perl学习资料

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Perl 基本语法讲解及安装大纲

9:00-11:30

第一节

1.perl 的简介

Perl :一般被称为“实用报表提取语言”(Practical Extraction and Report Language)设计者:Larry Wall1987年12月18日

perl : 程序运行的解释器

如:perl test.pl

2.perl 程序演示

3.perl 的基本语法

3. 1常量

如:print “hello world”;

Print 1+2;

# :perl 的注释

#!usr/bin/perl:指定perl解释器的位置

Use strict:指定用严格的perl语法检查

3. 2 变量:定义变量用”$”开头

3. 3 分支结构

3.4 循环结构

3.5 数组:定义数组用@开头

数组的元素用$数组名[序列]

4.Perl 函数和传参

函数:Sub test {

Return xxx;

}

调用函数:test();

@_:接受调用函数传来的参数

@ARGV:接受系统级脚本的参数

脚本传参:perl test.pl 参数列表……

第二节

5. 文件操作

读文件:Open(FILE1,”test.t xt”)

写文件:Open(FILE1,”>test.t xt”)

关闭文件句柄:close(FILE1)

6. perl模块的安装

Ppm install XXX

PPM: (perl package manager)

7. perl 操作数据库

调用sqlplus 命令行:open( SQL_CMD_LINE, "| sqlplus $logon");

13:30-17:00

第三节

1. ActivePerl 安装

2. 练习:

在数据库中建如下source表:

source:

编写一个perl脚本test.pl 实现把source 表的数据灌入target表

Target:

要求:

?登陆数据库的用户名和密码通过读取文件得到。文件名:ETL_LOGON

?start_dt 字段的值通过脚本传参的形式得到(例:perl test.pl ‘2012-12-26’)。

生物信息学题库

■一、选择题: 1.以下哪一个是mRNA条目序列号: A. J01536■. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是:■. Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR 3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗?■可能 B. 不可能 4.下面哪种数据库源于mRNA信息:■dbEST B. PDB C. OMIM D. HTGS 5.下面哪个数据库面向人类疾病构建: A. EST B. PDB ■. OMIM D. HTGS 6.Refseq和GenBank有什么区别: A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B. GenBank提供的是非冗余序列 ■. Refseq源于GenBank,提供非冗余序列信息D. GenBank源于Refseq 7.如果你需要查询文献信息,下列哪个数据库是你最佳选择: A. OMIM B. Entrez ■PubMed D. PROSITE 8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法,下列哪种说法正确:A. 因为GenBank的数据比EMBL更多,Entrez给出的搜索结果将更多B. 搜索结果很可能 一样,因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当,但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同 9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于:■N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W 10.直系同源定义为:■不同物种中具有共同祖先的同源序列B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 11.下列那个氨基酸最不容易突变: A. 丙氨酸B. 谷氨酰胺 C. 甲硫氨酸■半胱氨酸 12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变: A. 1% B. 20%■. 80% D. 250% 13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同:A. 全局比对通常用于比对DNA序列,而局部比对通常用于比对蛋白质序列B. 全局比对允许间隙,而局 部比对不允许C. 全局比对寻找全局最大化,而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列,而局部比对寻找最佳匹配子序列 14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。为了比较它们,最好使用下列哪个BLOSUM和PAM矩阵:■BLOSUM45和PAM250 B. BLOSUM45和PAM 1 C. BLOSUM80和PAM250 D. BLOSUM10和PAM1 15.与PAM打分矩阵比较,BLOSUM打分矩阵的最大区别是:A. 最好用于比对相关性高的蛋白B. 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对 ■它是基于远相关蛋白的局部多序列比对D. 它结合了全局比对和局部比对 16.如果有一段DNA序列,它可能编码多少种蛋白质序列: A. 1 B. 2 C. 3 ■. 6 17.要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列,应选择: A. blastn B. blastp C. tblastn D. tblastp■blastx 18.为什么ClustalW(一个采用了Feng-Doolittle渐进比对算法的程序)不报告E值:A. ClustalW报告E值■使用了全局比对 C. 使用了局部比对 D. 因为是多序列比对 19.Feng-Doolittle方法提出“一旦是空隙,永远是空隙”规则的依据是:A. 保证空隙不会引物序列加入而填充B. 假定进化早期分歧的序列有较高优先级别■假定最近序列空隙应 该保留 D. 假定最远序列空隙应该保留 20.根据分子钟假说:A. 所有蛋白质都保持一个相同的恒定进化速率 B. 所有蛋白质的进化速率都与化石记录相符合C. 对于每一个给定的蛋白质,分子进化的速率是逐 渐减慢的,就如同不准时的钟■对于每一个给定的蛋白质,其分子进化的速率在所有的进化分支上大致是恒定 21.系统发生树的两个特征是: A. 进化分支和进化节点■树的拓扑结构和分支长度C. 进化分支和树根D. 序列比对和引导检测方法 22.下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法:A. 邻位连接法(NJ法)B. Kimura算法■最大似然法(ML)D. 非加权平均法(UPGMA) 23.基于字母特征和基于距离的系统发生分析的算法的基本差异是:■基于字母特征的算法没有定义分支序列的中间数据矩阵 B. 基于字母特征的算法可应用于DNA或者蛋白质序列,而基于距离仅能用于DNA C. 基于字母特征的算法无法运用简约算法 D. 基于字母特征的算法的进化分支与进化时间无关 24.一个操作分类单元(OTU)可指:A. 多序列比对■蛋白质序列C. 进化分支D. 进化节点 25.构建进化树最直接的错误来源是:■多序列比对错误B. 采样的算法差异C. 假设进化分支是单一起源D. 尝试推测基因的进化关系 26.第一个被完整测定的基因组序列是:A. 啤酒酵母的3号染色体B. 流感病毒■ФX174 D. 人类基因组 27.普通的真核生物线粒体基因组编码大约多少个蛋白质:■10 B. 100 C. 1000 D. 10000 28.根据基因组序列预测蛋白质编码基因的算法的最大问题是:A. 软件太难使用■. 假阳性率太高,许多不是外显子的序列部分被错误指定C. 假阳性率太高,许 多不是外显子功能未知 D. 假阴性率太高,丢失太多外显子位点 29.HIV病毒亚型的系统演化研究可以:A. 证实HIV病毒是由牛病毒演化而来■. 用于指导开发针对保守蛋白的疫苗C. 证实哪些人类组织最容易遭受病毒侵染 30.一个典型的细菌基因组大小约为多少bp:A. 20000■. 200000 C. 2000000 D. 20000000

