱、重金属盐等。蛋白质变性虽是能逆转的,因为此时蛋白质的一级结构并未遭到破坏,故若变性时间短、变性程度较轻,理论上在合适的条件下,变性蛋白质分子尚可重新卷曲形成天然空间结构,并恢复其生物活性,这即称为蛋白质的复性(renaturation),但目前情况下大部分变性蛋白质均难以复性,尤其是加热变性的蛋白质更发生了凝固。蛋白质变性理论是由中国早年著名生化学家吴宪教授提出来的,至今仍被世界承认与延用。

在实际工作中,我们要谨防一些蛋白质制剂或蛋白质药物的变性失活,如免疫球蛋白、酶蛋白、疫苗蛋白和蛋白质激素药物等;而在另一些情况下,又要利用日光、紫外线、高压蒸汽、酒精和红汞等使细菌蛋白质变性失活,从而达到消毒杀菌的目的。要注意区别变性是由一些较剧烈的条件使蛋白质构象破坏、生物活性丧失的过程,它不同于别构中蛋白质构象的轻微改变,伴随着生物活性升高或降低的调节过程。

五、蛋白质的别构(变构)作用(allosteric effect)

蛋白质变性与变构是两个完全不同的概念,但两者又有一些相同点,都是在外因作用下蛋白质分子空间构象的改变,从而引起生物活性的改变,具体内容本书后面还将会对别构作用有不少介绍,因为别构作用在生命活动的调节中十分重要,尤其是别构酶的调节作用。

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蛋白质结构与功能的关系94592

蛋白质结构与功能的关系 (The relationship between protein structure and function) 摘要蛋白质特定的功能都是由其特定的构象所决定的,各种蛋白质特定的构象又与其一级结构密切相关。天然蛋白质的构象一旦发生变化,必然会影响到它的生物活性。由于蛋白质的构象的变化引起蛋白质功能变化,可能导致蛋白质构象紊乱症,当然也能引起生物体对环境的适应性增强!现而今关于蛋白质功能研究还有待发展,一门新兴学科正在发展,血清蛋白组学,生物信息学等!本文仅就蛋白质结构与其功能关系进行粗略阐述。 关键词:蛋白质结构;折叠/功能关系;蛋白质构象紊乱症;分子伴侣 Keywords:protein structure;fold/function relationship;protein conformational disorder;molecular chaperons 虽然蛋白质结构与生物功能的关系比序列与功能的关系更加紧密,但结构与功能的这种关联亦若隐若现,并不能排除折叠差别悬殊的蛋白质执行相似的功能,折叠相似的蛋白质执行差别悬殊功能的现象的存在。无奈,该领域仍不得不将100多年前Fisher提出的“锁一钥匙”模型(“lock—key”model)和50多年前Koshand提出的诱导契合模型(induce fitmodel)作为蛋白质实现功能的理论基础。这2个略显粗糙的模型只是认为蛋白质执行功能的部位局限在结构中的一个或几个小区域内,此类区域通常是蛋白质表面上的凹洞或裂隙。这种凹洞或裂隙被称为“活性部位(active site)”或“别构部位(fallosteric site)”,凹陷部位与配体分子在空间形状和静电上互补。此外,在酶的活性部位中还存在着几个作为催化基团(catalyticgroup)的氨基酸残基。对蛋白质未来的研究应从实验基本数据的归纳和统计入手,从原始的水平上发现蛋白质的潜藏机制【1】。 蛋白质结构与功能关系的研究主要是以力求刻画蛋白质的3D结构的几何学为基础的。蛋白质结构既非规则的几何形,又非完全的无规线团(randomcoil),而是有序(α一螺旋和β一折叠)与无序(线团或环域loop)的混合体。理解蛋白质3D结构的技巧是将结构简化,只保留某种几何特征或拓扑模式,并将其数字化。探求数字中所蕴含的规律,且根据这一规律将蛋白质进行分类,再将分类的结构与蛋白质的功能进行比较,以检验蛋白质抽象结构的合理性。如果一种对蛋白质结构的简化、比较和分类能与蛋自质的功能有较好地对应关系,那么这就是一种对蛋白质结构的有价值的理解。蛋白质结构中,多种弱力(氢键、范德华力、静电相互作用、疏水相互作用、堆积力等)和可逆的二硫键使多肽链折叠成特定的构象。从某种意义上说,共价键维系了蛋白质的一级结构;主链上的氢键维系了蛋白质的二级结构;而氨基酸侧链的相互作用和二硫桥维系着蛋白质的三级结构。亚基(subunit)内部的侧链相互作用是构象稳定的基础,蛋白质链之间的侧链的相互作用是亚基组装(四级结构)的基础,而蛋白质中侧链与配体基团问的相互作用是蛋白质行使功能的基础。 牛胰核糖核酸酶(RNase)变性和复性的实验是蛋白质结构与功能关系的很好例证。蛋白质空间结构遭到破坏;,可导致蛋白质的理比性质和生物学性质的变化,这就是蛋白质变性。变性的蛋白质,只要其一级结构仍然完好,可在一定条件下恢复其空间结构,随之理化性质和生物学性质也可重现,这被称为复性。RNase是由124个氨基酸残基组成的一条肽链,分子中8个半胱氨酸的巯基构成4对二硫键,进而形成具有一定空间构象的活性蛋白质。天然RNase遇尿素和β巯基乙醇时发生变性,其分子中的氢键和4个二硫键解开,严密的空间结构遭破坏,丧失了生物学活性,但一级结构完整无损。若去除尿素和β巯基乙醇,RNase又可恢复其原有构象和生物学活性。RNase分子中的8个巯基若随机排列成二硫键可有105种方式。有活性的RNase只是其中的一种,复性时之所以选择了自

