基于全基因组重测序技术对太湖猪分子种质特性的研究

摘要..........................................................................................................................I Abstract .................................................................................................................. III 中英文缩略词表 .......................................................................................................V 第1章文献综述 .. (1)

引言 (1)

1.1 太湖猪的地理分布、育成历史和主要种质特性 (1)

1.1.1 太湖猪原产地自然条件 (1)

1.1.2 太湖猪培育历史 (2)

1.1.3 太湖猪主要种质特性 (2)

1.2 太湖猪种质特性的研究进展 (4)

1.2.1 太湖猪繁殖性能的研究进展 (4)

1.2.2 太湖猪肉质性状研究进展 (6)

1.3 太湖猪种质资源保护现状 (6)

1.4测序技术的发展 (7)

1.5 全基因组测序技术 (7)

1.5.1 全基因组从头测序与全基因组重测序 (8)

1.5.2 全基因组测序原理步骤 (9)

1.6 选择信号及其检测方法 (10)

1.7 全基因组测序技术在畜禽研究中的应用 (13)

1.7.1 全基因组重测序在猪中的应用 (13)

1.7.2 全基因组重测序在牛中的应用 (14)

1.7.3 全基因组重测序在羊中的应用 (15)

1.7.4 全基因组重测序技术在其它畜禽品种中的应用 (16)

1.8 研究的目的和意义 (17)

第2章材料与方法 (18)

2.1 试验材料 (18)

2.2技术路线 (19)

2.2.1 数据处理及比对 (20)

2.2.2变异检测及注释 (21)

2.2.3 选择性清除分析 (21)

2.2.4 GO富集分析和KEGG通路分析 (22)

第3章结果与分析 (24)

3.1 数据处理及比对的结果与分析 (24)

3.1.1 质量控制的结果与分析 (24)

3.1.2 参考基因组建立索引的结果 (27)

3.1.3 重测序数据处理及比对结果 (27)

3.2变异信息检测和注释的结果 (28)

3.3 选择性清除分析的结果 (30)

3.3.1 基于hp值的群体内杂合度分析的结果 (32)

3.3.2 基于Fst值的固定指数分析结果 (34)

3.4 GO富集和KEGG通路分析 (37)

3.4.1 候选基因寻找 (37)

第4章讨论 (47)

4.1 关于试验材料的讨论 (47)

4.2 关于试验方法的讨论 (47)

4.2.1 关于全基因组混池重测序的讨论 (47)

4.2.2 关于选择性清除分析的方法的讨论 (47)

4.3 关于试验结果的讨论 (49)

4.3.1 与繁殖过程有关的条目讨论 (49)

4.3.2 与牙齿发育、油脂代谢有关的条目讨论 (51)

4.3.3 与胶原蛋白合成代谢、神经发育负调节条目的讨论 (52)

4.3.4 其它与太湖猪种质特性相关的基因及富集条目的讨论 (52)

4.4 本研究的不足和下一步计划 (53)

第5章结论 (55)

参考文献 (57)

在读期间论文发表情况 (65)

致谢 (67)