Linux操作系统基础教程

Linux操作系统基础教程 清华大学信息学院计算机系 目录 前言 (2) 第一讲 Linux基础 (2) 一.什么是Linux? (2) 二.安装Linux的好处? (3) 三.如何得到Linux? (3) 四.如何得到Linux的最新消息? (3) 五.Linux操作系统上有什么应用? (4) 六.在那里可以找到讨论区? (5) 七.安装过程 (5) 第二讲 Linux基础进阶 (5) 一.Linux的文件系统结构 (6) 二. 文件类型 (7) 三.Linux基本操作命令 (8) 四.基本的系统管理命令 (14) 五.关於 Process 处理的指令 (16) 六. 关於字串处理的指令 (17) 七. 网路上查询状况的指令 (17) 八. 网路指令 (18) 九. 关於通讯用的指令 (21) 十. 编译器( Compiler ) (22) 十一. 有关列印的指令 (22) 第三讲 Linux下的网络服务,配置问题和常用工具 (24) 一.Linux下的网络服务 (24) 二.几种重要的配置文件 (26) 三.Linux下常用的工具软件 (28) 尾语 (31)

前言 Linux是在1991年发展起来的与UNIX兼容的操作系统,可以免费使用,它的源代码可以自由传播且可任人修改、充实、发展,开发者的初衷是要共同创造一个完美、理想并可以免费使用的操作系统。 我们并不能使同学们通过这次系列讲座成为一个UNIX类操作系统的高手,这次系列讲座的目的就是在同学们中间普及Linux基础知识,为今后我们更加接近的了解Linux做一个好的开端。 第一讲 Linux基础 在这一讲中,我们主要是了解一下Linux的概况,以及对Linux有一个初步的感性认识。 一.什么是Linux? Linux是一个以Intel系列CPU(CYRIX,AMD的CPU也可以)为硬件平台,完全免费的UNIX兼容系统,完全适用于个人的PC。它本身就是一个完整的32位的多用户多任务操作系统,因此不需要先安装DOS或其他的操作系统(MS Windows, OS2, MINIX..)就可以进行直接的安装。Linux的最早起源是在1991年10月5日由一位芬兰的大学生Linux Torvalds (Torvalds@kruuna.helsinki.fi)写了Linux核心程序的0.02版开始的,但其后的发展却几乎都是由互联网上的Linux社团(Linux Community)互通交流而完成的。Linux不属于任何一家公司或个人,任何人都可以免费取得甚至修改它的源代码(source code)。Linux上的大部分软件都是由GNU倡导发展起来的,所以软件通常都会在附着GNU Public License(GPL)的情况下被自由传播。GPL是一种可以使你免费获得自由软件的许可证,因此Linux使用者的使用活动基本不受限制(只要你不将它用于商业目的),而不必像使用微软产品是那样,