蛋白质结构与功能的关系

蛋白质结构与功能的关系 蛋白质的结构包括一级结构、二级结构、三级结构、四级结构。 一级结构是蛋白质的一级结构指在蛋白质分子从N-端至C-端的氨基酸排列顺序。一级结构是蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础,但不是决定蛋白质空间构象的唯一因素。 蛋白质的二级结构是指多肽链的主链骨架本身在空间上有规律的折叠和盘绕,它是由氨基酸残基非侧链基团之间的氢键决定的。常见的二级结构有α螺旋、三股螺旋、β折叠、β转角、β凸起和无规卷曲。α螺旋中肽链骨架围绕一个轴以螺旋的方式伸展,它可能是极性的、疏水的或两亲的。β折叠是肽链的一种相当伸展的结构,有平行和反平行两种。如果β股交替出现极性残基和非极性残基,那么就可以形成两亲的β折叠。β转角指伸展的肽链形成180°的U形回折结构而改变了肽链的方向。β凸起是由于β折叠股中额外插入一个氨基酸残基而形成的,它也能改变多肽链的走向。无规卷曲是在蛋白质分子中的一些极不规则的二级结构的总称。无规卷曲无固定走向,有时以环的形式存在,但不是任意变动的。从结构的稳定性上看,右手α螺旋>β折叠> U型回折>无规卷曲,但在功能上,酶与蛋白质的活性中心通常由无规卷曲充当,α右手螺旋和β折叠一般只起支持作用。 蛋白质的三级结构是指多肽链在二级结构的基础上,进一步盘绕、卷曲和折叠,形成主要通过氨基酸侧链以次级键以及二硫键维系的完整的三维结构。三级结构通常由模体和结构域组成。稳定三级结构的化学键包括氢键、疏水键、离子键、范德华力、金属配位键和二硫键。模体可用在一级结构上,特指具有特殊生化功能的序列模体,也可被用于功能模体或结构模体,相当于超二级结构。结构模体是结构域的组分,基本形式有αα、βαβ和βββ等。常见的模体包括:左手超螺旋、右手超螺旋、卷曲螺旋、螺旋束、α螺旋-环-α螺旋、Rossmann卷曲和希腊钥匙模体。结构域是在一个蛋白质分子内的相对独立的球状结构和/或功能模块,由若干个结构模体组成的相对独立的球形结构单位,它们通常是独自折叠形成的,与蛋白质的功能直接相关。一个结构域通常由一段连续的氨基酸序列组成。根据其占优势的二级结构元件的类型,结构域可分为五大类:α结构域、β结构域、α/β结构域、α+β 结构域、交联结构域。以上每一类结构域的二级结构元件可能有不同的组织方式,每一种组织就是一种结构模体。这些结构域都有疏水的核心,疏水核心是结构域稳定所必需的。 具有两条和两条以上多肽链的寡聚蛋白质或多聚蛋白质才会有四级结构。组成寡聚蛋白质或多聚蛋白质的每一个亚基都有自己的三级结构。蛋白质的四级结构内容包括亚基的种类、数目、空间排布以及亚基之间的相互作用。驱动四级结构形成或稳定四级结构的作用力包括

蛋白质结构解析的方法对比综述 (1)

蛋白质结构解析的方法对比综述 工程硕士李瑾 摘要:到目前为止,蛋白质结构解析的方法主要是两种,x射线衍射法和NMR法,这两种方法各有优点和不足。 关键词:x射线衍射法 NMR法 到目前为止,蛋白质结构解析的方法主要是两种,x射线衍射法和NMR法。其中X射线的方法产生的更早,也更加的成熟,解析的数量也更多,第一个解析的蛋白的结构,就是用x晶体衍射的方法解析的。而NMR方法则是在90年代才成熟并发展起来的。这两种方法各有优点和不足[1]。 首先是X射线晶体衍射法。该方法的前提是要得到蛋白质的晶体。通常是将表达目的蛋白的基因经PCR扩增后克隆到一种表达载体中,然后转入大肠杆菌中诱导表达,目的蛋白提纯之后摸索结晶条件,等拿到晶体之后,将晶体进行x射线衍射,收集衍射图谱,通过一系列的计算,得到蛋白质的原子结构[2]。 x射线晶体衍射法的优点是:速度快,通常只要拿到晶体,最快当天就能得出结构,另外不受肽链大小限制,无论是多大分子量的蛋白质或者RNA、DNA,甚至是结合多种小分子的复合体,只要能够结晶就能够得到其原子结构。所以x射线方法解析蛋白的关键是摸索蛋白结晶的条件。该方法得到的是蛋白质分子在晶体状态下的空间结构,这种结构与蛋白质分子在生物细胞内的本来结构有较大的差别。晶体中的蛋白质分子相互间是有规律地、紧密地排列在一起的,运动性较差;而自然界的生物细胞中的蛋白质分子则是处于一种溶液状态,周围是水分子和其他的生物分子,具有很好的运动性。而且,有些蛋白质只能稳定地存在于溶液状态,无法结晶[2]。 核磁共振NMR(nuclear magnetic resonance)现象很早就被科研人员观察到了,但将这种方法用来解析蛋白质结构,却是近一二十年的事情。NMR法具体原理是对水溶液中的蛋白质样品测定一系列不同的二维核磁共振图谱,然后根据已确定的蛋白质分子的一级结构,通过对各种二维核磁共振图谱的比较和解析,在图谱上找到各个序列号氨基酸上的各种氢原子所对应的峰。有了这些被指认的峰,就可以根据这些峰在核磁共振谱图上所呈现的相互之间的关系得到它们所对应的氢原子之间的距离。[3]可以想象,正是因为蛋白质分子具有空间结构,在序列上相差甚远的两个氨基酸有可能在空间距离上是很近的,它们所含的氢原子所对应的NMR峰之间就会有相关信号出现[4] 。通常,如果两个氢原子之间距离小于0.5纳米的话,它们之间就会有相关信号出现。一个由几十个氨基酸残基组成的蛋白质分子可以得到几百个甚至几千个这样与距离有关的信号,按照信号的强弱把它们转换成对应的氢原子之间的距离,然后运用计算机程序根据所得到的距离条件模拟出该蛋白质分子的空间结构。该结构既要满足从核磁共振图谱上得到的所有距离条件,还要满足化学上有关原子与原子结合的一些基本限制条件,如原子间的化学键长、键角和原子半径等[4]。 NMR解析蛋白结构常规步骤如下:首先通过基因工程的方法,得到提纯的目的蛋白,在蛋白质稳定的条件下,将未聚合,而且折叠良好的蛋白样品(通常是1mM-3mM,500ul,PH6-7的PBS)装入核磁管中,放入核磁谱仪中,然后由写好的程序控制谱仪,发出一系列的电磁波,激发蛋白中的H、13N、13C原子,等电磁波发射完毕,再收集受激发的原子所放出的“能量”,通过收集数据、谱图处理、电脑计算从而得到蛋白的原子结构[5] [6]。 用NMR研究蛋白质结构的方法,可以在溶液状态进行研究,得到的是蛋白质分子在溶液中的结构,这更接近于蛋白质在生物细胞中的自然状态[7]。此外,通过改变溶液的性质,还可以模拟出生物细胞内的各种生理条件,即蛋白质分子所处的各种环境,以观察这些周围环境的变化对蛋白质分子空间结构的影响。在溶液环境中,蛋白质分子具有与自然环境中类

生物化学蛋白质的结构与功能试题及答案

第一章蛋白质的结构与功能 [测试题] 一、名词解释:1.氨基酸 2.肽 3.肽键 4.肽键平面 5.蛋白质一级结构 6.α-螺旋 7.模序 8.次级键 9.结构域 10.亚基 11.协同效应 12.蛋白质等电点 13.蛋白质的变性 14.蛋白质的沉淀 15.电泳 16.透析 17.层析 18.沉降系数 19.双缩脲反应 20.谷胱甘肽 二、填空题 21.在各种蛋白质分子中,含量比较相近的元素是____,测得某蛋白质样品含氮量为15.2克,该样品白质含量应为____克。 22.组成蛋白质的基本单位是____,它们的结构均为____,它们之间靠____键彼此连接而形成的物质称为____。 23.由于氨基酸既含有碱性的氨基和酸性的羧基,可以在酸性溶液中带____电荷,在碱性溶液中带____电荷,因此,氨基酸是____电解质。当所带的正、负电荷相等时,氨基酸成为____离子,此时溶液的pH值称为该氨基酸的____。 24.决定蛋白质的空间构象和生物学功能的是蛋白质的____级结构,该结构是指多肽链中____的排列顺序。25.蛋白质的二级结构是蛋白质分子中某一段肽链的____构象,多肽链的折叠盘绕是以____为基础的,常见的二级结构形式包括____,____,____和____。 26.维持蛋白质二级结构的化学键是____,它们是在肽键平面上的____和____之间形成。 27.稳定蛋白质三级结构的次级键包括____,____,____和____等。 28.构成蛋白质的氨基酸有____种,除____外都有旋光性。其中碱性氨基酸有____,____,____。酸性氨基酸有____,____。 29.电泳法分离蛋白质主要根据在某一pH值条件下,蛋白质所带的净电荷____而达到分离的目的,还和蛋白质的____及____有一定关系。 30.蛋白质在pI时以____离子的形式存在,在pH>pI的溶液中,大部分以____离子形式存在,在pH

蛋白质结构分析原理及工具-文献综述

蛋白质结构分析原理及工具 (南京农业大学生命科学学院生命基地111班) 摘要:本文主要从相似性检测、一级结构、二级结构、三维结构、跨膜域等方面从原理到方法再到工具,系统地介绍了蛋白质结构分析的常用方法。文章侧重于工具的列举,并没有对原理和方法做详细的介绍。文章还列举了蛋白质分析中常用的数据库。 关键词:蛋白质;结构预测;跨膜域;保守结构域 1 蛋白质相似性检测 蛋白质数据库。由一个物种分化而来的不同序列倾向于有相似的结构和功能。物种分化后形成的同源序列称直系同源,它们通常具有相似的功能;由基因复制而来的序列称为旁系同源,它们通常有不同的功能[1]。因此,推测全新蛋白质功能的第一步是将它的序列与进化上相关的已知结构和功能的蛋白质序列比较。表一列出了常用的蛋白质序列数据库和它们的特点。 表一常用蛋白质数据库 网址可能有更新 氨基酸替代模型。进化过程中,一种氨基酸残基会有向另一种氨基酸残基变化的倾向。氨基酸替代模型可用来估计氨基酸替换的速率。目前常用的替代模型有Point Accepted Mutation (PAM)矩阵、BLOck SUbstitution Matrix (BLOSUM)矩阵[2]、JTT模型[3]。 序列相似性搜索工具。序列相似性搜索又分为成对序列相似性搜索和多序列相似性搜索。成对序列相似性搜索通过搜索序列数据库从而找到与查询序列相似的序列。分为局部联配和全局联配。常用的局部联配工具有BLAST和SSEARCH,它们使用了Smith-Waterman 算法。全局联配工具有FASTA和GGSEARCH,基于Needleman-Wunsch算法。多序列相似性搜索常用于构建系统发育树,这里不阐述。表二列举了常用的成对序列相似性比对搜索工具