高一数学必修一各章知识点总结

高一数学必修1各章知识点总结 第一章集合与函数概念 一、集合有关概念 1.元素的三个特性: (1)元素的确定性如:世界上最高的山 (2)元素的互异性如:由HAPPY的字母组成的集合{H,A,P,Y} (3)元素的无序性: 如:{a,b,c}和{a,c,b}是表示同一个集合 2. 3.集合的表示:{ …集合的含义 集合的中} 如:{我校的篮球队员},{太平洋,大西洋,印度洋,北冰洋} (1)用拉丁字母表示集合:A={我校的篮球队员},B={1,2,3,4,5} (2)集合的表示方法:列举法与描述法。 ◆注意:常用数集及其记法: 非负整数集(即自然数集)记作:N 正整数集 N*或 N+ 整数集Z 有理数集Q 实数集R 1)列举法:{a,b,c……} 2)描述法:将集合中的元素的公共属性描述出来,写在大括号内表示集合的方法。{x∈R| x-3>2} ,{x| x-3>2} 3)语言描述法:例:{不是直角三角形的三角形} 4)Venn图: 4、集合的分类: (1)有限集含有有限个元素的集合 (2)无限集含有无限个元素的集合 (3)空集不含任何元素的集合例:{x|x2=-5} 二、集合间的基本关系 1.“包含”关系—子集 A?有两种可能(1)A是B的一部分,;(2)A与B是注意:B 同一集合。 ?/B 反之: 集合A不包含于集合B,或集合B不包含集合A,记作A ?/A 或B 2.“相等”关系:A=B (5≥5,且5≤5,则5=5) 实例:设 A={x|x2-1=0} B={-1,1} “元素相同则两集合相等”即:①任何一个集合是它本身的子集。A?A ②真子集:如果A?B,且A≠B那就说集合A是集合B的真子集,记作A B(或B A) ③如果 A?B, B?C ,那么 A?C ④如果A?B 同时 B?A 那么A=B 3. 不含任何元素的集合叫做空集,记为Φ 规定: 空集是任何集合的子集,空集是任何非空集合的真子集。 ◆有n个元素的集合,含有2n个子集,2n-1个真子集 三、集合的运算

生物信息学名词解释资料

1.生物信息学:研究大量生物数据复杂关系的学科,其特征是多学科交叉,以互联网为媒介,数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析,并以生物学知识对结果进行解释。 2.二级数据库:在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步的整理。 3.FASTA序列格式:是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串,大于号(>)表示一个新文件的开始,其他无特殊要求。 4.genbank序列格式:是GenBank 数据库的基本信息单位,是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分:第一部分包含整个记录的信息(描述符);第二部分包含注释;第三部分是引文区,提供了这个记录的科学依据;第四部分是核苷酸序列本身,以“//”结尾。 5.Entrez检索系统:是NCBI开发的核心检索系统,集成了NCBI 的各种数据库,具有链接的数据库多,使用方便,能够进行交叉索引等特点。 6.BLAST:基本局部比对搜索工具,用于相似性搜索的工具,对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。P94 7.查询序列(query sequence):也称被检索序列,用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。P98 8.打分矩阵(scoring matrix):在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论(如考虑核酸和氨基酸之间的类似性)和实际进化距离(如PAM)两类方法。P29 9.空位(gap):在序列比对时,由于序列长度不同,需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果,这样在其中一序列上产生中断现象,这些中断的位点称为空位。P29 10.空位罚分:空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影 响,序列中的空位的引入不代表真正的进化事件,所以要对其进行 罚分,空位罚分的多少直接影响对比的结果。P37 11.E值:衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了 可以找到与查询序列(query)相匹配的随机或无关序列的概率,E 值越接近零,越不可能找到其他匹配序列,E值越小意味着序列的 相似性偶然发生的机会越小,也即相似性越能反映真实的生物学意 义。P95 12.低复杂度区域:BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复 度高的区域,如poly(A)。 13.点矩阵(dot matrix):构建一个二维矩阵,其X轴是一条序列, Y轴是另一个序列,然后在2个序列相同碱基的对应位置(x,y) 加点,如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线,如果两条序 列相似则会出现一条或者几条直线;如果完全没有相似性则不能连 成直线。 14.多序列比对:通过序列的相似性检索得到许多相似性序列,将这 些序列做一个总体的比对,以观察它们在结构上的异同,来回答大 量的生物学问题。 15.分子钟:认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说,从而 可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 16.系统发育分析:通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或 其他性状,可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。 17.进化树的二歧分叉结构:指在进化树上任何一个分支节点,一个 父分支都只能被分成两个子分支。 系统发育图:用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图,是 引入时间概念的支序图。 18.直系同源:指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中 的同源序列,具有相似或不同的功能。(书:在缺乏任何基因复制 证据的情况下,具有共同祖先和相同功能的同源基因。) 19.旁系(并系)同源:指同一个物种中具有共同祖先,通过基因重 复产生的一组基因,这些基因在功能上可能发生了改变。(书:由于 基因重复事件产生的相似序列。) 20.外类群:是进化树中处于一组被分析物种之外的,具有相近亲缘 关系的物种。 21.有根树:能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。 22.除权配对算法(UPGMA):最初,每个序列归为一类,然后找 到距离最近的两类将其归为一类,定义为一个节点,重复这个过程, 直到所有的聚类被加入,最终产生树根。 23.邻接法(neighbor-joining method):是一种不仅仅计算两两比 对距离,还对整个树的长度进行最小化,从而对树的拓扑结构进行 限制,能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。 24.最大简约法(MP):在一系列能够解释序列差异的的进化树中 找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。 25.最大似然法(ML):它对每个可能的进化位点分配一个概率, 然后综合所有位点,找到概率最大的进化树。最大似然法允许采用 不同的进化模型对变异进行分析评估,并在此基础上构建系统发育 树。 26.一致树(consensus tree):在同一算法中产生多个最优树,合并 这些最优树得到的树即一致树。 27.自举法检验(Bootstrap):放回式抽样统计法。通过对数据集多 次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定树的分枝可信度。 精品文档