以多种蛋白为例阐述蛋白质结构与功能的关系

举例说明蛋白质结构和功能的关系 答: 1.蛋白质的一级结构与功能的关系 蛋白质的一级机构指:肽链中氨基酸残基(包括二硫键的位置)的排列顺序。一级结构是蛋白质空间机构的基础,包含分子所有的信息,且决定蛋白质高级结构与功能。 ①一级结构的变异与分子病 蛋白质一级结构是空间结构的基础,与蛋白质的功能密切相关,一级机构的改变,往往引起蛋白质功能的改变。 例如:镰刀形细胞贫血病 镰刀形细胞贫血病的血红蛋白(HbS)与正常人的血红蛋白(HbA)相比,发现,两种血红蛋白的差异仅仅来源于一个肽段的位置发生了变化,这个差异肽段是位于β链N端的一个八肽。在这个八肽中,β链N端第6位氨基酸发生了置换,HbA中的带电荷的谷氨酸残基在HbS中被置换成了非极性缬氨酸残基,即蛋白质的一级机构发生了变化。 ②序列的同源性 不同生物中执行相同或相似功能的蛋白质称为同源蛋白质,同源蛋白质的一级机构具有相似性,称为序列的同源性。最为典型的例子, 例如:细胞色素C(Cyt c) Cyt c是古老的蛋白质,是线粒体电子传递链中的组分,存在于从细菌到人的所有需氧生物中。通过比较Cyt c的序列可以反映不同种属生物的进化关系。亲缘越近的物种,Cyt c中氨基酸残基的差异越小。如人与黑猩猩的Cyt c完全一致,人与绵羊的Cyt c有10个残基不同,与植物之间相差更多。蛋白质的进化反映了生物的进化。 2.蛋白质空间结构与功能的关系 天然状态下,蛋白质的多肽链紧密折叠形成蛋白质特定的空间结构,称为蛋白质的天然构象或三维构象。三维构象与蛋白质的功能密切相关。 ①一级结构与高级结构的关系: 一级结构决定高级机构,当特定构象存在时,蛋白质表现出生物功能;当特定构象被破坏时,即使一级构象没有发生改变,蛋白质的生物学活性丧失。例如:牛胰核糖核苷酸酶A(RNase A)的变性与复性 当RNase A处于天然构象是,具有催化活性; 当RNase A处于去折叠状态时,二硫键被还原不具有催化活性;当RNase A恢复天然构象时,二硫键重新形成,活性恢复。 ②变构效应 变构效应:是寡聚蛋白质分子中亚基之间存在相互作用,这种相互作用通过亚基构象的改变来实现。蛋白质在执行功能是时,构象发生一定变化。 例如:肌红蛋白、血红蛋白与氧的结合 两种蛋白质有很多相同之处,结构相似表现出相似功能。这两钟蛋白质都含有血红素 辅基,都能与氧进行可逆结合,因此存在着氧合与脱氧的两种结构形式。但是肌红蛋白几乎在任何氧分压情况下都保持对氧分子的高亲和性。血红蛋白则不同,在氧分压较高时,血红蛋白几乎被氧完全饱和;而在氧分压较低时,血红蛋白与氧的亲和力降低,释放出携带的氧并转移给肌红蛋白。

蛋白质的结构和功能的关系

蛋白质结构与功能的关系 摘要:蛋白质特定的功能都是由其特定的构象所决定的,各种蛋白质特定的构象又与其一级结构密切相关。天然蛋白质的构象一旦发生变化,必然会影响到它的生物活性。由于蛋白质的构象的变化引起蛋白质功能变化,可能导致蛋白质构象紊乱症,当然也能引起生物体对环境的适应性增强!现而今关于蛋白质功能研究还有待发展,一门新兴学科正在发展,血清蛋白组学,生物信息学等!本文仅就蛋白质结构与其功能关系进行粗略阐述。 关键词:蛋白质分子一级结构、空间结构、折叠/功能关系、蛋白质构象紊乱症;分子伴侣正文: 1、蛋白质分子一级结构和功能的关系 蛋白质分子中关键活性部位氨基酸残基的改变,会影响其生理功能,甚至造成分子病(molecular disease)。例如镰状细胞贫血,就是由于血红蛋白分子中两个β亚基第6位正常的谷氨酸变异成了缬氨酸,从酸性氨基酸换成了中性支链氨基酸,降低了血红蛋白在红细胞中的溶解度,使它在红细胞中随血流至氧分压低的外周毛细血管时,容易凝聚并沉淀析出,从而造成红细胞破裂溶血和运氧功能的低下。 另一方面,在蛋白质结构和功能关系中,一些非关键部位氨基酸残基的改变或缺失,则不会影响蛋白质的生物活性。例如人、猪、牛、羊等哺乳动物胰岛素分子A链中8、9、10位和B链30位的氨基酸残基各不相同,有种族差异,但这并不影响它们都具有降低生物体血糖浓度的共同生理功能。 蛋白质一级结构与功能间的关系十分复杂。不同生物中具有相似生理功能的蛋白质或同一种生物体内具有相似功能的蛋白质,其一级结构往往相似,但也有时可相差很大。如催化DNA 复制的DNA聚合酶,细菌的和小鼠的就相差很大,具有明显的种族差异,可见生命现象十分复杂多样。 2、蛋白质分子空间结构和功能的关系 蛋白质分子空间结构和其性质及生理功能的关系也十分密切。不同的蛋白质,正因为具有不同的空间结构,因此具有不同的理化性质和生理功能。如指甲和毛发中的角蛋白,分子中含有大量的α-螺旋二级结构,因此性质稳定坚韧又富有弹性,这是和角蛋白的保护功能分不开的;而胶原蛋白的三股π螺旋平行再几股拧成缆绳样胶原微纤维结构,使其性质稳定而具有强大的抗张力作用 又如细胞质膜上一些蛋白质是离子通道,就是因为在其多肽链中的一些α-螺旋或β-折叠二级结构中,一侧多由亲水性氨基酸组成,而另一侧却多由疏水性氨基酸组成,因此是具有“两亲性”(amphipathic)的特点,几段α-螺旋或β-折叠的亲水侧之间就构成了离子通道,而其疏水侧,即通过疏水键将离子通道蛋白质固定在细胞质膜上。载脂蛋白也具有两亲性,既能与血浆中脂类结合,又使之溶解在血液中进行脂类的运输。 3、折叠/功能关系 体内各种蛋白质都有特殊的生理功能,这与空间构象有着密切的关系。肌红蛋门和血红蛋白是阐述空间结构与功能关系的典型例子。肌红蛋门(Mb))和血红蛋白(Hb)都是含血红素辅基的结合蛋白质。Mb有一条肽链,经盘曲折折叠形成三级结构,整条肽链由A~H8段α螺旋盘曲折叠成为球状,疏水氨基酸侧链在分子内部,亲水氨基酸侧链在分子外部,形成亲水的球状蛋白,血红素辅基位于Mb分子内部的袋状空穴中。Hb有四条肽链,两条β链也有与Mb 相似的A~H8段α螺旋,有两条α链只有7段α螺旋。Hb与Mb的折叠方式相似,也都能与氧进行可逆的结合。Hb的一个亚基与氧结合后可引起构象变化,是另一个亚基更易于与氧结合,这种带氧的亚基协助不带氧的亚基去结合氧的现象称为协同效应。氧与Hb结合后可

蛋白质结构预测在线软件

蛋白质预测分析网址集锦? 物理性质预测:? Compute PI/MW?? ?? SAPS?? 基于组成的蛋白质识别预测? AACompIdent???PROPSEARCH?? 二级结构和折叠类预测? nnpredict?? Predictprotein??? SSPRED?? 特殊结构或结构预测? COILS?? MacStripe?? 与核酸序列一样,蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步,由于数据库和网络技校术的发展,蛋白序列的检索是十分方便,将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行的。? 由NCBI检索蛋白质序列? 可联网到:“”进行检索。? 利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列? 联网到:”,可利用EMBL的SRS系统进行蛋白质序列的检索。? 通过EMAIL进行序列检索?

当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时,可采用EMAIL方式进行序列检索。? 蛋白质基本性质分析? 蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面,一般包括蛋白质的氨基酸组成,分子质量,等电点,亲水性,和疏水性、信号肽,跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如,疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时,也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。? 疏水性分析? 位于ExPASy的ProtScale程序(?)可被用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的50余种不同属性,并为每一种氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或SWISSPROT数据库的序列接受号。需要调整的只是计算窗口的大小(n)该参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度。? 进行蛋白质的亲/疏水性分析时,也可用一些windows下的软件如,bioedit,dnamana等。? 跨膜区分析? 有多种预测跨膜螺旋的方法,最简单的是直接,观察以20个氨基酸为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域,但同时还有多种更加复杂的、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具体位置和它们的膜向性。这些技术主要是基于对已知

蛋白质的结构与功能(含解析)

课时作业(六) [学业水平层次(A)] 1.(2015·济南高一期末)下列物质分子中,不属于构成生物体蛋白质的氨基酸的是( ) 【解析】构成生物体蛋白质的氨基酸必须是有一个氨基和一个羧基连在同一个碳原子上,据此,A、B、C三项的物质分子中都有一个氨基和一个羧基连在同一个碳原子上,而D项是连在不同的碳原子上,因此不属于构成生物体蛋白质的氨基酸。 【答案】 D 2.在活细胞中发生的大多数化学反应中,起重要作用的物质是蛋白质,蛋白质在细胞中的存在方式通常有两种状态,一是游离态,二是被膜结构固定起来的结合态,结合态的蛋白质不可能具有的功能是( )

A .催化作用 B .运输作用 C .免疫作用 D .调节作用 【解析】 蛋白质的功能是:①构成生命体;②催化作用;③运输作用;④调节作用; ⑤免疫作用,而其中起调节作用的蛋白类激素是细胞分泌产物,不是被膜固定起来的蛋白质。 【答案】 D 3.(2015·延安期末)某蛋白质由3条多肽链、n 个氨基酸组成,下列关于该蛋白质说法正确的是( ) A .形成该蛋白质时产生了n 个水分子 B .该蛋白质中至少含有n 个肽键 C .该蛋白质中至少含有3个游离的羧基 D .合成该蛋白质至少需要20种氨基酸 【解析】 形成该蛋白质时,产生水分子数为n -3,含有n -3个肽键。至少含有的游离的羧基数=肽链条数=3。 【答案】 C 4.蛋白质在消化道内的消化过程为:蛋白质――→①多肽――→②氨基酸,则①② 过程中分别破坏了下列什么结构( ) A .肽键 氨基酸 B .肽键 肽键 C .空间结构 肽键 D .空间结构 氨基酸 【解析】 多肽内氨基酸残基之间通过肽键连接,一条或几条多肽链盘曲折叠形成具有一定空间结构的蛋白质。 【答案】 C 5.有一种二肽,化学式是C 8H 14N 2O 5,水解后得到丙氨酸(R 基为—CH 3)和另一种氨基酸M ,则氨基酸M 的R 基的化学式是( ) A .—C 5H 9O 4N B .— C 3H 5NO 2 C .—C 5H 7O 2 D .—C 3H 5O 2 【解析】 丙氨酸的化学式为氨基酸共有部分加上R 基,即C 2H 4O 2N 加上CH 3,为C 3H 7O 2N 。氨基酸M 的化学式为二肽加上水减去丙氨酸, 即C 8H 14N 2O 5