《高等数学》 各章知识点总结——第9章

第9章 多元函数微分学及其应用总结 一、多元函数的极限与连续 1、n 维空间 2R 为二元数组),(y x 的全体,称为二维空间。3R 为三元数组),,(z y x 的全体,称为三 维空间。 n R 为n 元数组),,,(21n x x x 的全体,称为n 维空间。 n 维空间中两点1212(,,,),(,,,)n n P x x x Q y y y 间的距离: ||PQ = 邻域: 设0P 是n R 的一个点,δ是某一正数,与点0P 距离小于 δ的点P 的全体称为点0P 的δ 邻域,记为),(0δP U ,即00(,){R |||}n U P P PP δδ=∈< 空心邻域: 0P 的 δ 邻域去掉中心点0P 就成为0P 的δ 空心邻域,记为 0(,)U P δ =0{0||}P PP δ<<。 内点与边界点:设E 为n 维空间中的点集,n P ∈R 是一个点。如果存在点P 的某个邻域 ),(δP U ,使得E P U ?),(δ,则称点P 为集合E 的内点。 如果点P 的任何邻域内都既有 属于E 的点又有不属于E 的点,则称P 为集合E 的边界点, E 的边界点的全体称为E 的边界. 聚点:设E 为n 维空间中的点集,n P ∈R 是一个点。如果点P 的任何空心邻域内都包含E 中的无穷多个点,则称P 为集合E 的聚点。 开集与闭集: 若点集E 的点都是内点,则称E 是开集。设点集n E ?R , 如果E 的补集 n E -R 是开集,则称E 为闭集。 区域与闭区域:设D 为开集,如果对于D 内任意两点,都可以用D 内的折线(其上的点都属于D )连接起来, 则称开集D 是连通的.连通的开集称为区域或开区域.开区域与其边界的并集称为闭区域. 有界集与无界集: 对于点集E ,若存在0>M ,使得(,)E U O M ?,即E 中所有点到原点的距离都不超过M ,则称点集E 为有界集,否则称为无界集. 如果D 是区域而且有界,则称D 为有界区域.

Perl语言入门实战习题

《Perl语言入门实战习题》 一、计算FASTA文件中每条序列的长度; 输入文件,FASTA格式: 注:如果输入文件在windows下产生,在Linux系统下操作时,宜先用dos2unix处理: 用法:dos2unix 输入文件 输出文件: Perl代码: #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) { # @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 die"Usage: perl $0 \n"; # 当命令行参数不是2的时候输出使用说明} my ($infile,$outfile) = @ARGV; # 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件 open IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile"; # 打开输入文件句柄IN open OUT,">$outfile" || die$!; # 打开输出文件句柄OUT $/=">";; # 设置输入记录分隔符为”>”,并去除第一个”>” while ( my $seq = ){ # 把序列ID行和序列赋值给$seq

my $id = $1 if($seq =~ /^(\S+)/); # 获取序列ID chomp $seq; # 去掉末尾的”>” $seq =~ s/^.+?\n//; # 删除第一行 $seq =~ s/\s//g; # 删除序列中的空白字符 my $len = length($seq); # 计算序列长度 print OUT "$id\t$len\n"; # 输出结果到输出文件 } $/="\n"; # 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT; # 关闭输出文件句柄 二、计算FASTA文件中每条序列的GC含量; 输入文件同上,输出文件: Perl代码: #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 die"Usage: perl $0 \n";# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明} my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件 open IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile";# 打开输入文件句柄IN open OUT,">$outfile" || die$!;# 打开输出文件句柄OUT $/=">";;# 设置输入记录分隔符为”>”,并去除第一个”>” while (){# $_=,把序列ID行和序列赋值给$_,$_= 可以省略不写my $id = $1 if(/^(\S+)/);# 获取序列ID chomp; # 去掉末尾的”>” s/^.+?\n//;# 删除第一行 s/\s//g; # 删除序列中的空白字符 my $GC = (tr/GC/GC/);#计算G或C碱基个数 my $AT = (tr/AT/A T/);#计算A或T碱基个数 my $len = $GC + $AT;# 计算序列非N长度 my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0; #计算GC含量,如果长度为0,GC含量算0 print OUT "$id\t$gc_cont\n"; # 输出结果到输出文件 } $/="\n";# 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT;# 关闭输出文件句柄

生物信息学复习题及答案(陶士珩)

生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez,BLAST,查询序列(query),打分矩阵(scoring matrix),空位(gap),空位罚分,E值, 低复杂度区域,点矩阵(dot matrix),多序列比对,分子钟,系统发育(phylogeny),进化树的二歧分叉结构,直系同源,旁系同源,外类群,有根树,除权配对算法(UPGMA),邻接法构树,最大简约法构树,最大似然法构树,一致树(consensus tree),bootstrap,开放阅读框(ORF),密码子偏性(codon bias),基因预测的从头分析法,结构域(domain),超家族,模体(motif),序列表谱(profile),PAM矩阵,BLOSUM,PSI-BLAST,RefSeq,PDB数据库,GenPept,折叠子,TrEMBL,MMDB,SCOP,PROSITE,Gene Ontology Consortium,表谱(profile)。 二、问答题 1)生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2)试述生物信息学研究的基本方法。 3)试述生物学与生物信息学的相互关系。 4)美国国家生物技术信息中心(NCBI)的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 ¥ 5)序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6)BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么 7)简述BLAST搜索的算法。 8)什么是物种的标记序列 9)什么是多序列比对过程的三个步骤 10)简述构建进化树的步骤。 11)简述除权配对法(UPGMA)的算法思想。 12)简述邻接法(NJ)的算法思想。 13)简述最大简约法(MP)的算法思想。 14)简述最大似然法(ML)的算法思想。 ? 15)UPGMA构树法不精确的原因是什么 16)在MEGA2软件中,提供了多种碱基替换距离模型,试列举其中2种,解释其含义。 17)试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18)如何用BLAST发现新基因 19)试述SCOP蛋白质分类方案。 20)试述SWISS-PROT中的数据来源。 21)TrEMBL哪两个部分 22)试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。[ 3) 三、操作与计算题 1)如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息: LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999