蛋白质结构解析研究进展作业

《蛋白质结构解析研究进展》 一、蛋白质结构分类 人类对于进化的认识及蛋白质结构相似性比较的研究使蛋白质结构分类成为可能,而且近年来取得的研究进展表明,大部分蛋白质可以成功的分入到适当数目的家族中。目前国际上流行的蛋白质结构分类数据库基本上采取两种不同的思路,一种是数据库中储存所有结构两两比较的结果;第二种思路是致力于构建非常正式的分类体系。由于所有分类方法反映了各研究小组在探究这个重要领域的不同角度,所以这些方法是同等有效的。目前,被广泛应用的四种分类标准是:手工构造的层次分类数据库SCOP,全自动分类的MMDB和FSSP,和半手工半自动的CATH。 蛋白质结构自动分类问题可以被纳入机器学习的范畴,通过提取分析蛋白质结构的关键特征,构造算法来学习蕴含于大量已知结构和分类的数据中的专家经验知识,来实现对未知蛋白质结构的分类预测。目前,对蛋白质结构的不同层次分类,结果比较好的机器学习方法是:神经网络多层感知器、支持向量机和隐马尔可夫模型。支持向量机应用于分类问题最终归结于求解一个最优化问题。上世纪90 年代中期,隐马尔可夫模型与其他机器学习技术结合,高效地用于多重比对、数据挖掘和分类、结构分析和模式发现。多层感知器即误差反向传播神经网络,它是在各种人工神经网络模型中,在机器学习中应用最多且最成功的采用BP学习算法的分类器。 二、蛋白质结构的确定 蛋白质三维空间结构测定方法主要包括X射线晶体学分析、核磁共振波谱学技术和三维电镜重构,这三种方法都可以完整独立地在原子分辨水平上测定出蛋白质的三维空间结构。蛋白质数据库PDB中80%的蛋白质结构是由X射线衍射分析得到的,约15%的蛋白质结构是由核磁共振波谱学这种新的结构测定方法得到。 1、X射线晶体学

三种分析蛋白结构域的方法

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法 1,SMART入门,蛋白结构和功能分析 SMART介绍 SMART (a Simple Modular Architecture Research Tool) allows the identification and annotation of genetically mobile domains and the analysis of domain architectures. More than 500 domain families found in signalling, extracellular and chromatin-associated proteins are detectable. These domains are extensively annotated with respect to phyletic distributions, functional class, tertiary structures and functionally important residues. Each domain found in a non-redundant protein database as well as search parameters and taxonomic information are stored in a relational database system. User interfaces to this database allow searches for proteins containing specific combinations of domains in defined taxa. For all the details, please refer to the publications on SMART. SMART(,可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说,就是集合了一些工具,可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区(Transmembrane segments),复合螺旋区(coiled coil regions),信号肽(Signal peptides),蛋白结构域(PFAM domains)等。 SMART前该知道的 1,SMART有两种不同的模式:normal 或genomic 主要是用的数据库不一样。Normal SMART, 用的数据库 Swiss-Prot, SP-TrEMBL 和 stable Ensembl proteomes。Genomic SMART, 用全基因组序列。详细列表:,一些名词解释 进行时 可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl??ID / Accession number (ACC)。或是直接蛋白序列。运行SMART也可选择signal peptides、PFAM domains等的预测,勾上就是。看下图 SMART结果 运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。详细请看下面。

第1章 蛋白质结构与功能习题

第二章蛋白质的结构与功能 复习测试 (一)名词解释 1. 肽键 2. 结构域 3. 蛋白质的等电点 4. 蛋白质的沉淀 5. 蛋白质的凝固 (二)选择题 A型题: 1. 天然蛋白质中不存在的氨基酸是: A. 胱氨酸 B. 谷氨酸 C. 瓜氨酸 D. 蛋氨酸 E. 丝氨酸 2. 下列哪种氨基酸为非编码氨基酸: A. 半胱氨酸 B. 组氨酸 C. 鸟氨酸 D. 丝氨酸 E. 亮氨酸 3. 下列氨基酸中哪种氨基酸无 L型与D型氨基酸之分: A. 丙氨酸 B. 甘氨酸 C. 亮氨酸 D. 丝氨酸 E. 缬氨酸 4. 天然蛋白质中有遗传密码的氨基酸有: A. 8种 B. 61种 C. 12种 D. 20种 E. 64种 5. 测定100克生物样品中氮含量是2克,该样品中蛋白质含量大约为: A. 6.25% B. 12.5% C. 1% D. 2% E. 20% 6. 蛋白质分子中的肽键: A. 是一个氨基酸的α-氨基和另一个氨基酸的α-羧基形成的 B. 是由谷氨酸的γ-羧基与另一个氨基酸的α-氨基形成的 C. 氨基酸的各种氨基和各种羧基均可形成肽键 D. 是由赖氨酸的ε-氨基与另一分子氨基酸的α-羧基形成的 E. 以上都不是 7. 多肽链中主链骨架的组成是 A. –CNCCNCNCCNCNCCNC- B. –CCHNOCCHNOCCHNOC- C. –CCONHCCONHCCONHC- D. -CCNOHCCNOHCCNOHC- E. -CCHNOCCHNOCCHNOC- 8. 蛋白质的一级结构是指下面的哪一种情况: A. 氨基酸种类的数量 B. 分子中的各种化学键 C. 多肽链的形态和大小 D. 氨基酸残基的排列顺序 E. 分子中的共价键 9. 维持蛋白质分子一级结构的主要化学键是: A. 盐键 B. 氢键 C. 疏水键 D. 二硫键 E. 肽键 10. 蛋白质分子中α-螺旋构象的特点是: A. 肽键平面充分伸展 B. 靠盐键维持稳定 C. 螺旋方向与长轴垂直 D. 多为左手螺旋 E. 以上都不是 11. 下列哪种结构不属于蛋白质二级结构: A. α-螺旋 B. 双螺旋 C. β-片层 D. β-转角 E. 不规则卷曲

蛋白质结构与功能关系

举例说明蛋白质的结构于其功能之间的关系。 1、蛋白质一级结构决定高级结构,高级结构决定生物功能。 2、在不同种属之间,有些 aa 发生变化,不影响他的生物功能,例如,胰岛素的种属差异十分明显,但不同种属间分离得到的胰岛素具有相同的将血糖作用,不同种属间胰分离得到的胰岛素具有相同的将血糖作用,不同种属间胰岛素的一级结构稍有不同,但功能相同,主要是不同种属间具有20个不变aa残基构成的保守区决定的。此外,还包括细胞色素c,肌红蛋白,血红蛋白等一级结构稍有不同,功能相似。 3、在不同种属之间,由于基因突变,有些 aa 发生微观变化就引起功能的明显变化。例如,人的镰刀状红细胞贫血病和地中海贫血病。人的血红蛋白 b 链中第 6 位 glu 被 val 代替,由一个 aa 的变化,导致红细胞呈镰刀状, 降低运氧能力一起细胞形态和功能的变化。力起细胞形态和功能的变化 4、总之,蛋白质一级结构中各 aa 贡献不同,不变残基在蛋白质高级结构和功能上起重要作用,可变残基发生改变,不引起功能变化。不变残基在功能上起作用,可变残基在蛋白质进化上起重要作用。 5、蛋白质高级结构与功能的高度统一,结构决定功能。如血红蛋白的变构效应。血红蛋白由 4 个亚基组成, 2 个 a 亚基 ,2 个 b 亚基,分子中的 a 亚基对氧的亲和力比 b 亚基大,能首先与第一个氧结合,导致 a 亚基构象发生变化,进而引起相邻的b 亚基的构象也发生变化进而引起相邻的 b 亚基的构象也发生变化,增强 b 亚基对氧的亲和力。由于导致整个血红蛋白分子构象发生改变,与氧的结合能力大大加强,在肺部充分利用氧,使氧分压不致过高,在血液流经组织内时,当第一个氧放出后,其余三个氧很快放出,供组织利用氧。

蛋白质的结构和功能

第二讲蛋白质的结构与功能(第二部份) Lecture 2 Structure and Function of Protein (Part II) (续) 2.5 升降β-筒(Up and Down β-barrel) 相邻及平行的β-链间以发卡连接形成升降形式的筒形结构。β-链间连接的β-转角常是底物结合位点(图34~35)。 图34 大豆胰蛋白酶抑制剂中的升降β-筒 Fig 34 The Up and Down β-barrel in Soybean Trypsin Inhibitor 图35 视黄醇结合蛋白中的升降β-筒 Fig 35 The Up and Down β-barrel in Retinol Binding Protein 2.6 β-三叶草折叠(β Trefoil Folds) “β-三叶草折叠”是β-折叠链盘绕形成近似的具有三重对称轴的“三叶草”样结构(图36)。 图36 刺酮胰蛋白酶抑制剂中的β-三叶草折叠 Fig 36 The β Trefoil Fold in Erythrina Trypsin Inhibitor 2.7 β-螺旋(β Helix) 由β-折叠链盘绕形成“螺旋”样结构,比较少见(图37)。

图37 果胶酸脂裂解酶C中的β-螺旋 Fig 37 The β Helix in Pectate Lyase C 3. 全α拓扑结构(All α Topologies) 此类拓扑结构全部由α-螺旋构成。α-螺旋常呈反平行排列或垂直连接。前述“EF手型模体”、“螺旋-转角-螺旋模体”、“同源结构域模体”以及“亮氨酸拉链模体”均属于此类拓扑结构。 3.1 升降螺旋束(Up and Down Helix Bundle) 相邻反向排列的αα模体首尾相连,每个螺旋向左倾斜18°,形成左手扭曲的筒形螺旋束。最常见的是4螺旋束,形成两层结合(图38~41)。 图38 细胞色素b562中的升降螺旋束 Fig 38 The Up and Down Helix Bundle in Cytochrome b562 图39 铁蛋白中的升降螺旋束 Fig 39 The Up and Down Helix Bundle in Ferritin