shtml入门教程(超详细)

超级详细shtml教程 SSI有什么用? 之所以要扯到ssi,是因为shtml--server-parsed HTML 的首字母缩略词。包含有嵌入式服务器方包含命令的HTML 文本。在被传送给浏览器之前,服务器会对SHTML 文档进行完全地读取、分析以及修改。 shtml和asp 有一些相似,以shtml命名的文件里,使用了ssi的一些指令,就像asp中的指令,你可以在SHTML文件中写入SSI指令,当客户端访问这些shtml文件时,服务器端会把这些SHTML文件进行读取和解释,把SHTML文件中包含的SSI指令解释出来 比如:你可以在SHTML文件中用SSI指令引用其他的html文件(#include ),服务器传送给客户端的文件,是已经解释的SHTML不会有SSI指令。它实现了HTML所没有的功能,就是可以实现了动态的SHTML,可以说是HTML的一种进化吧。像新浪的新闻系统就是这样的,新闻内容是固定的但它上面的广告和菜单等就是用#include引用进来的。 目前,主要有以下几种用用途: 1、显示服务器端环境变量<#echo> 2、将文本内容直接插入到文档中<#include> 3、显示WEB文档相关信息<#flastmod #fsize> (如文件制作日期/大小等) 4、直接执行服务器上的各种程序<#exec>(如CGI或其他可执行程序) 5、设置SSI信息显示格式<#config>(如文件制作日期/大小显示方式) 高级SSI可设置变量使用if条件语句。 使用SSI SSI是为WEB服务器提供的一套命令,这些命令只要直接嵌入到HTML文档的注释内容之中即可。如:

生物信息学复习资料全

一、名词解释(31个) 1.生物信息学:广义:应用信息科学的方法和技术,研究生物体系和生物过程 息的存贮、信息的涵和信息的传递,研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息,或者也可以说成是生命科学中的信息科学。狭义:应用信息科学的理论、方法和技术,管理、分析和利用生物分子数据。 2.二级数据库:对原始生物分子数据进行整理、分类的结果,是在一级数据库、 实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。 3.多序列比对:研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组 序列的功能区域,也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 4.系统发育分析:是研究物种进化和系统分类的一种方法,其常用一种类似树 状分支的图形来概括各种(类)生物之间的亲缘关系,这种树状分支的图形称为系统发育树。 5.直系同源:如果由于进化压力来维持特定模体的话,模体中的组成蛋白应该 是进化保守的并且在其他物种中具有直系同源性。 指的是不同物种之间的同源性,例如蛋白质的同源性,DNA序列的同源性。(来自百度) 6.旁系(并系)同源:是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可能会 进化出新的与原来有关的功能。用来描述在同一物种由于基因复制而分离的同源基因。(来自百度) 7.FASTA序列格式:将一个DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的 核苷酸或氨基酸字符串。 8.开放阅读框(ORF):是结构基因的正常核苷酸序列,从起始密码子到终止 密码子的阅读框可编码完整的多肽链,其间不存在使翻译中断的终止密码子。(来自百度) 9.结构域:大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或数个球状或纤维状的区 域,折叠得较为紧密,各行其功能,称为结构域。 10.空位罚分:序列比对分析时为了反映核酸或氨基酸的插入或缺失等而插入空 位并进行罚分,以控制空位插入的合理性。(来自百度) 11.表达序列标签:通过从cDNA文库中随机挑选的克隆进行测序所获得的部分 cDNA的3’或5’端序列。(来自文献) 12.Gene Ontology 协会: 13.HMM 隐马尔可夫模型:将核苷酸序列看成一个随机序列,DNA序列的编 码部分与非编码部分在核苷酸的选用频率上对应着不同的Markov模型。14.一级数据库:数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单 的归类整理和注释 15.序列一致性:指同源DNA顺序的同一碱基位置的相同的碱基成员, 或者蛋 白质的同一氨基酸位置的相同的氨基酸成员, 可用百分比表示。 16.序列相似性:指同源蛋白质的氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所 占的比例。 17.Blastn:是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将 同所查序列作一对一地核酸序列比对。(来自百度) 18.Blastp:是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐 一地同每条所查序列作一对一的序列比对。(来自百度)

初中数学各章节知识点总结(人教版)