蛋白质功能-结构-相互作用预测网站工具合集

蛋白质组学 蛋白质是生物体的重要组成部分,参与几乎所有生理和细胞代谢过程。此外,与基因组学和转录组学比较,对一个细胞或组织中表达的所有蛋白质,及其修饰和相互作用的大规模研究称为蛋白质组学。 蛋白质组学通常被认为是在基因组学和转录组学之后,生物系统研究的下一步。然而,蛋白质组的研究远比基因组学复杂,这是由于蛋白质内在的复杂特点,如蛋白质各种各样的翻译后修饰所决定的。并且,研究基因组学的技术要比研究蛋白质组学的技术强得多,虽然在蛋白质组学研究中,质谱技术的研究已取得了一些进展。 尽管存在方法上的挑战,蛋白质组学正在迅速发展,并且对癌症的临床诊断和疾病治疗做出了重要贡献。几项研究鉴定出了一些蛋白质在乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌和食道癌中表达变化。例如,通过蛋白质组学技术,人们可以在患者血液中明确鉴定出肿瘤标志物。表1列出了更多的蛋白质组学技术用于研究癌症的例子。 另外,高尔基体功能复杂。最新研究表明,它除了参与蛋白加工外,还能参与细胞分化及细胞间信号传导的过程,并在凋亡中扮演重要角色,其功能障碍也许和肿瘤的发生、发展有某种联系。根据人类基因组研究,约1000多种人类高尔基体蛋白质中仅有500~600种得到了鉴定,建立一条关于高尔基体蛋白质组成的技术路线将有助于其功能的深入研究。 蛋白质组学是一种有效的研究方法,特别是随着亚细胞器蛋白质组学技术的迅猛发展,使高尔基体的全面研究变为可能。因此研究人员希望能以胃癌细胞中的高尔基体为研究对象,通过亚细胞器蛋白质组学方法,建立胃癌细胞中高尔基体的蛋白质组方法学。 研究人员采用蔗糖密度梯度的超速离心方法分离纯化高尔基体,双向凝胶电泳(2-DE)分离高尔基体蛋白质,用ImageMaster 2D软件分析所得图谱,基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定蛋白质点等一系列亚细胞器蛋白质组学方法建立了胃癌细胞内高尔基体的蛋白图谱。 最后,人们根据分离出的纯度较高的高尔基体建立了分辨率和重复性均较好的双向电泳图谱,运用质谱技术鉴定出12个蛋白质,包括蛋白合成相关蛋白、膜融合蛋白、调节蛋白、凋亡相关蛋白、运输蛋白和细胞增殖分化相关蛋白。通过亚细胞器分离纯化、双向电泳的蛋白分离及MALDI-TOF MS蛋白鉴定分析,研究人员首次成功建立了胃癌细胞SGC7901中高尔基体的蛋白质组学技术路线。 3.1 蛋白质功能预测工具 也许生物信息学方法在癌症研究中最常用的就是基因功能预测方法,但是这些数据库只存储了基因组的大约一半基因的功能。为了在微阵列资料基础上完成功能性的富集分析,基因簇的功能注解是非常重要的。近几年生物学家研发了一些基因功能预测的方法,这些方法旨在超越传统的BLAST搜索来预测基因的功能。基因功能预测可以以氨基酸序列、三级结构、与之相互作用的配体、相互作用过程或基因的表达方式为基础。其中最重要的是基于氨基酸序列的分析,因为这种方法适合于微阵列分析的全部基因。 在表3中,前三项列举了三种同源搜索方法。FASTA方法虽然应用还不太广泛,但它要优于BLAST,或者至少相当。FASTA程序是第一个使用的数据库相似性搜索程序。为了达到较高的敏感程度,程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜索。美国弗吉尼亚大学可以提供这项程序的地方版本,当然数据库搜索结果依赖于要搜索的数据库序列。如果最近的序列数据库版本在弗吉尼亚大学不能获得,那么就最好试一下京都大学(Kyoto University)的KEGG站点。PSI-BLAST(位点特异性反复BLAST)是BLAST的转化版本,PSI-BLAST的特色是每次用profile 搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile,然后用新的profile再次搜索数据库,如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库,将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法,能寻找蛋白质序列中的隐含模式,有研究表明这种方法可以有效地找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白,所以它比BLAST和FASTA有更好的敏感性。PSI-BLAST服务可以

蛋白质的结构和功能

第二章蛋白质的结构和功能 蛋白质(protein)在生物体内具有广泛和重要的生理功能,它不仅是各器官、组织的主要化学组成,且生命活动中各种生理功能的完成大多是通过蛋白质来实现的,而且蛋白质在其中还起着关键的作用,所以蛋白质是生物化学学科中传统、基础的内容,在分子生物学学科中又是发展最快、最重要的部分之一,protein一词就是来自1938年Jons J Berzelius创造的希腊单词protios,意为第一或最重要的意思。 第一节蛋白质在生命活动中的重要功能 蛋白质是生命的物质基础,一切生命活动离不开蛋白质。 蛋白质普遍存在于生物界,从病毒、细菌到动、植物都含有蛋白质,病毒除核酸外几乎都由蛋白质组成,甚至朊病毒(prion)就只含蛋白质而不含核酸。蛋白质也是各种生物体内含量最多的有机物质(表2-1)。人体内蛋白质含量就约占其干重的45%左右。 体内一些蛋白质的重要生理功能: (一)催化功能 (二)调节功能 (三)保护和支持功能 (四)运输功能 (五)储存和营养功能 (六)收缩和运动功能 (七)防御功能 (八)识别功能 (九)信息传递功能 (十)基因表达调控功能 (十一)凝血功能 (十二)蛋白质的其他众多生理功能 1

2 第二节 蛋白质的分子组成 一、 蛋白质的元素组成和分子量 蛋白质是大分子化合物,相对分子质量(Mr )一般上万,结构十分复杂,但都是由 C 、H 、O 、N 、S 等基本元素组成,有些蛋白质分子中还含有少量Fe 、P 、Zn 、Mn 、Cu 、I 等元素,而其中氮的含量相对恒定,占13%~19%,平均为16%,因此通过样品中含氮量的测定,乘以6.25,即可推算出其中蛋白质的含量。 二、 蛋白质的氨基酸组成 大分子蛋白质的基本组成单位或构件分子(building-block molecule )是氨基酸(amino acid ,AA )(表2-2)。在种类上,虽然自然界中存在着300多种氨基酸,但构成蛋白质的只有20种氨基酸,且都是L,α-氨基酸,在蛋白质生物合成时它们受遗传密码控制。另外,组成蛋白质的氨基酸,不存在种族差异和个体差异。 在20种氨基酸中,除甘氨酸不具有不对称碳原子和脯氨酰是亚氨基酸外,其余 均为L,α-氨基酸。氨基酸分子的结构通式为:R H | C | COOH N H 2-- (一) 氨基酸的分类 20种氨基酸按其侧链R 结构的不同,在化学中可分为脂肪族、芳香族和杂环氨基酸三大类,分别含15种、2种和3种氨基酸。在脂肪族氨基酸中,3种是支链氨基酸,而大多是直链氨基酸。在20种氨基酸中,有2种是含硫氨基酸和3种是含羟基的氨基酸。在生物化学中,氨基酸是根据其酸性基团(羧基)和碱性基团(氨基、胍基、咪唑基)的多寡而分为酸性氨基酸、碱性氨基酸和中性氨基酸三类,其中酸性氨基酸含2个羧基和1个氨基,碱性氨基酸含2个或2个以上碱性基团和一个羧基,都属于含有可解离基团的极性氨基酸,而中性氨基酸只含有1个羧基和1个氨基,在形成蛋白质分子时都被

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