七年级数学(上)知识点 人教版七年级数学上册主要包含了有理数、整式的加减、一元一次方程、图形的认识初步四个章节的内容. 第一章、有理数 知识概念 1.有理数: (1)凡能写成 )0p q ,p (p q ≠为整数且形式的数,都是有理数.正整数、0、负整数统称整数;正分数、负分数统称分数;整数和分数统称有理数.注意:0即不是正数,也不是负数;-a 不一定是负数,+a 也不一定是正数;π不是有理数; (2)有理数的分类: ① ??? ? ? ????????负分数 负整数负有理数零正分数正整数 正有理数有理数 ② ???????????????负分数正分数 分数负整数零正整数整数有理数 2.数轴:数轴是规定了原点、正方向、单位长度的一条直线. 3.相反数: (1)只有符号不同的两个数,我们说其中一个是另一个的相反数;0的相反数还是0; (2)相反数的和为0 ? a+b=0 ? a 、b 互为相反数. 4.绝对值: (1)正数的绝对值是其本身,0的绝对值是0,负数的绝对值是它的相反数;注意:绝对值的意义是数轴上表示某数的点离开原点的距离; (2) 绝对值可表示为:?????<-=>=) 0a (a )0a (0) 0a (a a 或???<-≥=)0a (a )0a (a a ;绝对值的问题经常分类讨论; 5.有理数比大小:(1)正数的绝对值越大,这个数越大;(2)正数永远比0大,负数永远比0小;(3)正数大于一切负数;(4)两个负数比大小,绝对值大的反而小;(5)数轴上的两个数,右边的数总比左边的数大;(6)大数-小数 > 0,小数-大数 < 0. 6.互为倒数:乘积为1的两个数互为倒数;注意:0没有倒数;若 a ≠0,那么a 的倒数是a 1;若ab=1? a 、b 互为倒数;若ab=-1? a 、b 互为负倒数. 7. 有理数加法法则:

Perl语言学习练习及参考答案

#题2: #使用for循环打印出如下的字符。 # 1 # 12 # 123 # 12345 #*******************# Fw_Print_Step ($step++,"使用for循环打印出如下的字符。 1 12 123 12345"); my $str= ""; for (1..4) { $str= $str.$_; if ($_==4) { $str= $str.$_+1; } print " $str\n"; } #*******************# #题3: my $str1 = "abc"; my $str2 = "efg"; #将上述2个字符串连接起来,并输出合并后的字符串长度 #*******************# Fw_Print_Step ($step++,"将上述2个字符串\"$str1\"和\"$str2\"连接起来,并输出合并后的字符串长度"); my $str =$str1.$str2; my $str_length=length($str); print "新字串$str的长度为:$str_length"; #*******************# #题4: #以逆序方式打印出字符串包含的各个字符,如变量为"123456789"则输出为"9","8",..."2","1". my $str1="abc123def456"; #*******************# Fw_Print_Step ($step++,"以逆序方式打印出字符串包含的各个字符,如变量为\"123456789\"则输出为\"9\",\"8\",...\"2\",\"1\"."); my $str=$str1; print "以逆序方式打印出字符串\"$str1\"包含的各个字符:\n"; for($length=length($str1); $length>0; $length--) {

-Python基础教程(自学记录)

第一章快速改造:基础知识 1.2交互式解释器 在IDLE编辑器,在提示符后输入help然后按回车;也可以按下F1获得有关IDLE的帮助信息 1.4数字和表达式 1/2返回0,整除除法;1.0/2返回0.5,用一个或者多个包含小数点的数字参与计算。另外改变除法的执行方式:from_future_import division //可以实现整除,1.0//2.0返回0.0 %取余数;**幂运算; >>> 1/2

>>> 1.0/2 0.5 >>> 1.0//2.0 0.0 >>> 10%3 1 >>> 9**(1/2) 1 >>> 9**(1.0/2) 3.0 >>> 2.75%0.5 0.25 >>> -9%4 3 >>> -3%2 1 >>> -3/2 -2 1.4.1长整数 普通整数不能大于2147483647也不能小于-2147483648,若更大的数,可以使用长整数。长整数结尾有个L,理论上小写也可以,不过为了便于识别,尽可能用大写。

1.4.2十六进制和八进制 0XAF返回175 ,十六进制; 010返回8,八进制 >>> 0xAF 175 >>> 010 8 1.5变量 包含字母、数字和下划线。首字母不能是数字开头。 1.8函数 Pow计算乘方:pow(2,3),2**3均返回8;pow等标准函数称为内建函数。 Abs(-10)求绝对值,返回10;round(1.0/2.0)返回1.0,把浮点数四舍五入为最接近的整数值。 >>> pow(2,3) 8 >>> 2**3 8 >>> abs(-10) 10 >>> round(1.0/2.0) 1.0

生物信息学中的机器学习方法

生物信息学中的机器学习方法 摘要:生物信息学是一门交叉学科,包含了生物信息的获取、管理、分析、解释和应用等方面,兴起于人类基因组计划。随着人类基因组计划的完成与深入,生物信息的研究工作由原来的计算生物学时代进入后基因组时代,后基因组时代中一个最重要的分支就是系统生物学。本文从信息科学的视角出发,详细论述了机器学习方法在计算生物学和系统生物学中的若干应用。 关键词:生物信息学;机器学习;序列比对;人类基因组;生物芯片 1.相关知识 1.1 生物信息学 生物信息学时生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它综合运用生物学、计算机科学和数学等多方面知识与方法,来阐明和理解大量生物数据所包含的生物学意义,并应用于解决生命科学研究和生物技术相关产业中的各种问题。 生物信息学主要有三个组成部分:建立可以存放和管理大量生物信息学数据的数据库;研究开发可用于有效分析与挖掘生物学数据的方法、算法和软件工具;使用这些工具去分析和解释不同类型的生物学数据,包括DNA、RNA和蛋白质序列、蛋白质结构、基因表达以及生化途径等。 生物信息学这个术语从20世纪90年代开始使用,最初主要指的是DNA、RNA及蛋白质序列的数据管理和分析。自从20世纪60年代就有了序列分析的计算机工具,但是那时并未引起人们很大的关注,直到测序技术的发展使GenBank之类的数据库中存放的序列数量出现了迅猛的增长。现在该术语已扩展到几乎覆盖各种类型的生物学数据,如蛋白质结构、基因表达和蛋白质互作等。 目前的生物信息学研究,已从早期以数据库的建立和DNA序列分析为主的阶段,转移到后基因组学时代以比较基因组学(comparative genomics)、功能基因组学(functional genomics)和整合基因组学(integrative genomics)为中心的新阶段。生物信息学的研究领域也迅速扩大。生物信息学涉及生物学、计算机学、数学、统计学等多门学科,从事生物信息学研究的工作者或生物信息学家可以来自以上任何一个领域而侧重于生物信息学的不同方面。事实上,我们今天正需要具备各种背景知识、才能和研究思路的研究人员,集思广益

马原各章知识点总结

马原各章知识点总结 Document serial number【KK89K-LLS98YT-SS8CB-SSUT-SST108】

《马克思主义基本原理》各章知识点: 第一章 1、哲学基本问题的内容及意义 内容:(p29)哲学基本问题是思维和存在的关系问题。包括两个方面的内容:其一,意识和物质、思维和存在,究竟谁是世界的本源,即物质和精神何者是第一性、何者是第二性的问题,对此问题的不同回答是划分唯物主义和唯心主义的唯一标准;其二,思维能否认识或正确认识存在的问题,是否承认思维和存在的同一性,这是划分可知论和不可知论哲学派别的标准。 意义:(p29)对哲学基本问题的回答,是解决其他一切哲学问题的前提和基础。只有科学解决思维和存在或意识和物质的关系问题,才能为在实践中理解世界的本质,把握世界的联系和发展,认识人类社会发展基本规律奠定基础。 2、马克思主义的物质观及其理论意义 马克思主义的物质观:(p31)物质是标志客观实在的哲学范畴,这种客观实在是人通过感觉感知的,它不依赖于我们的感觉而存在,为我们的感觉所复写、摄影、反映。 理论意义:(p32)第一,坚持了物质的客观实在性原则,坚持了唯物主义一元论,同唯心主义一元论和二元论划清了界限;第二,坚持了能动的反映论和可知论,批判了不可知论;第三,体现了唯物论和辩证法的统一;第四,体现了唯物主义自然观与唯物主义历史观的统一。 3、意识的本质 (p31)意识是物质世界的主观映象,是客观内容和主观形式的统一。意识在内容上是客观的,在形式上是主观的。物质决定意识,意识依赖于物质并反作用于物质。4、意识能动作用的表现 (p41)意识的能动作用是人的意识所特有的积极反映世界与改造世界的能力和活动,主要表现在: 第一,意识活动具有目的性和计划性;第二,意识活动具有创造性;第三,意识具有指导实践改造客观世界的作用;第四,意识具有指导、控制人的行为和生理活动的作用。 5、物质和运动的关系 (p32—33)世界是物质的,物质是运动的。物质和运动是不可分割的,一方面,运动是物质的存在方式和根本属性,物质是运动着的物质,脱离运动的物质是不存在的;另一方面,物质是一切运动变化和发展过程的实在基础和承担者,世界上没有离开物质的运动,任何形式的运动,都有它的物质主体。 6、为什么实践是人的存在方式?

Perl语言入门(第四版)习题答案

《Perl语言入门习题答案》 练习 1、写一个程序,计算半径为的圆的周长。圆周长等于2π(π约为)乘以半径。答案为。-----------------------/home/confish/perl/girth #!/usr/bin/perl -w #this program calculate a circle's girth , $r=; $g=*2*; print "the girth of the circle is $g\n"; -----------------------/home/confish/perl/girth 2、修改上述程序,用户可以在程序运行时输入半径。如果,用户输入,则应得到和上题一样的结果。 -----------------------/home/confish/perl/girthpro #!/usr/bin/perl -w ` #a better one to calculate girth print"enter the radius of the circle\n"; chomp($r=); if($r>0) { print"the girth of the circle is ".$r*2*."\n"; ; } else { print"nonavailable!\n"; } -----------------------/home/confish/perl/girthpro 3、修改上述程序,当用户输入小于0 的数字时,程序输出的周长为0,而非负数。 】 -----------------------/home/confish/perl/girthzero #!/usr/bin/perl -w #calculate the girth and print 0 when the radius is lower than 0

高中高一数学各章知识点总结《整理》

高中高一数学各章知识点总结 高中高一数学必修1各章知识点总结 第一章集合与函数概念 一、集合有关概念 1、集合的含义:某些指定的对象集在一起就成为一个集合,其中每一个对象 叫元素。 2、集合的中元素的三个特性:1.元素的确定性; 2.元素的互异性; 3.元素 的无序性 说明:(1)对于一个给定的集合,集合中的元素是确定的,任何一个对象或者是或者不是这个给定的集合的元素。(2)任何一个给定的集合中,任何两个元素都是不同的对象,相同的对象归入一个集合时,仅算一个元素。(3)集合中的元素是平等的,没有先后顺序,因此判定两个集合是否一样,仅需比较它们的元素是否一样,不需考查排列顺序是否一样。(4)集合元素的三个特性使集合本身具有了确定性和整体性。 3、集合的表示:{ … } 如{我校的篮球队员},{太平洋,大西洋,印度洋,北冰洋} 1. 用拉丁字母表示集合:A={我校的篮球队员},B={1,2,3,4,5} 2.集合的表示方法:列举法与描述法。 注意啊:常用数集及其记法: 非负整数集(即自然数集)记作:N 正整数集 N*或 N+ 整数集Z 有理数集Q 实数集R 关于“属于”的概念集合的元素通常用小写的拉丁字母表示,如:a是集合A的元素,就说a属于集合A 记作 a∈A ,相反,a不属于集合A 记作 a

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浅谈生物信息学在生物方面的应用

浅谈生物信息学在生物方面的应用 生物信息学(bioinformaLics)是以核酸和蛋白质等生物大分子数据库及其相关的图书、文献、资料为主要对象,以数学、信息学、计算机科学为主要手段,对浩如烟海的原始数据和原始资料进行存储、管理、注释、加工,使之成为具有明确生物意义的生物信息。并通过对生物信息的查询、搜索、比较、分析,从中获得基因的编码、凋控、遗传、突变等知识;研究核酸和蛋白质等生物大分子的结构、功能及其相互关系;研究它们在生物体内的物质代谢、能量转移、信息传导等生命活动中的作用机制。 从生物信息学研究的具体内容上看,生物信息学可以用于序列分类、相似性搜索、DNA 序列编码区识别、分子结构与功能预测、进化过程的构建等方面的计算工具已成为变态反应研究工作的重要组成部分。针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找过敏原基因,找出基因的位置和功能位点的位置,以及标记已知的序列模式等过程。针对蛋白质序列的分析,可以预测出蛋白质的许多物理特性,包括等电点分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等以及蛋白质二级结构预测,三维结构预测等。 生物信息学中的主要方法有:序列比对,结构比对,蛋白质结构的预测,构造分子进化树,聚类等。基因芯片是基因表达谱数据的重要来源。目前生物信息学在基因芯片中的应用主要体现在三个方面。 1、确定芯片检测目标。利用生物信息学方法,查询生物分子信息数据库,取得相应的序列数据,通过序列比对,找出特征序列,作为芯片设计的参照序列。 2、芯片设计。主要包括两个方面,即探针的设计和探针在芯片上的布局,必须根据具体的芯片功能、芯片制备技术采用不同的设计方法。 3、实验数据管理与分析。对基因芯片杂交图像处理,给出实验结果,并运用生物信息学方法对实验进行可靠性分析,得到基因序列变异结果或基因表达分析结果。尽可能将实验结果及分析结果存放在数据库中,将基因芯片数据与公共数据库进行链接,利用数据挖掘方法,揭示各种数据之间的关系。 生物信息学在人类基因组计划中也具有重要的作用。 大规模测序是基因组研究的最基本任务,它的每一个环节都与信息分析紧密相关。目前,从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接与组装、填补序列间隙,到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库的。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设计和信息分析时刻联系在一起.拼接与组装中的难点是处理重复序列,这在含有约30%重复序列的人类基因组中显得尤其突出。 人类基因组的工作草图即将完成,因此发现新基因就成了当务之急。使用基因组信息学的方法通过超大规模计算是发现新基因的重要手段,可以说大部分新基因是靠理论方法预测出来的。比如啤酒酵母完整基因组(约1300万bp)所包含6千多个基因,大约60%是通过信息分析得到的。 当人类基因找到之后,自然要解决的问题是:不同人种间基因有什么差别;正常人和病人基因又有什么差别。”这就是通常所说的SNPs(单核苷酸多态性)。构建SNPs及其相关数据库是基因组研究走向应用的重要步骤。1998年国际已开展了以EST为主发现新Spps 的研究。在我国开展中华民族SNPs研究也是至重要的。总之,生物信息学不仅将赋予人们各种基础研究的重要成果,也会带来巨大的经济效益和社会效益。在未来的几年中DNA 序列数据将以意想不到的速度增长,这更离不开利用生物信息学进行各类数据的分析和解释,研制有效利用和管理数据新工具。生物信息学在功能基因组学同样具有重要的应用目前应用最多的是同源序列比较、模式识别以及蛋白结构预测。所谓同源序列,是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。利用数据库搜索找出未知核酸或蛋白的同源序列,是序列分析的基础[lol。如利用BLASTn和BLASTx两种软件分别进行核苷酸和氨基

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